Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

最新バージョン Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt によって公開 Feb 9, 2017 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Este recurso contiene la información asociada a 291 secuencias código de barras (gen COI, región barcode), para aves que se encuentran principalmente en la colección de ornitología del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y cuyos tejidos (musculo, hígado etc.) se encuentran en la colección de tejidos del mismo instituto. La extracción y amplificación del ADN fue realizada en el laboratorio de biología molecular del Instituto Humboldt usando cebadores estándar y la secuenciación se realizó en la Universidad de los Andes y en la empresa Macrogen (Corea). Todos los especímenes fueron fotografiados y las fotos se encuentran en la base de datos de boldsystems.org.

データ レコード

この オカレンス(観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、291 レコードが含まれています。 拡張データ テーブルは1 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。 各拡張データ テーブル内のレコード数を以下に示します。

  • Occurrence (コア)
    291
  • ResourceRelationship 
    582

この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。

ダウンロード

DwC-A形式のリソース データまたは EML / RTF 形式のリソース メタデータの最新バージョンをダウンロード:

DwC ファイルとしてのデータ ダウンロード 291 レコード Spanish で (34 KB) - 更新頻度: unknown
EML ファイルとしてのメタデータ ダウンロード Spanish で (17 KB)
RTF ファイルとしてのメタデータ ダウンロード Spanish で (17 KB)

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Proveedor de metadatos). Versión 1.0. http://doi.org/10.15472/blkufs

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042dが割り当てられています。   Colombian Biodiversity Information System によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているInstituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

código de barras; ADN; secuencia; COI; aves; colección biológica; bold; Other; Specimen

外部データ

リソース データは他の形式で入手可能です。

Aves iBoldhttp://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB NA NA
Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldthttp://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi UTF-8 txt

連絡先

リソースを作成した人:

Mailyn González
Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://www.humboldt.org.co

リソースに関する質問に答えることができる人:

Mailyn González
Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://www.humboldt.org.co

メタデータを記載した人:

Andrea Paz
Investigador Asistente
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://www.humboldt.org.co

他に、リソースに関連付けられていた人:

CustodianSteward(保管者)
Infraestructura Institucional de Datos
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://humboldt.org.co
データ提供者
Ángela María Mendoza Henao
Investigadora Asistente I
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Km17 Recta Cali-Palmita- CIAT Palmira Valle del Cauca CO (57-2)4450174
http://humboldt.org.co

地理的範囲

Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.

座標(緯度経度) 南 西 [-4.27, -79.17], 北 東 [12.59, -66.9]

生物分類学的範囲

Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).

Order  Apodiformes,  Psittaciformes,  Strigiformes,  Falconiformes,  Passeriformes,  Anseriformes,  Ciconiiformes,  Piciformes

時間的範囲

開始日 / 終了日 2013-07-16 / 2014-10-07

プロジェクトデータ

説明がありません

タイトル Códigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
ファンデイング IDRC Small Grants
Study Area Description Territorio nacional de Colombia.
研究の意図、目的、背景など(デザイン) El proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

プロジェクトに携わる要員:

データ公開者
Andrea Paz

収集方法

Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.

Study Extent Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Quality Control Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta

Method step description:

  1. Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
  2. Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
  3. Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
  4. Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
  5. En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.

コレクションデータ

コレクション名 Colección de Ornitología, Colección de tejidos Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
コレクション識別子 IAvH-BT, IAvH-A
Parent Collection Identifier IAvH
標本保存方法 Other

追加のメタデータ

Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fas

目的 Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
代替識別子 doi:10.15472/blkufs
a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d
http://ipt.biodiversidad.co/iavh/resource?r=colombia_aves_2014_adn_coi