Microorganismos asociados con la filósfera de plantas de Espeletia en el PNN los Nevados

Versão mais recente publicado por Corporación CorpoGen em Aug 1, 2019 Corporación CorpoGen

These microorganisms were collected from the phyllosphere of Espeletia plants located in paramo ecosystems in the National Natural Park Los Nevados. The work was part of the Colombian Center of Genomics and Bioinformatics, GEBIX, a research consortium than worked on metagenomics and bioprospecting from 2008 to 2014.

Registros de Dados

Os dados deste recurso de ocorrência foram publicados como um Darwin Core Archive (DwC-A), que é o formato padronizado para compartilhamento de dados de biodiversidade como um conjunto de uma ou mais tabelas de dados. A tabela de dados do núcleo contém 50 registros. Também existem 1 tabelas de dados de extensão. Um registro de extensão fornece informações adicionais sobre um registro do núcleo. O número de registros em cada tabela de dados de extensão é ilustrado abaixo.

  • Occurrence (core)
    50
  • MeasurementOrFact 
    250

Este IPT armazena os dados e, portanto, serve como um repositório de dados. Os dados e os metadados do recurso estão disponíveis para download no seção de downloads. A tabela de versões lista outras versões do recurso que foram disponibilizadas ao público e permite o rastreamento das alterações realizadas no recurso ao longo do tempo.

Downloads

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Versões

A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.

Como citar

Pesquisadores deveriam citar esta obra da seguinte maneira:

Zambrano M M, Ruiz C, Acosta I C (2018): Microorganismos asociados con la filósfera de plantas de Espeletia en el PNN los Nevados. v1.4. Corporación CorpoGen. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/avygwj

Direitos

Pesquisadores devem respeitar a seguinte declaração de direitos:

O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é Corporación CorpoGen. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

GBIF Registration

Este recurso foi registrado no GBIF e atribuído ao seguinte GBIF UUID: 9a6c17ba-58f6-4186-83a1-7ca3386deb73.  Corporación CorpoGen publica este recurso, e está registrado no GBIF como um publicador de dados aprovado por Colombian Biodiversity Information System.

Palavras-chave

Phyllosphere microbiome; Espeletia phyllosphere; Occurrence; Observation

Contatos

Quem criou esse recurso:

María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Carlos Ruiz
Investigador
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Ivan Camilo Acosta
Investigador
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org

Quem pode responder a perguntas sobre o recurso:

María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org

Quem preencher os metadados:

SiB Colombia
María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Angela Cantillo
Investigadora
Corporación Corpogen Bogotá CO

Quem mais foi associado com o recurso:

Autor
Corporación Corpogen
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá CO 18050122

Cobertura Geográfica

The samples were collected at a specific location within the PNN los Nevados (04°52'27'' N 75°15'51.4'' W). This park is located on the Cordillera Central in Colombia, it has altitudes between 2,600 and 5,321 m.a.s.l., and an area of approximately 58,300 hectares with diverse ecosystems (Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. 2002). It is located within the Departments of Caldas (Municipio de Villamaría), Risaralda (Municipios de Santa Rosa de Cabal y Pereira), Quindío (Municipio de Salento) and Tolima (Municipios de Ibagué, Anzoátegui, Santa Isabel, Murillo, Villahermosa, Casabianca y Herveo)(www.parquesnacionales.gov.co/).

Coordenadas delimitadoras Sul Oeste [4.874, -75.27], Norte Leste [4.874, -75.27]

Cobertura Taxonômica

Microorganismos pertencientes a Bacteria y Eukarya, en la mayoría a nivel de género.

Domínio  Bacteria,  Eukarya

Cobertura Temporal

Data Inicial 2013-04-12

Dados Sobre o Projeto

The Colombian Center for Genomics and Bioinformatics of Extreme Environments (GeBiX) was established in 2008 and carried out research until 2014. This Center worked as a network that involved 14 research groups in 7 national institutions (Universidad Nacional de Colombia - Bogotá, Universidad del Cauca, Universidad del Valle, Universidad de Caldas, Pontificia Universidad Javeriana in Bogotá, Corporación Corpogen and ParqueSoft). The work was centered on metagenomics, bioinformatics and bioprospecting of microorganisms with the aim of building capacity for work using novel omic approaches and to provide the basis for value-added work on biodiversity. The center carried out a variety of different projects that reflected the interests of the researchers. The work involved studies of microbial diversity and metagenomics of ecosystems within the National Natural Park los Nevados in Colombia, bioprospecting using both microbial isolates, metagenomic libraries and metagenomic data mining, studies on microbial ecology and the development of workflows for bioinformatic analysis and new strategies for data analysis. We also carried out work on legal aspects and intellectual property rights in order to comply with existing regulations and to propose work schemes based on the researchers' interests. This particular work involved the study and analysis of microorganisms associated with endemic Espeletia plants in the Páramo ecosystem of the Park.

Título Bioprospección, bioinformática y metagenómica en el Parque Nacional Natural los Nevados
Identificador Gebix4
Financiamento Colciencias Universidad y Centros participantes
Descrição da Área de Estudo Espeletia plant phyllosphere
Descrição do Design The idea was to analyze microbial communities associated with endemic Espeletia plants. Communities were analyzed by massive sequencing (Ruiz-Pérez, 2016) and isolates were obtained to identify properties that enable microbial survival in these locations.

O pessoal envolvido no projeto:

Pesquisador Principal
María Mercedes Zambrano
Autor
Carlos Ruiz
Autor
Ivan Camilo Acosta

Métodos de Amostragem

Leaf samples from various plant parts were taken, in triplicate, and transported to the lab where they were processed to recover culturable microorganisms and DNA.

Área de Estudo Microbial isolates were obtained from Espeletia leaves sampled from plants located in páramo ecosystems (04°52'27'' N 75°15'51.4'' W).

Descrição dos passos do método:

  1. Microbes were recovered from leaf surfaces by plating on solid R2A Agar (Difco) and Tryptone soy agar (TSA, Oxoid), and incubating several days at 25ºC. Strains were purified by re-streaking, characterized by growth on various media, and checked for the ability to withstand UVC and temperature changes. Strains were identified by sequence analysis of either the 16S rRNA gene or the ITS region.

Dados de Coleção

Nome da Coleção Cepario Corpogen
Identificador da Coleção Registro Nacional de Colecciones Biológicas:140
Identificador da Coleção Parental CG
Métodos de preservação do espécime Congelado

Citações bibliográficas

  1. Ruiz-Pérez CA, Restrepo S, Zambrano MM. 2016. Microbial and functional diversity within the phyllosphere of Espeletia species in an Andean high-mountain ecosystem. Appl Environ Microbiol 82:1807–1817 doi:10.1128/AEM.02781-15
  2. Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. (2002) Parque Nacional los Nevados. Un caso de selección y zonificación de áreas de conservación biológica. In Serie Investigación 4. Javergraf (ed.) Bogotá - Colombia: Pontificia Universidad Javeriana.

Metadados Adicionais

Propósito These strains were obtaine to have a collection of microorganisms from plants in the páramo ecosystems in order to study possible adaptations to harsh environmental conditions such as resistance to UV and daily temperature changes.
Identificadores alternativos doi:10.15472/avygwj
9a6c17ba-58f6-4186-83a1-7ca3386deb73
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=filosfera