Microorganismos asociados con la filósfera de plantas de Espeletia en el PNN los Nevados

最新バージョン Corporación CorpoGen によって公開 Aug 1, 2019 Corporación CorpoGen

These microorganisms were collected from the phyllosphere of Espeletia plants located in paramo ecosystems in the National Natural Park Los Nevados. The work was part of the Colombian Center of Genomics and Bioinformatics, GEBIX, a research consortium than worked on metagenomics and bioprospecting from 2008 to 2014.

データ レコード

この オカレンス(観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、50 レコードが含まれています。 拡張データ テーブルは1 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。 各拡張データ テーブル内のレコード数を以下に示します。

  • Occurrence (コア)
    50
  • MeasurementOrFact 
    250

この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。

ダウンロード

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バージョン

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引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Zambrano M M, Ruiz C, Acosta I C (2018): Microorganismos asociados con la filósfera de plantas de Espeletia en el PNN los Nevados. v1.4. Corporación CorpoGen. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/avygwj

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Corporación CorpoGen。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 9a6c17ba-58f6-4186-83a1-7ca3386deb73が割り当てられています。   Colombian Biodiversity Information System によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているCorporación CorpoGen が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Phyllosphere microbiome; Espeletia phyllosphere; Occurrence; Observation

連絡先

リソースを作成した人:

María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Carlos Ruiz
Investigador
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Ivan Camilo Acosta
Investigador
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org

リソースに関する質問に答えることができる人:

María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org

メタデータを記載した人:

SiB Colombia
María Mercedes Zambrano
Directora Científica
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá DC CO 57-1-8050122
http://www.corpogen.org
Angela Cantillo
Investigadora
Corporación Corpogen Bogotá CO

他に、リソースに関連付けられていた人:

論文著者
Corporación Corpogen
Corporación Corpogen Carrera 5 #66A-34 110231 Bogotá CO 18050122

地理的範囲

The samples were collected at a specific location within the PNN los Nevados (04°52'27'' N 75°15'51.4'' W). This park is located on the Cordillera Central in Colombia, it has altitudes between 2,600 and 5,321 m.a.s.l., and an area of approximately 58,300 hectares with diverse ecosystems (Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. 2002). It is located within the Departments of Caldas (Municipio de Villamaría), Risaralda (Municipios de Santa Rosa de Cabal y Pereira), Quindío (Municipio de Salento) and Tolima (Municipios de Ibagué, Anzoátegui, Santa Isabel, Murillo, Villahermosa, Casabianca y Herveo)(www.parquesnacionales.gov.co/).

座標(緯度経度) 南 西 [4.874, -75.27], 北 東 [4.874, -75.27]

生物分類学的範囲

Microorganismos pertencientes a Bacteria y Eukarya, en la mayoría a nivel de género.

Domain  Bacteria,  Eukarya

時間的範囲

開始日 2013-04-12

プロジェクトデータ

The Colombian Center for Genomics and Bioinformatics of Extreme Environments (GeBiX) was established in 2008 and carried out research until 2014. This Center worked as a network that involved 14 research groups in 7 national institutions (Universidad Nacional de Colombia - Bogotá, Universidad del Cauca, Universidad del Valle, Universidad de Caldas, Pontificia Universidad Javeriana in Bogotá, Corporación Corpogen and ParqueSoft). The work was centered on metagenomics, bioinformatics and bioprospecting of microorganisms with the aim of building capacity for work using novel omic approaches and to provide the basis for value-added work on biodiversity. The center carried out a variety of different projects that reflected the interests of the researchers. The work involved studies of microbial diversity and metagenomics of ecosystems within the National Natural Park los Nevados in Colombia, bioprospecting using both microbial isolates, metagenomic libraries and metagenomic data mining, studies on microbial ecology and the development of workflows for bioinformatic analysis and new strategies for data analysis. We also carried out work on legal aspects and intellectual property rights in order to comply with existing regulations and to propose work schemes based on the researchers' interests. This particular work involved the study and analysis of microorganisms associated with endemic Espeletia plants in the Páramo ecosystem of the Park.

タイトル Bioprospección, bioinformática y metagenómica en el Parque Nacional Natural los Nevados
識別子 Gebix4
ファンデイング Colciencias Universidad y Centros participantes
Study Area Description Espeletia plant phyllosphere
研究の意図、目的、背景など(デザイン) The idea was to analyze microbial communities associated with endemic Espeletia plants. Communities were analyzed by massive sequencing (Ruiz-Pérez, 2016) and isolates were obtained to identify properties that enable microbial survival in these locations.

プロジェクトに携わる要員:

研究代表者
María Mercedes Zambrano
論文著者
Carlos Ruiz
論文著者
Ivan Camilo Acosta

収集方法

Leaf samples from various plant parts were taken, in triplicate, and transported to the lab where they were processed to recover culturable microorganisms and DNA.

Study Extent Microbial isolates were obtained from Espeletia leaves sampled from plants located in páramo ecosystems (04°52'27'' N 75°15'51.4'' W).

Method step description:

  1. Microbes were recovered from leaf surfaces by plating on solid R2A Agar (Difco) and Tryptone soy agar (TSA, Oxoid), and incubating several days at 25ºC. Strains were purified by re-streaking, characterized by growth on various media, and checked for the ability to withstand UVC and temperature changes. Strains were identified by sequence analysis of either the 16S rRNA gene or the ITS region.

コレクションデータ

コレクション名 Cepario Corpogen
コレクション識別子 Registro Nacional de Colecciones Biológicas:140
Parent Collection Identifier CG
標本保存方法 Deep frozen

書誌情報の引用

  1. Ruiz-Pérez CA, Restrepo S, Zambrano MM. 2016. Microbial and functional diversity within the phyllosphere of Espeletia species in an Andean high-mountain ecosystem. Appl Environ Microbiol 82:1807–1817 doi:10.1128/AEM.02781-15
  2. Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. (2002) Parque Nacional los Nevados. Un caso de selección y zonificación de áreas de conservación biológica. In Serie Investigación 4. Javergraf (ed.) Bogotá - Colombia: Pontificia Universidad Javeriana.

追加のメタデータ

目的 These strains were obtaine to have a collection of microorganisms from plants in the páramo ecosystems in order to study possible adaptations to harsh environmental conditions such as resistance to UV and daily temperature changes.
代替識別子 doi:10.15472/avygwj
9a6c17ba-58f6-4186-83a1-7ca3386deb73
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=filosfera