Colección Biológica Grupo de Estudio Relación Parásito Hospedero (UNAL:GERPH)

Nubia Estela Matta Camacho1, Angie Daniela Gonzalez Galindo2, Angie Daniela Gonzalez Galindo3, Nubia Estela Matta Camacho4, Angie Daniela Gonzalez Galindo5, David Felipe Pinto Osorio6

1 Universidad Nacional de Colombia, Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 133, Bogotá, Colombia; 2 Universidad Nacional de Colombia, Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 148, Bogotá, Colombia; 3 Universidad Nacional de Colombia, Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 148, Bogotá, Colombia; 4 Universidad Nacional de Colombia, Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 133, Bogotá, Colombia; 5 Universidad Nacional de Colombia, Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Ofi. 148, Bogotá, Colombia; 6 Universidad Nacional de Colombia, Carrera 30 # 45-03 Edificio 421 Lab. 126, Bogotá, Colombia

Corresponding author(s): Nubia Estela Matta Camacho (nemattac@unal.edu.co)Angie Daniela Gonzalez Galindo (adgonzalezg@unal.edu.co), Angie Daniela Gonzalez Galindo (adgonzalezg@unal.edu.co)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Matta Camacho N E, Gonzalez Galindo A D, Pinto Osorio D F (2019): Colección Biológica Grupo de Estudio Relación Parásito Hospedero (UNAL:GERPH). v2.1. Universidad Nacional de Colombia. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/bmzrb5 https://doi.org/10.15472/bmzrb5

Abstract

La colección Grupo de Estudios Relación Parásito Hospedero: Modelo Hemoparásitos Aviares (GERPH) de la Universidad Nacional de Colombia, fue fundada por la profesora Nubia Matta en 1998. Esta colección preserva micropreparados sanguíneos de fauna silvestre, sus parásitos y algunos ejemplares de posibles vectores. El grupo de hospederos más representativo en la colección son las aves, pero también se cuenta con ejemplares de anfibios, reptiles y mamíferos. El estudio de estos ejemplares permite extraer información sobre relaciones parásito-hospedero, diversidad de parásitos y algunos parámetros sanguíneos de fauna silvestre.

Keywords: Occurrence, Specimen, Hemoparásitos, malaria aviar, filarias, aves, Specimen

General description

Purpose: Por tratarse de organismos parásitos muchas veces olvidados de los inventarios biológicos, la colección busca visibilizar la presencia este grupo de microorganismos en el país y la región. Al tiempo que da el primer paso en la consolidación de una base de datos de la colección que sea publica y estandarizada.

Project details

Project title: Colección Biológica GERPH: Porque los parásitos también son biodiversidad
Personnel: Nubia Estela Matta Camacho, Angie Daniela Gonzalez Galindo, David Felipe Pinto Osorio, Ingrid Astrid Lotta Arevalo, Rafael Gutierrez
Funding: Convocatoria Nacional para el Fortalecimiento de Colecciones de la Universidad Nacional de Colombia 2017-2018

Data published through GBIF: https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=unal_col_hemoparasitos

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: Los hospederos vertebrados fueron identificados hasta especie en su mayoría, los parásitos protozooarios hasta género y algunos a especie, los parásitos nemátodos se categorizan hasta superfamilia.
Taxonomic ranks
Order: Anseriformes, Apodiformes, Charadriiformes, Columbiformes, Coraciiformes, Cuculiformes, Gruiformes, Passeriformes, Pelecaniformes, Piciformes, Trogoniformes
Superfamily: Filaroidea
Family: Haemoproteidae, Leucocytozoidae, Plasmodiidae, Trypanosomatidae
Common names: patos, colibries y vencejos, palomas, trogones

Spatial coverage

General spatial coverage: Aunque la colección cuenta con ejemplares de numerosos lugares en Colombia, en esta versión de publicación de datos solo se incluyen las localidades: Campus Universidad Nacional de Colombia sede Bogotá, Parque Nacional Natural Los Nevados sector Laguna del Otún y La Secreta, Parque Regionial Natural Ucumarí sector La Pastora y El Cedral.
Coordinates: 4°37'44.4''N and 4°46'40.8''N Latitude; 75°36'39.6''W and 74°4'51.6''W Longitude 

Temporal coverage: September 6, 2009 - June 3, 2013

Natural collections description

Parent collection identifier: GERPH
Collection name: Colección Biológica Grupo de Estudio Relación Parásito-Hospedero
Collection identifier: Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 198
Specimen preservation method: Alcohol
Specimen preservation method: Microscopic preparation
Specimen preservation method: Refrigerated
Curatorial unit: Between 3700 and 3900 (Micropreparados)

Methods

Method step description: 
- . 	Se capturaron las aves mediante redes de niebla, se identificaron en campo con la guía Hilty, Brown W, Brown L (1986), se fotografiaron, midieron, pesaron y anillaron (excepto colibríes).
De cada ave se obtuvo por corte distal de uña (para colibríes) o punción de la vena braquial una cantidad pequeña de sangre que fue utilizada para hacer al menos tres extendidos sanguíneos y una parte para ser almacenada en Etanol absoluto, EDTA o buffer SET para posteriores análisis moleculares.
- . 	Las laminas fueron fijadas con metanol absoluto por 5 minutos y teñidas con Giemsa pH 7.2 por 45 minutos. Mediante microscopia de luz se observaron los extendidos, primero a menor aumento en 100X por 10 minutos y posteriormente a 1000x por cuarenta minutos. En los casos de diagnósticos positivos los parásitos fueron fotografiados con un microscopio con cámara referencia Leica DM570.
A partir de las fotografías se tomaron algunas medidas morfológicas necesarias para la identificación de acuerdo a las claves propuestas por Valkiunas (2005) para los haemosporidios, y se indicó genero Trypanosma para los tripanosomatidos encontrados, así como superfamilia Filaroidea para las larvas (microfilarias) halladas en la sangre.
- . 	En algunos casos la presencia de los parásitos haemosporidios fue confirmada mediante diagnostico molecular. Para esto se realizo la extracción del ADN genómico mediante el método de Fenol-Cloroformo modificado de Sambrook et al. (1989), seguido de la amplificación de una sección del gen Citocromo b del parásito usando los primers de Waldenstrom et al. (2004), Beadell et al. (2004) y Pacheco et al. (2011). Adicionalmente los productos de amplificación se secuenciaron y dicha infamación se depositó en el GenBank y la base especializada MalAvi (Bensch et al., 2009).
Study extent description: En esta versión de publicación de datos solo se incluyen las localidades: 
Campus Universidad Nacional de Colombia sede Bogotá, a 2556 m s.n.m. es un área muy transformada compuesta principalmente por pastos.
Parque Nacional Natural Los Nevados Laguna del Otún, a 3927 m s.n.m. presenta una vegetación de páramo.
Parque Nacional Natural Los Nevados La Secreta, a 3100-3400 m s.n.m. es un área transformada compuesta principalmente por pastos, cultivos de papa y relictos de bosque altoandino.
Parque Regional Natural Ucumarí sector La Pastora a 2461 m s.n.m. presenta vegetación de bosque altoandino.
Parque Regional Natural Ucumarí sector El Cedral, a 2122-2021 m s.n.m. es un área muy transformada compuesta principalmente por pastos.
Sampling description: Las aves fueron capturadas usando redes de niebla, luego de ser identificadas se les realizo la toma de muestra sanguínea para diagnostico molecular y por frotis sobre laminas portaobjetos. Las laminas son procesadas y revisadas en el laboratorio por microscopia de luz.
Quality control description: La información sobre la identidad los hospederos tomada en campo fue contrastada con las fotografías y guías de campo para su identificación final.
La información sobre los diagnósticos de infección e identidad de parasitos fue confirmada por los curadores de la colección, teniendo en cuenta el registro fotográfico de los mismos y/o su identificación molecular.
Se unificaron los nombres de las localidades, los colectores e identificadores de los distintos grupos taxonómicos.

Datasets

Dataset description
Object name: Darwin Core Archive Colección Biológica Grupo de Estudio Relación Parásito Hospedero (UNAL:GERPH)
Character encoding: UTF-8
Format name: Darwin Core Archive format
Format version: 1.0
Distribution: https://ipt.biodiversidad.co/sib/archive.do?r=unal_col_hemoparasitos
Publication date of data: 2019-05-23
Language: Spanish
Licences of use: Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2019-05-02
Hierarchy level: Dataset

References
Hilty, S. L., Brown, W. L., & Brown, B. (1986). A guide to the birds of Colombia. Princeton University Press.
VALKIUNAS G. 2005. Avian malaria parasites and other haemosporidia. CRC Press, Boca Raton.
WALDENSTROM J, BENSCH S, HASSELQUIST D, ÖSTMAN Ö. 2004. A new nested polymerase chain reaction method very efficient in detecting Plasmodium and Haemoproteus Infections From Avian Blood. Journal of parasitology, 90(1): 191-194.
BEADELL JS, GERING E, AUSTIN J, DUMBACHER JP, PEIRCE MA, PRATT  TK, ATKINSON CT, FLEISCHER  RC. .2004 .Prevalence and differential host-specificity of two avian blood parasite genera in the Australo-Papuan region. Molecular Ecology, 13: 3829–3844.
PACHECO MA, ESCALANTE AA, GARNER MM, BRADLEY GA. 2011. Haemosporidian infection in captive masked bobwhite quail (Colinus virginianus ridgwayi), an endangered subspecies of the northern bobwhite quail. Veterinary Parasitology, 182: 113-120.
BENSCH S, HELLGREN, O, PEREZ-TRIS J, 2009. MalAvi: a public database of malaria parasites and related haemosporidians in avian hosts based on mitochondrial cytochrome b lineages. Molecular Ecology Resources. 9: 1353–1358.