Colección de aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasora en Colombia 1993 – 2017 del Instituto Nacional de Salud

Описание

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 7 086 записей.

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Загрузки

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Sanabria O M, Duarte C, Moreno J, Agudelo C I, Castañeda E (2022): Colección de aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasora en Colombia 1993 – 2017 del Instituto Nacional de Salud. v1.2. Instituto Nacional de Salud. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/4cnkni

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Instituto Nacional de Salud. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: b0e624a5-b78f-49c4-90a6-108724588459.  Instituto Nacional de Salud отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Colombian Biodiversity Information System.

Ключевые слова

Streptococcus pneumoniae; muestra invasiva; vigilancia; serotipos; Colombia; Occurrence; Specimen; Occurrence

Контакты

Географический охват

Aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasiva neumocócica en Colombia. Los 7317 aislamientos son enviados por 31 laboratorios de salud pública departamentales y el distrito capital. El 75% de los aislamientos proceden de Bogotá, Antioquia y Valle debido a que estos departamentos concentran el mayor número de establecimientos hospitalarios de tercer nivel de atención que cuentan con laboratorio de microbiología, el 15,5% provienen de departamentos como Bolívar, Boyacá, Caldas, Risaralda y Santander y el resto del país aporta el 9,5% faltante.

Таксономический охват

Todos los aislamientos de Streptococcus pneumoniae están identificados a nivel de género, especie, serotipo y adicionalmente cuentan con la información de perfil de sensibilidad, por métodos estandarizados.

Временной охват

Данные проекта

Teniendo en cuenta la importancia de Streptococcus pneumoniae como agente de enfermedad invasora en el mundo, la Organización Panamericana de la Salud (OPS), a través del programa especial de vacunas e inmunizaciones y el Sistema Regional de Vacunas (SIREVA), con una importante financiación de la Canadian International Development Agency (CIDA), dio inicio al estudio de vigilancia epidemiológica de S. pneumoniae en la región, cuyos objetivos de la vigilancia eran: o Determinar la prevalencia relativa de los tipos capsulares de S. pneumoniae, agente de enfermedad invasora, particularmente neumonías, en niños menores de 5 años. o Establecer y fortalecer las capacidades epidemiológicas y de laboratorio a nivel regional, para llevar a cabo la vigilancia de los tipos y subtipos capsulares y los patrones de resistencia de los neumococos en Latinoamérica. o Crear un banco de aislamientos y de muestras con los cuales se pudieran caracterizar los subtipos de S. pneumoniae y evaluar las pruebas diagnósticas. Para alcanzar esos objetivos, en 1993 se inició una red multicéntrica en seis países de la región: Argentina, Brasil, Chile, Colombia, México y Uruguay. Los países fueron seleccionados con base en criterios epidemiológicos, alta prevalencia, distribución geográfica, tamaño de la población y posibilidades operativas. El National Centre for Streptococcus (NCS) en Alberta, Canadá, y el Centers for Disease Control en Ottawa, Canadá, suministraron el apoyo de laboratorio y epidemiológico, respectivamente. Se estableció un protocolo común, el cual fue refinado en los lugares para responder a las situaciones particulares de cada país. La selección de los hospitales se basó en la población pediátrica atendida y posteriormente se extendió a todos los grupos de edad y el deseo manifiesto de los clínicos y del personal de laboratorio de participar en el proyecto. Así, la vigilancia establecida fue pasiva y voluntaria. A partir del año 2004 toma esta vigilancia toma el nombre del Sistema de Redes de Vigilancia de los agentes bacterianos responsables de neumonía y meningitis, SIREVA II y se incluyeron otros dos patógenos: Haemophilus influenzae en 1997 y Neisseria meningitidis en el 2000, al igual que ampliar la participación a los 20 países Latinoamericanos y del Caribe.

Исполнители проекта:

Методы сбора

Los aislamientos fueron recuperados a través de la vigilancia nacional por laboratorio de los agentes bacterianos responsables de neumonía y meningitis, es una vigilancia pasiva y voluntaria de la Red Nacional de Laboratorios en Colombia, en donde se remiten el microorganismo recuperados a partir de fluidos corporales estériles como hemocultivos, líquido cefalorraquídeo (L.C.R), líquido pleural (L. pleural), líquido peritoneal (L. peritoneal), entre otros (ver metadatos), al Grupo de Microbiología del INS, para su confirmación, serotipificación y determinación de susceptibilidad antimicrobiana.

Описание этапа методики:

1. Todos los aislamientos provienen de establecimientos clínicos con laboratorio de microbiología quienes realizan la identificación inicial mediante diferentes métodos automatizados o semiautomatizados. Posteriormente son enviados a través de los laboratorios de Salud pública departamental al INS, en donde se analizan para detectar alguno de los 96 serotipos conocidos a la fecha, dando prioridad a los serotipos vacunales. La serotipificación se realizó usando la reacción de Quellung y PCR. La prueba de sensibilidad se realizó a la penicilina, eritromicina, ceftriaxona, trimetoprim/sulfametoxazol, cloranfenicol, tetraciclina y vancomicina, y la interpretación de los resultados se hizo siguiendo los siguiendo las guías estandarizadas del CLSI.

Данные коллекции

Библиографические ссылки

1. Ramos V, Parra EL, Duarte C, Moreno J. 2014. Characterization of Streptococcus pneumoniae invasive serotype 19A isolates recovered in Colombia. Vaccine 32:755-758. doi:10.1016/j.vaccine.2013.12.024 doi:10.1016/j.vaccine.2013.12.024
2. Duarte C, Sanabria O, Moreno J. 2013. Molecular characterization of Streptococcus pneumoniae serotype 1 invasive isolates in Colombia. Rev Panam Salud Publica 33:422-426. doi: 10.1016/j.eimc.2016.01.014 doi: 10.1016/j.eimc.2016.01.014
3. Firacative C, Moreno J, Resales P, Maldonado A, Sánchez J, Pesantes C, et al. Circulation of Streptococcus pneumoniae clone Colombia5 ST289 in nine Latin American countries. Rev Panam Salud Publica Pan Am J Public Health 2009;25(4):337-343. doi: 10.1590/S1020-49892009000400008 doi: 10.1590/S1020-49892009000400008
4. Castañeda E, Agudelo CI, Regueira M, Corso A, De Cunto Brandileone MC, Brandão AP, et al. Laboratory-based surveillance of Streptococcus pneumoniae invasive disease in children in 10 latin American countries: A SIREVA II project, 2000-2005. Pediatr Infect Dis J 2009;28(9):e265-e270. doi: 10.1097/INF.0b013e3181a74b22 doi: 10.1097/INF.0b013e3181a74b22
5. Gamboa L, Camou T, Hortal M, Castañeda E, Echániz Aviles G, Brandileone MCC, et al. Dissemination of Streptococcus pneumoniae clone Colombia5-19 in Latin America. J Clin Microbiol 2002;40(11):3942-3950. doi: 10.1128/JCM.40.11.3942-3950.2002 2018. doi: 10.1128/JCM.40.11.3942-3950.2002 2018.
6. Di Fabio JL, Castañeda E, Agudelo CI, De La Hoz F, Hortal M, Camou T, et al. Evolution of Streptococcus pneumoniae serotypes and penicillin susceptibility in Latin America, Sireva-Vigía Group, 1993 to 1999. Pediatr Infect Dis J 2001;20(10):959-967. doi: 10.1097/00006454-200110000-00009 doi: 10.1097/00006454-200110000-00009
7. Castañeda E, Peñuela I, Vela MC, Tomasz A. Penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae in Colombia: Presence of international epidemic clones. Microb Drug Resist 1998;4(3):233-239. doi: 10.1089/mdr.1998.4.233 doi: 10.1089/mdr.1998.4.233
8. OPS/OMS. SIREVA II. Informes y Publicaciones Técnicas. Recuperado de: https://www.paho.org/hq/index.php?option=com_content&view=article&id=5536:2011-sireva-ii&Itemid=3966&lang=es. https://www.paho.org/hq/index.php?option=com_content&view=article&id=5536:2011-sireva-ii&Itemid=3966&lang=es.

Дополнительные метаданные