Description
El cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la Escuela de Biología de la Universidad Industrial de Santander (Cepario LMMA–UIS) es una colección microbiana que cuenta con un total de 1290 especímenes que abarcan los reinos Bacteria (1227) y Fungi (63), colectados entre 2011 y 2023. Estos fueron crio-preservados (-80 ºC) en glicerol. La mayoría de estos especímenes (97,6%), son productos de la actividad de investigación del Grupo de Investigación en Microbiología y Genética (COL0083849). Una fracción minoritarias (2.4%), son depósitos de otros grupos de investigación o cepas de referencias adquiridas. A la fecha 722 especímenes (56%) cuentan con algún grado de identificación taxonómica. La colección está representada por 9 filos, 13 clases, 29 órdenes, 56 familias, 94 géneros y 138 especies microbianas.
Enregistrements de données
Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 1 290 enregistrements.
4 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.
- Occurrence (noyau)
- Preservation
- ExtendedMeasurementOrFact
- MaterialSample
- Permit
Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.
Téléchargements
Téléchargez la dernière version de la ressource en tant qu'Archive Darwin Core (DwC-A), ou les métadonnées de la ressource au format EML ou RTF :
Données sous forme de fichier DwC-A (zip) | télécharger 1 290 enregistrements dans Espagnol (101 kB) - Fréquence de mise à jour: quand cela est nécessaire |
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Métadonnées sous forme de fichier RTF | télécharger dans Espagnol (18 kB) |
Versions
Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.
Comment citer
Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:
Fuentes Lorenzo J L (2023): Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS. v2.9. Universidad Industrial de Santander. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/uq6pal
Droits
Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:
L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Universidad Industrial de Santander. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
Enregistrement GBIF
Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 95f8be9e-48a3-490b-8bd8-b03cc775b14e. Universidad Industrial de Santander publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Colombian Biodiversity Information System.
Mots-clé
Microorganisms; Taxonomy; Geomicrobiology; PERMISO_COLECTA; Occurrence; Specimen
Données externes
Les données de la ressource sont disponibles dans d'autres formats
Cepario virtual LMMA-UIS | http://cepariolmma.uis.edu.co UTF-8 Página web 1 |
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0047_cepariolmmauis_20210323 | https://ipt.biodiversidad.co/cr-sib/resource.do?r=0047_cepariolmmauis_20210323 UTF-8 DWC-A 1 |
Contacts
Personne ayant créé cette ressource:
Personne pouvant répondre aux questions sur la ressource:
Personne ayant renseigné les métadonnées:
Couverture géographique
Los aislados microbianos fueron obtenidos de distintas localidades de Colombia, donde se destacan reservorios de petróleo, minas de carbón, volcanes de lodo, cuerpos de agua, composta, fermentación del cacao, entre otros.
Enveloppe géographique | Sud Ouest [-3,864, -79,277], Nord Est [11,953, -66,094] |
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Couverture taxonomique
La colección abarca los reinos Bacteria (1227) y Fungi (63). Estos especímenes representan 9 filos microbianos diferentes [Actinomycetota(24), Ascomycota (20), Bacteroidetes (4), Bacillota (51), Basidiomycota (9), Firmicutes (195) y Proteobacteria (354), Pseudomonadota (58) y Thermodesulfobacteriota (7)] y se distribuyen en 94 géneros microbianos. Estos son: Achromobacter (2), Acinetobacter (12), Actinomyces (1), Agrobacterium (1), Alcaligenes (1), Bacillus (174), Beauveria (1), Beijerinckia (5), Bosea (1), Brevibacterium (1), Burkholderia (3), Buttiauxella (4), Byssomerulius (1), Candida (7), Carnobacterium (2), Cedecea (2), Chromobacterium (4), Chryseobacterium (3), Citrobacter (13), Clostridium (9), Comamonas (2), Coniochaeta(1), Corynebacterium (1), Cupriavidus (3), Cutibacterium (10), Cytobacillus(1), Delftia (1), Derxia (1), Desulfotomaculum (3), Desulfovibrio (7), Dictyopanus (1), Edwardsiella (1), Enterobacter (16), Enterococcus (9), Escherichia (18), Ewingella (1), Exiguobacterium (2), Geobacillus (1), Goffeauzyma (1), Halomonas (10), Hannaella (1), Hanseniaspora (1), Hyphodontia (1), Klebsiella (28), Kluyvera (1), Kocuria (2), Lactococcus (5), Leclercia(1), Lelliottia (16), Leuconostoc (2), Listeria (1), Lysinibacillus (7), Marinobacter (11), Mesobacillus (1), Microbacterium (2), Micrococcus (3), Microvirgula (1), Mixta (2), Morganella (2), Naganishia (1),Obesumbacterium (13), Ochrobactrum (6), Paenibacillus (1), Pantoea (2), Paraclostridium (3), Pectobacterium (2), Penicillium (1), Pichia (1), Pleurotus (1), Proteus (2), Providencia (1), Pseudomonas (96), Psychrobacillus (2), Raoultella (3), Rhizobium (2), Rummeliibacillus (3), Saccharomyces (3), Salmonella (2), Serratia (69), Shigella (1), Sporolactobacillus (2), Staphylococcus (11), Stenotrophomonas (2), Streptococcus (1), Streptomyces(1), Thauera (3), Torulaspora (1), Trametes (1), Trichoderma (2), Viridibacillus (1), Wickerhamomyces (1), Yersinia (6), Zobellella (6), Zoogloea (1).
Phylum | Actinobacteria, Ascomycota, Bacteroidetes, Basidiomycota, Firmicutes, Proteobacteria |
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Couverture temporelle
Date de début / Date de fin | 2011-01-09 / 2023-02-15 |
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Données sur le projet
Proyecto 8864 (Investigación de la biodiversidad y los servicios ecosistémicos para la gestión integral del territorio. Descubriendo los ecosistemas estratégicos para el fortalecimiento de la gobernanza en el departamento de Santander). Proyecto 9423 (Modelo geológico del Campo Escuela Colorado). Proyecto 5187 (Estudio de las poblaciones microbianas asociadas con mantos de carbón de la formación Guaduas en Colombia). Proyecto 8162(Evaluación de la capacidad lítica de bacteriófagos relacionados con bacterias sulfato reductoras para el control de procesos de biocorrosión en sistemas industriales). Los proyectos desarrollados abordaron aspectos de la microbiología del subsuelo profundo. Fueron de interés el estudio de consorcios microbianos involucrados en la producción de metano, la biodegradación de hidrocarburos policíclicos aromáticos y la biocorrosión en diferentes ambientes (reservorios de petróleo, minas de carbón, volcanes de lodo).
Titre | Proyectos desarrollados en la Universidad Industrial de Santander |
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Financement | Financiación externa 8864: Gobernación de Santander. Financiación externa 9423: Vicerrectoría de Investigación y Extensión. Financiación interna 5187: Vicerrectoría de Investigación y Extensión. Financiación interna 8162: Vicerrectoría de Investigación y Extensión. |
Les personnes impliquées dans le projet:
Méthodes d'échantillonnage
El muestreo es realizado de forma aséptica, tomando una alícuota del hábitat a estudiar (tierra, lodo, agua, biofilm, lodo), junto con sus variables fisicoquímicas (pH, temperatura, entre otras).
Etendue de l'étude | El área de muestreo es variable e incluye reservorios de petróleo, minas de carbón, volcanes de lodo y cuerpos de agua continentales, presentes en varias localidades de Colombia. |
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Contrôle qualité | El procesamiento de la muestras se debe realizar antes de las 72 horas, manteniendo la muestra en refrigeración. Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos geográficos: stateProvince y county. |
Description des étapes de la méthode:
- Toma de muestras asépticamente, empleando material estéril para la toma de muestra, variando entre los instrumentos.
- Enriquecimiento de la muestra empleando distintos tipos de cultivo enriquecido en los que se incluyen: medio mínimo de sales, medio mínimo de sales con distintos suplementos (extracto de levadura, glucosa, glicerol, acetato, etanol), medio reforzado para clostridiales, BG11, caldo nutritivo, terrific, DSMZ, entre otros. El crecimiento en medio enriquecido se realiza por un periodo máximo de un mes, a la temperatura del sitio de aislamiento o a 37 °C.
- Aislamiento de microorganismos empleando diluciones seriadas y siembra por extensión empleando asas de Drigalsky sobre medio sólido, de la misma composición del medio enriquecido, con el fin de obtener colonias aisladas con diferentes características tíntoriales y culturales.
- Conservación a través de criopreservación empleando zeolita y glicerol al 30 % para bacterias y levaduras. Para los hongos filamentosos se realiza crecimiento sobre papel filtro hasta su esporulación, posterior a ello se deseca el papel filtro con el hongo y se criopreserva.
- Identificación de los aislados secuenciando el gen 16S rRNA para las bacterias y el 18S rRNA para los hongos filamentosos y levaduriformes.
Données de collection
Nom de la collection | Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS |
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Identifiant de collection | Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 241 |
Identifiant de la collection parente | Cepario-LMMA-UIS |
Nom de la collection | Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS |
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Identifiant de collection | https://www.gbif.org/grscicoll/collection/64bce5dd-1c5a-4c08-a8c2-5147452e206e |
Identifiant de la collection parente | Cepario-LMMA-UIS |
Méthode de conservation des spécimens | Deep frozen, Dried |
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Unités de conservation | Entre (nombre minimal) 1 et (nombre maximal) 3 Crioviales , Entre (nombre minimal) 1 et (nombre maximal) 3 Papel filtro |
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Métadonnées additionnelles
Objet | Soportar la actividad académica en el área de Microbiología y potenciar la investigación de los programas de pregrado y posgrado de la Escuela de Biología en el área de Microbiología con énfasis en Taxonomía Microbiana, Geo-Microbiología, Microbiología Ambiental, Industrial y Biomédicas. |
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Identifiants alternatifs | 10.15472/uq6pal |
95f8be9e-48a3-490b-8bd8-b03cc775b14e | |
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=uis_cepario_lmma |