説明
La colección Grupo de Estudios Relación Parásito Hospedero: Modelo Hemoparásitos Aviares (GERPH) de la Universidad Nacional de Colombia, fue fundada por la profesora Nubia Matta en 1998. Esta colección preserva micropreparados sanguíneos de fauna silvestre y sus parásitos, muestras de tejido sanguíneo u órganos para análisis moleculares e histopatológicos y algunos ejemplares de posibles vectores. La colección cuenta con cerca de 19.000 micropreparados que representan más de 6.200 especímenes de aproximadamente 340 especies vertebradas. El grupo de hospederos más representativo en la colección son las aves, pero también se cuenta con ejemplares de anfibios, reptiles y mamíferos. El estudio de estos ejemplares permite extraer información sobre relaciones parásito-hospedero, diversidad morfológica y genética de parásitos y algunos parámetros hematológicos de fauna silvestre.
データ レコード
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バージョン
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引用方法
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Matta Camacho N E, Gonzalez Galindo A D, Pinto Osorio D F, Ojeda Ochoa K A (2024): Colección Biológica Grupo de Estudio Relación Parásito Hospedero (UNAL:GERPH). v2.6. Universidad Nacional de Colombia. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/bmzrb5
権利
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パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Universidad Nacional de Colombia。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
GBIF登録
このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 4346356a-8773-4205-95ce-57d3541017d4が割り当てられています。 Colombian Biodiversity Information System によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているUniversidad Nacional de Colombia が、このリソースをパブリッシュしました。
キーワード
Hemoparásitos; Malaria aviar; Filarias; Tripanosomas; Aves; Anfibios; Occurrence; Specimen
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地理的範囲
La colección cuenta con ejemplares de 13 departamentos en Colombia, donde se incluyen los ambientes de sabanas inundables, sabana tropical, ecotono Orinoco-Amazonas selva amazónica, selva tropical, bosque de niebla, Páramo, selva lluviosa del Chocó biogeográfica y paisajes urbanos transformados.
| 座標（緯度経度） | 南 西 [-0.547, -78.733], 北 東 [10.972, -69.859] |
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生物分類学的範囲
Se presentan registros de aves, anfibios, mamíferos, reptiles y sus parásitos nematodos, tripanosomatidos y Apicomplexa. Los hospederos vertebrados fueron identificados hasta especie en su mayoría, los parásitos protozooarios hasta género y algunos a especie, los parásitos nemátodos se categorizan hasta superfamilia. La mayoría de los registros corresponden a aves e incluyen las familias Accipitridae, Anatidae, Trochilidae, Caprimulgidae, Charadriidae, Jacanidae, Scolopacidae, Columbidae, Alcedinidae, Cuculidae, Falconidae, Galbulidae, Odontophoridae, Thamnophilidae, Corvidae, Emberizidae, Fringillidae, Furnariidae, Hirundinidae, Icteridae, Mimidae, Parulidae, Passerellidae, Pipridae, Rhinocryptidae, Thamnophilidae, Thraupidae, Tityridae, Troglodytidae, Turdidae, Tyrannidae, Vireonidae, Picidae, Ramphastidae, Psittacidae y Strigidae
| Class | Conoidasida |
|---|---|
| Order | Anseriformes (Patos), Apodiformes (Colibries, vencejos), Charadriiformes, Columbiformes (Palomas, torcasas), Coraciiformes, Cuculiformes, Gruiformes, Passeriformes (pajaros), Pelecaniformes, Piciformes, Trogoniformes (trogones), Eucocidiorida, Accipitriformes (Rapaces), Caprimulgiformes (Chotacabras), Charadriiformes, Galliformes (Gallinas, pavas), Psittaciformes (Loros, guacamayos), Strigiformes (Buhos, lechuzas), Falconiformes (Halcones y afines), Galbuliformes (Jacamares y afines), Chiroptera, Crocodylia (Cocodrilos y caimanes), Squamata, Testudines |
| Superfamily | Filaroidea (filarias) |
| Family | Haemoproteidae, Leucocytozoidae, Plasmodiidae (malaria), Trypanosomatidae (tripanosomas), Dactylosomatidae, Hylidae, Microhylidae, Craugastoridae, Leptodactylidae, Plethodontidae, Bufonidae, Ranidae, Caeciliidae, Alligatoridae (Caimanes), Crocodylidae (Cocodrílidos), Boidae (Boidos), Colubridae (Colúbridos), Dactyloidae, Gekkonidae, Iguanidae, Teiidae, Tropiduridae, Viperidae, Emydidae, Geoemydidae, Podocnemididae, Testudinidae, Phyllostomidae, Vespertilionidae |
時間的範囲
| 開始日 / 終了日 | 1999-05-16 / 2023-06-25 |
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プロジェクトデータ
Los conjuntos de datos publicados han sido estructurados en el marco de proyectos de fortalecimiento de colecciones. Los vertebrados y sus parásitos se han obtenido en el marco de varios proyectos de investigación que han depositado sus ejemplares en la colección GERPH. El diagnostico de las muestras también se asocia con múltiples proyectos de investigación.
| タイトル | Explorando la simbiosis hemoparásito vertebrados silvestre a través de ejemplares de colección biológica, uso eficiente de biodiversidad colombiana ; Colección Biológica GERPH: Porque los parásitos también son biodiversidad |
|---|---|
| ファンデイング | Convocatoria para el Fortalecimiento del Sistema de Colecciones Científicas de la Universidad Nacional de Colombia 2020-2021. Convocatoria Nacional para el Fortalecimiento de Colecciones de la Universidad Nacional de Colombia 2017-2018. |
プロジェクトに携わる要員:
収集方法
La metodología general de muestreo de aves incluye la captura mediante redes de niebla, captura manual, identificación con guías de campo, toma de fotografías y medidas morfométricas. Las sangre de las aves se muestrean por punción de la vena braquial o corte distal de uña en el caso de aves de pequeño tamaño. Los anfibios se capturaron manualmente y se muestrearon mediante punción de la vena maxilar o por punción cardiaca después de realizar la eutanasia. Para el diagnostico de los parásitos se realizan extendidos sanguíneos con las muestras de sangres que son fijado con Metanol y teñido con Giemsa. Una parte de la sangre se guarda en microtubos con EDTA, Etanol o SET para análisis moleculares posteriores. Los extendidos sanguíneos se diagnostican por microscopia de luz a 400 y 1000 aumentos, son fotografiados con microscopios con cámara y su morfología se compara con claves taxonómicas especificas para cada grupo de parásitos.
| Study Extent | En esta versión de publicación de datos se incluyen localidades con los ambientes: sabanas inundables, sabana tropical, ecotono Orinoco-Amazonas bosque de niebla, Páramo y paisajes urbanos transformados. Las localidades abarcan un rango de alturas entre 130 y 3950 m s. n. m. |
|---|---|
| Quality Control | La identidad de los hospederos tomada en campo fue contrastada con las fotografías y guías de campo para su identificación final. La información sobre los diagnósticos de infección e identidad de parásitos fue confirmada por los curadores de la colección, teniendo en cuenta el registro fotográfico de los mismos y/o su identificación molecular. Se unificaron los nombres de las localidades, los colectores e identificadores de los distintos grupos taxonómicos. |
Method step description:
- Se capturaron las aves mediante redes de niebla, se identificaron en campo con la guía Hilty, Brown W, Brown L (1986), se fotografiaron, midieron, pesaron y anillaron (excepto colibríes). De cada ave se obtuvo por corte distal de uña (para colibríes) o punción de la vena braquial una cantidad pequeña de sangre que fue utilizada para hacer al menos tres extendidos sanguíneos y una parte para ser almacenada en Etanol absoluto, EDTA o buffer SET para posteriores análisis moleculares. Los anfibios se capturaron manualmente y se muestrearon mediante punción de la vena maxilar o por punción cardiaca después de realizar la eutanasia.
- Las laminas fueron fijadas con metanol absoluto por 5 minutos y teñidas con Giemsa pH 7.2 por 45 minutos. Mediante microscopia de luz se observaron los extendidos, primero a menor aumento en 100X por 10 minutos y posteriormente a 1000x por cuarenta minutos. En los casos de diagnósticos positivos los parásitos fueron fotografiados con un microscopio con cámara referencia Leica DM570.
- A partir de las fotografías se tomaron algunas medidas morfológicas necesarias para la identificación de acuerdo a las claves propuestas por Valkiunas (2005) para los haemosporidios, y se indicó genero Trypanosoma para los tripanosomatidos encontrados, así como superfamilia Filaroidea para las larvas (microfilarias) halladas en la sangre.
- En algunos casos la presencia de los parásitos haemosporidios fue confirmada mediante diagnostico molecular. Para esto se realizo la extracción del ADN genómico mediante el método de Fenol-Cloroformo modificado de Sambrook et al. (1989), seguido de la amplificación de una sección del gen Citocromo b del parásito usando los primers de Waldenstrom et al. (2004), Beadell et al. (2004) y Pacheco et al. (2011). Adicionalmente los productos de amplificación se secuenciaron y dicha infamación se depositó en el GenBank y la base especializada MalAvi (Bensch et al., 2009).
コレクションデータ
| コレクション名 | Grupo de investigación relación parásito hospedero: modelo hemoparásitos aviares |
|---|---|
| コレクション識別子 | Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 198 |
| Parent Collection Identifier | GERPH |
| コレクション名 | Grupo de investigación relación parásito hospedero: Modelo hemoparásitos aviares |
|---|---|
| コレクション識別子 | https://scientific-collections.gbif.org/collection/7ac0ed7c-4d08-421c-bda3-d6b2c785806b |
| Parent Collection Identifier | GERPH |
| 標本保存方法 | Alcohol, Microscopic preparation, Refrigerated, Formalin |
|---|
| Curatorialユニット | 範囲 18,900 ～ 19,000 Micropreparados , 範囲 1,800 ～ 2,000 alcohol , 範囲 80 ～ 100 formalina |
|---|
書誌情報の引用
- Hilty, S. L., Brown, W. L., & Brown, B. (1986). A guide to the birds of Colombia. Princeton University Press.
- VALKIUNAS G. 2005. Avian malaria parasites and other haemosporidia. CRC Press, Boca Raton.
- WALDENSTROM J, BENSCH S, HASSELQUIST D, ÖSTMAN Ö. 2004. A new nested polymerase chain reaction method very efficient in detecting Plasmodium and Haemoproteus Infections From Avian Blood. Journal of parasitology, 90(1): 191-194.
- BEADELL JS, GERING E, AUSTIN J, DUMBACHER JP, PEIRCE MA, PRATT TK, ATKINSON CT, FLEISCHER RC. .2004 .Prevalence and differential host-specificity of two avian blood parasite genera in the Australo-Papuan region. Molecular Ecology, 13: 3829–3844.
- PACHECO MA, ESCALANTE AA, GARNER MM, BRADLEY GA. 2011. Haemosporidian infection in captive masked bobwhite quail (Colinus virginianus ridgwayi), an endangered subspecies of the northern bobwhite quail. Veterinary Parasitology, 182: 113-120.
- BENSCH S, HELLGREN, O, PEREZ-TRIS J, 2009. MalAvi: a public database of malaria parasites and related haemosporidians in avian hosts based on mitochondrial cytochrome b lineages. Molecular Ecology Resources. 9: 1353–1358.
追加のメタデータ
Los ejemplares de la colección de las localidades reportados acá han sido utilizados en las siguientes publicaciones: Rodríguez, O. A., & Matta, N. E. (2001). Blood parasites in some birds from eastern plains of Colombia. Memorias do Instituto Oswaldo Cruz, 96(8), 1173-1176. Basto, N, Rodríguez, O, Marinkelle, C, Gutiérrez, R y Matta, N. (2006). Haematozoa in birds from la macarena national natural park (colombia). Caldasia. Matta NE, Pacheco MA, Escalante AA, Valkiūnas G, Ayerbe-Quiñones F, Acevedo-Cendales LD. Description and molecular characterization of Haemoproteus macrovacuolatus n. sp. (Haemosporida, Haemoproteidae), a morphologically unique blood parasite of black-bellied whistling duck (Dendrocygna autumnalis) from South America. Parasitol Res. 2014 Aug;113(8):2991-3000. doi: 10.1007/s00436-014-3961-2. Epub 2014 Jun 8. PMID: 24908432. González, A. D., Lotta, I. A., García, L. F., Moncada, L. I., & Matta, N. E. (2015). Avian haemosporidians from Neotropical highlands: evidence from morphological and molecular data. Parasitology international, 64(4), 48-59. Lotta, I. A., Pacheco, M. A., Escalante, A. A., González, A. D., Mantilla, J. S., Moncada, L. I., ... & Matta, N. E. (2016). Leucocytozoon diversity and possible vectors in the Neotropical highlands of Colombia. Protist, 167(2), 185-204. González, L.P., Vargas-León, C.M., Fuentes-Rodríguez, G.A., Calderón-Espinosa, M.L., & Matta, N.E. (2021). Do blood parasites increase immature erythrocytes and mitosis in amphibians? Revista de Biología Tropical, 69(2), 615-625. https://doi.org/10.15517/rbt.v69i2.45459
| 目的 | Por tratarse de organismos parásitos muchas veces olvidados de los inventarios biológicos, la colección busca visibilizar la presencia este grupo de microorganismos en el país y la región. Al tiempo que da el primer paso en la consolidación de una base de datos de la colección que sea publica y estandarizada. |
|---|---|
| メンテナンス内容 | Este recurso se irá actualizando con otras localidades o ejemplares de las localidades incluidas aquí en la medida en que los datos sean curados. |
| 代替識別子 | 10.15472/bmzrb5 |
| 4346356a-8773-4205-95ce-57d3541017d4 | |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=unal_col_hemoparasitos |