Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Latest version published by Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt on Feb 9, 2017 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Este recurso contiene la información asociada a 291 secuencias código de barras (gen COI, región barcode), para aves que se encuentran principalmente en la colección de ornitología del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y cuyos tejidos (musculo, hígado etc.) se encuentran en la colección de tejidos del mismo instituto. La extracción y amplificación del ADN fue realizada en el laboratorio de biología molecular del Instituto Humboldt usando cebadores estándar y la secuenciación se realizó en la Universidad de los Andes y en la empresa Macrogen (Corea). Todos los especímenes fueron fotografiados y las fotos se encuentran en la base de datos de boldsystems.org.

Data Records

The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 291 records. 1 extension data tables also exist. An extension record supplies extra information about a core record. The number of records in each extension data table is illustrated below.

  • Occurrence (core)
    291
  • ResourceRelationship 
    582

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How to cite

Researchers should cite this work as follows:

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Proveedor de metadatos). Versión 1.0. http://doi.org/10.15472/blkufs

Rights

Researchers should respect the following rights statement:

The publisher and rights holder of this work is Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

GBIF Registration

This resource has been registered with GBIF, and assigned the following GBIF UUID: a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d.  Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt publishes this resource, and is itself registered in GBIF as a data publisher endorsed by Colombian Biodiversity Information System.

Keywords

código de barras; ADN; secuencia; COI; aves; colección biológica; bold; Other; Specimen

External data

The resource data is also available in other formats

Aves iBoldhttp://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB NA NA
Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldthttp://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi UTF-8 txt

Contacts

Who created the resource:

Mailyn González
Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://www.humboldt.org.co

Who can answer questions about the resource:

Mailyn González
Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
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Who filled in the metadata:

Andrea Paz
Investigador Asistente
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://www.humboldt.org.co

Who else was associated with the resource:

Custodian Steward
Infraestructura Institucional de Datos
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://humboldt.org.co
Content Provider
Ángela María Mendoza Henao
Investigadora Asistente I
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Km17 Recta Cali-Palmita- CIAT Palmira Valle del Cauca CO (57-2)4450174
http://humboldt.org.co

Geographic Coverage

Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.

Bounding Coordinates South West [-4.27, -79.17], North East [12.59, -66.9]

Taxonomic Coverage

Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).

Order  Apodiformes,  Psittaciformes,  Strigiformes,  Falconiformes,  Passeriformes,  Anseriformes,  Ciconiiformes,  Piciformes

Temporal Coverage

Start Date / End Date 2013-07-16 / 2014-10-07

Project Data

No Description available

Title Códigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Funding IDRC Small Grants
Study Area Description Territorio nacional de Colombia.
Design Description El proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

The personnel involved in the project:

Publisher
Andrea Paz

Sampling Methods

Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.

Study Extent Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Quality Control Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta

Method step description:

  1. Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
  2. Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
  3. Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
  4. Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
  5. En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.

Collection Data

Collection Name Colección de Ornitología, Colección de tejidos Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Collection Identifier IAvH-BT, IAvH-A
Parent Collection Identifier IAvH
Specimen preservation methods Other

Bibliographic Citations

  1. Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
  2. Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese

Additional Metadata

Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fas

Purpose Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Alternative Identifiers doi:10.15472/blkufs
a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d
http://ipt.biodiversidad.co/iavh/resource?r=colombia_aves_2014_adn_coi