Colección de aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasora en Colombia 1993 – 2017 del Instituto Nacional de Salud

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引用方法

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Sanabria O M, Duarte C, Moreno J, Agudelo C I, Castañeda E (2022): Colección de aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasora en Colombia 1993 – 2017 del Instituto Nacional de Salud. v1.2. Instituto Nacional de Salud. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/4cnkni

権利

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パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Instituto Nacional de Salud。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

GBIF登録

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キーワード

Streptococcus pneumoniae; muestra invasiva; vigilancia; serotipos; Colombia; Occurrence; Specimen; Occurrence

連絡先

地理的範囲

Aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasiva neumocócica en Colombia. Los 7317 aislamientos son enviados por 31 laboratorios de salud pública departamentales y el distrito capital. El 75% de los aislamientos proceden de Bogotá, Antioquia y Valle debido a que estos departamentos concentran el mayor número de establecimientos hospitalarios de tercer nivel de atención que cuentan con laboratorio de microbiología, el 15,5% provienen de departamentos como Bolívar, Boyacá, Caldas, Risaralda y Santander y el resto del país aporta el 9,5% faltante.

生物分類学的範囲

Todos los aislamientos de Streptococcus pneumoniae están identificados a nivel de género, especie, serotipo y adicionalmente cuentan con la información de perfil de sensibilidad, por métodos estandarizados.

時間的範囲

プロジェクトデータ

Teniendo en cuenta la importancia de Streptococcus pneumoniae como agente de enfermedad invasora en el mundo, la Organización Panamericana de la Salud (OPS), a través del programa especial de vacunas e inmunizaciones y el Sistema Regional de Vacunas (SIREVA), con una importante financiación de la Canadian International Development Agency (CIDA), dio inicio al estudio de vigilancia epidemiológica de S. pneumoniae en la región, cuyos objetivos de la vigilancia eran: o Determinar la prevalencia relativa de los tipos capsulares de S. pneumoniae, agente de enfermedad invasora, particularmente neumonías, en niños menores de 5 años. o Establecer y fortalecer las capacidades epidemiológicas y de laboratorio a nivel regional, para llevar a cabo la vigilancia de los tipos y subtipos capsulares y los patrones de resistencia de los neumococos en Latinoamérica. o Crear un banco de aislamientos y de muestras con los cuales se pudieran caracterizar los subtipos de S. pneumoniae y evaluar las pruebas diagnósticas. Para alcanzar esos objetivos, en 1993 se inició una red multicéntrica en seis países de la región: Argentina, Brasil, Chile, Colombia, México y Uruguay. Los países fueron seleccionados con base en criterios epidemiológicos, alta prevalencia, distribución geográfica, tamaño de la población y posibilidades operativas. El National Centre for Streptococcus (NCS) en Alberta, Canadá, y el Centers for Disease Control en Ottawa, Canadá, suministraron el apoyo de laboratorio y epidemiológico, respectivamente. Se estableció un protocolo común, el cual fue refinado en los lugares para responder a las situaciones particulares de cada país. La selección de los hospitales se basó en la población pediátrica atendida y posteriormente se extendió a todos los grupos de edad y el deseo manifiesto de los clínicos y del personal de laboratorio de participar en el proyecto. Así, la vigilancia establecida fue pasiva y voluntaria. A partir del año 2004 toma esta vigilancia toma el nombre del Sistema de Redes de Vigilancia de los agentes bacterianos responsables de neumonía y meningitis, SIREVA II y se incluyeron otros dos patógenos: Haemophilus influenzae en 1997 y Neisseria meningitidis en el 2000, al igual que ampliar la participación a los 20 países Latinoamericanos y del Caribe.

プロジェクトに携わる要員:

収集方法

Los aislamientos fueron recuperados a través de la vigilancia nacional por laboratorio de los agentes bacterianos responsables de neumonía y meningitis, es una vigilancia pasiva y voluntaria de la Red Nacional de Laboratorios en Colombia, en donde se remiten el microorganismo recuperados a partir de fluidos corporales estériles como hemocultivos, líquido cefalorraquídeo (L.C.R), líquido pleural (L. pleural), líquido peritoneal (L. peritoneal), entre otros (ver metadatos), al Grupo de Microbiología del INS, para su confirmación, serotipificación y determinación de susceptibilidad antimicrobiana.

Method step description:

1. Todos los aislamientos provienen de establecimientos clínicos con laboratorio de microbiología quienes realizan la identificación inicial mediante diferentes métodos automatizados o semiautomatizados. Posteriormente son enviados a través de los laboratorios de Salud pública departamental al INS, en donde se analizan para detectar alguno de los 96 serotipos conocidos a la fecha, dando prioridad a los serotipos vacunales. La serotipificación se realizó usando la reacción de Quellung y PCR. La prueba de sensibilidad se realizó a la penicilina, eritromicina, ceftriaxona, trimetoprim/sulfametoxazol, cloranfenicol, tetraciclina y vancomicina, y la interpretación de los resultados se hizo siguiendo los siguiendo las guías estandarizadas del CLSI.

コレクションデータ

書誌情報の引用

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2. Duarte C, Sanabria O, Moreno J. 2013. Molecular characterization of Streptococcus pneumoniae serotype 1 invasive isolates in Colombia. Rev Panam Salud Publica 33:422-426. doi: 10.1016/j.eimc.2016.01.014 doi: 10.1016/j.eimc.2016.01.014
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6. Di Fabio JL, Castañeda E, Agudelo CI, De La Hoz F, Hortal M, Camou T, et al. Evolution of Streptococcus pneumoniae serotypes and penicillin susceptibility in Latin America, Sireva-Vigía Group, 1993 to 1999. Pediatr Infect Dis J 2001;20(10):959-967. doi: 10.1097/00006454-200110000-00009 doi: 10.1097/00006454-200110000-00009
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8. OPS/OMS. SIREVA II. Informes y Publicaciones Técnicas. Recuperado de: https://www.paho.org/hq/index.php?option=com_content&view=article&id=5536:2011-sireva-ii&Itemid=3966&lang=es. https://www.paho.org/hq/index.php?option=com_content&view=article&id=5536:2011-sireva-ii&Itemid=3966&lang=es.

追加のメタデータ