Registros de Dados
Os dados deste recurso de ocorrência foram publicados como um Darwin Core Archive (DwC-A), que é o formato padronizado para compartilhamento de dados de biodiversidade como um conjunto de uma ou mais tabelas de dados. A tabela de dados do núcleo contém 291 registros.
Também existem 1 tabelas de dados de extensão. Um registro de extensão fornece informações adicionais sobre um registro do núcleo. O número de registros em cada tabela de dados de extensão é ilustrado abaixo.
- Occurrence (core)
- ResourceRelationship
This IPT archives the data and thus serves as the data repository. The data and resource metadata are available for download in the downloads section. The versions table lists other versions of the resource that have been made publicly available and allows tracking changes made to the resource over time.
Downloads
Baixe a última versão do recurso de dados, como um Darwin Core Archive (DwC-A) ou recurso de metadados, como EML ou RTF:
Versões
A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.
Como citar
Pesquisadores deveriam citar esta obra da seguinte maneira:
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Proveedor de metadatos). Versión 1.0. http://doi.org/10.15472/blkufs
Direitos
Pesquisadores devem respeitar a seguinte declaração de direitos:
O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
GBIF Registration
Este recurso foi registrado no GBIF e atribuído ao seguinte GBIF UUID: a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt publica este recurso, e está registrado no GBIF como um publicador de dados aprovado por Colombian Biodiversity Information System.
Palavras-chave
código de barras; ADN; secuencia; COI; aves; colección biológica; bold; Occurrence; Observation; Occurrence
Dados externos
Os dados de recurso também estão disponíveis em outros formatos
Aves iBold | http://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB NA NA |
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Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt | http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi UTF-8 txt |
Contatos
Quem criou esse recurso:
Quem pode responder a perguntas sobre o recurso:
Quem preencher os metadados:
Quem mais foi associado com o recurso:
Cobertura Geográfica
Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Coordenadas delimitadoras | Sul Oeste [-4,27, -79,17], Norte Leste [12,59, -66,9] |
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Cobertura Taxonômica
Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).
Ordem | Apodiformes, Psittaciformes, Strigiformes, Falconiformes, Passeriformes, Anseriformes, Ciconiiformes, Piciformes |
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Cobertura Temporal
Data Inicial / Data final | 2013-07-16 / 2014-10-07 |
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Dados Sobre o Projeto
Nenhuma descrição disponível
Título | Códigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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Financiamento | IDRC Small Grants |
Descrição da Área de Estudo | Territorio nacional de Colombia. |
Descrição do Design | El proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
O pessoal envolvido no projeto:
Métodos de Amostragem
Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.
Área de Estudo | Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional. |
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Controle de Qualidade | Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos de registros: basisOfRecord, type y collectionID de acuerdo a la naturaleza de los datos; Elementos geográficos: stateProvince, county y municipality; |
Descrição dos passos do método:
- Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
- Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
- Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
- Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
- En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.
Dados de Coleção
Nome da Coleção | Colección de Aves del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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Identificador da Coleção | IAvH-A |
Identificador da Coleção Parental | IAvH |
Nome da Coleção | Colección de Tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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Identificador da Coleção | IAvH-CT |
Identificador da Coleção Parental | IAvH |
Nome da Coleção | Zoologia Universidad Nacional de Colombia |
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Identificador da Coleção | ICN |
Nome da Coleção | Museo de Historia Natural Universidad del Cauca |
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Identificador da Coleção | MHN-UC |
Nome da Coleção | Colección de Ciencias Naturales - Museo Universitario Universidad de Antioquia |
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Identificador da Coleção | MUA |
Métodos de preservação do espécime | Outro |
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Citações bibliográficas
- Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
- Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese
Metadados Adicionais
Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fas
Propósito | Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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Identificadores alternativos | doi:10.15472/blkufs |
a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d | |
https://ipt.biodiversidad.co/iavh/resource?r=colombia_aves_2014_adn_coi |