Enregistrements de données
Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 291 enregistrements.
1 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.
- Occurrence (noyau)
- ResourceRelationship
Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.
Téléchargements
Téléchargez la dernière version de la ressource en tant qu'Archive Darwin Core (DwC-A), ou les métadonnées de la ressource au format EML ou RTF :
Données sous forme de fichier DwC-A (zip) | télécharger 291 enregistrements dans Espagnol (36 kB) - Fréquence de mise à jour: inconnue |
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Métadonnées sous forme de fichier EML | télécharger dans Espagnol (19 kB) |
Métadonnées sous forme de fichier RTF | télécharger dans Espagnol (19 kB) |
Versions
Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.
Comment citer
Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Proveedor de metadatos). Versión 1.0. http://doi.org/10.15472/blkufs
Droits
Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:
L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
Enregistrement GBIF
Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Colombian Biodiversity Information System.
Mots-clé
código de barras; ADN; secuencia; COI; aves; colección biológica; bold; Occurrence; Observation; Occurrence
Données externes
Les données de la ressource sont disponibles dans d'autres formats
Aves iBold | http://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB NA NA |
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Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt | http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi UTF-8 txt |
Contacts
Personne ayant créé cette ressource:
Personne pouvant répondre aux questions sur la ressource:
Personne ayant renseigné les métadonnées:
Autres personnes associées à la ressource:
Couverture géographique
Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Enveloppe géographique | Sud Ouest [-4,27, -79,17], Nord Est [12,59, -66,9] |
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Couverture taxonomique
Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).
Order | Apodiformes, Psittaciformes, Strigiformes, Falconiformes, Passeriformes, Anseriformes, Ciconiiformes, Piciformes |
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Couverture temporelle
Date de début / Date de fin | 2013-07-16 / 2014-10-07 |
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Données sur le projet
Pas de description disponible
Titre | Códigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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Financement | IDRC Small Grants |
Description du domaine d'étude / de recherche | Territorio nacional de Colombia. |
Description du design | El proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
Les personnes impliquées dans le projet:
Méthodes d'échantillonnage
Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.
Etendue de l'étude | Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional. |
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Contrôle qualité | Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos de registros: basisOfRecord, type y collectionID de acuerdo a la naturaleza de los datos; Elementos geográficos: stateProvince, county y municipality; |
Description des étapes de la méthode:
- Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
- Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
- Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
- Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
- En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.
Données de collection
Nom de la collection | Colección de Aves del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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Identifiant de collection | IAvH-A |
Identifiant de la collection parente | IAvH |
Nom de la collection | Colección de Tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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Identifiant de collection | IAvH-CT |
Identifiant de la collection parente | IAvH |
Nom de la collection | Zoologia Universidad Nacional de Colombia |
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Identifiant de collection | ICN |
Nom de la collection | Museo de Historia Natural Universidad del Cauca |
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Identifiant de collection | MHN-UC |
Nom de la collection | Colección de Ciencias Naturales - Museo Universitario Universidad de Antioquia |
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Identifiant de collection | MUA |
Méthode de conservation des spécimens | Other |
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Citations bibliographiques
- Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
- Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese
Métadonnées additionnelles
Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fas
Objet | Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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Identifiants alternatifs | doi:10.15472/blkufs |
a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d | |
https://ipt.biodiversidad.co/iavh/resource?r=colombia_aves_2014_adn_coi |