OCCURRENCE

Colección de Microorganismos del Grupo de Investigación de Ecología Microbiana y Bioprospección

Última versión Publicado por Universidad de Antioquia en 24 de enero de 2022 Universidad de Antioquia
Esta colección se comenzó en el año 2015 con el aislamiento, identificación y registro de diferentes aislados microbianos (hongos filamentosos, levaduras y bacterias) provenientes de diferentes microhábitats incluyendo microorganismos relacionados al cultivo de cacao y proceso de beneficio para estudios ecológicos.
Fecha de publicación:
24 de enero de 2022
Licencia:
CC-BY 4.0

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 209 registros.

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Descargas

Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:

Datos como un archivo DwC-A descargar 209 registros en Español (14 kB) - Frecuencia de actualización: desconocido
Metadatos como un archivo EML descargar en Español (22 kB)
Metadatos como un archivo RTF descargar en Español (21 kB)

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Lizarazo-Medina Pilar Ximena, Rendón-Alzate Juliana.Establecimiento de la Colección de Microorganismos del Grupo de Investigación EM&B. 2019.

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Universidad de Antioquia. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: ff06f05b-7744-4c78-9efa-84189d4d920b.  Universidad de Antioquia publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Colombian Biodiversity Information System.

Palabras clave

Microhábitats; Bacterias; Hongos; Levaduras; Regiones; Cacao; Occurrence; Specimen; PERMISO_COLECTA; Occurrence

Datos externos

Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Pilar Ximena Lizarazo Medina
Docente-Investigadora
Universidad de Antioquia
Cl. 67 #53-108
Medellin
Antioquia
CO
301-230-0776

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Pilar Ximena Lizarazo Medina
Docente-Investigadora
Universidad de Antioquia
Cl. 67 #53-108
Medellín
Antioquia
CO
301-230-0776
Juliana Rendón Alzate
Joven Investigadora
Universidad de Antioquia
Cl. 67 #53-108
Medellín
Antioquia
CO
313-588-8848

¿Quién documentó los metadatos?:

Pilar Ximena Lizarazo Medina
Docente-Investigadora
Universidad de Antioquia
Cl. 67 #53-108
Medellin
Antioquia
CO
301-230-0776

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Investigador Principal
Pilar Ximena Lizarazo Medina
Docente-Investigadora
Universidad de Antioquia
Medellín
CO
301-230-0776

Cobertura geográfica

Departamento de Antioquia, subregión de Urabá, Bajo Cauca y Magdalena Medio.

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [5,682, -77,454], Latitud Máxima Longitud Máxima [8,565, -73,916]

Cobertura taxonómica

Los microorganismos presentes en esta colección corresponden a bacterias, levaduras y hongos filamentosos.

Género  Bacillus,  Pseudomonas,  Streptomyces,  Lactobacillus,  Paenibacillus,  Candida,  Pichia,  Hanseniaspora,  Meyerozyma,  Fusarium,  Clonostachys,  Diaporthe,  Trichoderma,  Penicillium

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2015-11-12 / 2017-04-30

Datos del proyecto

Aislamiento, identificación y registro de diferentes aislados microbianos (hongos filamentosos, levaduras y bacterias) provenientes de diferentes microhabitat

Título Establecimiento de la Colección de Microorganismos del Grupo de Investigación de Ecología Microbiana y Bioprospección
Fuentes de Financiación CODI-UdeA, SGR-Gobernación de Antioquia
Descripción del área de estudio Recolecta de muestras de suelo, hojarasca, tallo, frutos de cacao, en la subregión de Urabá, Bajo Cauca y Magdalena Medio.
Descripción del diseño Las muestras se recolectaron en condiciones de asepsia, empleando elementos de recolecta y de almacenamiento estériles. Aislamiento, identificación y registro de diferentes aislados microbianos (hongos filamentosos, levaduras y bacterias) provenientes de diferentes microhábitats.

Personas asociadas al proyecto:

Investigador Principal
Pilar Ximena Lizarazo Medina

Métodos de muestreo

Recolecta de muestras de suelo, hojarasca, tallo y frutos de cacao. Aislamiento, identificación y registro de diferentes aislados microbianos (hongos filamentosos, levaduras y bacterias) provenientes de diferentes microhábitats.

Área de Estudio Subregión de Urabá, Bajo Cauca y Magdalena Medio
Control de Calidad Las muestras se recolectaron en condiciones de asepsia, empleando elementos de recolecta y de almacenamiento estériles.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. -Identificación de las muestras: Rotular la muestra con marcador no borrable Nombre del lote o código del material vegetal, parcela, municipio. Fecha. Nombre del Recolector.
  2. -RECOLECTA DE MUESTRAS DE SUELO. Se colectan submuestras de suelo tomadas al azar de un terreno que presente características homogéneas. Para esto se dividirá el terreno en las zonas topograficas que presente, zonas altas, bajas, ondulaciones, inundadas. Se rotularan las muestras en la bolsa y con cinta de enmascarar y se anotará en el cuaderno de registro. Recolección: Una vez delimitado el terreno se colectan muestras aditivas para un total de 25 muestras por hectárea de suelo, de aproximadamente 50 gramos cada una. Se realiza un trazo en zigzag en el área para delimitar el espacio o se recolectó material asociado a un árbol. En el punto de muestreo se debe remover el material vegetal, hojarasca o raíces. Posterior a esto se procede a lavarse las manos con alcohol antiséptico, esterilizar el barreno metálico limpio con alcohol y fuego en el mechero. Una vez se esterilice se entierra el barreno en el punto de muestreo, girándolo como si fuera un destornillador sobre un tornillo. Luego de esto se retira y se deposita la muestra en la bolsa ziploc nueva que ya debe estar rotulada. Se adicionan en una sola bolsa todas las submuestras. Una vez de ha completado la totalidad de las submuestras se mezcla bien hasta homogenizarlas y la muestra se mantiene refrigerada hasta llevarla al laboratorio.
  3. -RECOLECTA DE FRAGMENTOS DE RAMA Se estudiara el árbol seleccionado buscando ramas jóvenes que no presenten lesiones flores o frutos. Se rotularan las muestras en la bolsa y con cinta de enmascarar y se anotará en el cuaderno de registro. Lavarse las manos con alcohol antiséptico. Se esterilizaran las tijeras en la llama del mechero y se cortará un fragmento de 10 cms de largo de la rama seleccionada. El fragmento será guardado en una bolsa ziploc limpia por muestra, La muestra debe mantenerse refrigerada hasta el momento de análisis en el laboratorio.
  4. -RECOLECTA DE FRUTOS Se determina la presencia en el árbol seleccionado de un número adecuado de frutos y se registra el estadio de madurez. Se rotularan la bolsa con el borrador indeleble y con cinta de enmascarar y se anotará en el cuaderno de registro. Lavarse las manos con alcohol antiséptico. Se esteriliza las tijeras en la llama del mechero. Se abre la bolsa y se coloca el fruto en su interior sin tocar el fruto. Ir cerrando la bolsa y se corta el fruto, al finalizar se sella totalmente la bolsa. El fruto es mantenido refrigerado hasta el momento de análisis en el laboratorio.

Datos de la colección

Nombre de la Colección Colección de Microorganismos del Grupo de Investigación de Ecología Microbiana y Bioprospección
Métodos de preservación de los ejemplares Congelado,  Otro

Referencias bibliográficas

  1. -Afoakwa E, Paterson A, Fowler M, Ryan A. 2008. Flavor formation and Character in Cocoa and Chocolate: A Critical Review. Food Science and Nutrition [Internet], 48 (9): 840-857. Disponible en:<DOI:10.1080/10408390701719272> DOI:10.1080/10408390701719272
  2. Anwar W, Ali S, Nawaz K, Iftikhar S, Javed M, Hashem A, AlqarawiA, Fathi E, Akhter A. 2018. Entomopathogenic fungus Clonostachys rosea as a biocontrol agent against whitefly (Bemisia tabaci). Biocontrol science and technology, 28(8), 750-760. Disponible en: < https://doi.org/10.1080/09583157.2018.1487030> https://doi.org/10.1080/09583157.2018.1487030
  3. Glick B. 2012. Plant Growth-Promoting Bacteria: Mechanisms and Applications. Scientifica [Internet], 1-15. Disponible en: <http://dx.doi.org/10.6064/2012/963401> http://dx.doi.org/10.6064/2012/963401
  4. Hardoim P, van Overbeek L, Berg G, Pirttilä A, Compant S, Campisano A, Döring M, Sessitsch A. 2015. The Hidden World within Plants: Ecological and Evolutionary Considerations for Defining Functioning of Microbial Endophytes. Microbiology and Molecular Biology Reviews [Internet]. 79 (3): 293-320. Disponible en: <doi:10.1128/MMBR.00050-14> doi:10.1128/MMBR.00050-14
  5. Karthik M, Pushpakanth P, Krishnamoorthy R, Sentilkumar M. 2017. Endophytic bacteria associated with banana cultivars and their inoculation effect on plant growth. Journal of Horticultural Science and Biotechnology [Internet]. Disponible en: <http://dx.doi.org/10.1080/14620316.2017.1310600> http://dx.doi.org/10.1080/14620316.2017.1310600
  6. Kobus-Cisowska J, Szymanowska D, Maciejewska P, Szczepaniak O, Kmiecik D, Gramza-Michałowska A, Kulczyński B, Cielecka-Piontek J. 2019. Enriching novel dark chocolate with Bacillus coagulans as a way to provide beneficial nutrients. Food & function. 10 (2):997-1006. Disponible en:< 10.1039/C8FO02099J > 10.1039/C8FO02099J
  7. Leite H, Silva A., Gomes F, Gramacho K, Faria J, de Souza J, Loguercio L. 2013. Bacillus subtilis and Enterobacter cloacae endophytes from healthy Theobroma cacao L. trees can systemically colonize seedlings and promote growth. Applied microbiology and biotechnology, 97(6): 2639-2651. Disponible en:<doi: 10.1007/s00253-012-4574-2> doi: 10.1007/s00253-012-4574-2
  8. Mahilum-Tapay LM. 2009.The importance of microbial culture collection and Gene Banks in biotechnology. In: Doelle HW, Rokem JS, Berovic M (eds) Biotechnology. Encyclopaedia of Life Support Systems (EOLSS). Eolss Publishers, Oxford.
  9. Nygren K., Dubey M, Zapparata A, Iqbal M, Tzelepis G, Durling M, Jensen D, Karlsson, M. 2018. The mycoparasitic fungus Clonostachys rosea responds with both common and specific gene expression during interspecific interactions with fungal prey. Evolutionary applications, 11(6): 931-949. Disponible en: <https://doi.org/10.1111/eva.12609> https://doi.org/10.1111/eva.12609
  10. Papalexandratou Z, Lefeber T, Bahrim B, Seng O, Daniel H-M, Vuyst L. 2013. Hanseniaspora opuntiae, Saccharomyces cerevisiae, Lactobacillus fermentum, and Acetobacter pasteurianus predominate during well-performed Malaysian cocoa bean box fermentations, underlining the importance of these microbial species for a successful cocoa bean fermentation process. Food Microbiology [Internet], 35: 73-85. Disponible en:<http://dx.doi.org/10.1016/j.fm.2013.02.015> http://dx.doi.org/10.1016/j.fm.2013.02.015
  11. Pessôa G, Paulino N, Mano M, Neri-Numa I, Molina G, Pastore G. 2017. Fusarium species—a promising tool box for industrial biotechnology. Applied microbiology and biotechnology, 101(9), 3493-3511. Disponible en: < doi: 10.1007/s00253-017-8255-z.> doi: 10.1007/s00253-017-8255-z.
  12. Vassilev N, Vassileva M, Nikolaeva I. 2006. Simultaneous P-solubilizing and biocontrol activity of microorganisms: potentials and future trends. Applied Microbiology and Biotechnology [Internet], 71 (2):137-144. Disponible en: <https://link.springer.com/article/10.1007/s00253-006-0380-z> https://link.springer.com/article/10.1007/s00253-006-0380-z
  13. Vinícius G, da Cruz M, Lacerda C, Freitas R. 2012. Microbiological and Physicochemical Characterization of Small-Scale Cocoa Fermentations and Screening of Yeast and Bacterial Strains to Develop a Defined Starter Culture. Applied and Enviromental Microbiology [Internet], 78(15):5395-5405. Disponible en:<doi:10.1128/AEM.01144-12> doi:10.1128/AEM.01144-12
  14. Zacky F, Ting A. 2013. Investigating the bioactivity of cells and cell-free extracts of Streptomyces griseus towards Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4. Biological control, 66(3): 204-208. Disponible en: <https://doi.org/10.1016/j.biocontrol.2013.06.001> https://doi.org/10.1016/j.biocontrol.2013.06.001

Metadatos adicionales

Identificadores alternativos 10.15472/ouydbp
ff06f05b-7744-4c78-9efa-84189d4d920b
https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=microorganismos_cacao