Hongos formadores de micorrizas arbusculares de la transición Andino-Amazónica del departamento del Caquetá - Proyecto Colombia BIO

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Hongos formadores de micorrizas arbusculares (como esporas y micelio) del suelo colectados en el camino Andaquí en el marco de la expedición Colombia BIO, colectados a una profundidad de 0-10cm x 5 réplicas, en un gradiente altitudinal con puntos de muestreos a cada 125 metros, desde los 500 metros hasta los 1875.

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Peña Venegas C P, Herrera Collazos E E (2018): Hongos formadores de micorrizas arbusculares de la transición Andino-Amazónica del departamento del Caquetá - Proyecto Colombia BIO. v2.2. Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas Sinchi. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/wh6f9i

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Keywords

Occurrence; Specimen; Endomicorrizas; micorrizas arbusculares; Glomeromycotina; simbiosis; Amazonia; Colombia Bio; Caquetá; COLOMBIA_BIO

Contacts

Who created the resource:

Clara Patricia Peña Venegas
Investigadora Asociada IV
Instituto Amazónico de Investigaciones científicas SINCHI Bogotá Bogotá CO
Edgar Esteban Herrera Collazos
Data Scientist
Instituto Amazónico de Investigaciones científicas SINCHI Bogotá Bogotá CO

Who can answer questions about the resource:

Clara Patricia Peña Venegas
Investigadora Asociada IV
Instituto Amazónico de Investigaciones científicas SINCHI Bogotá Bogotá CO
Dairon Cárdenas López
Curador
Instituto Amazónico de Investigaciones científicas SINCHI Bogotá Bogotá CO

Who filled in the metadata:

Clara Patricia Peña Venegas
Investigadora Asociada IV
Instituto Amazónico de Investigaciones científicas SINCHI Bogotá Bogotá CO
Edgar Esteban Herrera Collazos
Data Scientist
Instituto Amazónico de Investigaciones científicas SINCHI Bogotá Bogotá CO

Geographic Coverage

La transición Andino-Amazónica, iniciando en el departamento de Huila, municipio de Acevedo y descendiendo a lo largo del camino Andaki hasta el municipio de Belén de los Andaquíes en el departamento de Caquetá. Abarca desde el bosque de niebla hasta el piedemonte amazónico.

Bounding Coordinates South West [1.557, -75.928], North East [1.719, -75.861]

Taxonomic Coverage

Muestras identificadas hasta género y clasificadas en 8 géneros diferentes: Glomus, Gigaspora, Acaulospora, Archaeospora, Scutellospora, Claroideoglomus, Diversispora, Paraglomus. Glomus es le género más frecuente y abundante.

Family  Glomeraceae,  Gigasporaceae,  Acaulosporaceae,  Archaeosporaceae,  Paraglomeraceae,  Diversisporaceae,  Clareidoglomaceae

Temporal Coverage

Start Date / End Date 2017-01-22 / 2017-01-30

Project Data

No Description available

Title Expedición Colombia-BIO a la biodiversidad en la transición Andino-Amazónica del departamento del Caquetá en el marco del programa Colombia BIO
Funding Convenio especial de cooperación no. Fp44842-460-2016 celebrado entre Fiduprevisora s.a. - Fiduprevisora s.a., actuando como vocera y administradora del Fondo Nacional de Financiamiento para la ciencia, la tecnología y la innovación, Fondo Francisco José de Caldas y el Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas - SINCHI. Aunar esfuerzos para caracterizar la diversidad de la transición Andino-Amazónica del Caquetá con participación comunitaria en el marco del programa Colombia BIO.
Study Area Description El Parque Natural Municipal Andaki- PNMA se ubica en el municipio de Belén de los Andaquíes (Caquetá ) y tiene un gradiente altitudinal que va desde los 2.700 hasta 350 msnm. Corresponde al área del piedemonte donde se concentran especies endémicas, amenazadas y una elevada diversidad biológica con muchos vacíos de información. Esta zona se ha convertido en un escenario clave del postconflicto y se está convirtiendo en uno de los principales focos de deforestación en el país. Existe una muy buena base social liderada por la Fundación Tierra Viva, que desarrolla iniciativas orientadas a la conservación de la biodiversidad y además tiene como función administrar el Parque. Ya que el PNMA está ubicado entre los límites del Parque Nacional Natural Alto Fragua Indi-Wasi, interfluvios del rio Pescado y el rio Bodoquero, con una extensión de 26.754 hectáreas, cumple una función muy importante como corredor biológico interandino desde el macizo colombiano a través del flanco Oriental de la cordillera oriental de los Andes.

The personnel involved in the project:

Principal Investigator
Clara Patricia Peña Venegas
Principal Investigator
Daniela León Valencia

Sampling Methods

En cada uno de los cinco puntos de muestreo, se colectaron alrededor cinco (5) sub-muestras del suelo superficial (0-20cm), retirando la capa de hojarasca superficial si está presente. Las sub-muestras son colectadas en la misma bolsa plástica, y homogenizadas para obtener una muestra compuesta de aproximadamente 200 gramos de suelo. En total se colectaron 54 muestras de suelo para la determinación de bacterias en laboratorio por técnicas moleculares. Para la determinación taxonómica de microorganismos del suelo (Bacterias y Arqueas) en el laboratorio, se seguirá la metodología estandarizada en el laboratorio de biotecnología y recursos genéticos del Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas –Sinchi. La extracción de ADN de agua, sedimentos y suelos se realizará usando los kits: powerwater DNA isolation Kit (MoBioLaboratories Carlsbad, CA), powersoil DNA isolation (MoBioLaboratories Carlsbad, CA) y núcleo spin soil –DNA, RNA and proteinpurification (macherey-nagel Alemania), respectivamente. Siguiendo las instrucciones del fabricante. Se amplificará la región V3-V4 del gen 16S ARNr con los iniciadores S-D-Bact-0341-b-S-17, 5-CCTACGGGNGGCWGCAG-3 y S-D-Bact-0785-a-A-21, 5-GACTACHVGGGTATCTATCC-3 descritos por Herlemann et al. (2011). Las muestras serán enviadas a Macrogen (Corea) para ser secuenciadas en una corrida de paired-endMiSeq2 X 300. El análisis de las secuencias se realizará con el programa QIIME scripts versión 1.8.0-20140103 (Caporaso et al. 2010). La asignación taxonómica se realizará con la base de datos de Greengenes. La abundancia relativa de los diferentes grupos microbianos se estimará en cada comunidad comparando el número de secuencias clasificadas que pertenecen a un grupo bacteriano específico versus el número de secuencias clasificadas por muestra."

Study Extent El estudio se realizó en el camino Andaqui, en el municipio de Belén de los Andaquies, departamento del Caquetá. Por la trocha del camino Andaqui se hizo un recorrido desde la divisoria de aguas límite de los departamentos del Huila y Caquetá, hasta la vereda de las verdes, hasta los puentes de la quebrada de las verdes y el río pescado. En total se realizaron 11 puntos cada 125 metros sobre el nivel del mar, desde 1875 hasta los 500 msnm como se observa en la figura 1 los cuales fueron numerados con respecto a su altura, donde la altura máxima de 1875 msnm era la 1, y la altura mínima de 500 msnm fue 11. Los puntos se realizaban en las zonas que estaban a la altura exacta y contaban con una cobertura natural, lo menos intervenida posible, por lo que en algunos puntos no fue posible realizar el punto y se realizaron en otros lugares por encontrarse pastos de ganadería.
Quality Control En campo las bolsas van marcadas con el número de cada punto, con las siglas del nombre del municipio de muestreo Belén de los Andaquies (BA), un número continuo para las alturas de los puntos de muestreos donde la altura máxima de 1875 msnm, así: BA1875. En laboratorio se mantuvo el mismo código para identificar cada una de las muestras durante el aislamiento de las esporas de los hongos, la cual es la estructura morfológica para su determinación taxonómica. El mismo código fue usado para la muestra de suelo para determinar hongos formadores de micorrizas arbusculares por métodos moleculares.

Method step description:

  1. Dos técnicas de laboratorio fueron usadas para procesar las muestras de suelo para la determinación de hongos formadores de micorrizas arbusculares: a) Determinación taxonómica a partir de características morfológicas de las esporas; y b) Determinación taxonómica a partir de técnicas moleculares.
  2. Para la determinación taxonómica a partir de características morfológicas de las esporas, se toman 10g de suelo de cada muestra (por triplicado), y se separan las esporas de hongos formadores de micorrizas arbusculares por medio de un tamizado húmedo seguido de una centrifugación en gradiente de sacarosa, siguiendo la metodología de Gerdemann y Nicolson (1964). Luego de aisladas las esporas, se realizaron montajes en lactoglicerol y y lactoglicerol con reactivo del Melzer de más o menos 10 esporas de cada morfotipo para evaluar sus características. Esta información fue recogida a través de dibujos y fotos. La determinación taxonómica de los morfotipos se realizó con base en vouchers de referencia decritos en la página web del International Collection of (vesicular-) Arbuscular Mycorrhizal Fungi INVAM (http://invam.wvu.edu); en el catálogo de Peña-Venegas et al. (2006); y en el catálogo de Schenck y Perez (1988) que incluye morfotipos que fueron descritos para Colombia pero que nunca han sido reportados en otros documentos académicos. Como los inventarios fueron hechos a partir de las esporas colectadas en campo, no todas las esporas estaban frescas y no siempre permiten su adecuada determinación taxonómica.
  3. Es importante indicar aun cuando la determinación de hongos micorriza arbuscular a partir de los morfotipos de esporas encontrados es de alguna manera sencilla de realizar, no todos los hongos formadores de micorrizas arbusculares esporulan, y algunos que esporulan, sólo lo hacen bajo ciertas condiciones (Sanders 2004; Landis et al. 2004). Así, por la técnica de determinación taxonómica a partir de características morfológicas de las esporas, solo logramos una aproximación a la diversidad total de este grupo de organismos en los suelos estudiados. Por ello, se hace necesario complementarla con otras metodologías como la determinación taxonómica a partir de técnicas moleculares.
  4. Para la determinación taxonómica de hongos formadores de micorrizas arbusculares a partir de técnicas moleculares se extrajo el ADN de los hongos de 5 g de suelo seco usando el kit Se realizó la extracción de ADN usando el kit NucleoSpin® Soil de Macherey-Nagel de acuerdo a las instrucciones del fabricante. Las secuencias de hongos formadores de micorrizas arbusculares son amplificadas del ADN extraído usando los primers NS31 y AML2 (Simon et al., 1992; Lee et al., 2008) unidos a unos primers de secuencia A and B, tal como fue descrito por Öpik et al.(2013). Para identificar las secuencias, se usaron códigos de barras (Parameswaran et al., 2007) que se insertaron entre A y NS31, y primer B y AML2. Luego se procede a hacer una PCR en dos pasos ( Öpik et al. 2013). Luego, los productos de la PCR fueron separados por medio de una electrophoresis en agar 1.5% en 0.5TBE. Los productos de la amplificación fueron purificados por elución de banda y cuantificado por Qubit ®. Del ADN obtenido, se tomaron 1.7 μg los cuales fueron secuenciados para obtener las secuencias de la comunidad de hongos micorriza arbuscular en los suelos evaluados.
  5. Las secuencias que tenían el correcto código de barras, los primers usados, y un tamaño mayor a 170 pares de bases fueron analizados bioinformáticamente. Secuencias muy largas (más de 520 pares de bases) fueron cortadas a este largo e incluidas en el análisis. A esas secuencias se le quitaron las quimeras usando el programa UCHIME v7.0.1090 (Edgar et al., 2011). A las secuencias limpias se les retiraron los códigos de barra y los primers, y se identificaron cotejándolas con la base de datos de hongos micorriza arbuscular MaarjAM con el programa BLAST v2.5.0 (Camacho et al., 2009) usando una técnica de selección abierta inespecífica de unidades taxonómicas (Bik et al., 2012). Se consideraron secuencias iguales cuando el porcentaje de similaridad entre la secuencia obtenida y la registrada en la base de datos MaarjAM fue ≥ 97%; y un alineamiento no menor a 95%. Las secuencias que no fueron similares a ningún taxon virtual de los reportados en la base de datos MaarjAM, fueron cotejadas con las secuencias publicadas en la base INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration), usando como criterio de aceptación 90%.

Bibliographic Citations

  1. Davison, J., M. Moora, M. Öpik, A. Adholeya, L. Ainsaar, A. Bâ, S. Burla, A. G. Diedhiou, I. Hiiesalu, T. Jairus, N. C. Johnson, A. Kane, K. Koorem, M. Kochar, C. Ndiaye, M. Pärtel, Ü. Reier, Ü. Saks, R. Singh, M. Vasar, M. Zobel. 2015. Global assessment of arbuscular mycorrhizal fungus diversity reveals very low endemism. Science 349 (6251): 970-973.
  2. Edgar, R.C., Haas, B.J., Clemente, J.C., Quince, C., Knight, R., 2011. UCHRIME improves sensitivity and speed of chimera detection. Bioinformatics 27, 2194-2200.
  3. Freitas, R.d.O., Buscardo, E., Nagy, L., Maciel, A.B.d.S., Carrenho, R., Luizão, R.C.C., 2014. Arbuscular mycorrhizal fungal communities along a pedo-hydrological gradient in a Central Amazonian terra firme forest. Mycorrhiza 24, 21-32.
  4. Gazol, A., Zobel, M., Cantero, J.J., Davison, J., Esler, K.J., Jairus, T., Öpik, M., Vasar, M., Moora, M., 2016. Impact of alien pines on local arbuscular mycorrhizal fungal communities - evidence from two continents. FEMS Microbiology Ecology.
  5. Gendermann, J.W., Nicolson, T.H., 1964. Spores of mycorrhizal Endogone extracted from soil by wet-sieving and decanting. Transactions of the British Mycological Society 46, 235-244.
  6. Lopes P., Stürmer S.L., Siqueira J. O. 2009. Occurence and diversity of arbuscular mycorrhizal fungi in trap cultures from soils under different land use systems in the Amazon, Brazil. Brazilian Journal of Microbiology 40: 111-121.
  7. Metting, F. B. 1993. Structure and physiological ecology of soil microbial communities. En: Soil microbialecology. F. B. Metting (eds.). Marcel Dekker, Inc. New York. 3-25 p.
  8. Moyersoen, B. 1993. Ectomicorrizas y micorrizas vesiculo-arbusculares en Caatinga Amazónica del Sur de Venezuela. Scientia Guaianae, 3: 82 pp.
  9. Oehl, F., G. A. Silva, B. T. Goto, E. Sieverding. 2011. Glomeromycota: three new genera and glomoid species reorganized. Mycotaxon 116: 75–120.
  10. Olson, D. M. 1994. The distribution of leaf litter invertebrates along a Neotropical altitudinal gradient. Journal of Tropical Ecology 10 (2): 129.
  11. Öpik, M., M. Moora, J. Liira, M. Zobel. 2006. Composition of root-colonizing arbuscular mycorrhizal fungal communities in different ecosystems around the globe. Journal of Ecology 94 (4): 778-790.
  12. Öpik, M., Zobel, M., Cantero, J.C., Davison, J., Facelli, J.M., Hiiesalu, I., Jairus, T., Kalwij, J.M., Koorem, K., Leal, M.E., Lüra, J., Metsis, M., Neshataeva, V., Paal, J., Phosri, C., Pölme, S., Reier, Ü., Saks, Ü., Schimann, H., Thiéry, O., Vassar, M., Moora, M., 2013. Global sampling of plant roots expands the described molecular diversity of arbuscular mycorrhizal fungi. Mycorrhiza 23, 411-430.
  13. Parameswaran, P., Jalili, R., Tao, L., Shokralla, S., Gharizadeh, B., Ronaghi, M., Fire, A.Z., 2007. A pyrosequencing-tailored nucleotide barcode design unveils opportunities for large-scale sample multiplexing. Nucleic Acids Research 35, e130.
  14. Peña-Venegas, C. P. 2015. People, soil and manioc interactions in the upper Amazon region. ISBN: 978-94-6257-322-2. 210p.
  15. Peña-Venegas C. P. 2010. Arbuscular mycorrhizal fungi in the Amazon region. In: Mycorrhiza: occurrence in natural and restored environments. M. Pagano eds.  Nova Publishers, New York: 75 - 86.
  16. Peña-Venegas C. P., Cardona G. I., Mazorra, A. 2006. Micorrizas Arbusculares de la Amazonia colombiana. Catálogo Ilustrado. Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas SINCHI. 90pp.
  17. Sanders, I.R., 2004. Plant and arbuscular mycorrhizal fungal diversity - are we looking at the relevant levels of diversity and are we using the right techniques? New Phytologist 164, 415-418.
  18. Schenck, N.C., Pérez, Y., 1988. Manual for the identification of VA micorrhizal fungi. University of West Virginia, West Virginia.
  19. Simon, L., Lalonde, M., Bruns, T.D., 1992. Specific amplification of 18S fungal ribosonal genes from VA endomycorrhizal fungi colonizing roots. Applied and Environmental Microbiology 58, 291-295.
  20. Stürmer S. L., Siqueira J. O. 2008. Diversidade de fungos micorrízicos arbusculares em Ecossistemas brasileiros. Em: Biodiversidade do solo em ecossistemas brasileiros. F. M. S. Moreira, J. O. Siqueira, L. Brussard (eds.). Lavras- MG. p 537-583.

Additional Metadata

Alternative Identifiers 10.15472/wh6f9i
33e5163b-2cb6-46ff-8c2f-2d67b28459ae
https://ipt.biodiversidad.co/sinchi/resource?r=colombiabio_andaquies_micro_hma