資料紀錄
此資源出現紀錄的資料已發佈為達爾文核心集檔案(DwC-A),其以一或多組資料表構成分享生物多樣性資料的標準格式。 核心資料表包含 291 筆紀錄。
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- Occurrence (核心)
- ResourceRelationship
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下載
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版本
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如何引用
研究者應依照以下指示引用此資源。:
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Proveedor de metadatos). Versión 1.0. http://doi.org/10.15472/blkufs
權利
研究者應尊重以下權利聲明。:
此資料的發布者及權利單位為 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
GBIF 註冊
此資源已向GBIF註冊,並指定以下之GBIF UUID: a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d。 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt 發佈此資源,並經由Colombian Biodiversity Information System同意向GBIF註冊成為資料發佈者。
關鍵字
código de barras; ADN; secuencia; COI; aves; colección biológica; bold; Occurrence; Observation; Occurrence
外部資料
此資源尚有其他格式可用
Aves iBold | http://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB NA NA |
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Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt | http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi UTF-8 txt |
聯絡資訊
資源建立者:
可回覆此資源相關問題者:
元數據填寫者:
與此資源的相關者:
地理涵蓋範圍
Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
界定座標範圍 | 緯度南界 經度西界 [-4.27, -79.17], 緯度北界 經度東界 [12.59, -66.9] |
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分類群涵蓋範圍
Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).
Order | Apodiformes, Psittaciformes, Strigiformes, Falconiformes, Passeriformes, Anseriformes, Ciconiiformes, Piciformes |
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時間涵蓋範圍
起始日期 / 結束日期 | 2013-07-16 / 2014-10-07 |
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計畫資料
無相關描述
計畫名稱 | Códigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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經費來源 | IDRC Small Grants |
研究區域描述 | Territorio nacional de Colombia. |
研究設計描述 | El proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
參與計畫的人員:
取樣方法
Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.
研究範圍 | Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional. |
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品質控管 | Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos de registros: basisOfRecord, type y collectionID de acuerdo a la naturaleza de los datos; Elementos geográficos: stateProvince, county y municipality; |
方法步驟描述:
- Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
- Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
- Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
- Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
- En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.
收藏資料
蒐藏名稱 | Colección de Aves del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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蒐藏編號 | IAvH-A |
上層採集品識別碼 | IAvH |
蒐藏名稱 | Colección de Tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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蒐藏編號 | IAvH-CT |
上層採集品識別碼 | IAvH |
蒐藏名稱 | Zoologia Universidad Nacional de Colombia |
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蒐藏編號 | ICN |
蒐藏名稱 | Museo de Historia Natural Universidad del Cauca |
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蒐藏編號 | MHN-UC |
蒐藏名稱 | Colección de Ciencias Naturales - Museo Universitario Universidad de Antioquia |
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蒐藏編號 | MUA |
標本保存方法 | Other |
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引用文獻
- Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
- Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese
額外的詮釋資料
Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fas
目的 | Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt |
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替代的識別碼 | doi:10.15472/blkufs |
a4813c2b-7fb9-4713-9a21-b3be0ea9042d | |
https://ipt.biodiversidad.co/iavh/resource?r=colombia_aves_2014_adn_coi |