OCCURRENCE

Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Dernière version Publié par Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt le 26 novembre 2021 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Este recurso contiene la información asociada a 291 secuencias código de barras (gen COI, región barcode), para aves que se encuentran principalmente en la colección de ornitología del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y cuyos tejidos (musculo, hígado etc.) se encuentran en la colección de tejidos del mismo instituto. La extracción y amplificación del ADN fue realizada en el laboratorio de biología molecular del Instituto Humboldt usando cebadores estándar y la secuenciación se realizó en la Universidad de los Andes y en la empresa Macrogen (Corea). Todos los especímenes fueron fotografiados y las fotos se encuentran en la base de datos de boldsystems.org.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 291 enregistrements.

1 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.

  • Occurrence (noyau)
    291
  • ResourceRelationship 
    582

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Téléchargements

Téléchargez la dernière version de la ressource en tant qu'Archive Darwin Core (DwC-A), ou les métadonnées de la ressource au format EML ou RTF :

Données sous forme de fichier DwC-A (zip) télécharger 291 enregistrements dans Espagnol (36 kB) - Fréquence de mise à jour: inconnue
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Métadonnées sous forme de fichier RTF télécharger dans Espagnol (19 kB)

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Proveedor de metadatos). Versión 1.0. http://doi.org/10.15472/blkufs

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d.  Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Colombian Biodiversity Information System.

Mots-clé

código de barras; ADN; secuencia; COI; aves; colección biológica; bold; Occurrence; Observation; Occurrence

Données externes

Les données de la ressource sont disponibles dans d'autres formats

Aves iBold http://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB NA NA
Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi UTF-8 txt

Contacts

Personne ayant créé cette ressource:

Mailyn González
Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
111311.0 Bogotá, D.C.
Bogotá, D.C.
CO
(571)3202767
http://www.humboldt.org.co

Personne pouvant répondre aux questions sur la ressource:

Mailyn González
Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
111311.0 Bogotá, D.C.
Bogotá, D.C.
CO
(571)3202767
http://www.humboldt.org.co

Personne ayant renseigné les métadonnées:

Andrea Paz
Investigador Asistente
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
111311.0 Bogotá, D.C.
Bogotá, D.C.
CO
(571)3202767
http://www.humboldt.org.co

Autres personnes associées à la ressource:

Curateur des Données
Infraestructura Institucional de Datos
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
Bogotá, D.C.
Bogotá, D.C.
CO
(571)3202767
http://humboldt.org.co
Fournisseur de Contenu
Ángela María Mendoza Henao
Investigadora Asistente I
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Km17 Recta Cali-Palmita- CIAT
Palmira
Valle del Cauca
CO
(57-2)4450174
http://humboldt.org.co

Couverture géographique

Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.

Enveloppe géographique Sud Ouest [-4,27, -79,17], Nord Est [12,59, -66,9]

Couverture taxonomique

Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).

Order  Apodiformes,  Psittaciformes,  Strigiformes,  Falconiformes,  Passeriformes,  Anseriformes,  Ciconiiformes,  Piciformes

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2013-07-16 / 2014-10-07

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre Códigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Financement IDRC Small Grants
Description du domaine d'étude / de recherche Territorio nacional de Colombia.
Description du design El proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Les personnes impliquées dans le projet:

Publicateur
Andrea Paz

Méthodes d'échantillonnage

Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.

Etendue de l'étude Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Contrôle qualité Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos de registros: basisOfRecord, type y collectionID de acuerdo a la naturaleza de los datos; Elementos geográficos: stateProvince, county y municipality;

Description des étapes de la méthode:

  1. Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
  2. Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
  3. Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
  4. Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
  5. En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.

Données de collection

Nom de la collection Colección de Aves del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Identifiant de collection IAvH-A
Identifiant de la collection parente IAvH
Nom de la collection Colección de Tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Identifiant de collection IAvH-CT
Identifiant de la collection parente IAvH
Nom de la collection Zoologia Universidad Nacional de Colombia
Identifiant de collection ICN
Nom de la collection Museo de Historia Natural Universidad del Cauca
Identifiant de collection MHN-UC
Nom de la collection Colección de Ciencias Naturales - Museo Universitario Universidad de Antioquia
Identifiant de collection MUA
Méthode de conservation des spécimens Other

Citations bibliographiques

  1. Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
  2. Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese

Métadonnées additionnelles

Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fas

Objet Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Identifiants alternatifs doi:10.15472/blkufs
a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d
https://ipt.biodiversidad.co/iavh/resource?r=colombia_aves_2014_adn_coi