Microorganismos asociados con la filósfera de plantas de Espeletia en el PNN los Nevados

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 50 enregistrements.

1 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Téléchargements

Téléchargez la dernière version de la ressource en tant qu'Archive Darwin Core (DwC-A), ou les métadonnées de la ressource au format EML ou RTF :

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Zambrano M M, Ruiz C, Acosta I C (2020): Microorganismos asociados con la filósfera de plantas de Espeletia en el PNN los Nevados. v1.5. Corporación CorpoGen. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/avygwj

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Corporación CorpoGen. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 9a6c17ba-58f6-4186-83a1-7ca3386deb73.  Corporación CorpoGen publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Colombian Biodiversity Information System.

Mots-clé

Phyllosphere microbiome; Espeletia phyllosphere; Occurrence; Observation

Contacts

Couverture géographique

The samples were collected at a specific location within the PNN los Nevados (04°52'27'' N 75°15'51.4'' W). This park is located on the Cordillera Central in Colombia, it has altitudes between 2,600 and 5,321 m.a.s.l., and an area of approximately 58,300 hectares with diverse ecosystems (Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. 2002). It is located within the Departments of Caldas (Municipio de Villamaría), Risaralda (Municipios de Santa Rosa de Cabal y Pereira), Quindío (Municipio de Salento) and Tolima (Municipios de Ibagué, Anzoátegui, Santa Isabel, Murillo, Villahermosa, Casabianca y Herveo)(www.parquesnacionales.gov.co/).

Couverture taxonomique

Microorganismos pertencientes a Bacteria y Eukarya, en la mayoría a nivel de género.

Couverture temporelle

Données sur le projet

The Colombian Center for Genomics and Bioinformatics of Extreme Environments (GeBiX) was established in 2008 and carried out research until 2014. This Center worked as a network that involved 14 research groups in 7 national institutions (Universidad Nacional de Colombia - Bogotá, Universidad del Cauca, Universidad del Valle, Universidad de Caldas, Pontificia Universidad Javeriana in Bogotá, Corporación Corpogen and ParqueSoft). The work was centered on metagenomics, bioinformatics and bioprospecting of microorganisms with the aim of building capacity for work using novel omic approaches and to provide the basis for value-added work on biodiversity. The center carried out a variety of different projects that reflected the interests of the researchers. The work involved studies of microbial diversity and metagenomics of ecosystems within the National Natural Park los Nevados in Colombia, bioprospecting using both microbial isolates, metagenomic libraries and metagenomic data mining, studies on microbial ecology and the development of workflows for bioinformatic analysis and new strategies for data analysis. We also carried out work on legal aspects and intellectual property rights in order to comply with existing regulations and to propose work schemes based on the researchers' interests. This particular work involved the study and analysis of microorganisms associated with endemic Espeletia plants in the Páramo ecosystem of the Park.

Les personnes impliquées dans le projet:

Méthodes d'échantillonnage

Leaf samples from various plant parts were taken, in triplicate, and transported to the lab where they were processed to recover culturable microorganisms and DNA.

Description des étapes de la méthode:

1. Microbes were recovered from leaf surfaces by plating on solid R2A Agar (Difco) and Tryptone soy agar (TSA, Oxoid), and incubating several days at 25ºC. Strains were purified by re-streaking, characterized by growth on various media, and checked for the ability to withstand UVC and temperature changes. Strains were identified by sequence analysis of either the 16S rRNA gene or the ITS region.

Données de collection

Citations bibliographiques

1. Ruiz-Pérez CA, Restrepo S, Zambrano MM. 2016. Microbial and functional diversity within the phyllosphere of Espeletia species in an Andean high-mountain ecosystem. Appl Environ Microbiol 82:1807–1817 doi:10.1128/AEM.02781-15
2. Van Wyngaarden, W., & Fandiño, M. (2002) Parque Nacional los Nevados. Un caso de selección y zonificación de áreas de conservación biológica. In Serie Investigación 4. Javergraf (ed.) Bogotá - Colombia: Pontificia Universidad Javeriana.

Métadonnées additionnelles