Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS (LMMA)

Latest version published by Universidad Industrial de Santander on Feb 6, 2020 Universidad Industrial de Santander

La colección microbiana o cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental (LMMA) de la Escuela de Biología de la Universidad Industrial de Santander (UIS), tiene su origen la actividad de recolección de muestras de diversos ambientes con fines académicos y de investigación, así como donaciones y compra de cepas de referencia, del Grupo de Investigación de Microbiología y Genética (GIMG).

En total, 695 especímenes (56.5%) cuentan con algún grado de identificación taxonómica. De estos, solo 202 especímenes (~30%), han sido identificados al nivel de especie.

Data Records

The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 1,230 records. 2 extension data tables also exist. An extension record supplies extra information about a core record. The number of records in each extension data table is illustrated below.

  • Occurrence (core)
    1230
  • MeasurementOrFact 
    4920
  • Preservation 
    1230

This IPT archives the data and thus serves as the data repository. The data and resource metadata are available for download in the downloads section. The versions table lists other versions of the resource that have been made publicly available and allows tracking changes made to the resource over time.

Downloads

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Versions

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How to cite

Researchers should cite this work as follows:

Fuentes J, Suescún J (2020): Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS (LMMA). v2.3. Universidad Industrial de Santander. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/uq6pal

Rights

Researchers should respect the following rights statement:

The publisher and rights holder of this work is Universidad Industrial de Santander. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

GBIF Registration

This resource has been registered with GBIF, and assigned the following GBIF UUID: 95f8be9e-48a3-490b-8bd8-b03cc775b14e.  Universidad Industrial de Santander publishes this resource, and is itself registered in GBIF as a data publisher endorsed by Colombian Biodiversity Information System.

Keywords

Microorganisms; Taxonomy; Geomicrobiology; Occurrence; Specimen

Contacts

Who created the resource:

Jorge Fuentes
Director y Curador
Universidad Industrial de Santander
Jhon Suescún
Auxiliar de curación
Universidad Industrial de Santander

Who can answer questions about the resource:

Jorge Fuentes
Director y Curador
Universidad Industrial de Santander
Jhon Suescún
Auxiliar de curación
Universidad Industrial de Santander

Who filled in the metadata:

Jorge Fuentes
Director y Curador
Universidad Industrial de Santader
Jhon Suescún
Auxiliar de curación
Universidad Industrial de Santader

Who else was associated with the resource:

Principal Investigator
Jorge Fuentes
Director y Curador
Universidad Industrial de Santander
Content Provider
Jhon Suescún
Auxiliar de curación
Universidad Industrial de Santander

Geographic Coverage

Los aislados microbianos fueron obtenidos de distintas localidades de Colombia, donde se destacan reservorios de petróleo, minas de carbón, volcanes de lodo y cuerpos de agua.

Bounding Coordinates South West [-3.864, -79.277], North East [11.953, -66.094]

Taxonomic Coverage

En total, el 56.3 % de los especímenes de la colección se encuentran identificados a nivel de género y el 16.4 % a nivel de especie.

Phylum  Actinobacteria,  Firmicutes,  Proteobacteria,  Ascomycota,  Basidiomycota,  Bacteroidetes

Temporal Coverage

Start Date / End Date 2015-01-01 / 2020-01-01

Project Data

Proyecto 8864 (Investigación de la biodiversidad y los servicios ecosistémicos para la gestión integral del territorio. Descubriendo los ecosistemas estratégicos para el fortalecimiento de la gobernanza en el departamento de Santander) Proyecto 9423 (Modelo geológico del Campo Escuela Colorado) Proyecto 5187 (Estudio de las poblaciones microbianas asociadas con mantos de carbón de la formación Guaduas en Colombia) Proyecto 8162(Evaluación de la capacidad lítica de bacteriófagos relacionados con bacterias sulfato reductoras para el control de procesos de biocorrosión en sistemas industriales) Los proyectos desarrollados abordaron aspectos de la microbiología del subsuelo profundo. Fueron de interés el estudio de consorcios microbianos involucrados en la producción de metano, la biodegradación de hidrocarburos policíclicos aromáticos y la biocorrosión en diferentes ambientes (reservorios de petróleo, minas de carbón, volcanes de lodo).

Title Proyectos desarrollados en la Universidad Industrial de Santander
Identifier 8864, 9423, 5187, 8162
Funding Financiación externa 8864: Gobernación de Santander Financiación externa 9423: Vicerrectoría de Investigación y Extensión Financiación interna 5187: Vicerrectoría de Investigación y Extensión Financiación interna 8162: Vicerrectoría de Investigación y Extensión

The personnel involved in the project:

Jorge Fuentes

Sampling Methods

El muestreo es realizado de forma aséptica, tomando una alícuota del hábitat a estudiar (tierra, lodo, agua, biofilm, lodo), junto con sus variables fisicoquímicas (pH, temperatura, entre otras).

Study Extent El área de muestreo es variable e incluye reservorios de petróleo, minas de carbón y volcanes de lodo presentes en varias localidades de Colombia.
Quality Control El procesamiento de la muestras se debe realizar antes de las 72 horas, manteniendo la muestra en refrigeración.

Method step description:

  1. Toma de muestras asépticamente, empleando material estéril para la toma de muestra, variando entre los instrumentos
  2. Enriquecimiento de la muestra empleando distintos tipos de cultivo enriquecido en los que se incluyen: medio mínimo de sales, medio mínimo de sales con distintos suplementos (extracto de levadura, glucosa, glicerol, acetato, etanol), medio reforzado para clostridiales, BG11, caldo nutritivo, terrific, DSMZ, entre otros. El crecimiento en medio enriquecido se realiza por un periodo máximo de un mes, a la temperatura del sitio de aislamiento o a 37 °C.
  3. Aislamiento de microorganismos empleando diluciones seriadas y siembra por extensión empleando asas de Drigalsky sobre medio sólido, de la misma composición del medio enriquecido, con el fin de obtener colonias aisladas con diferentes características tíntoriales y culturales.
  4. Conservación a través de criopreservación empleando zeolita y glicerol al 30 % para bacterias y levaduras. Para los hongos filamentosos se realiza crecimiento sobre papel filtro hasta su esporulación, posterior a ello se deseca el papel filtro con el hongo y se criopreserva.
  5. Identificación de los aislados secuenciando el gen 16S rRNA para las bacterias y el 18S rRNA para los hongos filamentosos y levaduriformes.

Collection Data

Collection Name Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS
Collection Identifier Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 241
Parent Collection Identifier UIS
Specimen preservation methods Deep frozen,  Dried
Curatorial Units Between 1 and 3 Crioviales ,  Between 1 and 3 Papel filtro

Additional Metadata

Purpose Soportar la actividad académica en el área de Microbiología y potenciar la investigación de los programas de pregrado y posgrado de la Escuela de Biología en el área de Microbiología con énfasis en Taxonomía Microbiana, Geo-Microbiología, Microbiología Ambiental, Industrial y Biomédicas.
Alternative Identifiers 10.15472/uq6pal
95f8be9e-48a3-490b-8bd8-b03cc775b14e
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=uis_cepario_lmma