Colección de Microorganismos del Grupo de Investigación de Ecología Microbiana y Bioprospección

Data Records

The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 209 records.

This IPT archives the data and thus serves as the data repository. The data and resource metadata are available for download in the downloads section. The versions table lists other versions of the resource that have been made publicly available and allows tracking changes made to the resource over time.

Downloads

Download the latest version of this resource data as a Darwin Core Archive (DwC-A) or the resource metadata as EML or RTF:

Versions

The table below shows only published versions of the resource that are publicly accessible.

How to cite

Researchers should cite this work as follows:

Lizarazo-Medina Pilar Ximena, Rendón-Alzate Juliana.Establecimiento de la Colección de Microorganismos del Grupo de Investigación EM&B. 2019.

Rights

Researchers should respect the following rights statement:

The publisher and rights holder of this work is Universidad de Antioquia. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF Registration

This resource has been registered with GBIF, and assigned the following GBIF UUID: ff06f05b-7744-4c78-9efa-84189d4d920b.  Universidad de Antioquia publishes this resource, and is itself registered in GBIF as a data publisher endorsed by Colombian Biodiversity Information System.

Keywords

Microhábitats; Bacterias; Hongos; Levaduras; Regiones; Cacao; Occurrence; Specimen; PERMISO_COLECTA; Occurrence

External data

The resource data is also available in other formats

Contacts

Geographic Coverage

Departamento de Antioquia, subregión de Urabá, Bajo Cauca y Magdalena Medio.

Taxonomic Coverage

Los microorganismos presentes en esta colección corresponden a bacterias, levaduras y hongos filamentosos.

Temporal Coverage

Project Data

Aislamiento, identificación y registro de diferentes aislados microbianos (hongos filamentosos, levaduras y bacterias) provenientes de diferentes microhabitat

The personnel involved in the project:

Sampling Methods

Recolecta de muestras de suelo, hojarasca, tallo y frutos de cacao. Aislamiento, identificación y registro de diferentes aislados microbianos (hongos filamentosos, levaduras y bacterias) provenientes de diferentes microhábitats.

Method step description:

1. -Identificación de las muestras: Rotular la muestra con marcador no borrable Nombre del lote o código del material vegetal, parcela, municipio. Fecha. Nombre del Recolector.
2. -RECOLECTA DE MUESTRAS DE SUELO. Se colectan submuestras de suelo tomadas al azar de un terreno que presente características homogéneas. Para esto se dividirá el terreno en las zonas topograficas que presente, zonas altas, bajas, ondulaciones, inundadas. Se rotularan las muestras en la bolsa y con cinta de enmascarar y se anotará en el cuaderno de registro. Recolección: Una vez delimitado el terreno se colectan muestras aditivas para un total de 25 muestras por hectárea de suelo, de aproximadamente 50 gramos cada una. Se realiza un trazo en zigzag en el área para delimitar el espacio o se recolectó material asociado a un árbol. En el punto de muestreo se debe remover el material vegetal, hojarasca o raíces. Posterior a esto se procede a lavarse las manos con alcohol antiséptico, esterilizar el barreno metálico limpio con alcohol y fuego en el mechero. Una vez se esterilice se entierra el barreno en el punto de muestreo, girándolo como si fuera un destornillador sobre un tornillo. Luego de esto se retira y se deposita la muestra en la bolsa ziploc nueva que ya debe estar rotulada. Se adicionan en una sola bolsa todas las submuestras. Una vez de ha completado la totalidad de las submuestras se mezcla bien hasta homogenizarlas y la muestra se mantiene refrigerada hasta llevarla al laboratorio.
3. -RECOLECTA DE FRAGMENTOS DE RAMA Se estudiara el árbol seleccionado buscando ramas jóvenes que no presenten lesiones flores o frutos. Se rotularan las muestras en la bolsa y con cinta de enmascarar y se anotará en el cuaderno de registro. Lavarse las manos con alcohol antiséptico. Se esterilizaran las tijeras en la llama del mechero y se cortará un fragmento de 10 cms de largo de la rama seleccionada. El fragmento será guardado en una bolsa ziploc limpia por muestra, La muestra debe mantenerse refrigerada hasta el momento de análisis en el laboratorio.
4. -RECOLECTA DE FRUTOS Se determina la presencia en el árbol seleccionado de un número adecuado de frutos y se registra el estadio de madurez. Se rotularan la bolsa con el borrador indeleble y con cinta de enmascarar y se anotará en el cuaderno de registro. Lavarse las manos con alcohol antiséptico. Se esteriliza las tijeras en la llama del mechero. Se abre la bolsa y se coloca el fruto en su interior sin tocar el fruto. Ir cerrando la bolsa y se corta el fruto, al finalizar se sella totalmente la bolsa. El fruto es mantenido refrigerado hasta el momento de análisis en el laboratorio.

Collection Data

Bibliographic Citations

1. -Afoakwa E, Paterson A, Fowler M, Ryan A. 2008. Flavor formation and Character in Cocoa and Chocolate: A Critical Review. Food Science and Nutrition [Internet], 48 (9): 840-857. Disponible en:<DOI:10.1080/10408390701719272> DOI:10.1080/10408390701719272
2. Anwar W, Ali S, Nawaz K, Iftikhar S, Javed M, Hashem A, AlqarawiA, Fathi E, Akhter A. 2018. Entomopathogenic fungus Clonostachys rosea as a biocontrol agent against whitefly (Bemisia tabaci). Biocontrol science and technology, 28(8), 750-760. Disponible en: < https://doi.org/10.1080/09583157.2018.1487030> https://doi.org/10.1080/09583157.2018.1487030
3. Glick B. 2012. Plant Growth-Promoting Bacteria: Mechanisms and Applications. Scientifica [Internet], 1-15. Disponible en: <http://dx.doi.org/10.6064/2012/963401> http://dx.doi.org/10.6064/2012/963401
4. Hardoim P, van Overbeek L, Berg G, Pirttilä A, Compant S, Campisano A, Döring M, Sessitsch A. 2015. The Hidden World within Plants: Ecological and Evolutionary Considerations for Defining Functioning of Microbial Endophytes. Microbiology and Molecular Biology Reviews [Internet]. 79 (3): 293-320. Disponible en: <doi:10.1128/MMBR.00050-14> doi:10.1128/MMBR.00050-14
5. Karthik M, Pushpakanth P, Krishnamoorthy R, Sentilkumar M. 2017. Endophytic bacteria associated with banana cultivars and their inoculation effect on plant growth. Journal of Horticultural Science and Biotechnology [Internet]. Disponible en: <http://dx.doi.org/10.1080/14620316.2017.1310600> http://dx.doi.org/10.1080/14620316.2017.1310600
6. Kobus-Cisowska J, Szymanowska D, Maciejewska P, Szczepaniak O, Kmiecik D, Gramza-Michałowska A, Kulczyński B, Cielecka-Piontek J. 2019. Enriching novel dark chocolate with Bacillus coagulans as a way to provide beneficial nutrients. Food & function. 10 (2):997-1006. Disponible en:< 10.1039/C8FO02099J > 10.1039/C8FO02099J
7. Leite H, Silva A., Gomes F, Gramacho K, Faria J, de Souza J, Loguercio L. 2013. Bacillus subtilis and Enterobacter cloacae endophytes from healthy Theobroma cacao L. trees can systemically colonize seedlings and promote growth. Applied microbiology and biotechnology, 97(6): 2639-2651. Disponible en:<doi: 10.1007/s00253-012-4574-2> doi: 10.1007/s00253-012-4574-2
8. Mahilum-Tapay LM. 2009.The importance of microbial culture collection and Gene Banks in biotechnology. In: Doelle HW, Rokem JS, Berovic M (eds) Biotechnology. Encyclopaedia of Life Support Systems (EOLSS). Eolss Publishers, Oxford.
9. Nygren K., Dubey M, Zapparata A, Iqbal M, Tzelepis G, Durling M, Jensen D, Karlsson, M. 2018. The mycoparasitic fungus Clonostachys rosea responds with both common and specific gene expression during interspecific interactions with fungal prey. Evolutionary applications, 11(6): 931-949. Disponible en: <https://doi.org/10.1111/eva.12609> https://doi.org/10.1111/eva.12609
10. Papalexandratou Z, Lefeber T, Bahrim B, Seng O, Daniel H-M, Vuyst L. 2013. Hanseniaspora opuntiae, Saccharomyces cerevisiae, Lactobacillus fermentum, and Acetobacter pasteurianus predominate during well-performed Malaysian cocoa bean box fermentations, underlining the importance of these microbial species for a successful cocoa bean fermentation process. Food Microbiology [Internet], 35: 73-85. Disponible en:<http://dx.doi.org/10.1016/j.fm.2013.02.015> http://dx.doi.org/10.1016/j.fm.2013.02.015
11. Pessôa G, Paulino N, Mano M, Neri-Numa I, Molina G, Pastore G. 2017. Fusarium species—a promising tool box for industrial biotechnology. Applied microbiology and biotechnology, 101(9), 3493-3511. Disponible en: < doi: 10.1007/s00253-017-8255-z.> doi: 10.1007/s00253-017-8255-z.
12. Vassilev N, Vassileva M, Nikolaeva I. 2006. Simultaneous P-solubilizing and biocontrol activity of microorganisms: potentials and future trends. Applied Microbiology and Biotechnology [Internet], 71 (2):137-144. Disponible en: <https://link.springer.com/article/10.1007/s00253-006-0380-z> https://link.springer.com/article/10.1007/s00253-006-0380-z
13. Vinícius G, da Cruz M, Lacerda C, Freitas R. 2012. Microbiological and Physicochemical Characterization of Small-Scale Cocoa Fermentations and Screening of Yeast and Bacterial Strains to Develop a Defined Starter Culture. Applied and Enviromental Microbiology [Internet], 78(15):5395-5405. Disponible en:<doi:10.1128/AEM.01144-12> doi:10.1128/AEM.01144-12
14. Zacky F, Ting A. 2013. Investigating the bioactivity of cells and cell-free extracts of Streptomyces griseus towards Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4. Biological control, 66(3): 204-208. Disponible en: <https://doi.org/10.1016/j.biocontrol.2013.06.001> https://doi.org/10.1016/j.biocontrol.2013.06.001

Additional Metadata