Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Последняя версия опубликована Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Feb 9, 2017 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Este recurso contiene la información asociada a 291 secuencias código de barras (gen COI, región barcode), para aves que se encuentran principalmente en la colección de ornitología del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y cuyos tejidos (musculo, hígado etc.) se encuentran en la colección de tejidos del mismo instituto. La extracción y amplificación del ADN fue realizada en el laboratorio de biología molecular del Instituto Humboldt usando cebadores estándar y la secuenciación se realizó en la Universidad de los Andes y en la empresa Macrogen (Corea). Todos los especímenes fueron fotografiados y las fotos se encuentran en la base de datos de boldsystems.org.

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 291 записей. Также в наличии 1 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

  • Occurrence (core)
    291
  • ResourceRelationship 
    582

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Как оформить ссылку

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Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Proveedor de metadatos). Versión 1.0. http://doi.org/10.15472/blkufs

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d.  Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Colombian Biodiversity Information System.

Ключевые слова

código de barras; ADN; secuencia; COI; aves; colección biológica; bold; Other; Specimen

Внешние данные

Ресурс также доступен в других форматах

Aves iBoldhttp://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB NA NA
Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldthttp://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi UTF-8 txt

Контакты

Кто является создателем ресурса:

Mailyn González
Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://www.humboldt.org.co

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

Mailyn González
Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://www.humboldt.org.co

Кем заполнены метаданные:

Andrea Paz
Investigador Asistente
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 111311.0 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://www.humboldt.org.co

Кто еще связан с данным ресурсом:

Custodian Steward
Infraestructura Institucional de Datos
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A #15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO (571)3202767
http://humboldt.org.co
Content Provider
Ángela María Mendoza Henao
Investigadora Asistente I
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Km17 Recta Cali-Palmita- CIAT Palmira Valle del Cauca CO (57-2)4450174
http://humboldt.org.co

Географический охват

Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.

Ограничивающие координаты Юг Запад [-4.27, -79.17], Север Восток [12.59, -66.9]

Таксономический охват

Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).

Order  Apodiformes,  Psittaciformes,  Strigiformes,  Falconiformes,  Passeriformes,  Anseriformes,  Ciconiiformes,  Piciformes

Временной охват

Дата начала / Дата окончания 2013-07-16 / 2014-10-07

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название Códigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Финансирование IDRC Small Grants
Описание района исследования Territorio nacional de Colombia.
Описание плана выполнения исследований El proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Исполнители проекта:

Publisher
Andrea Paz

Методы сбора

Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.

Охват исследования Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Контроль качества Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta

Описание этапа методики:

  1. Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
  2. Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
  3. Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
  4. Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
  5. En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.

Данные коллекции

Название коллекции Colección de Ornitología, Colección de tejidos Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Идентификатор коллекции IAvH-BT, IAvH-A
Идентификатор родительской коллекции IAvH
Методы сохранения образцов Other

Библиографические ссылки

  1. Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
  2. Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese

Дополнительные метаданные

Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fas

Цель Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Альтернативные идентификаторы doi:10.15472/blkufs
a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d
http://ipt.biodiversidad.co/iavh/resource?r=colombia_aves_2014_adn_coi