Colección de aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasora en Colombia 1993 – 2017 del Instituto Nacional de Salud

Última versión Publicado por Instituto Nacional de Salud en Feb 5, 2020 Instituto Nacional de Salud

La diversidad biológica es la variabilidad de organismos vivos de cualquier ecosistema y comprende la diversidad de cada especie, entre especies y de los ecosistemas. La diversidad biológica es un patrimonio nacional y de interés para la humanidad, como está establecido en la Constitución Nacional de Colombia. De esta forma las colecciones biológicas que se encuentran en diferentes instituciones del país, como el Instituto Nacional de Salud hacen parte del conocimiento existente de la diversidad biológica y como tal hacen parte del patrimonio nacional. El recurso documentado a continuación hace referencia a la colección de la bacteria Gram-positiva Streptococcus pneumoniae, una las principales causas de morbilidad y mortalidad en niños y adultos en el mundo. En Colombia, la vigilancia por laboratorio de este patógeno se implementó desde 1993 con el fin de conocer los serotipos circulantes y perfiles de resistencia a los antimicrobianos de los aislamientos invasores. Hasta la fecha se han recuperado más de 7000 aislamientos de diferentes tipos de muestras de fluidos estériles. La vigilancia ha mostrado la circulación de los serotipos incluidos en las vacunas antineumocócicas como la conjugada PCV13 o Prevnar 13® que protege contra 13 serotipos, recomendada para los bebés, niños pequeños y todos los adultos de 65 años o más y la vacuna antineumocócica polisacárida PPSV23 o Pneumovax® que protege contra 23 serotipos recomendada para todos los adultos de 65 años o más y para quienes tienen 2 años o más y mayor riesgo de enfermarse. Igualmente, los resultados han mostrado la circulación en el país de los serotipos que no están incluidos en estas dos vacunas. Esta información epidemiológica es de suma importancia para la vigilancia nacional de este patógeno y contribuye en la toma de decisiones de los nuevos serotipos que se deben incluir en las vacunas.

Registros

Los datos en este registros biológicos recurso han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 7,086 registros. también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

  • Occurrence (core)
    7086
  • ExtendedMeasurementOrFact 
    106346

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Sanabria O M, Duarte C, Moreno J, Agudelo C I, Castañeda E (2020): Colección de aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasora en Colombia 1993 – 2017 del Instituto Nacional de Salud. v1.0. Instituto Nacional de Salud. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/4cnkni

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Palabras Clave

Streptococcus pneumoniae; muestra invasiva; vigilancia; serotipos; Colombia; Occurrence

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¿Quién creó el recurso?:

Olga Marina Sanabria
Grupo de Microbiología
Instituto Nacional ded Salud Avenida Calle 26 #51-20 Bogotá D.C. CO
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Carolina Duarte
Grupo de Microbiología
Instituto Nacional ded Salud Avenida Calle 26 #51-20 Bogotá D.C. CO
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Jaime Moreno
Grupo de Microbiología
Instituto Nacional de Salud Avenida Calle 26 #51-20 Bogotá D.C. CO
http://www.ins.gov.co/Paginas/Inicio.aspx
Clara Inés Agudelo
Grupo de Microbiología
Instituto Nacional de Salud Avenida Calle 26 #51-20 Bogotá D.C. CO
Elizabeth Castañeda
Grupo de Microbiología
Instituto Nacional de Salud Avenida Calle 26 #51-20 Bogotá D.C. CO

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Grupo de Microbiología
Instituto Nacional de Salud Avenida Calle 26 #51-20 Bogotá D.C. CO

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Grupo de Microbiología
Instituto Nacional de Salud Avenida Calle 26 #51-20 Bogotá D.C. CO
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¿Quién más está asociado con el recurso?:

Publicador
Magdalena Wiesner
Grupo de Microbiología
Instituto Nacional de Salud Avenica Calle 26 #51-20 Bogotá D.C. CO
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Cobertura Geográfica

Aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasiva neumocócica en Colombia. Los 7317 aislamientos son enviados por 31 laboratorios de salud pública departamentales y el distrito capital. El 75% de los aislamientos proceden de Bogotá, Antioquia y Valle debido a que estos departamentos concentran el mayor número de establecimientos hospitalarios de tercer nivel de atención que cuentan con laboratorio de microbiología, el 15,5% provienen de departamentos como Bolívar, Boyacá, Caldas, Risaralda y Santander y el resto del país aporta el 9,5% faltante.

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-4.478, -81.299], Latitud Máxima Longitud Máxima [12.125, -66.094]

Cobertura Taxonómica

Todos los aislamientos de Streptococcus pneumoniae están identificados a nivel de género, especie, serotipo y adicionalmente cuentan con la información de perfil de sensibilidad, por métodos estandarizados.

Dominio  Bacteria
Filo  Firmicutes
Class  Coccus
Orden  Lactobacillales
Familia  Streptococcaceae
Género  Streptococcus
Especie  pneumoniae

Cobertura Temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 1993-01-01 / 2017-01-01

Datos del Proyecto

Teniendo en cuenta la importancia de Streptococcus pneumoniae como agente de enfermedad invasora en el mundo, la Organización Panamericana de la Salud (OPS), a través del programa especial de vacunas e inmunizaciones y el Sistema Regional de Vacunas (SIREVA), con una importante financiación de la Canadian International Development Agency (CIDA), dio inicio al estudio de vigilancia epidemiológica de S. pneumoniae en la región, cuyos objetivos de la vigilancia eran: o Determinar la prevalencia relativa de los tipos capsulares de S. pneumoniae, agente de enfermedad invasora, particularmente neumonías, en niños menores de 5 años. o Establecer y fortalecer las capacidades epidemiológicas y de laboratorio a nivel regional, para llevar a cabo la vigilancia de los tipos y subtipos capsulares y los patrones de resistencia de los neumococos en Latinoamérica. o Crear un banco de aislamientos y de muestras con los cuales se pudieran caracterizar los subtipos de S. pneumoniae y evaluar las pruebas diagnósticas. Para alcanzar esos objetivos, en 1993 se inició una red multicéntrica en seis países de la región: Argentina, Brasil, Chile, Colombia, México y Uruguay. Los países fueron seleccionados con base en criterios epidemiológicos, alta prevalencia, distribución geográfica, tamaño de la población y posibilidades operativas. El National Centre for Streptococcus (NCS) en Alberta, Canadá, y el Centers for Disease Control en Ottawa, Canadá, suministraron el apoyo de laboratorio y epidemiológico, respectivamente. Se estableció un protocolo común, el cual fue refinado en los lugares para responder a las situaciones particulares de cada país. La selección de los hospitales se basó en la población pediátrica atendida y posteriormente se extendió a todos los grupos de edad y el deseo manifiesto de los clínicos y del personal de laboratorio de participar en el proyecto. Así, la vigilancia establecida fue pasiva y voluntaria. A partir del año 2004 toma esta vigilancia toma el nombre del Sistema de Redes de Vigilancia de los agentes bacterianos responsables de neumonía y meningitis, SIREVA II y se incluyeron otros dos patógenos: Haemophilus influenzae en 1997 y Neisseria meningitidis en el 2000, al igual que ampliar la participación a los 20 países Latinoamericanos y del Caribe.

Título Colección de aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasora en Colombia 1993 – 2017 del Instituto Nacional de Salud
Identificador Streptococcus pneumoniae en Colombia
Fuentes de Financiación Organización Panamericana de la Salud (OPS) Canadian International Development Agency (CIDA) Instituto Nacional de Salud de Colombia (INS)
Descripción del Área de Estudio La cobertura es nacional. Los aislamientos fueron recuperados a través de la vigilancia nacional por laboratorio de los agentes bacterianos responsables de enfermedad invasiva neumocócica (neumonía y meningitis), es una vigilancia pasiva y voluntaria de la Red Nacional de Laboratorios en Colombia que comprende los 32 departamentos de Colombia y el Distrito Capital D.C., sin embargo activamente participan 31 departamentos.
Descripción del Diseño Los aislamientos recuperados a partir de fluidos corporales estériles como hemocultivos, líquido cefalorraquídeo (L.C.R), líquido pleural (L. pleural), líquido peritoneal (L. peritoneal), entre otros (ver metadatos), se remiten al Grupo de Microbiología deL INS en medio de transporte AMIES con carbón activado en triple embalaje de acuerdo a las normas IATA, categoría B. En el laboratorio estos aislamientos son recuperados en agar sangre y procesados para identificación bacteriana, determinación de serotipo y perfil de sensibilidad antimicrobiana.

Personas asociadas al proyecto:

Investigador Principal
Olga Sanabria

Métodos de Muestreo

Los aislamientos fueron recuperados a través de la vigilancia nacional por laboratorio de los agentes bacterianos responsables de neumonía y meningitis, es una vigilancia pasiva y voluntaria de la Red Nacional de Laboratorios en Colombia, en donde se remiten el microorganismo recuperados a partir de fluidos corporales estériles como hemocultivos, líquido cefalorraquídeo (L.C.R), líquido pleural (L. pleural), líquido peritoneal (L. peritoneal), entre otros (ver metadatos), al Grupo de Microbiología del INS, para su confirmación, serotipificación y determinación de susceptibilidad antimicrobiana.

Área de Estudio Aislamientos recolectados en Colombia en el marco de la vigilancia nacional por laboratorio de los agentes bacterianos responsables de neumonía y meningitis, en 31 departamentos y el distrito capital del país.
Control de Calidad El Grupo de Microbiología participa en el control de calidad UK NEQAS, EQA for Neisseria meningitidis identification and typing (Streptococcus, Haemophilus, N. meningitidis).

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Todos los aislamientos provienen de establecimientos clínicos con laboratorio de microbiología quienes realizan la identificación inicial mediante diferentes métodos automatizados o semiautomatizados. Posteriormente son enviados a través de los laboratorios de Salud pública departamental al INS, en donde se analizan para detectar alguno de los 96 serotipos conocidos a la fecha, dando prioridad a los serotipos vacunales. La serotipificación se realizó usando la reacción de Quellung y PCR. La prueba de sensibilidad se realizó a la penicilina, eritromicina, ceftriaxona, trimetoprim/sulfametoxazol, cloranfenicol, tetraciclina y vancomicina, y la interpretación de los resultados se hizo siguiendo los siguiendo las guías estandarizadas del CLSI.

Datos de la Colección

Nombre de la Colección Colección de microorganismos bacterianos y micóticos de interés en salud pública del Instituto Nacional de Salud
Identificador de la Colección Parental No aplica
Métodos de preservación de los ejemplares Congelado

Referencias Bibliográficas

  1. Ramos V, Parra EL, Duarte C, Moreno J. 2014. Characterization of Streptococcus pneumoniae invasive serotype 19A isolates recovered in Colombia. Vaccine 32:755-758. doi:10.1016/j.vaccine.2013.12.024 doi:10.1016/j.vaccine.2013.12.024
  2. Duarte C, Sanabria O, Moreno J. 2013. Molecular characterization of Streptococcus pneumoniae serotype 1 invasive isolates in Colombia. Rev Panam Salud Publica 33:422-426. doi: 10.1016/j.eimc.2016.01.014 doi: 10.1016/j.eimc.2016.01.014
  3. Firacative C, Moreno J, Resales P, Maldonado A, Sánchez J, Pesantes C, et al. Circulation of Streptococcus pneumoniae clone Colombia5 ST289 in nine Latin American countries. Rev Panam Salud Publica Pan Am J Public Health 2009;25(4):337-343. doi: 10.1590/S1020-49892009000400008 doi: 10.1590/S1020-49892009000400008
  4. Castañeda E, Agudelo CI, Regueira M, Corso A, De Cunto Brandileone MC, Brandão AP, et al. Laboratory-based surveillance of Streptococcus pneumoniae invasive disease in children in 10 latin American countries: A SIREVA II project, 2000-2005. Pediatr Infect Dis J 2009;28(9):e265-e270. doi: 10.1097/INF.0b013e3181a74b22 doi: 10.1097/INF.0b013e3181a74b22
  5. Gamboa L, Camou T, Hortal M, Castañeda E, Echániz Aviles G, Brandileone MCC, et al. Dissemination of Streptococcus pneumoniae clone Colombia5-19 in Latin America. J Clin Microbiol 2002;40(11):3942-3950. doi: 10.1128/JCM.40.11.3942-3950.2002 2018. doi: 10.1128/JCM.40.11.3942-3950.2002 2018.
  6. Di Fabio JL, Castañeda E, Agudelo CI, De La Hoz F, Hortal M, Camou T, et al. Evolution of Streptococcus pneumoniae serotypes and penicillin susceptibility in Latin America, Sireva-Vigía Group, 1993 to 1999. Pediatr Infect Dis J 2001;20(10):959-967. doi: 10.1097/00006454-200110000-00009 doi: 10.1097/00006454-200110000-00009
  7. Castañeda E, Peñuela I, Vela MC, Tomasz A. Penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae in Colombia: Presence of international epidemic clones. Microb Drug Resist 1998;4(3):233-239. doi: 10.1089/mdr.1998.4.233 doi: 10.1089/mdr.1998.4.233
  8. OPS/OMS. SIREVA II. Informes y Publicaciones Técnicas. Recuperado de: https://www.paho.org/hq/index.php?option=com_content&view=article&id=5536:2011-sireva-ii&Itemid=3966&lang=es. https://www.paho.org/hq/index.php?option=com_content&view=article&id=5536:2011-sireva-ii&Itemid=3966&lang=es.

Metadatos Adicionales

Identificadores Alternativos 10.15472/4cnkni
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=s_pneumoniae_ins