Description
Estructura de la comunidad microbiana de manantiales termales del Departamento de Boyacá. Este estudio se realizó en 5 manantiales termales y un manantial salino de Boyacá. Las comunidades microbianas de los manantiales están conformadas principalmente por poblaciones termofílicas de organismos sulfato-reductores, tiosulfato-reductores no sulfato-reductores, organismos reductores de hierro férrico, organismos reductores de nitratos y principalmente organismos fermentativos.
Composición de la comunidad microbiana de manantiales termales del Departamento de Risaralda. Se concentró en el estudio de la diversidad microbiana de manantiales salinos y termales del departamento de Risaralda. Los estudios en esta segunda fase se orientaron hacia la clasificación taxonómica de microorganismos, utilizando como marcador molecular el gen 16S rRNA, con el fin de identificar los microorganismos presentes en manantiales salinos y termales.
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Baena S, Diaz Cardenas C, López Ramirez G (2019): Estudio de la Diversidad de Microorganismos de Ambientes Termales y Salinos de la Región Andina Central de Colombia. v1.1. Pontificia Universidad Javeriana. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/lefufh
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The publisher and rights holder of this work is Pontificia Universidad Javeriana. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.
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Keywords
Microorganismos; bacterias termofilicas; bacterias anaerobias; bacterias salinas; Occurrence; Observation; PERMISO_COLECTA
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Geographic Coverage
Las colectas se realizaron en los departamentos de Boyacá y Risaralda.
| Bounding Coordinates | South West [3.623, -75.981], North East [5.791, -73.455] |
|---|
Taxonomic Coverage
Comunidad microbiana de manantiales termales, comprende registros correspondientes a 53 especies de bacterias distribuidas en 14 familias del dominio Bacteria.
| Phylum | Firmicutes, Proteobacteria, Synergistetes |
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Temporal Coverage
| Start Date / End Date | 2009-10-01 / 2019-10-14 |
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Project Data
Los objetivos de este estudio fueron: 1.Establecer una colección microbiana de organismos termofilicos y halofilicos utilizando herramientas de taxonomía y filogenia molecular. 2. Describir la composición de las comunidades microbianas de los Dominios Archaea y Bacteria de manantiales salinos y manantiales termales de los departamentos de Boyacá y Risaralda y su relación con las condiciones fisicoquímicas de su ambiente. 3. Describir fenotípica y genotípicamente los microorganismos aislados de estos ambientes termales y salinos e identificar nuevas especies usando características quimio taxonómicas como análisis de ácidos grasos de pared celular, lípidos de membrana y génicas como contenido de guanina-citosina del DNA total y secuenciación del genoma con fines taxonómicos y filogenómicos.
| Title | ESTUDIO DE LA DIVERSIDAD DE MICROORGANISMOS DE AMBIENTES TERMALES Y SALINOS DE LA REGION ANDINA CENTRAL DE COLOMBIA |
|---|---|
| Identifier | Contrato ARG 218 |
| Funding | Pontificia Universidad Javeriana, IFS y Colciencias |
| Study Area Description | Este estudio se desarrolló en dos fases, una primera concentrada en cinco manantiales termales y un manantial salino del departamento de Boyacá, a 2.500 m.s.n.m. en el Departamento de Boyacá y una segunda fase de estudio que se concentró en el estudio de la diversidad microbiana de manantiales salinos y termales del departamento de Risaralda. Los estudios en esta segunda fase se orientaron hacia la clasificación taxonómica de microorganismos, utilizando como marcador molecular el gen 16S rRNA, con el fin de identificar los microorganismos presentes en manantiales salinos y termales. |
| Design Description | Este estudio se desarrolló en dos fases, una primera concentrada en cinco manantiales termales y un manantial salino del departamento de Boyacá, a 2.500 m.s.n.m. en el Departamento de Boyacá. y una segunda en el departamento de Risaralda, donde se seleccionaron cuatro manantiales, dos termales (Jaivana y Parador de Quimbaya y dos salinos (Manantial Salado de Consotá y Manantial La Cristalina). En cada manantial se ubicaron diferentes puntos de muestreo y se tomaron muestras a diferentes profundidades, según el manantial en estudio y se realizaron 3 muestreos durante dos años de estudio. |
The personnel involved in the project:
Sampling Methods
En cada manantial se ubicaron diferentes puntos de muestreo y se tomaron muestras a diferentes profundidades, según el manantial en estudio y se realizaron 3 muestreos durante dos años de estudio
| Study Extent | Este estudio se desarrolló en dos fases, una primera concentrada en cinco manantiales termales y un manantial salino del departamento de Boyacá, a 2.500 m.s.n.m. en el Departamento de Boyacá. Una segunda fase de estudio, que se concentró en el estudio de la diversidad microbiana de manantiales salinos y termales del departamento de Risaralda. |
|---|---|
| Quality Control | En cada manantial se ubicaron diferentes puntos de muestreo y se tomaron muestras a diferentes profundidades, según el manantial en estudio y se realizaron 3 muestreos durante dos años de estudio |
Method step description:
- Para el aislamiento e identificación fenotípica y genotípica de los microorganismos dominantes de los manantiales se tomaron muestras puntuales entre 200 y 500 ml de agua y sedimento en frascos estériles a profundidades entre 30 y 100 cm según las características de cada manantial. Posteriormente (menos de 24 horas) se realizaron las siembras en diferentes series de cultivo, siguiendo protocolos descritos previamente. Las muestras fueron procesadas en el laboratorio de la Unidad de Saneamiento y Biotecnología Ambiental (USBA) de la Universidad Javeriana. Para el aislamiento de los microorganismos se realizaron 31 series de cultivo en condiciones anaerobias y 24 series de cultivo en condiciones aerobias. Las diferentes series de cultivo se definieron con base en las características de cada manantial y con base en el tipo de microorganismo que se deseaba aislar. Se tuvo en cuenta la fuente de carbono (donador de electrones en la mayoría de los casos) y la presencia o ausencia de aceptor de electrones, y se incubaron también según las características de cada manantial. A partir de las diferentes series de cultivo se realizaron los aislamientos microbianos en medio sólido con agar noble al 2% (p/v) usando la técnica del tubo rodado. La purificación de los microorganismos se logró con el uso repetido de esta técnica hasta obtener cultivos axénicos. La pureza de los cultivos fue verificada por observación al microscopio y repicaje en medio enriquecido con extracto de levadura (2g/l) y glucosa (20 mM).
Collection Data
| Collection Name | Colección de microorganismos de la Pontificia Universidad Javeriana |
|---|---|
| Collection Identifier | Registro nacional de colecciones: 148 |
| Parent Collection Identifier | CMPUJ |
Bibliographic Citations
- Díaz-Cárdenas, C, B.K.C. Patel,. G. Lopez, S. Baena.. 2010. Dethiosulfovibrio salsuginis sp. nov., an anaerobic slightly halophilic bacterium isolated from a saline spring of Colombia. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 60 (4): 850-853 doi: 10.1099/ijs.0.010835-0
- Díaz-Cardenas, C, B.K.C. Patel, S. Baena 2009. Tistlia consotensis. gen. nov., sp. nov., a novel aerobic chemoheterotrophic free-living nitrogen-fixing -Proteobacteria, isolated from a Colombian saline spring. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. (60): 1437-1443 doi:10.1099/ijs.0.010926-0 doi:10.1099/ijs.0.010926-0
- Rubiano-Labrador, C., Sandra Baena, Carolina Díaz-Cárdenas, Bharat K.C. Patel. 2013. Caloramator quimbayensis sp. nov., an anaerobic, moderately thermophilic bacterium isolated from an Andean terrestrial hot spring. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 63: 1396–1402 DOI 10.1099/ijs.0.037937-0
- Rubiano-Labrador, C., Céline Bland, Guylaine Miotello, Philippe Guérin, Olivier Pible, Sandra Baena, Jean Armengaud. 2014. Proteogenomic insights into salt toleranceby a halotolerant alpha-proteobacterium isolated from an Andean saline spring. Journal of Proteomics. 97: 36-47. doi.org/10.1016/j.jprot.2013.05.020
- Rubiano-Labrador, Carolina, Bland Céline, Miotello Guylaine, Armengaud Jean, Baena Sandra. 2015. Salt stress induced changes in the exoproteome of the halotolerant bacterium Tistlia consotensis deciphered by proteogenomics. PLoS ONE 10(8): e0135065. doi:10.1371/journal.pone.0135065
- Diaz-Cárdenas C. & S. Baena. 2015. Manantiales salinos: diversidad metabólica y filogenética de microorganismos de ambientes salinos. Rev. Acad. Colomb. Cienc. Ex. Fis. Nat. 39(152):358-373, julio-septiembre de 2015. doi: http://dx.doi.org/10.18257/raccefyn.199
- Díaz-Cárdenas C., A. Caro-Quintero, G. López, L.F. Bernal, J. David Alzate, L. N. Gonzalez, N. Shapiro, T. Woyke, N. C Kyrpides, S. Restrepo, S. Baena. 2017. Draft genome and description of Consotaella salsifontis gen. nov. sp. nov., a halophilic free-living nitrogen-fixing alphaproteobacterium isolated from an ancient terrestrial saline spring. Int J Syst Evol Microbiol. DOI 10.1099/ijsem.0.002185.
- Carolina Díaz-Cárdenas, Gina López, J. David Alzate, Laura N. González, Nicole Shapiro, Tanja Woyke, Nikos C. Kyrpides, Silvia Restrepo, Sandra Baena. Draft genome sequence of Dethiosulfovibrio salsuginis DSM 21565T an anaerobic, slightly halophilic bacterium isolated from a Colombian saline spring. Standards in Genomic Sciences (2017) 12:86 DOI 10.1186/s40793-017-0303-x
- G. López, S.J. Cañas-Duarte, A.M. Pinzón-Velasco, N.E. Vega-Vela, M. Rodríguez, S. Restrepo, S. Baena. (2017). Description of a new anaerobic thermophilic bacterium, Thermoanaerobacterium butyriciformans sp. nov. Systematic and Applied Microbiology. Volume 40, Issue 2, March 2017, Pages 86-91 doi.org/10.1016/j.syapm.2016.11.006
- Gómez-Gómez Javier Antonio, Giraldo-Estrada Catalina, Habeych David, Baena Sandra. 2015. Evaluation of biological production of lactic acid in a synthetic medium and in processing byproducts of Aloe barbadensis Miller (Aloe vera). Univ. Sci. 2015, Vol. 20 (3): 369-385 doi: 10.11144/Javeriana.SC20-3.eobp
- Baena. S., N. Perdomo, C. Carvajal; B.K.C. Patel. 2011. Desulfosoma caldarium gen. nov. sp. nov., a thermophilic sulfate-reducing bacterium from an Andean terrestrial hot spring. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 61: 732–736 DOI 10.1099/ijs.0.020586-0
- Thevenieau, F.; M-L Fardeau; B. Ollivier; C. Joulian; S. Baena. 2007. Desulfomicrobium thermophilum sp. nov., a novel thermophilic sulphate-reducing bacterium isolated from a terrestrial hot spring in Colombia. Extremophiles. (2): 295-303. DOI 10.1007/s00792-006-0039-9
Additional Metadata
| Purpose | Repositorio de la diversidad microbiana de ambientes termales y salinos de Colombia |
|---|---|
| Maintenance Description | El mantenimiento que hace la coleccion de microorganismos |
| Alternative Identifiers | 10.15472/lefufh |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=carg_sandrab_puj | |
| 837b26a5-1837-4ad8-9e5a-ce72ac8b000b | |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=carg_sandrab_puj |