Descripción
El cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la Escuela de Biología de la Universidad Industrial de Santander (Cepario LMMA–UIS) es una colección microbiana que cuenta con un total de 1290 especímenes que abarcan los reinos Bacteria (1227) y Fungi (63), colectados entre 2011 y 2023. Estos fueron crio-preservados (-80 ºC) en glicerol. La mayoría de estos especímenes (97,6%), son productos de la actividad de investigación del Grupo de Investigación en Microbiología y Genética (COL0083849). Una fracción minoritarias (2.4%), son depósitos de otros grupos de investigación o cepas de referencias adquiridas. A la fecha 722 especímenes (56%) cuentan con algún grado de identificación taxonómica. La colección está representada por 9 filos, 13 clases, 29 órdenes, 56 familias, 94 géneros y 138 especies microbianas.
Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 1.290 registros.
también existen 4 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.
- Occurrence (core)
- Preservation
- ExtendedMeasurementOrFact
- MaterialSample
- Permit
Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.
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Versiones
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Fuentes Lorenzo J L (2023): Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS. v2.9. Universidad Industrial de Santander. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/uq6pal
Derechos
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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Universidad Industrial de Santander. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
Registro GBIF
Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 95f8be9e-48a3-490b-8bd8-b03cc775b14e. Universidad Industrial de Santander publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Colombian Biodiversity Information System.
Palabras clave
Microorganisms; Taxonomy; Geomicrobiology; PERMISO_COLECTA; Occurrence; Specimen
Datos externos
Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos
Cepario virtual LMMA-UIS | http://cepariolmma.uis.edu.co UTF-8 Página web 1 |
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0047_cepariolmmauis_20210323 | https://ipt.biodiversidad.co/cr-sib/resource.do?r=0047_cepariolmmauis_20210323 UTF-8 DWC-A 1 |
Contactos
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Cobertura geográfica
Los aislados microbianos fueron obtenidos de distintas localidades de Colombia, donde se destacan reservorios de petróleo, minas de carbón, volcanes de lodo, cuerpos de agua, composta, fermentación del cacao, entre otros.
Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [-3,864, -79,277], Latitud Máxima Longitud Máxima [11,953, -66,094] |
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Cobertura taxonómica
La colección abarca los reinos Bacteria (1227) y Fungi (63). Estos especímenes representan 9 filos microbianos diferentes [Actinomycetota(24), Ascomycota (20), Bacteroidetes (4), Bacillota (51), Basidiomycota (9), Firmicutes (195) y Proteobacteria (354), Pseudomonadota (58) y Thermodesulfobacteriota (7)] y se distribuyen en 94 géneros microbianos. Estos son: Achromobacter (2), Acinetobacter (12), Actinomyces (1), Agrobacterium (1), Alcaligenes (1), Bacillus (174), Beauveria (1), Beijerinckia (5), Bosea (1), Brevibacterium (1), Burkholderia (3), Buttiauxella (4), Byssomerulius (1), Candida (7), Carnobacterium (2), Cedecea (2), Chromobacterium (4), Chryseobacterium (3), Citrobacter (13), Clostridium (9), Comamonas (2), Coniochaeta(1), Corynebacterium (1), Cupriavidus (3), Cutibacterium (10), Cytobacillus(1), Delftia (1), Derxia (1), Desulfotomaculum (3), Desulfovibrio (7), Dictyopanus (1), Edwardsiella (1), Enterobacter (16), Enterococcus (9), Escherichia (18), Ewingella (1), Exiguobacterium (2), Geobacillus (1), Goffeauzyma (1), Halomonas (10), Hannaella (1), Hanseniaspora (1), Hyphodontia (1), Klebsiella (28), Kluyvera (1), Kocuria (2), Lactococcus (5), Leclercia(1), Lelliottia (16), Leuconostoc (2), Listeria (1), Lysinibacillus (7), Marinobacter (11), Mesobacillus (1), Microbacterium (2), Micrococcus (3), Microvirgula (1), Mixta (2), Morganella (2), Naganishia (1),Obesumbacterium (13), Ochrobactrum (6), Paenibacillus (1), Pantoea (2), Paraclostridium (3), Pectobacterium (2), Penicillium (1), Pichia (1), Pleurotus (1), Proteus (2), Providencia (1), Pseudomonas (96), Psychrobacillus (2), Raoultella (3), Rhizobium (2), Rummeliibacillus (3), Saccharomyces (3), Salmonella (2), Serratia (69), Shigella (1), Sporolactobacillus (2), Staphylococcus (11), Stenotrophomonas (2), Streptococcus (1), Streptomyces(1), Thauera (3), Torulaspora (1), Trametes (1), Trichoderma (2), Viridibacillus (1), Wickerhamomyces (1), Yersinia (6), Zobellella (6), Zoogloea (1).
Filo | Actinobacteria, Ascomycota, Bacteroidetes, Basidiomycota, Firmicutes, Proteobacteria |
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Cobertura temporal
Fecha Inicial / Fecha Final | 2011-01-09 / 2023-02-15 |
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Datos del proyecto
Proyecto 8864 (Investigación de la biodiversidad y los servicios ecosistémicos para la gestión integral del territorio. Descubriendo los ecosistemas estratégicos para el fortalecimiento de la gobernanza en el departamento de Santander). Proyecto 9423 (Modelo geológico del Campo Escuela Colorado). Proyecto 5187 (Estudio de las poblaciones microbianas asociadas con mantos de carbón de la formación Guaduas en Colombia). Proyecto 8162(Evaluación de la capacidad lítica de bacteriófagos relacionados con bacterias sulfato reductoras para el control de procesos de biocorrosión en sistemas industriales). Los proyectos desarrollados abordaron aspectos de la microbiología del subsuelo profundo. Fueron de interés el estudio de consorcios microbianos involucrados en la producción de metano, la biodegradación de hidrocarburos policíclicos aromáticos y la biocorrosión en diferentes ambientes (reservorios de petróleo, minas de carbón, volcanes de lodo).
Título | Proyectos desarrollados en la Universidad Industrial de Santander |
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Fuentes de Financiación | Financiación externa 8864: Gobernación de Santander. Financiación externa 9423: Vicerrectoría de Investigación y Extensión. Financiación interna 5187: Vicerrectoría de Investigación y Extensión. Financiación interna 8162: Vicerrectoría de Investigación y Extensión. |
Personas asociadas al proyecto:
Métodos de muestreo
El muestreo es realizado de forma aséptica, tomando una alícuota del hábitat a estudiar (tierra, lodo, agua, biofilm, lodo), junto con sus variables fisicoquímicas (pH, temperatura, entre otras).
Área de Estudio | El área de muestreo es variable e incluye reservorios de petróleo, minas de carbón, volcanes de lodo y cuerpos de agua continentales, presentes en varias localidades de Colombia. |
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Control de Calidad | El procesamiento de la muestras se debe realizar antes de las 72 horas, manteniendo la muestra en refrigeración. Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos geográficos: stateProvince y county. |
Descripción de la metodología paso a paso:
- Toma de muestras asépticamente, empleando material estéril para la toma de muestra, variando entre los instrumentos.
- Enriquecimiento de la muestra empleando distintos tipos de cultivo enriquecido en los que se incluyen: medio mínimo de sales, medio mínimo de sales con distintos suplementos (extracto de levadura, glucosa, glicerol, acetato, etanol), medio reforzado para clostridiales, BG11, caldo nutritivo, terrific, DSMZ, entre otros. El crecimiento en medio enriquecido se realiza por un periodo máximo de un mes, a la temperatura del sitio de aislamiento o a 37 °C.
- Aislamiento de microorganismos empleando diluciones seriadas y siembra por extensión empleando asas de Drigalsky sobre medio sólido, de la misma composición del medio enriquecido, con el fin de obtener colonias aisladas con diferentes características tíntoriales y culturales.
- Conservación a través de criopreservación empleando zeolita y glicerol al 30 % para bacterias y levaduras. Para los hongos filamentosos se realiza crecimiento sobre papel filtro hasta su esporulación, posterior a ello se deseca el papel filtro con el hongo y se criopreserva.
- Identificación de los aislados secuenciando el gen 16S rRNA para las bacterias y el 18S rRNA para los hongos filamentosos y levaduriformes.
Datos de la colección
Nombre de la Colección | Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS |
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Identificador de la Colección | Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 241 |
Identificador de la Colección Parental | Cepario-LMMA-UIS |
Nombre de la Colección | Cepario del Laboratorio de Microbiología y Mutagénesis Ambiental de la UIS |
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Identificador de la Colección | https://www.gbif.org/grscicoll/collection/64bce5dd-1c5a-4c08-a8c2-5147452e206e |
Identificador de la Colección Parental | Cepario-LMMA-UIS |
Métodos de preservación de los ejemplares | Congelado, Secado |
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Unidades curatoriales | Entre 1 y 3 Crioviales , Entre 1 y 3 Papel filtro |
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Metadatos adicionales
Propósito | Soportar la actividad académica en el área de Microbiología y potenciar la investigación de los programas de pregrado y posgrado de la Escuela de Biología en el área de Microbiología con énfasis en Taxonomía Microbiana, Geo-Microbiología, Microbiología Ambiental, Industrial y Biomédicas. |
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Identificadores alternativos | 10.15472/uq6pal |
95f8be9e-48a3-490b-8bd8-b03cc775b14e | |
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=uis_cepario_lmma |