Phoneutria boliviensis Universidad de Ibague

Última versión Publicado por Universidad de Ibagué en Jun 11, 2020 Universidad de Ibagué

Registros biológicos de la especie Phoneutria boliviensis colectados en los departamentos de Antioquia, Huila y Tolima - Colombia en el año 2019.

Registros

Los datos en este registros biológicos recurso han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 72 registros.

Este IPT archiva los datos, sirviendo así como repositorio de datos. Los datos y metadatos están disponibles para descargar en la sección de descargas. La tabla de versiones muestra otras versiones del recurso que se han hecho accesibles al público y permite el seguimiento de los cambios hechos al recurso en el tiempo.

Descargas

Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:

Datos como un archivo DwC-A descargar 72 registros en Español (11 KB) - Frecuencia de actualización: desconocido
Metadatos como un archivo EML descargar en Español (23 KB)
Metadatos como un archivo RTF descargar en Español (24 KB)

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Franco Pérez L M (2020): Phoneutria boliviensis Universidad de Ibague. v1.1. Universidad de Ibagué. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/p1o69n

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Universidad de Ibagué. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 7818abe0-5c49-4c0e-b76d-7ac2d9af0eab.  Universidad de Ibagué publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Colombian Biodiversity Information System.

Palabras Clave

Araña venenosa; PERMISO_COLECTA; Occurrence; Observation

Datos externos

Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos

1003_phoneutria_20200611https://ipt.biodiversidad.co/cr-sib/resource.do?r=1003_phoneutria_20200611 UTF-8 DWC-A 1

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Lida Marcela Franco Pérez
Docente investigadora
Universidad de Ibagué Carrera 22 - Calle 67 Barrio Ambalá Ibagué Tolima CO 2760010 ext 4005

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Lida Marcela Franco Pérez
Docente investigadora
Universidad de Ibagué Carrera 22 - Calle 67 Barrio Ambalá Ibagué Tolima CO 2760010 ext 4005

¿Quién documentó los metadatos?:

Dirección Investigaciones
Dependencia de Investigaciones
Universidad de Ibagué Carrera 22 - Calle 67 Barrio Ambalá Ibagué Tolima 2760010 Ext 3402
https://www.unibague.edu.co/investigaciones

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Investigador Principal
Lida Marcela Franco Pérez
Docente Investigadora
Universidad de Ibagué Ibagué Tolima CO 2760010 ext. 4005

Cobertura Geográfica

Cobertura Geográfica: Colombia

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-4.04, -80.156], Latitud Máxima Longitud Máxima [12.555, -66.445]

Cobertura Taxonómica

Todos los individuos son Phoneutria boliviensis

Especie  Phoneutria boliviensis

Cobertura Temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2019-08-06 / 2019-09-17

Datos del Proyecto

El comportamiento depredador y las características tróficas se encuentran estrechamente ligados a la toxicidad en arañas venenosas y se ha establecido que la dieta es determinante en la composición del veneno y de las características toxicológicas y toxinológicas. Pocos estudios han abordado aspectos tróficos asociados a P. boliviensis, una de las arañas más venenosas del mundo. El objetivo del estudio es evaluar aspectos tróficos y el comportamiento alimentario de P. boliviensis utilizando análisis transcriptómico a través de la cuantificación y comparación de la expresión génica y su relación con las características toxicológicas y toxinológicas del veneno, partiendo de la hipótesis de que la toxicidad del veneno está correlacionada con la dieta y varía entre diferentes poblaciones geográficamente aisladas en el territorio colombiano. Se caracterizará la dieta y la fuerza producida por los quelíceros en tres poblaciones colombianas aisladas de P. boliviensis a través de DNA metabarcoding y biomecánica, respectivamente. Se caracterizará toxinológica (perfil químico) y toxicológicamente (DL50) el veneno, bajo condiciones de laboratorio en donde los organismos serán expuestos a dietas mixtas y monófagas, de acuerdo con la literatura y datos de campo obtenidos de experiencias previas. Finalmente, se extraerán las glándulas del veneno de individuos expuestos a las dietas diferenciales para determinar su relación con la toxicidad del veneno a través de la técnica de secuenciación del transcriptoma de novo. Todos los aspectos evaluados darán una visión más clara sobre la toxicidad de la especie y sus implicaciones comportamentales y constituirán la base para futuras investigaciones sobre la biología de las arañas.

Título Influencia de la dieta sobre las características toxinológicas y toxicológicas de diferentes poblaciones de Phoneutria boliviensis (Aranae: Ctenidae): aplicación de varias líneas de evidencia para el manejo de artrópodos venenosos de importancia médica en áreas naturales y productivas de Colombia
Identificador código: 130780864623
Fuentes de Financiación CT-#165-2019, Minciencias.
Descripción del Área de Estudio Zona de estudio: Departamentos de Huila (Oporapa), Tolima (Ibagué) y Antioquia (Olaya).
Descripción del Diseño Los individuos de P. boliviensis se colectarán en los departamentos de Huila (Oporapa), Tolima (Ibagué) y Antioquia (Olaya). La colecta se realizará en tres muestreos por localidad a lo largo del año (90 ejemplares de P. boliviensis por cada sexo = 30 individuos x 3 localidades), mediante búsqueda activa y colecta manual en recipientes plásticos con tapa hermética de 20 oz, allí se registrarán datos ambientales de temperatura y humedad relativa, y se realizará una caracterización biofísica general. Los organismos colectados se llevarán al Laboratorio de Biología de la Universidad de Ibagué donde serán colocados en cajas plásticas de 23 x 17 x 14 cm. Posteriormente, cada araña será individualizada en una caja provista de algodón humedecido, luego las cajas individualizadas se colocarán en un estante en el laboratorio, con fotoperiodo controlado (12:12 L: O) y temperatura constante, similar al promedio del lugar de colecta.

Personas asociadas al proyecto:

Investigador Principal
Lida Marcela Franco Pérez

Métodos de Muestreo

Los individuos de P. boliviensis se colectaron mediante búsqueda activa y colecta manual en recipientes plásticos con tapa hermética de 20 oz., y se mantuvieron en cajas plásticas de 23 x 17 x 14 cm. El análisis de la dieta se realizará mediante aproximaciones moleculares, teniendo en cuenta sus ventajas comparativas con métodos tradicionales. Para la identificación de la dieta, se colectarán ejemplares machos y hembras mediante colecta manual. Se utilizarán los mismos ejemplares empleados en la extracción de veneno, los cuales luego de ser “ordeñados” serán sacrificados. Inmediatamente después, las patas y el opistosoma de cada araña serán depositados en etanol al 95% con el fin de preservar el ADN. Con el fin de caracterizar la dieta en cada localidad, se utilizará la técnica de DNA metabarcoding, que permite diferenciar plantas, invertebrados y vertebrados presentes en una muestra de ADN mezclado. Para ello, se tomarán los individuos capturados, clasificados y almacenados en etanol al 95%, y se realizará la disección del estómago; mezclando el contenido estomacal de al menos 10 machos y 10 hembras por aparte, de la misma localidad, con dos repeticiones por cada una.

Área de Estudio Zona de estudio: Departamentos de Huila (Oporapa), Tolima (Ibagué) y Antioquia (Olaya).

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Colecta y mantenimiento de individuos de Phoneutria boliviensis Los individuos de P. boliviensis se colectarán en los departamentos de Huila (Oporapa), Tolima (Ibagué) y Antioquia (Olaya). La colecta se realizará en tres muestreos por localidad a lo largo del año (90 ejemplares de P. boliviensis por cada sexo = 30 individuos x 3 localidades), mediante búsqueda activa y colecta manual en recipientes plásticos con tapa hermética de 20 oz, allí se registrarán datos ambientales de temperatura y humedad relativa, y se realizará una caracterización biofísica general. Los organismos colectados se llevarán al Laboratorio de Biología de la Universidad de Ibagué donde serán colocados en cajas plásticas de 23 x 17 x 14 cm. Posteriormente, cada araña será individualizada en una caja provista de algodón humedecido, luego las cajas individualizadas se colocarán en un estante en el laboratorio, con fotoperiodo controlado (12:12 L: O) y temperatura constante, similar al promedio del lugar de colecta.
  2. Caracterización de la dieta y nicho trófico de Phoneutria boliviensis El análisis de la dieta se realizará mediante aproximaciones moleculares, teniendo en cuenta sus ventajas comparativas con métodos tradicionales. Para la identificación de la dieta, se colectarán ejemplares machos y hembras mediante colecta manual. Se utilizarán los mismos ejemplares empleados en la extracción de veneno, los cuales luego de ser “ordeñados” serán sacrificados. Inmediatamente después, las patas y el opistosoma de cada araña serán depositados en etanol al 95% con el fin de preservar el ADN. Adicionalmente, se colectarán las presas potenciales mediante la búsqueda manual y “jameo” sobre follaje (García et al., 2016). Lo anterior con el fin de identificar la oferta de presas disponibles y secuenciar el ADN de las posibles presas en caso de que éste no se encuentre codificado o registrado en las bases de datos, las cuales se podrían llegar a clasificar hasta género, según su perfil genético de código de barras. Con el fin de caracterizar la dieta en cada localidad, se utilizará la técnica de DNA metabarcoding, que permite diferenciar plantas, invertebrados y vertebrados presentes en una muestra de ADN mezclado. Para ello, se tomarán los individuos capturados, clasificados y almacenados en etanol al 95%, y se realizará la disección del estómago; mezclando el contenido estomacal de al menos 10 machos y 10 hembras por aparte, de la misma localidad, con dos repeticiones por cada una. Para cada muestra del contenido estomacal, se realizará la extracción de ADN, utilizando el kit de extracción de Wizard® Genomic DNA Purification (Progmega™).
  3. Extracción de veneno y medición de dosis letal media (DL 50) La manipulación de hembras y machos de P. boliviensis se realizará siguiendo la metodología propuesta por García et al. (2008). Posteriormente, la extracción del veneno se realizará por electroestimulación (12 V y 30 mA) en los quelíceros, el veneno obtenido será colectado en tubos Eppendorf de 1.5 ml y almacenado a -80°C (Richardson et al., 2006). El veneno será liofilizado, independientemente (hembras vs. machos) y diluido con solución salina comercial (NaCl 0.9%). Se seleccionarán dos tipos de presas para los bioensayos (un vertebrado y un invertebrado), los cuales se mantendrán ad libitum en las mismas condiciones de temperatura y humedad que las arañas. Todos los individuos serán previamente pesados y medidos antes de iniciar los experimentos. En cada experimento, se registrará la tasa de supervivencia de los individuos después de 24 h de la inyección. El cálculo de la DL50 se hará mediante un modelo lineal generalizado de corte binomial con función de vínculo Probit (Gelman & Hill, 2007), utilizando como variable respuesta la supervivencia y como variables explicativas, el tamaño corporal y peso de las presas utilizadas. Todos los análisis se harán con el programa R versión 3.12 (https://www.rproject.org/).
  4. Mediciones de fuerza producida por los quelíceros de Phoneutria boliviensis Las fuerzas de mordida de los quelíceros se medirán en 20 machos y 20 hembras obtenidos de las colectas de las tres poblaciones, con un sensor de fuerza (Kistler modelo 9203) conectado a un amplificador de cargas (Kistler modelo 5995) según la metodología propuesta por Herrel et al. (1999) y adaptada para arañas por el equipo investigador. Las mediciones se realizarán a una temperatura controlada de aproximadamente 20°C. Para la medición de la fuerza, las arañas se colocarán en una caja adaptada con una malla que permite que éstas expongan los quelíceros, luego se inmovilizarán con una espuma suave para evitar algún daño y se medirá la fuerza estimulándola a morder el sensor. Para evitar falsos agarres, se estimularán mediante movimiento suave entre los quelíceros con la punta de una aguja de disección. Para determinar las diferencias entre la fuerza de machos y hembras, se realizará una prueba de t de muestras pareadas.
  5. Efecto de la dieta sobre la expresión genética en las glándulas venenosas y composición del veneno en machos y hembras de Phoneutria boliviensis Con el fin de determinar si el veneno de P. boliviensis se encuentra afectado por la dieta, se colectarán machos y hembras adultas de P. boliviensis, los cuales serán sometidos a distintas dietas. Como presas, se seleccionarán los dos organismos que presenten mayores valores de selectividad en el análisis de dieta y no se encuentren emparentados taxonómicamente. Posteriormente, el mismo número de machos y hembras serán asignados aleatoriamente a uno de tres grupos posibles. En dos de los grupos, las arañas serán alimentadas con una dieta monófaga (una de las dos presas seleccionadas para cada grupo), mientras que en el tercero se les ofrecerá una dieta mixta de estos grupos (usando dos presas seleccionadas), que serán ofrecidas alternativamente. Este proceso se repetirá durante dos meses. Después del periodo de alimentación, a todas las arañas se les extraerán las glándulas de veneno siguiendo la metodología planteada por Foelix & Erb (2010); se disectarán los quelíceros y parte del prosoma, de manera similar como ocurre con la especie cercana Cupiennius salei (Ctenidae), donde las glándulas se ubican en dichas estructuras (Barth, 2002). La secuenciación masiva también ha supuesto una revolución en los estudios de transcriptómica a través de la implementación de las técnicas de secuenciación directa de los ARN transcritos o RNA-seq (Wang et al., 2009). El RNA-seq permite determinar y cuantificar los niveles de expresión de genes que se expresan bajo diferentes condiciones ambientales o en respuesta a diferentes estímulos (Ekblom & Galindo, 2011) y/o detectar genes previamente no identificados y sus variantes (Wang et al., 2009). Por lo tanto, se extraerán las glándulas de veneno de dos grupos de arañas con dieta diferencial (monofaga y mixta). En cada muestra obtenida, se procederá a extraer el RNA mediante Trizol (Invitrogen™, Camarillo, CA, USA), siguiendo el protocolo estandarizado, sugerido por la empresa. Al final del proceso de extracción, el ARN total de las dos muestras será suspendido en 20 μL de agua estéril MiliQ y se tratará con DNAse (Invitrogen™) de acuerdo con el manual del fabricante. La cuantificación de las muestras de ARN se realizará en un NanoDrop® 1000 (Thermo™, Waltham, MA, USA) a una longitud de onda de 260 nm. La calidad de la muestra de ARN será evaluada usando la relación de longitud de onda A 260nm /A 280nm y por observación directa en un gel de agarosa al 1%. Después de la cuantificación, las muestras se suspenderán en etanol al 70% y se enviarán a la empresa Macrogen™ de Corea para la secuenciación del transcriptoma de novo. Las librerías serán preparadas a partir de 1 μg de RNA total, usando el kit TruSeq Stranded mRNA de Illumina (Illumina™ Inc.). La secuenciación del transcriptoma se realizará en la plataforma Illumina™ HiSeq2500, utilizando una secuenciación de 125 pb generando ca. 173 millones de lecturas paired-end. El ensamblaje del transcriptoma de novo de cada muestra, se realizará siguiendo los pasos a seguir: La calidad de las lecturas brutas se evaluará utilizando el software FastQC v0.11.5 (http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/). El adaptador se recortará para cada muestra individualmente aplicando Trimmomatic v0.32 (Bolger et al., 2014). El ensamblaje de novo se generará utilizando el programa Trinity v2.4.0 (Grabherr et al., 2011). Todas las lecturas serán depositadas en la base de datos de NCBI-SRA (National Center for Biotechnology Information Short Read Archive). Se utilizará el programa La suite Trinotate (http://trinotate.github.io/) para recuperar la anotación funcional del transcriptoma de P. boliviensis. Primero, las transcripciones Trinity serán escaneadas en busca de regiones codificantes utilizando el programa TransDecoder (http://transdecoder.sf.net), y todas las traducciones de las seis posibles lecturas serán filtradas para una longitud mínima de 100 aminoácidos para marcos de lectura abiertos. Los péptidos identificados se caracterizarán posteriormente basándose en la similitud de la secuencia con las bases de datos no redundantes de Uniref y SwissProt, utilizando Blast (valor e < 1e-03). Con base en los resultados de la búsqueda de similitud, las transcripciones serán anotadas de acuerdo con las bases de datos de GO, Kegg pathways y EggNOG. Finalmente, se integrará la similitud de la secuencia con la base de datos de referencia de SwissProt (BLASTP), al realizar una búsqueda de transcritos candidatos que coincidan con varias proteínas asociadas a venenos de especies de arañas cercanas. A partir de estos resultados, se compararán los dos transcriptomas para determinar la expresión diferencial de los mismos en función de su dieta.

Metadatos Adicionales

Identificadores Alternativos 10.15472/p1o69n
7818abe0-5c49-4c0e-b76d-7ac2d9af0eab
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=phoneutria_boliviensis_uibague