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Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS

Última versión Publicado por Universidad Industrial de Santander en 25 de octubre de 2023 Universidad Industrial de Santander
El cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la Escuela de Biología de la Universidad Industrial de Santander (Cepario LMMA–UIS) es una colección microbiana que cuenta con un total de 1290 especímenes que abarcan los reinos Bacteria (1227) y Fungi (63), colectados entre 2011 y 2023. Estos fueron crio-preservados (-80 ºC) en glicerol. La mayoría de estos especímenes (97,6%), son productos de la actividad de investigación del Grupo de Investigación en Microbiología y Genética (COL0083849). Una fracción minoritarias (2.4%), son depósitos de otros grupos de investigación o cepas de referencias adquiridas. A la fecha 722 especímenes (56%) cuentan con algún grado de identificación taxonómica. La colección está representada por 9 filos, 13 clases, 29 órdenes, 56 familias... Más

Descripción

El cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la Escuela de Biología de la Universidad Industrial de Santander (Cepario LMMA–UIS) es una colección microbiana que cuenta con un total de 1290 especímenes que abarcan los reinos Bacteria (1227) y Fungi (63), colectados entre 2011 y 2023. Estos fueron crio-preservados (-80 ºC) en glicerol. La mayoría de estos especímenes (97,6%), son productos de la actividad de investigación del Grupo de Investigación en Microbiología y Genética (COL0083849). Una fracción minoritarias (2.4%), son depósitos de otros grupos de investigación o cepas de referencias adquiridas. A la fecha 722 especímenes (56%) cuentan con algún grado de identificación taxonómica. La colección está representada por 9 filos, 13 clases, 29 órdenes, 56 familias, 94 géneros y 138 especies microbianas.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 1.290 registros.

también existen 4 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

  • Occurrence (core)
    1290
  • Preservation 
    2580
  • ExtendedMeasurementOrFact 
    2580
  • MaterialSample 
    1290
  • Permit 
    1290

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Descargas

Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:

Datos como un archivo DwC-A descargar 1.290 registros en Español (101 kB) - Frecuencia de actualización: cuando sea necesario
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Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Fuentes Lorenzo J L (2023): Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS. v2.9. Universidad Industrial de Santander. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/uq6pal

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Universidad Industrial de Santander. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 95f8be9e-48a3-490b-8bd8-b03cc775b14e.  Universidad Industrial de Santander publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Colombian Biodiversity Information System.

Palabras clave

Microorganisms; Taxonomy; Geomicrobiology; PERMISO_COLECTA; Occurrence; Specimen

Datos externos

Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos

Cepario virtual LMMA-UIS http://cepariolmma.uis.edu.co UTF-8 Página web 1
0047_cepariolmmauis_20210323 https://ipt.biodiversidad.co/cr-sib/resource.do?r=0047_cepariolmmauis_20210323 UTF-8 DWC-A 1

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Jorge Luis Fuentes Lorenzo
Director y Curador
Universidad Industrial de Santander
Calle 9na y Cra 27
680002 Bucaramanga
Santander
CO
+573042412338

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Jorge Luis Fuentes Lorenzo
Director y Curador
Universidad Industrial de Santander
Cra 27 y calle 9na
680002 Bucaramanga
Santander
CO
+573042412338

¿Quién documentó los metadatos?:

Jorge Luis Fuentes Lorenzo
Director y Curador
Universidad Industrial de Santander
Cra 27 calle 9
680002 Bucaramanga
Santander
CO

Cobertura geográfica

Los aislados microbianos fueron obtenidos de distintas localidades de Colombia, donde se destacan reservorios de petróleo, minas de carbón, volcanes de lodo, cuerpos de agua, composta, fermentación del cacao, entre otros.

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-3,864, -79,277], Latitud Máxima Longitud Máxima [11,953, -66,094]

Cobertura taxonómica

La colección abarca los reinos Bacteria (1227) y Fungi (63). Estos especímenes representan 9 filos microbianos diferentes [Actinomycetota(24), Ascomycota (20), Bacteroidetes (4), Bacillota (51), Basidiomycota (9), Firmicutes (195) y Proteobacteria (354), Pseudomonadota (58) y Thermodesulfobacteriota (7)] y se distribuyen en 94 géneros microbianos. Estos son: Achromobacter (2), Acinetobacter (12), Actinomyces (1), Agrobacterium (1), Alcaligenes (1), Bacillus (174), Beauveria (1), Beijerinckia (5), Bosea (1), Brevibacterium (1), Burkholderia (3), Buttiauxella (4), Byssomerulius (1), Candida (7), Carnobacterium (2), Cedecea (2), Chromobacterium (4), Chryseobacterium (3), Citrobacter (13), Clostridium (9), Comamonas (2), Coniochaeta(1), Corynebacterium (1), Cupriavidus (3), Cutibacterium (10), Cytobacillus(1), Delftia (1), Derxia (1), Desulfotomaculum (3), Desulfovibrio (7), Dictyopanus (1), Edwardsiella (1), Enterobacter (16), Enterococcus (9), Escherichia (18), Ewingella (1), Exiguobacterium (2), Geobacillus (1), Goffeauzyma (1), Halomonas (10), Hannaella (1), Hanseniaspora (1), Hyphodontia (1), Klebsiella (28), Kluyvera (1), Kocuria (2), Lactococcus (5), Leclercia(1), Lelliottia (16), Leuconostoc (2), Listeria (1), Lysinibacillus (7), Marinobacter (11), Mesobacillus (1), Microbacterium (2), Micrococcus (3), Microvirgula (1), Mixta (2), Morganella (2), Naganishia (1),Obesumbacterium (13), Ochrobactrum (6), Paenibacillus (1), Pantoea (2), Paraclostridium (3), Pectobacterium (2), Penicillium (1), Pichia (1), Pleurotus (1), Proteus (2), Providencia (1), Pseudomonas (96), Psychrobacillus (2), Raoultella (3), Rhizobium (2), Rummeliibacillus (3), Saccharomyces (3), Salmonella (2), Serratia (69), Shigella (1), Sporolactobacillus (2), Staphylococcus (11), Stenotrophomonas (2), Streptococcus (1), Streptomyces(1), Thauera (3), Torulaspora (1), Trametes (1), Trichoderma (2), Viridibacillus (1), Wickerhamomyces (1), Yersinia (6), Zobellella (6), Zoogloea (1).

Filo  Actinobacteria,  Ascomycota,  Bacteroidetes,  Basidiomycota,  Firmicutes,  Proteobacteria

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2011-01-09 / 2023-02-15

Datos del proyecto

Proyecto 8864 (Investigación de la biodiversidad y los servicios ecosistémicos para la gestión integral del territorio. Descubriendo los ecosistemas estratégicos para el fortalecimiento de la gobernanza en el departamento de Santander). Proyecto 9423 (Modelo geológico del Campo Escuela Colorado). Proyecto 5187 (Estudio de las poblaciones microbianas asociadas con mantos de carbón de la formación Guaduas en Colombia). Proyecto 8162(Evaluación de la capacidad lítica de bacteriófagos relacionados con bacterias sulfato reductoras para el control de procesos de biocorrosión en sistemas industriales). Los proyectos desarrollados abordaron aspectos de la microbiología del subsuelo profundo. Fueron de interés el estudio de consorcios microbianos involucrados en la producción de metano, la biodegradación de hidrocarburos policíclicos aromáticos y la biocorrosión en diferentes ambientes (reservorios de petróleo, minas de carbón, volcanes de lodo).

Título Proyectos desarrollados en la Universidad Industrial de Santander
Fuentes de Financiación Financiación externa 8864: Gobernación de Santander. Financiación externa 9423: Vicerrectoría de Investigación y Extensión. Financiación interna 5187: Vicerrectoría de Investigación y Extensión. Financiación interna 8162: Vicerrectoría de Investigación y Extensión.

Personas asociadas al proyecto:

Investigador Principal
Jorge Luis Fuentes Lorenzo

Métodos de muestreo

El muestreo es realizado de forma aséptica, tomando una alícuota del hábitat a estudiar (tierra, lodo, agua, biofilm, lodo), junto con sus variables fisicoquímicas (pH, temperatura, entre otras).

Área de Estudio El área de muestreo es variable e incluye reservorios de petróleo, minas de carbón, volcanes de lodo y cuerpos de agua continentales, presentes en varias localidades de Colombia.
Control de Calidad El procesamiento de la muestras se debe realizar antes de las 72 horas, manteniendo la muestra en refrigeración. Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos geográficos: stateProvince y county.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Toma de muestras asépticamente, empleando material estéril para la toma de muestra, variando entre los instrumentos.
  2. Enriquecimiento de la muestra empleando distintos tipos de cultivo enriquecido en los que se incluyen: medio mínimo de sales, medio mínimo de sales con distintos suplementos (extracto de levadura, glucosa, glicerol, acetato, etanol), medio reforzado para clostridiales, BG11, caldo nutritivo, terrific, DSMZ, entre otros. El crecimiento en medio enriquecido se realiza por un periodo máximo de un mes, a la temperatura del sitio de aislamiento o a 37 °C.
  3. Aislamiento de microorganismos empleando diluciones seriadas y siembra por extensión empleando asas de Drigalsky sobre medio sólido, de la misma composición del medio enriquecido, con el fin de obtener colonias aisladas con diferentes características tíntoriales y culturales.
  4. Conservación a través de criopreservación empleando zeolita y glicerol al 30 % para bacterias y levaduras. Para los hongos filamentosos se realiza crecimiento sobre papel filtro hasta su esporulación, posterior a ello se deseca el papel filtro con el hongo y se criopreserva.
  5. Identificación de los aislados secuenciando el gen 16S rRNA para las bacterias y el 18S rRNA para los hongos filamentosos y levaduriformes.

Datos de la colección

Nombre de la Colección Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS
Identificador de la Colección Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 241
Identificador de la Colección Parental Cepario-LMMA-UIS
Nombre de la Colección Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS
Identificador de la Colección https://www.gbif.org/grscicoll/collection/64bce5dd-1c5a-4c08-a8c2-5147452e206e
Identificador de la Colección Parental Cepario-LMMA-UIS
Métodos de preservación de los ejemplares Congelado,  Secado
Unidades curatoriales Entre 1 y 3 Crioviales ,  Entre 1 y 3 Papel filtro

Metadatos adicionales

Propósito Soportar la actividad académica en el área de Microbiología y potenciar la investigación de los programas de pregrado y posgrado de la Escuela de Biología en el área de Microbiología con énfasis en Taxonomía Microbiana, Geo-Microbiología, Microbiología Ambiental, Industrial y Biomédicas.
Identificadores alternativos 10.15472/uq6pal
95f8be9e-48a3-490b-8bd8-b03cc775b14e
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=uis_cepario_lmma