データ レコード
この オカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、291 レコードが含まれています。
拡張データ テーブルは1 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。 各拡張データ テーブル内のレコード数を以下に示します。
- Occurrence (コア)
- ResourceRelationship
この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。
ダウンロード
DwC-A形式のリソース データまたは EML / RTF 形式のリソース メタデータの最新バージョンをダウンロード：
バージョン
次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。
引用方法
研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Proveedor de metadatos). Versión 1.0. http://doi.org/10.15472/blkufs
権利
研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:
パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
GBIF登録
このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042dが割り当てられています。 Colombian Biodiversity Information System によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているInstituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt が、このリソースをパブリッシュしました。
キーワード
código de barras; ADN; secuencia; COI; aves; colección biológica; bold; Occurrence; Observation; Occurrence
外部データ
リソース データは他の形式で入手可能です。
| Aves iBold | http://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB NA NA |
|---|---|
| Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt | http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi UTF-8 txt |
連絡先
リソースを作成した人:
リソースに関する質問に答えることができる人:
メタデータを記載した人:
他に、リソースに関連付けられていた人:
地理的範囲
Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
| 座標（緯度経度） | 南 西 [-4.27, -79.17], 北 東 [12.59, -66.9] |
|---|
生物分類学的範囲
Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).
| Order | Apodiformes, Psittaciformes, Strigiformes, Falconiformes, Passeriformes, Anseriformes, Ciconiiformes, Piciformes |
|---|
時間的範囲
| 開始日 / 終了日 | 2013-07-16 / 2014-10-07 |
|---|
プロジェクトデータ
説明がありません
| タイトル | Códigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
|---|---|
| ファンデイング | IDRC Small Grants |
| Study Area Description | Territorio nacional de Colombia. |
| 研究の意図、目的、背景など（デザイン） | El proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
プロジェクトに携わる要員:
収集方法
Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.
| Study Extent | Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional. |
|---|---|
| Quality Control | Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos de registros: basisOfRecord, type y collectionID de acuerdo a la naturaleza de los datos; Elementos geográficos: stateProvince, county y municipality; |
Method step description:
- Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
- Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
- Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
- Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
- En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.
コレクションデータ
| コレクション名 | Colección de Aves del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
|---|---|
| コレクション識別子 | IAvH-A |
| Parent Collection Identifier | IAvH |
| コレクション名 | Colección de Tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
|---|---|
| コレクション識別子 | IAvH-CT |
| Parent Collection Identifier | IAvH |
| コレクション名 | Zoologia Universidad Nacional de Colombia |
|---|---|
| コレクション識別子 | ICN |
| コレクション名 | Museo de Historia Natural Universidad del Cauca |
|---|---|
| コレクション識別子 | MHN-UC |
| コレクション名 | Colección de Ciencias Naturales - Museo Universitario Universidad de Antioquia |
|---|---|
| コレクション識別子 | MUA |
| 標本保存方法 | Other |
|---|
書誌情報の引用
- Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
- Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese
追加のメタデータ
Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fas
| 目的 | Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
|---|---|
| 代替識別子 | doi:10.15472/blkufs |
| a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d | |
| https://ipt.biodiversidad.co/iavh/resource?r=colombia_aves_2014_adn_coi |