Colección Biológica Grupo de Estudio Relación Parásito Hospedero (UNAL:GERPH)

Dernière version Publié par Universidad Nacional de Colombia le May 23, 2019 Universidad Nacional de Colombia

La colección Grupo de Estudios Relación Parásito Hospedero: Modelo Hemoparásitos Aviares (GERPH) de la Universidad Nacional de Colombia, fue fundada por la profesora Nubia Matta en 1998. Esta colección preserva micropreparados sanguíneos de fauna silvestre, sus parásitos y algunos ejemplares de posibles vectores. El grupo de hospederos más representativo en la colección son las aves, pero también se cuenta con ejemplares de anfibios, reptiles y mamíferos. El estudio de estos ejemplares permite extraer información sobre relaciones parásito-hospedero, diversidad de parásitos y algunos parámetros sanguíneos de fauna silvestre.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 1,283 enregistrements.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées des ressources sont disponibles au téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Téléchargements

Téléchargez la dernière version de la ressource en tant qu'Archive Darwin Core (DwC-A), ou les métadonnées de la ressource au format EML ou RTF :

Données sous forme de fichier DwC-A (zip) télécharger 1,283 enregistrements dans Espagnol (47 KB) - Fréquence de mise à jour: irrègulière
Métadonnées sous forme de fichier EML télécharger dans Espagnol (23 KB)
Métadonnées sous forme de fichier RTF télécharger dans Espagnol (19 KB)

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Matta Camacho N E, Gonzalez Galindo A D, Pinto Osorio D F (2019): Colección Biológica Grupo de Estudio Relación Parásito Hospedero (UNAL:GERPH). v2.1. Universidad Nacional de Colombia. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/bmzrb5

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Universidad Nacional de Colombia. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 4346356a-8773-4205-95ce-57d3541017d4.  Universidad Nacional de Colombia publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Colombian Biodiversity Information System.

Mots-clé

Occurrence; Specimen; Hemoparásitos; malaria aviar; filarias; aves; Specimen

Contacts

Personne ayant créé cette ressource:

Nubia Estela Matta Camacho
Profesor titular, curador
Universidad Nacional de Colombia Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 133 Bogotá Bogotá CO 3165000 ext 11337
Angie Daniela Gonzalez Galindo
Profesor auxiliar, co-curador
Universidad Nacional de Colombia Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 148 Bogotá CO 3165000 ext 11302

Personne pouvant répondre aux questions sur la ressource:

Nubia Estela Matta Camacho
Profesor titular, curador
Universidad Nacional de Colombia Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 133 Bogotá Bogotá CO 3165000 ext 11337
Angie Daniela Gonzalez Galindo
Profesor auxiliar, co-curador
Universidad Nacional de Colombia Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 148 Bogotá Bogotá CO 3165000 ext 11302
David Felipe Pinto Osorio
Estudiante auxiliar
Universidad Nacional de Colombia Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Lab. 126 Bogotá Bogotá CO 3165000 ext 11338

Personne ayant renseigné les métadonnées:

Angie Daniela Gonzalez Galindo
Profesor auxiliar, co-curador
Universidad Nacional de Colombia Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 148 Bogotá Bogotá CO 3165000 ext 11302

Autres personnes associées à la ressource:

Propriétaire
Universidad Nacional de Colombia
Institución que avala la colección
Universidad Nacional de Colombia CO
http://unal.edu.co
Chercheur Principal
Nubia Estela Matta Camacho
Profesor titular, curador
Universidad Nacional de Colombia Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 133 Bogotá Bogotá CO 3165000 ext 11337
Conservateur
Angie Daniela Gonzalez Galindo
Profesor auxiliar, co-curador
Universidad Nacional de Colombia Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 148 Bogotá Bogotá CO 3165000 ext 11302
Processeur
David Felipe Pinto Osorio
Estudiante auxiliar
Universidad Nacional de Colombia Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Lab. 126 Bogotá Bogotá CO 3165000 ext 11338

Couverture géographique

Aunque la colección cuenta con ejemplares de numerosos lugares en Colombia, en esta versión de publicación de datos solo se incluyen las localidades: Campus Universidad Nacional de Colombia sede Bogotá, Parque Nacional Natural Los Nevados sector Laguna del Otún y La Secreta, Parque Regionial Natural Ucumarí sector La Pastora y El Cedral.

Enveloppe géographique Sud Ouest [4.629, -75.611], Nord Est [4.778, -74.081]

Couverture taxonomique

Los hospederos vertebrados fueron identificados hasta especie en su mayoría, los parásitos protozooarios hasta género y algunos a especie, los parásitos nemátodos se categorizan hasta superfamilia.

Order  Anseriformes (patos),  Apodiformes (colibries y vencejos),  Charadriiformes,  Columbiformes (palomas),  Coraciiformes,  Cuculiformes,  Gruiformes,  Passeriformes,  Pelecaniformes,  Piciformes,  Trogoniformes (trogones)
Superfamily  Filaroidea
Family  Haemoproteidae,  Leucocytozoidae,  Plasmodiidae,  Trypanosomatidae

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2009-09-06 / 2013-06-03

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre Colección Biológica GERPH: Porque los parásitos también son biodiversidad
Financement Convocatoria Nacional para el Fortalecimiento de Colecciones de la Universidad Nacional de Colombia 2017-2018

Les personnes impliquées dans le projet:

Chercheur Principal
Nubia Estela Matta Camacho
Conservateur
Angie Daniela Gonzalez Galindo
Processeur
David Felipe Pinto Osorio
Fournisseur de Contenu
Ingrid Astrid Lotta Arevalo
Fournisseur de Contenu
Rafael Gutierrez

Méthodes d'échantillonnage

Las aves fueron capturadas usando redes de niebla, luego de ser identificadas se les realizo la toma de muestra sanguínea para diagnostico molecular y por frotis sobre laminas portaobjetos. Las laminas son procesadas y revisadas en el laboratorio por microscopia de luz.

Etendue de l'étude En esta versión de publicación de datos solo se incluyen las localidades: Campus Universidad Nacional de Colombia sede Bogotá, a 2556 m s.n.m. es un área muy transformada compuesta principalmente por pastos. Parque Nacional Natural Los Nevados Laguna del Otún, a 3927 m s.n.m. presenta una vegetación de páramo. Parque Nacional Natural Los Nevados La Secreta, a 3100-3400 m s.n.m. es un área transformada compuesta principalmente por pastos, cultivos de papa y relictos de bosque altoandino. Parque Regional Natural Ucumarí sector La Pastora a 2461 m s.n.m. presenta vegetación de bosque altoandino. Parque Regional Natural Ucumarí sector El Cedral, a 2122-2021 m s.n.m. es un área muy transformada compuesta principalmente por pastos.
Contrôle qualité La información sobre la identidad los hospederos tomada en campo fue contrastada con las fotografías y guías de campo para su identificación final. La información sobre los diagnósticos de infección e identidad de parasitos fue confirmada por los curadores de la colección, teniendo en cuenta el registro fotográfico de los mismos y/o su identificación molecular. Se unificaron los nombres de las localidades, los colectores e identificadores de los distintos grupos taxonómicos.

Description des étapes de la méthode:

  1. Se capturaron las aves mediante redes de niebla, se identificaron en campo con la guía Hilty, Brown W, Brown L (1986), se fotografiaron, midieron, pesaron y anillaron (excepto colibríes). De cada ave se obtuvo por corte distal de uña (para colibríes) o punción de la vena braquial una cantidad pequeña de sangre que fue utilizada para hacer al menos tres extendidos sanguíneos y una parte para ser almacenada en Etanol absoluto, EDTA o buffer SET para posteriores análisis moleculares.
  2. Las laminas fueron fijadas con metanol absoluto por 5 minutos y teñidas con Giemsa pH 7.2 por 45 minutos. Mediante microscopia de luz se observaron los extendidos, primero a menor aumento en 100X por 10 minutos y posteriormente a 1000x por cuarenta minutos. En los casos de diagnósticos positivos los parásitos fueron fotografiados con un microscopio con cámara referencia Leica DM570. A partir de las fotografías se tomaron algunas medidas morfológicas necesarias para la identificación de acuerdo a las claves propuestas por Valkiunas (2005) para los haemosporidios, y se indicó genero Trypanosma para los tripanosomatidos encontrados, así como superfamilia Filaroidea para las larvas (microfilarias) halladas en la sangre.
  3. En algunos casos la presencia de los parásitos haemosporidios fue confirmada mediante diagnostico molecular. Para esto se realizo la extracción del ADN genómico mediante el método de Fenol-Cloroformo modificado de Sambrook et al. (1989), seguido de la amplificación de una sección del gen Citocromo b del parásito usando los primers de Waldenstrom et al. (2004), Beadell et al. (2004) y Pacheco et al. (2011). Adicionalmente los productos de amplificación se secuenciaron y dicha infamación se depositó en el GenBank y la base especializada MalAvi (Bensch et al., 2009).

Données de collection

Nom de la collection Colección Biológica Grupo de Estudio Relación Parásito-Hospedero
Identifiant de collection Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 198
Identifiant de la collection parente GERPH
Méthode de conservation des spécimens Alcohol,  Microscopic preparation,  Refrigerated
Unités de conservation Entre (nombre minimal) 3,700 et (nombre maximal) 3,900 Micropreparados

Citations bibliographiques

  1. Hilty, S. L., Brown, W. L., & Brown, B. (1986). A guide to the birds of Colombia. Princeton University Press.
  2. VALKIUNAS G. 2005. Avian malaria parasites and other haemosporidia. CRC Press, Boca Raton.
  3. WALDENSTROM J, BENSCH S, HASSELQUIST D, ÖSTMAN Ö. 2004. A new nested polymerase chain reaction method very efficient in detecting Plasmodium and Haemoproteus Infections From Avian Blood. Journal of parasitology, 90(1): 191-194.
  4. BEADELL JS, GERING E, AUSTIN J, DUMBACHER JP, PEIRCE MA, PRATT TK, ATKINSON CT, FLEISCHER RC. .2004 .Prevalence and differential host-specificity of two avian blood parasite genera in the Australo-Papuan region. Molecular Ecology, 13: 3829–3844.
  5. PACHECO MA, ESCALANTE AA, GARNER MM, BRADLEY GA. 2011. Haemosporidian infection in captive masked bobwhite quail (Colinus virginianus ridgwayi), an endangered subspecies of the northern bobwhite quail. Veterinary Parasitology, 182: 113-120.
  6. BENSCH S, HELLGREN, O, PEREZ-TRIS J, 2009. MalAvi: a public database of malaria parasites and related haemosporidians in avian hosts based on mitochondrial cytochrome b lineages. Molecular Ecology Resources. 9: 1353–1358.

Métadonnées additionnelles

Objet Por tratarse de organismos parásitos muchas veces olvidados de los inventarios biológicos, la colección busca visibilizar la presencia este grupo de microorganismos en el país y la región. Al tiempo que da el primer paso en la consolidación de una base de datos de la colección que sea publica y estandarizada.
Description de la fréquence de mise à jour Este recurso se irá actualizando con otras localidades o ejemplares de las localidades incluidas aquí en la medida en que los datos sean curados.
Identifiants alternatifs 10.15472/bmzrb5
4346356a-8773-4205-95ce-57d3541017d4
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=unal_col_hemoparasitos