Microorganismos asociados con la filósfera de plantas de Espeletia en el PNN los Nevados

Última versión Publicado por Corporación CorpoGen en Aug 1, 2019 Corporación CorpoGen

These microorganisms were collected from the phyllosphere of Espeletia plants located in paramo ecosystems in the National Natural Park Los Nevados. The work was part of the Colombian Center of Genomics and Bioinformatics, GEBIX, a research consortium than worked on metagenomics and bioprospecting from 2008 to 2014.

Registros

Los datos en este registros biológicos recurso han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 50 registros. también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

  • Occurrence (core)
    50
  • MeasurementOrFact 
    250

Este IPT archiva los datos, sirviendo así como repositorio de datos. Los datos y metadatos están disponibles para descargar en la sección de descargas. La tabla de versiones muestra otras versiones del recurso que se han hecho accesibles al público y permite el seguimiento de los cambios hechos al recurso en el tiempo.

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Versiones

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¿Cómo referenciar?

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Zambrano M M, Ruiz C, Acosta I C (2018): Microorganismos asociados con la filósfera de plantas de Espeletia en el PNN los Nevados. v1.4. Corporación CorpoGen. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/avygwj

Derechos

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Corporación CorpoGen. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 9a6c17ba-58f6-4186-83a1-7ca3386deb73.  Corporación CorpoGen publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Colombian Biodiversity Information System.

Palabras Clave

Phyllosphere microbiome; Espeletia phyllosphere; Occurrence; Observation

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Carlos Ruiz
Investigador
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Ivan Camilo Acosta
Investigador
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org

¿Quién documentó los metadatos?:

SiB Colombia
María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Angela Cantillo
Investigadora
Corporación Corpogen Bogotá CO

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Autor
Corporación Corpogen
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá CO 18050122

Cobertura Geográfica

The samples were collected at a specific location within the PNN los Nevados (04°52'27'' N 75°15'51.4'' W). This park is located on the Cordillera Central in Colombia, it has altitudes between 2,600 and 5,321 m.a.s.l., and an area of approximately 58,300 hectares with diverse ecosystems (Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. 2002). It is located within the Departments of Caldas (Municipio de Villamaría), Risaralda (Municipios de Santa Rosa de Cabal y Pereira), Quindío (Municipio de Salento) and Tolima (Municipios de Ibagué, Anzoátegui, Santa Isabel, Murillo, Villahermosa, Casabianca y Herveo)(www.parquesnacionales.gov.co/).

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [4.874, -75.27], Latitud Máxima Longitud Máxima [4.874, -75.27]

Cobertura Taxonómica

Microorganismos pertencientes a Bacteria y Eukarya, en la mayoría a nivel de género.

Dominio  Bacteria,  Eukarya

Cobertura Temporal

Fecha Inicial 2013-04-12

Datos del Proyecto

The Colombian Center for Genomics and Bioinformatics of Extreme Environments (GeBiX) was established in 2008 and carried out research until 2014. This Center worked as a network that involved 14 research groups in 7 national institutions (Universidad Nacional de Colombia - Bogotá, Universidad del Cauca, Universidad del Valle, Universidad de Caldas, Pontificia Universidad Javeriana in Bogotá, Corporación Corpogen and ParqueSoft). The work was centered on metagenomics, bioinformatics and bioprospecting of microorganisms with the aim of building capacity for work using novel omic approaches and to provide the basis for value-added work on biodiversity. The center carried out a variety of different projects that reflected the interests of the researchers. The work involved studies of microbial diversity and metagenomics of ecosystems within the National Natural Park los Nevados in Colombia, bioprospecting using both microbial isolates, metagenomic libraries and metagenomic data mining, studies on microbial ecology and the development of workflows for bioinformatic analysis and new strategies for data analysis. We also carried out work on legal aspects and intellectual property rights in order to comply with existing regulations and to propose work schemes based on the researchers' interests. This particular work involved the study and analysis of microorganisms associated with endemic Espeletia plants in the Páramo ecosystem of the Park.

Título Bioprospección, bioinformática y metagenómica en el Parque Nacional Natural los Nevados
Identificador Gebix4
Fuentes de Financiación Colciencias Universidad y Centros participantes
Descripción del Área de Estudio Espeletia plant phyllosphere
Descripción del Diseño The idea was to analyze microbial communities associated with endemic Espeletia plants. Communities were analyzed by massive sequencing (Ruiz-Pérez, 2016) and isolates were obtained to identify properties that enable microbial survival in these locations.

Personas asociadas al proyecto:

Investigador Principal
María Mercedes Zambrano
Autor
Carlos Ruiz
Autor
Ivan Camilo Acosta

Métodos de Muestreo

Leaf samples from various plant parts were taken, in triplicate, and transported to the lab where they were processed to recover culturable microorganisms and DNA.

Área de Estudio Microbial isolates were obtained from Espeletia leaves sampled from plants located in páramo ecosystems (04°52'27'' N 75°15'51.4'' W).

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Microbes were recovered from leaf surfaces by plating on solid R2A Agar (Difco) and Tryptone soy agar (TSA, Oxoid), and incubating several days at 25ºC. Strains were purified by re-streaking, characterized by growth on various media, and checked for the ability to withstand UVC and temperature changes. Strains were identified by sequence analysis of either the 16S rRNA gene or the ITS region.

Datos de la Colección

Nombre de la Colección Cepario Corpogen
Identificador de la Colección Registro Nacional de Colecciones Biológicas:140
Identificador de la Colección Parental CG
Métodos de preservación de los ejemplares Congelado

Referencias Bibliográficas

  1. Ruiz-Pérez CA, Restrepo S, Zambrano MM. 2016. Microbial and functional diversity within the phyllosphere of Espeletia species in an Andean high-mountain ecosystem. Appl Environ Microbiol 82:1807–1817 doi:10.1128/AEM.02781-15
  2. Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. (2002) Parque Nacional los Nevados. Un caso de selección y zonificación de áreas de conservación biológica. In Serie Investigación 4. Javergraf (ed.) Bogotá - Colombia: Pontificia Universidad Javeriana.

Metadatos Adicionales

Propósito These strains were obtaine to have a collection of microorganisms from plants in the páramo ecosystems in order to study possible adaptations to harsh environmental conditions such as resistance to UV and daily temperature changes.
Identificadores Alternativos doi:10.15472/avygwj
9a6c17ba-58f6-4186-83a1-7ca3386deb73
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=filosfera