説明
Las pulgas y garrapatas son ectoparásitos comunes de mamíferos domésticos como el perro (Canis lupus familiaris). En Colombia se conoce que estos mamíferos pueden ser reservorios de bacterias del género Rickettsia, agentes etiológicos de fiebres hemorrágicas que pueden desencadenar en casos fatales cuando no son detectadas a tiempo. Por otra parte, en la actual pandemia de Covid-19, no existen estudios encaminados a la detección de SARS-CoV-2 en mascotas en el país, aun cuando existe evidencia de infección por el virus en otros países. Durante el desarrollo del proyecto se pretende detectar SARS-CoV-2 en caninos e identificar Rickettsia spp. asociadas a ectoparásitos (pulgas y garrapatas) de caninos procedentes del área metropolitana de la ciudad de Bucaramanga y otras ciudades del departamento de Santander.
Pulgas y garrapatas fueron colectadas manualmente en perros infestados, además de muestras respiratorias e intestinales. La identificación de los ectoparásitos se realizó utilizando caracteres morfológicos (claves dicotómicas) y moleculares (COI y COII). La detección de Rickettsia se realizó usando pooles de pulgas y garrapatas, que serán organizados por especie, y se usará para la identificación de las bacterias, un fragmento del gen de la enzima citrato sintasa (gltA) y una proteína de membrana (ompB); para SARS-CoV-2 en caninos se amplificará los genes E y Rd/Rp.
El presente conjunto de datos cuenta con 151 registros entre los cuales se tienen 76 registros biológicos de la especie Ctenocephalides felis y 70 registros biológicos de Rhipicephalus sanguineus.
データ レコード
この オカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、151 レコードが含まれています。
拡張データ テーブルは1 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。 各拡張データ テーブル内のレコード数を以下に示します。
- Occurrence (コア)
- Permit
この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。
ダウンロード
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バージョン
次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。
引用方法
研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:
Sandoval Ramírez C M, Pinilla Leon J C, Ramírez J D, Hernández Castro D C, Muñoz C M (2023): Registros de ectoparásitos para la detección de patógenos emergentes (SARS-CoV-2) y re-emergentes (Rickettsias) en caninos procedentes del departamento de Santander. v1.2. Universidad de Santander - UDES. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/kbnkvn
権利
研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:
パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Universidad de Santander - UDES。 To the extent possible under law, the publisher has waived all rights to these data and has dedicated them to the Public Domain (CC0 1.0). Users may copy, modify, distribute and use the work, including for commercial purposes, without restriction.
GBIF登録
このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 17e160c4-11ea-432e-95af-d65e84ec5953が割り当てられています。 Colombian Biodiversity Information System によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているUniversidad de Santander - UDES が、このリソースをパブリッシュしました。
キーワード
Caninos; Ectoparásitos; Garrapatas; Pulgas; Canis familiaris; Ocurrence; Observation; PERMISO_COLECTA
連絡先
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地理的範囲
Área metropolitana de las ciudades de Bucaramanga, Floridablanca, Girón y Piedecuesta, jurisdicción del departamento de Santander.
| 座標（緯度経度） | 南 西 [6.958, -73.141], 北 東 [7.153, -73.035] |
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生物分類学的範囲
El presente conjunto de datos cuenta con 151 registros biológicos, de los cuales 76 son de la especie Ctenocephalides felis, 70 de Rhipicephalus sanguineus, cuatro para el género Wolbachia y uno para Rickettsia.
| Genus | Ctenocephalides (Pulga del gato), Rhipicephalus (Garrapata del perro), Rickettsia, Wolbachia |
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時間的範囲
| 開始日 / 終了日 | 2021-09-09 / 2022-01-22 |
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プロジェクトデータ
Las pulgas y garrapatas son ectoparásitos comunes de mamíferos domésticos como el perro (Canis lupus familiaris). En Colombia se conoce que estos mamíferos pueden ser reservorios de bacterias del género Rickettsia, agentes etiológicos de fiebres hemorrágicas que pueden desencadenar en casos fatales cuando no son detectadas a tiempo. Por otra parte, en la actual pandemia de Covid-19, no existen estudios encaminados a la detección de SARS-CoV-2 en mascotas en el país, aun cuando existe evidencia de infección por el virus en otros países. Objetivos: detectar SARS-CoV-2 en caninos e identificar Rickettsia spp., asociadas a ectoparásitos (pulgas y garrapatas) de caninos procedentes del área metropolitana de la ciudad de Bucaramanga. Metodología: Pulgas y garrapatas fueron colectadas manualmente en perros infestados, además de muestras respiratorias e intestinales. La identificación de los ectoparásitos se realizará utilizando caracteres morfológicos (claves dicotómicas) y moleculares (COII y COI). La detección de Rickettsia se realizará usando pooles de pulgas y garrapatas, que serán organizados por especie, y se usará para la identificación de las bacterias un fragmento del gen de la enzima citrato sintasa (gltA) y una proteína de membrana (ompB); para SARS-CoV-2 en caninos se amplificará los genes E y Rd/Rp.
| タイトル | DETECCIÓN DE PATÓGENOS EMERGENTES (SARS-CoV-2) Y RE-EMERGENTES (Rickettsias) EN CANINOS PROCEDENTES DEL ÁREA METROPOLITANA DE BUCARAMANGA. |
|---|---|
| 識別子 | Detección de ectopárasitos y patógenos emergentes en caninos |
| ファンデイング | Universidad de Santander, Convocatoria interna de proyectos 2020-2021, Acta de inicio CIF16-21 |
| Study Area Description | El estudio se realiza en los municipios de Bucaramanga, Floridablanca, Girón y Piedecuesta, ubicados en el área metropolitana de Bucaramanga, departamento de Santander, Colombia (Gobernación de Santander, 2017). Esta región comprende un área geográfica de 1.479 km2. El régimen de lluvias es regular durante todo el año; sin embargo, se concentra en los meses de octubre a diciembre. Las características bioclimáticas de la región son muy similares y con una temperatura media anual de 23° C, con poca variación climática a lo largo del año. La altitud media se encuentra entre 600 y 1700 msnm y la precipitación media anual es de 1040 mm de agua, con un 78% de humedad relativa (Gobernación de Santander, 2017). |
| 研究の意図、目的、背景など（デザイン） | SARS-CoV-2: En las clínicas veterinarias se tomarán hisopados en perros con y sin signos respiratorios. Los hisopados serán almacenados en una alícuota de RNAlater entre 4-20°C hasta la extracción de ARN. Además, se hará una toma de muestra de sangre en tubos sin EDTA para extracción de suero. Ectoparásitos: Las garrapatas serán extraídas mediante el método de colección directa, consistente en la revisión de toda la superficie corporal de cada animal durante 15 minutos, en las partes del cuerpo donde generalmente se encuentran garrapatas (orejas, cabeza, cuello, patas delanteras y traseras, región torácica, abdominal y perianal). Durante ese tiempo, las garrapatas se desprenderán a contrapelo de la piel de los animales, mediante pinzas o con suaves movimientos de tracción (Benavidez-Montaño et al., 2018) y así evitar que el gnatosoma (aparato bucal) de la garrapata se desprenda del cuerpo del perro y quede clavado en el interior de la piel, lo cual inutiliza la muestra. Serán colectadas especies de garrapatas en diferentes estados evolutivos (larva, ninfa y adulto). Durante el mismo tiempo serán colectadas las formas adultas de especies de pulgas. Los especímenes colectados serán depositados en viales con etanol absoluto y etiquetados con la información de campo tales como fecha, albergue y tipo de hospedador. |
プロジェクトに携わる要員:
収集方法
SARS-CoV-2: En las clínicas veterinarias se tomaron hisopados en perros con y sin signos respiratorios. Ectoparásitos: Las garrapatas fueron extraídas mediante el método de colección directa. Se colectaron especies de garrapatas en diferentes estados evolutivos (larva, ninfa y adulto). Durante el mismo tiempo se colectaron las formas adultas de especies de pulgas. Los especímenes colectados fueron depositados en viales con etanol absoluto y etiquetados con la información de campo tales como fecha, albergue y tipo de hospedador.
| Study Extent | Este estudio se desarrolló en los municipios de Bucaramanga, Floridablanca, Girón y Piedecuesta, ubicados en el departamento de Santander, Colombia (Gobernación de Santander, 2017). Esta región comprende un área geográfica de 1.479 km2. El régimen de lluvias es regular durante todo el año; sin embargo, se concentra en los meses de octubre a diciembre. Las características bioclimáticas de la región son muy similares y con una temperatura media anual de 23° C, con poca variación climática a lo largo del año. La altitud media se encuentra entre 600 y 1700 msnm y la precipitación media anual es de 1040 mm de agua, con un 78% de humedad relativa (Gobernación de Santander, 2017). |
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Method step description:
- SARS-CoV-2: En las clínicas veterinarias se tomaron hisopados en perros con y sin signos respiratorios. Los hisopados fueron almacenados en una alícuota de RNAlater entre 4-20°C hasta la extracción de ARN. Además, se realizó una toma de muestra de sangre en tubos sin EDTA para extracción de suero.
- Ectoparásitos: Las garrapatas fueron extraídas mediante el método de colección directa, consistente en la revisión de toda la superficie corporal de cada animal durante 15 minutos, en las partes del cuerpo donde generalmente se encuentran garrapatas (orejas, cabeza, cuello, patas delanteras y traseras, región torácica, abdominal y perianal). Durante ese tiempo, las garrapatas se desprendieron a contrapelo de la piel de los animales, mediante pinzas o con suaves movimientos de tracción (Benavidez-Montaño et al., 2018) y así evitar que el gnatosoma (aparato bucal) de la garrapata se desprenda del cuerpo del perro y quede clavado en el interior de la piel, lo cual inutiliza la muestra. Se colectaron especies de garrapatas en diferentes estados evolutivos (larva, ninfa y adulto). Durante el mismo tiempo se colectaron las formas adultas de especies de pulgas. Los especímenes colectados fueron depositados en viales con etanol absoluto y etiquetados con la información de campo tales como fecha, albergue y tipo de hospedador.
- En paralelo con el proceso de identificación utilizando caracteres morfológicos, se seleccionó una muestra al azar de los ectoparásitos colectados en los diferentes albergues. Se procedió a la identificación taxonómica mediante biología molecular. En las pulgas se utilizó el marcador mitocondrial COII. Este fue amplificado con los primers F-Leu y R-Leu. Para la identificación de las garrapatas se utilizó el gen COI usando la pareja de primers S0725 y S0726. La secuenciación de los amplicones se realizó por la técnica de Sanger. El material recolectado fue destruido durante el procesamiento y, por lo tanto, no se depositó en ninguna colección de referencia.
書誌情報の引用
- Benavides Montaño, J. A., Jaramillo Cruz, C. A., y Mesa Cobo, N. C. (2018). Garrapatas ixodidae (ACARI) en el Valle del Cauca, Colombia. Boletín Científico Centro de Museos Museo de Historia Natural, 22(1), 131–150. https://doi.org/10.17151/bccm.2018.22.1.12
追加のメタデータ
| 代替識別子 | 10.15472/kbnkvn |
|---|---|
| 17e160c4-11ea-432e-95af-d65e84ec5953 | |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=udes_proyecto_ectoparasitos |