Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Última versión Publicado por Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt en Feb 9, 2017 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Este recurso contiene la información asociada a 291 secuencias código de barras (gen COI, región barcode), para aves que se encuentran principalmente en la colección de ornitología del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y cuyos tejidos (musculo, hígado etc.) se encuentran en la colección de tejidos del mismo instituto. La extracción y amplificación del ADN fue realizada en el laboratorio de biología molecular del Instituto Humboldt usando cebadores estándar y la secuenciación se realizó en la Universidad de los Andes y en la empresa Macrogen (Corea). Todos los especímenes fueron fotografiados y las fotos se encuentran en la base de datos de boldsystems.org.

Registros

Los datos en este registros biológicos recurso han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 291 registros. también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

  • Occurrence (core)
    291
  • ResourceRelationship 
    582

Este IPT archiva los datos, sirviendo así como repositorio de datos. Los datos y metadatos están disponibles para descargar en la sección de descargas. La tabla de versiones muestra otras versiones del recurso que se han hecho accesibles al público y permite el seguimiento de los cambios hechos al recurso en el tiempo.

Descargas

Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:

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Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Proveedor de metadatos). Versión 1.0. http://doi.org/10.15472/blkufs

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d.  Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Colombian Biodiversity Information System.

Palabras Clave

código de barras; ADN; secuencia; COI; aves; colección biológica; bold; Other; Specimen

Datos externos

Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos

Aves iBoldhttp://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB NA NA
Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldthttp://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi UTF-8 txt

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Mailyn González
Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://www.humboldt.org.co

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Mailyn González
Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://www.humboldt.org.co

¿Quién documentó los metadatos?:

Andrea Paz
Investigador Asistente
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://www.humboldt.org.co

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Custodio de los Datos
Infraestructura Institucional de Datos
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://humboldt.org.co
Proveedor de Contenido
Ángela María Mendoza Henao
Investigadora Asistente I
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Km17 Recta Cali-Palmita- CIAT Palmira Valle del Cauca CO (57-2)4450174
http://humboldt.org.co

Cobertura Geográfica

Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-4.27, -79.17], Latitud Máxima Longitud Máxima [12.59, -66.9]

Cobertura Taxonómica

Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).

Orden  Apodiformes,  Psittaciformes,  Strigiformes,  Falconiformes,  Passeriformes,  Anseriformes,  Ciconiiformes,  Piciformes

Cobertura Temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2013-07-16 / 2014-10-07

Datos del Proyecto

No hay descripción disponible

Título Códigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Fuentes de Financiación IDRC Small Grants
Descripción del Área de Estudio Territorio nacional de Colombia.
Descripción del Diseño El proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Personas asociadas al proyecto:

Publicador
Andrea Paz

Métodos de Muestreo

Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.

Área de Estudio Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Control de Calidad Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
  2. Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
  3. Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
  4. Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
  5. En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.

Datos de la Colección

Nombre de la Colección Colección de Ornitología, Colección de tejidos Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Identificador de la Colección IAvH-BT, IAvH-A
Identificador de la Colección Parental IAvH
Métodos de preservación de los ejemplares Otro

Referencias Bibliográficas

  1. Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
  2. Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese

Metadatos Adicionales

Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fas

Propósito Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Identificadores Alternativos doi:10.15472/blkufs
a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d
http://ipt.biodiversidad.co/iavh/resource?r=colombia_aves_2014_adn_coi