Description
Las pulgas y garrapatas son ectoparásitos comunes de mamíferos domésticos como el perro (Canis lupus familiaris). En Colombia se conoce que estos mamíferos pueden ser reservorios de bacterias del género Rickettsia, agentes etiológicos de fiebres hemorrágicas que pueden desencadenar en casos fatales cuando no son detectadas a tiempo. Por otra parte, en la actual pandemia de Covid-19, no existen estudios encaminados a la detección de SARS-CoV-2 en mascotas en el país, aun cuando existe evidencia de infección por el virus en otros países. Durante el desarrollo del proyecto se pretende detectar SARS-CoV-2 en caninos e identificar Rickettsia spp. asociadas a ectoparásitos (pulgas y garrapatas) de caninos procedentes del área metropolitana de la ciudad de Bucaramanga y otras ciudades del departamento de Santander.
Pulgas y garrapatas fueron colectadas manualmente en perros infestados, además de muestras respiratorias e intestinales. La identificación de los ectoparásitos se realizó utilizando caracteres morfológicos (claves dicotómicas) y moleculares (COI y COII). La detección de Rickettsia se realizó usando pooles de pulgas y garrapatas, que serán organizados por especie, y se usará para la identificación de las bacterias, un fragmento del gen de la enzima citrato sintasa (gltA) y una proteína de membrana (ompB); para SARS-CoV-2 en caninos se amplificará los genes E y Rd/Rp.
El presente conjunto de datos cuenta con 151 registros entre los cuales se tienen 76 registros biológicos de la especie Ctenocephalides felis y 70 registros biológicos de Rhipicephalus sanguineus.
Data Records
The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 151 records.
1 extension data tables also exist. An extension record supplies extra information about a core record. The number of records in each extension data table is illustrated below.
- Occurrence (core)
- Permit
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How to cite
Researchers should cite this work as follows:
Sandoval Ramírez C M, Pinilla Leon J C, Ramírez J D, Hernández Castro D C, Muñoz C M (2023): Registros de ectoparásitos para la detección de patógenos emergentes (SARS-CoV-2) y re-emergentes (Rickettsias) en caninos procedentes del departamento de Santander. v1.2. Universidad de Santander - UDES. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/kbnkvn
Rights
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GBIF Registration
This resource has been registered with GBIF, and assigned the following GBIF UUID: 17e160c4-11ea-432e-95af-d65e84ec5953. Universidad de Santander - UDES publishes this resource, and is itself registered in GBIF as a data publisher endorsed by Colombian Biodiversity Information System.
Keywords
Caninos; Ectoparásitos; Garrapatas; Pulgas; Canis familiaris; Ocurrence; Observation; PERMISO_COLECTA
Contacts
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Geographic Coverage
Área metropolitana de las ciudades de Bucaramanga, Floridablanca, Girón y Piedecuesta, jurisdicción del departamento de Santander.
| Bounding Coordinates | South West [6.958, -73.141], North East [7.153, -73.035] |
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Taxonomic Coverage
El presente conjunto de datos cuenta con 151 registros biológicos, de los cuales 76 son de la especie Ctenocephalides felis, 70 de Rhipicephalus sanguineus, cuatro para el género Wolbachia y uno para Rickettsia.
| Genus | Ctenocephalides (Pulga del gato), Rhipicephalus (Garrapata del perro), Rickettsia, Wolbachia |
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Temporal Coverage
| Start Date / End Date | 2021-09-09 / 2022-01-22 |
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Project Data
Las pulgas y garrapatas son ectoparásitos comunes de mamíferos domésticos como el perro (Canis lupus familiaris). En Colombia se conoce que estos mamíferos pueden ser reservorios de bacterias del género Rickettsia, agentes etiológicos de fiebres hemorrágicas que pueden desencadenar en casos fatales cuando no son detectadas a tiempo. Por otra parte, en la actual pandemia de Covid-19, no existen estudios encaminados a la detección de SARS-CoV-2 en mascotas en el país, aun cuando existe evidencia de infección por el virus en otros países. Objetivos: detectar SARS-CoV-2 en caninos e identificar Rickettsia spp., asociadas a ectoparásitos (pulgas y garrapatas) de caninos procedentes del área metropolitana de la ciudad de Bucaramanga. Metodología: Pulgas y garrapatas fueron colectadas manualmente en perros infestados, además de muestras respiratorias e intestinales. La identificación de los ectoparásitos se realizará utilizando caracteres morfológicos (claves dicotómicas) y moleculares (COII y COI). La detección de Rickettsia se realizará usando pooles de pulgas y garrapatas, que serán organizados por especie, y se usará para la identificación de las bacterias un fragmento del gen de la enzima citrato sintasa (gltA) y una proteína de membrana (ompB); para SARS-CoV-2 en caninos se amplificará los genes E y Rd/Rp.
| Title | DETECCIÓN DE PATÓGENOS EMERGENTES (SARS-CoV-2) Y RE-EMERGENTES (Rickettsias) EN CANINOS PROCEDENTES DEL ÁREA METROPOLITANA DE BUCARAMANGA. |
|---|---|
| Identifier | Detección de ectopárasitos y patógenos emergentes en caninos |
| Funding | Universidad de Santander, Convocatoria interna de proyectos 2020-2021, Acta de inicio CIF16-21 |
| Study Area Description | El estudio se realiza en los municipios de Bucaramanga, Floridablanca, Girón y Piedecuesta, ubicados en el área metropolitana de Bucaramanga, departamento de Santander, Colombia (Gobernación de Santander, 2017). Esta región comprende un área geográfica de 1.479 km2. El régimen de lluvias es regular durante todo el año; sin embargo, se concentra en los meses de octubre a diciembre. Las características bioclimáticas de la región son muy similares y con una temperatura media anual de 23° C, con poca variación climática a lo largo del año. La altitud media se encuentra entre 600 y 1700 msnm y la precipitación media anual es de 1040 mm de agua, con un 78% de humedad relativa (Gobernación de Santander, 2017). |
| Design Description | SARS-CoV-2: En las clínicas veterinarias se tomarán hisopados en perros con y sin signos respiratorios. Los hisopados serán almacenados en una alícuota de RNAlater entre 4-20°C hasta la extracción de ARN. Además, se hará una toma de muestra de sangre en tubos sin EDTA para extracción de suero. Ectoparásitos: Las garrapatas serán extraídas mediante el método de colección directa, consistente en la revisión de toda la superficie corporal de cada animal durante 15 minutos, en las partes del cuerpo donde generalmente se encuentran garrapatas (orejas, cabeza, cuello, patas delanteras y traseras, región torácica, abdominal y perianal). Durante ese tiempo, las garrapatas se desprenderán a contrapelo de la piel de los animales, mediante pinzas o con suaves movimientos de tracción (Benavidez-Montaño et al., 2018) y así evitar que el gnatosoma (aparato bucal) de la garrapata se desprenda del cuerpo del perro y quede clavado en el interior de la piel, lo cual inutiliza la muestra. Serán colectadas especies de garrapatas en diferentes estados evolutivos (larva, ninfa y adulto). Durante el mismo tiempo serán colectadas las formas adultas de especies de pulgas. Los especímenes colectados serán depositados en viales con etanol absoluto y etiquetados con la información de campo tales como fecha, albergue y tipo de hospedador. |
The personnel involved in the project:
Sampling Methods
SARS-CoV-2: En las clínicas veterinarias se tomaron hisopados en perros con y sin signos respiratorios. Ectoparásitos: Las garrapatas fueron extraídas mediante el método de colección directa. Se colectaron especies de garrapatas en diferentes estados evolutivos (larva, ninfa y adulto). Durante el mismo tiempo se colectaron las formas adultas de especies de pulgas. Los especímenes colectados fueron depositados en viales con etanol absoluto y etiquetados con la información de campo tales como fecha, albergue y tipo de hospedador.
| Study Extent | Este estudio se desarrolló en los municipios de Bucaramanga, Floridablanca, Girón y Piedecuesta, ubicados en el departamento de Santander, Colombia (Gobernación de Santander, 2017). Esta región comprende un área geográfica de 1.479 km2. El régimen de lluvias es regular durante todo el año; sin embargo, se concentra en los meses de octubre a diciembre. Las características bioclimáticas de la región son muy similares y con una temperatura media anual de 23° C, con poca variación climática a lo largo del año. La altitud media se encuentra entre 600 y 1700 msnm y la precipitación media anual es de 1040 mm de agua, con un 78% de humedad relativa (Gobernación de Santander, 2017). |
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Method step description:
- SARS-CoV-2: En las clínicas veterinarias se tomaron hisopados en perros con y sin signos respiratorios. Los hisopados fueron almacenados en una alícuota de RNAlater entre 4-20°C hasta la extracción de ARN. Además, se realizó una toma de muestra de sangre en tubos sin EDTA para extracción de suero.
- Ectoparásitos: Las garrapatas fueron extraídas mediante el método de colección directa, consistente en la revisión de toda la superficie corporal de cada animal durante 15 minutos, en las partes del cuerpo donde generalmente se encuentran garrapatas (orejas, cabeza, cuello, patas delanteras y traseras, región torácica, abdominal y perianal). Durante ese tiempo, las garrapatas se desprendieron a contrapelo de la piel de los animales, mediante pinzas o con suaves movimientos de tracción (Benavidez-Montaño et al., 2018) y así evitar que el gnatosoma (aparato bucal) de la garrapata se desprenda del cuerpo del perro y quede clavado en el interior de la piel, lo cual inutiliza la muestra. Se colectaron especies de garrapatas en diferentes estados evolutivos (larva, ninfa y adulto). Durante el mismo tiempo se colectaron las formas adultas de especies de pulgas. Los especímenes colectados fueron depositados en viales con etanol absoluto y etiquetados con la información de campo tales como fecha, albergue y tipo de hospedador.
- En paralelo con el proceso de identificación utilizando caracteres morfológicos, se seleccionó una muestra al azar de los ectoparásitos colectados en los diferentes albergues. Se procedió a la identificación taxonómica mediante biología molecular. En las pulgas se utilizó el marcador mitocondrial COII. Este fue amplificado con los primers F-Leu y R-Leu. Para la identificación de las garrapatas se utilizó el gen COI usando la pareja de primers S0725 y S0726. La secuenciación de los amplicones se realizó por la técnica de Sanger. El material recolectado fue destruido durante el procesamiento y, por lo tanto, no se depositó en ninguna colección de referencia.
Bibliographic Citations
- Benavides Montaño, J. A., Jaramillo Cruz, C. A., y Mesa Cobo, N. C. (2018). Garrapatas ixodidae (ACARI) en el Valle del Cauca, Colombia. Boletín Científico Centro de Museos Museo de Historia Natural, 22(1), 131–150. https://doi.org/10.17151/bccm.2018.22.1.12
Additional Metadata
| Alternative Identifiers | 10.15472/kbnkvn |
|---|---|
| 17e160c4-11ea-432e-95af-d65e84ec5953 | |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=udes_proyecto_ectoparasitos |