Microorganismos asociados con la filósfera de plantas de Espeletia en el PNN los Nevados

Последняя версия опубликована Corporación CorpoGen Aug 1, 2019 Corporación CorpoGen

These microorganisms were collected from the phyllosphere of Espeletia plants located in paramo ecosystems in the National Natural Park Los Nevados. The work was part of the Colombian Center of Genomics and Bioinformatics, GEBIX, a research consortium than worked on metagenomics and bioprospecting from 2008 to 2014.

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 50 записей. Также в наличии 1 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

  • Occurrence (core)
    50
  • MeasurementOrFact 
    250

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем (репозиторием) данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. Перечень версий служит для отображения истории публикации версий данного ресурса.

Загрузки

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Данные в формате DwC-A Скачать 50 Записи в English (10 KB) - Частота обновления: as needed
Метаданные в формате EML Скачать в English (15 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (11 KB)

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Zambrano M M, Ruiz C, Acosta I C (2018): Microorganismos asociados con la filósfera de plantas de Espeletia en el PNN los Nevados. v1.4. Corporación CorpoGen. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/avygwj

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Corporación CorpoGen. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 9a6c17ba-58f6-4186-83a1-7ca3386deb73.  Corporación CorpoGen отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Colombian Biodiversity Information System.

Ключевые слова

Phyllosphere microbiome; Espeletia phyllosphere; Occurrence; Observation

Контакты

Кто является создателем ресурса:

María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Carlos Ruiz
Investigador
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Ivan Camilo Acosta
Investigador
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org

Кем заполнены метаданные:

SiB Colombia
María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Angela Cantillo
Investigadora
Corporación Corpogen Bogotá CO

Кто еще связан с данным ресурсом:

Author
Corporación Corpogen
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá CO 18050122

Географический охват

The samples were collected at a specific location within the PNN los Nevados (04°52'27'' N 75°15'51.4'' W). This park is located on the Cordillera Central in Colombia, it has altitudes between 2,600 and 5,321 m.a.s.l., and an area of approximately 58,300 hectares with diverse ecosystems (Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. 2002). It is located within the Departments of Caldas (Municipio de Villamaría), Risaralda (Municipios de Santa Rosa de Cabal y Pereira), Quindío (Municipio de Salento) and Tolima (Municipios de Ibagué, Anzoátegui, Santa Isabel, Murillo, Villahermosa, Casabianca y Herveo)(www.parquesnacionales.gov.co/).

Ограничивающие координаты Юг Запад [4.874, -75.27], Север Восток [4.874, -75.27]

Таксономический охват

Microorganismos pertencientes a Bacteria y Eukarya, en la mayoría a nivel de género.

Domain  Bacteria,  Eukarya

Временной охват

Дата начала 2013-04-12

Данные проекта

The Colombian Center for Genomics and Bioinformatics of Extreme Environments (GeBiX) was established in 2008 and carried out research until 2014. This Center worked as a network that involved 14 research groups in 7 national institutions (Universidad Nacional de Colombia - Bogotá, Universidad del Cauca, Universidad del Valle, Universidad de Caldas, Pontificia Universidad Javeriana in Bogotá, Corporación Corpogen and ParqueSoft). The work was centered on metagenomics, bioinformatics and bioprospecting of microorganisms with the aim of building capacity for work using novel omic approaches and to provide the basis for value-added work on biodiversity. The center carried out a variety of different projects that reflected the interests of the researchers. The work involved studies of microbial diversity and metagenomics of ecosystems within the National Natural Park los Nevados in Colombia, bioprospecting using both microbial isolates, metagenomic libraries and metagenomic data mining, studies on microbial ecology and the development of workflows for bioinformatic analysis and new strategies for data analysis. We also carried out work on legal aspects and intellectual property rights in order to comply with existing regulations and to propose work schemes based on the researchers' interests. This particular work involved the study and analysis of microorganisms associated with endemic Espeletia plants in the Páramo ecosystem of the Park.

Название Bioprospección, bioinformática y metagenómica en el Parque Nacional Natural los Nevados
Идентификатор Gebix4
Финансирование Colciencias Universidad y Centros participantes
Описание района исследования Espeletia plant phyllosphere
Описание плана выполнения исследований The idea was to analyze microbial communities associated with endemic Espeletia plants. Communities were analyzed by massive sequencing (Ruiz-Pérez, 2016) and isolates were obtained to identify properties that enable microbial survival in these locations.

Исполнители проекта:

Principal Investigator
María Mercedes Zambrano
Author
Carlos Ruiz
Author
Ivan Camilo Acosta

Методы сбора

Leaf samples from various plant parts were taken, in triplicate, and transported to the lab where they were processed to recover culturable microorganisms and DNA.

Охват исследования Microbial isolates were obtained from Espeletia leaves sampled from plants located in páramo ecosystems (04°52'27'' N 75°15'51.4'' W).

Описание этапа методики:

  1. Microbes were recovered from leaf surfaces by plating on solid R2A Agar (Difco) and Tryptone soy agar (TSA, Oxoid), and incubating several days at 25ºC. Strains were purified by re-streaking, characterized by growth on various media, and checked for the ability to withstand UVC and temperature changes. Strains were identified by sequence analysis of either the 16S rRNA gene or the ITS region.

Данные коллекции

Название коллекции Cepario Corpogen
Идентификатор коллекции Registro Nacional de Colecciones Biológicas:140
Идентификатор родительской коллекции CG
Методы сохранения образцов Deep frozen

Библиографические ссылки

  1. Ruiz-Pérez CA, Restrepo S, Zambrano MM. 2016. Microbial and functional diversity within the phyllosphere of Espeletia species in an Andean high-mountain ecosystem. Appl Environ Microbiol 82:1807–1817 doi:10.1128/AEM.02781-15
  2. Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. (2002) Parque Nacional los Nevados. Un caso de selección y zonificación de áreas de conservación biológica. In Serie Investigación 4. Javergraf (ed.) Bogotá - Colombia: Pontificia Universidad Javeriana.

Дополнительные метаданные

Цель These strains were obtaine to have a collection of microorganisms from plants in the páramo ecosystems in order to study possible adaptations to harsh environmental conditions such as resistance to UV and daily temperature changes.
Альтернативные идентификаторы doi:10.15472/avygwj
9a6c17ba-58f6-4186-83a1-7ca3386deb73
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=filosfera