Description
Colección biológica del Herbario Amazónico Colombiano COAH, perteneciente al Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas SINCHI y que se encuentra registrado ante el Registro Nacional de Colecciones desde el 28 de marzo de 2001. Los registros han sido colectados desde el año 1856 hasta el año 2021, abarcando toda la región amazónica, cubriendo 5 países en total con un 99% de los registros en Colombia.
Este recurso cuenta a la fecha con 112.415 registros de plantas, pertenecientes a 246 familias, abarcando plantas vasculares y no vasculares. Un 89% se encuentra clasificado a nivel de especie, 9% a nivel de género y 2% a nivel de familia. Se incluyen 244 secuencias de ADN asociadas a 244 registros.
Data Records
The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 112,405 records.
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How to cite
Researchers should cite this work as follows:
Cárdenas D, Sua S, Castaño Arboleda N (2023): Herbario Amazónico Colombiano. v9.14. Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas - SINCHI. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/l7odt1
Rights
Researchers should respect the following rights statement:
The publisher and rights holder of this work is Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas - SINCHI. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
GBIF Registration
This resource has been registered with GBIF, and assigned the following GBIF UUID: 9b73f44e-bbe1-4fd1-a7a9-c96c38dcf884. Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas - SINCHI publishes this resource, and is itself registered in GBIF as a data publisher endorsed by Colombian Biodiversity Information System.
Keywords
Herbario Amazónico Colombiano; COAH; Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas SINCHI; Instituto SINCHI; Herbario; Colección biológica; Colección botánica; Amazonas; Cuenca amazónica; Amazonía colombiana; Occurrence; Specimen
External data
The resource data is also available in other formats
| Herbario virtual | https://www.sinchi.org.co/coah/consulta-de-especimenes-coah UTF-8 Página web 1 |
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Contacts
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Geographic Coverage
Datos de colección de la cuenca amazónica en 5 países: Colombia (111.674), Perú (373), Brasil (229), Ecuador (86) y Venezuela (53).
| Bounding Coordinates | South West [-10.35, -76.79], North East [5.3, -57.5] |
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Taxonomic Coverage
La colección Herbario Amazónico Colombiano se encuentra organizada filogenéticamente bajo el sistema de Cronquist, A. 1981, esta colección cuenta con cerca de 120.000 ejemplares de plantas vasculares y 7.500 de plantas no vasculares catalogados. De la totalidad de plantas vasculares, el 99% cuenta con determinación taxonómica hasta el nivel de familia, el 98% hasta género y el 84% hasta especie. Mientras que del total de plantas no vasculares, el 90% cuentan con determinación a familia, el 85% determinación hasta género y el 62% determinación hasta especie.
| Family | Acanthaceae, Actinidiaceae, Agavaceae, Alismataceae, Amaranthaceae, Anacardiaceae, Anemiaceae, Anisophylleaceae, Annonaceae, Apiaceae, Apocynaceae, Aquifoliaceae, Araceae, Araliaceae, Arecaceae, Aristolochiaceae, Asclepiadaceae, Aspleniaceae, Asteraceae, Balanophoraceae, Balsaminaceae, Begoniaceae, Bignoniaceae, Bixaceae, Blechnaceae, Bombacaceae, Boraginaceae, Brassicaceae, Bromeliaceae, Brunelliaceae, Burmanniaceae, Burseraceae, Cabombaceae, Cactaceae, Caesalpiniaceae, Campanulaceae, Cannabinaceae, Cannaceae, Capparaceae, Caprifoliaceae, Caricaceae, Caryocaraceae, Caryophyllaceae, Cecropiaceae, Celastraceae, Chenopodiaceae, Chloranthaceae, Chrysobalanaceae, Clethraceae, Clusiaceae, Cochlospermaceae, Combretaceae, Commelinaceae, Connaraceae, Convolvulaceae, Costaceae, Crassulaceae, Cucurbitaceae, Cupressaceae, Cyatheaceae, Cycadaceae, Cyclanthaceae, Cyperaceae, Cyrillaceae, Davalliaceae, Dennstaedtiaceae, Dichapetalaceae, Dicksoniaceae, Dilleniaceae, Dioscoreaceae, Dipterocarpaceae, Droseraceae, Dryopteridaceae, Ebenaceae, Elaeocarpaceae, Equisetaceae, Ericaceae, Eriocaulaceae, Erythroxylaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Flacourtiaceae, Gentianaceae, Geraniaceae, Gesneriaceae, Gleicheniaceae, Gnetaceae, Haemodoraceae, Heliconiaceae, Hernandiaceae, Hippocastanaceae, Hippocrateaceae, Hugoniaceae, Humiriaceae, Hydrangeaceae, Hydrocharitaceae, Hydrophyllaceae, Hymenophyllaceae, Icacinaceae, Iridaceae, Ixonanthaceae, Lacistemataceae, Lamiaceae, Lauraceae, Lecythidaceae, Lentibulariaceae, Lepidobotryaceae, Liliaceae, Limnocharitaceae, Lindsaeaceae, Lissocarpaceae, Loasaceae, Loganiaceae, Lomariopsidaceae, Loranthaceae, Lycopodiaceae, Lygodiaceae, Lythraceae, Magnoliaceae, Malpighiaceae, Malvaceae, Marantaceae, Marattiaceae, Marcgraviaceae, Marsileaceae, Mayacaceae, Melastomataceae, Meliaceae, Mendonciaceae, Menispermaceae, Menyanthaceae, Metaxyaceae, Metteniusaceae, Mimosaceae, Monimiaceae, Moraceae, Musaceae, Myricaceae, Myristicaceae, Myrsinaceae, Myrtaceae, Nyctaginaceae, Nymphaeaceae, Ochnaceae, Olacaceae, Oleaceae, Oleandraceae, Onagraceae, Opiliaceae, Orchidaceae, Oxalidaceae, Papaveraceae, Passifloraceae, Pedaliaceae, Phytolaccaceae, Piperaceae, Plantaginaceae, Poaceae, Podocarpaceae, Podostemaceae, Polemoniaceae, Polygalaceae, Polygonaceae, Polypodiaceae, Pontederiaceae, Portulacaceae, Primulaceae, Proteaceae, Pteridaceae, Quiinaceae, Ranunculaceae, Rapateaceae, Rhamnaceae, Rhizophoraceae, Rosaceae, Rubiaceae, Rutaceae, Sabiaceae, Salicaceae, Salviniaceae, Sapindaceae, Sapotaceae, Schizaeaceae, Scrophulariaceae, Selaginellaceae, Simaroubaceae, Smilacaceae, Solanaceae, Sphenocleaceae, Staphyleaceae, Sterculiaceae, Strelitziaceae, Styracaceae, Symplocaceae, Taccaceae, Tectariaceae, Tepuianthaceae, Tetrameristaceae, Theaceae, Thelypteridaceae, Theophrastaceae, Thurniaceae, Thymelaeaceae, Tiliaceae, Tovariaceae, Trigoniaceae, Triuridaceae, Turneraceae, Ulmaceae, Urticaceae, Velloziaceae, Verbenaceae, Violaceae, Viscaceae, Vitaceae, Vochysiaceae, Woodsiaceae, Xyridaceae, Zamiaceae, Zingiberaceae, Zygophyllaceae |
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Temporal Coverage
| Start Date / End Date | 1856-02-11 / 2021-10-17 |
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Sampling Methods
No hay una metodología de muestreo dado que se trata de inventarios especialmente en áreas en donde hay vacíos de información.
| Study Extent | Cuenca Amazónica Colombiana, aunque también se tiene información de la cuenca completa. |
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| Quality Control | Hay un proceso desde la colecta en campo hasta la publicación de los datos y cada uno tiene un control de calidad. En el proceso de estructuración y validación de los datos, se realizó el control de la calidad de la información proporcionada por COAH. A continuación, se enumeran los procesos asociados a esta actividad: 1. Revisión de la información documentada asociada a los datos biológicos; 2. Estructuración de los datos en el estándar Darwin Core (DwC) según elementos, definiciones y vocabularios controlados; 3. Unificar el conjunto de datos ya publicado con los nuevos registros suministrados; 4. Validación y limpieza de la información consignada en el DwC, 4.1. Corrección de errores de tipeo, para esta tarea se usó OpenRefine, adicionalmente se identificaron datos erróneos como sinonimias, con el uso de la API de GBIF para validación taxonómica https://github.com/SIB-Colombia/data-quality-open-refine/blob/master/ValTaxonomicAPIGBIF_ValTaxonomicaAPIGBIF.txt, complementado con la información encontrada en tropicos https://www.tropicos.org/home y el catalogo de plantas y líquenes de Colombia https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=catalogo_plantas_liquenes 4.2. Se realizó la conversión de las fechas, acorde a lo exigido en el estándar, 4.3. Se llevó a cabo la visualización de las coordenadas para su validación utilizando el proyecto de QGIS https://sib-colombia.github.io/Formacion/LAB/lab02/lab_valCoord.html del SiB Colombia y http://iobis.github.io/plotter/; 5. Finalmente, la base datos DwC se validó haciendo uso del Validador de datos - GBIF. |
Method step description:
- Esta metodología esta de acuerdo con el Proceso de Colecciones definido para la Gestión de Calidad. COLECTA Y PROCESAMIENTO DE EJEMPLARES BOTANICOS: La colección de las muestras botánicas se realiza en campo. Las cuales se prensan y numeran y a su vez en el cuaderno de campo se realiza la descripción de cada ejemplar con el número de colección, las muestras son alcoholizadas y enviadas como embalaje al Herbario Amazónico Colombiano COAH en Bogotá. Una vez en Bogotá, el material se coloca en el horno especializado para su deshidratación, a 80°C durante 12 horas, las muestras se separan con láminas de aluminio y cartón. Paralelamente, los datos de campo del cuaderno se digitan en un formato de fichas técnicas, éstas fichas una vez impresas se ingresan en cada una de las muestras botánicas ya secas. Con este paso se realiza una corroboración de ejemplares disecados frente al cuaderno de campo y sus datos.
- IDENTIFICACIÓN DEL MATERIAL Y SELECCIÓN PARA MONTAJE: Las colecciones botánicas secas se determinan taxonómicamente mediante comparación con la colección general del Herbario y con la ayuda de claves taxonómicas especializadas. Posteriormente se selecciona el material que va a ser montado, el cual se almacena en el taller de montaje.
- MONTAJE, SELLADO Y NUMERACIÓN DE EJEMPLARES BOTÁNICOS: Los ejemplares botánicos identificados taxonómicamente que están en buen estado y tienen alguna estructura fértil (flor o fruto) son montados en cartulina (cosidos y pegados), a cada ejemplar montado se le asigna un número de herbario consecutivo. Se almacenan en el taller para ser enviados a digitación.
- INGRESO A LA BASE DE DATOS: La información de cada ejemplar montado (ficha técnica y número de herbario único) se verifica e ingresa a la base datos conforme a "Serie de estándares para la gestión de información sobre biodiversidad en Colombia" (Suárez 2007). Se ingresa al congelador y son refrigerados por 24 horas, luego se almacena el sarcófago para clasificarlo e incorporado a la colección.
- INGRESO A LA COLECCIÓN: Una vez la información del ejemplar ha ingresado a la base de datos, cada ejemplar es incluido en la colección física del Herbario en la carpeta de acuerdo con el taxón correspondiente.
- FOTOGRAFIAS DE LA ESPECIE: Se selecciona un ejemplar representativo de la especie del cual se toma una fotografía digital, la cual se edita con las características definidas (600 x 800 pixeles) y posteriormente se copia al servidor en la carpeta correspondiente.
- PUBLICACION DE EJEMPLARES EN EL HERBARIO VIRTUAL: La información que ingresa a la base de datos se actualiza en el servidor web (Herbario Virtual) y se verifica, de acuerdo con el manual de usuario de la aplicación Herbario Virtual, cada seis meses se actualiza la información en el IPT SINCHI.
Collection Data
| Collection Name | Herbario Amazónico Colombiano |
|---|---|
| Collection Identifier | https://www.gbif.org/grscicoll/collection/39da9440-3953-4ef8-97d4-a25c3524bfa6 |
| Parent Collection Identifier | COAH |
| Collection Name | Herbario Amazónico Colombiano |
|---|---|
| Collection Identifier | Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 1 |
| Parent Collection Identifier | COAH |
| Specimen preservation methods | Dried and pressed |
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| Curatorial Units | Between 1 and 112,415 Pliego |
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Additional Metadata
Estos ejemplares están depositados en el Herbario Amazónico Colombiano COAH. La actualización, estructuración y validación de los registros, se realizó con el apoyo de la Agencia Nacional de Hidrocarburos – ANH, en el Convenio Marco Interadministrativo No. 20-099 donde se suscribe el Convenio Interadministrativo No. 20-115, cuyo objeto es “Aunar esfuerzos técnicos, financieros, jurídicos y administrativos para consolidar información de medio Biótico, que permita la construcción de una línea base regional para el departamento del Putumayo que facilite los procesos de planeación para los sectores productivos y la empresa privada, como herramientas estratégicas para la toma de decisiones por parte de la Autoridad Ambiental”. Agradecemos a la ANH y al SiB Colombia por facilitar la publicación de estos datos asegurando que estén disponibles de manera libre y gratuita para las personas de la región y para el público interesado en familiarizarse con la gran diversidad y riqueza natural que alberga esta zona de la Amazonia colombiana.
| Alternative Identifiers | 9b73f44e-bbe1-4fd1-a7a9-c96c38dcf884 |
|---|---|
| https://ipt.biodiversidad.co/sinchi/resource?r=coah_sinchi |