Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 50 registros.
también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.
- Occurrence (core)
- MeasurementOrFacts
Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.
Descargas
Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:
Versiones
La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.
¿Cómo referenciar?
Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:
Zambrano M M, Ruiz C, Acosta I C (2020): Microorganismos asociados con la filósfera de plantas de Espeletia en el PNN los Nevados. v1.5. Corporación CorpoGen. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/avygwj
Derechos
Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:
El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Corporación CorpoGen. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
Registro GBIF
Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 9a6c17ba-58f6-4186-83a1-7ca3386deb73. Corporación CorpoGen publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Colombian Biodiversity Information System.
Palabras clave
Phyllosphere microbiome; Espeletia phyllosphere; Occurrence; Observation
Contactos
¿Quién creó el recurso?:
¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:
¿Quién documentó los metadatos?:
¿Quién más está asociado con el recurso?:
Cobertura geográfica
The samples were collected at a specific location within the PNN los Nevados (04°52'27'' N 75°15'51.4'' W). This park is located on the Cordillera Central in Colombia, it has altitudes between 2,600 and 5,321 m.a.s.l., and an area of approximately 58,300 hectares with diverse ecosystems (Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. 2002). It is located within the Departments of Caldas (Municipio de Villamaría), Risaralda (Municipios de Santa Rosa de Cabal y Pereira), Quindío (Municipio de Salento) and Tolima (Municipios de Ibagué, Anzoátegui, Santa Isabel, Murillo, Villahermosa, Casabianca y Herveo)(www.parquesnacionales.gov.co/).
Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [4,874, -75,27], Latitud Máxima Longitud Máxima [4,874, -75,27] |
---|
Cobertura taxonómica
Microorganismos pertencientes a Bacteria y Eukarya, en la mayoría a nivel de género.
Dominio | Bacteria, Eukarya |
---|
Cobertura temporal
Fecha Inicial | 2013-04-12 |
---|
Datos del proyecto
The Colombian Center for Genomics and Bioinformatics of Extreme Environments (GeBiX) was established in 2008 and carried out research until 2014. This Center worked as a network that involved 14 research groups in 7 national institutions (Universidad Nacional de Colombia - Bogotá, Universidad del Cauca, Universidad del Valle, Universidad de Caldas, Pontificia Universidad Javeriana in Bogotá, Corporación Corpogen and ParqueSoft). The work was centered on metagenomics, bioinformatics and bioprospecting of microorganisms with the aim of building capacity for work using novel omic approaches and to provide the basis for value-added work on biodiversity. The center carried out a variety of different projects that reflected the interests of the researchers. The work involved studies of microbial diversity and metagenomics of ecosystems within the National Natural Park los Nevados in Colombia, bioprospecting using both microbial isolates, metagenomic libraries and metagenomic data mining, studies on microbial ecology and the development of workflows for bioinformatic analysis and new strategies for data analysis. We also carried out work on legal aspects and intellectual property rights in order to comply with existing regulations and to propose work schemes based on the researchers' interests. This particular work involved the study and analysis of microorganisms associated with endemic Espeletia plants in the Páramo ecosystem of the Park.
Título | Bioprospección, bioinformática y metagenómica en el Parque Nacional Natural los Nevados |
---|---|
Identificador | Gebix4 |
Fuentes de Financiación | Colciencias Universidad y Centros participantes |
Descripción del área de estudio | Espeletia plant phyllosphere |
Descripción del diseño | The idea was to analyze microbial communities associated with endemic Espeletia plants. Communities were analyzed by massive sequencing (Ruiz-Pérez, 2016) and isolates were obtained to identify properties that enable microbial survival in these locations. |
Personas asociadas al proyecto:
Métodos de muestreo
Leaf samples from various plant parts were taken, in triplicate, and transported to the lab where they were processed to recover culturable microorganisms and DNA.
Área de Estudio | Microbial isolates were obtained from Espeletia leaves sampled from plants located in páramo ecosystems (04°52'27'' N 75°15'51.4'' W). |
---|
Descripción de la metodología paso a paso:
- Microbes were recovered from leaf surfaces by plating on solid R2A Agar (Difco) and Tryptone soy agar (TSA, Oxoid), and incubating several days at 25ºC. Strains were purified by re-streaking, characterized by growth on various media, and checked for the ability to withstand UVC and temperature changes. Strains were identified by sequence analysis of either the 16S rRNA gene or the ITS region.
Datos de la colección
Nombre de la Colección | Cepario Corpogen |
---|---|
Identificador de la Colección | Registro Nacional de Colecciones Biológicas:140 |
Identificador de la Colección Parental | CG |
Métodos de preservación de los ejemplares | Congelado |
---|
Referencias bibliográficas
- Ruiz-Pérez CA, Restrepo S, Zambrano MM. 2016. Microbial and functional diversity within the phyllosphere of Espeletia species in an Andean high-mountain ecosystem. Appl Environ Microbiol 82:1807–1817 doi:10.1128/AEM.02781-15
- Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. (2002) Parque Nacional los Nevados. Un caso de selección y zonificación de áreas de conservación biológica. In Serie Investigación 4. Javergraf (ed.) Bogotá - Colombia: Pontificia Universidad Javeriana.
Metadatos adicionales
Propósito | These strains were obtaine to have a collection of microorganisms from plants in the páramo ecosystems in order to study possible adaptations to harsh environmental conditions such as resistance to UV and daily temperature changes. |
---|---|
Identificadores alternativos | doi:10.15472/avygwj |
9a6c17ba-58f6-4186-83a1-7ca3386deb73 | |
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=filosfera |