Colección de Microorganismos asociados al cacao de CasaLuker S.A.

資料紀錄

此資源出現紀錄的資料已發佈為達爾文核心集檔案（DwC-A），其以一或多組資料表構成分享生物多樣性資料的標準格式。 核心資料表包含 344 筆紀錄。

亦存在 1 筆延伸集的資料表。延伸集中的紀錄補充核心集中紀錄的額外資訊。 每個延伸集資料表中資料筆數顯示如下。

此 IPT 存放資料以提供資料儲存庫服務。資料與資源的詮釋資料可由「下載」單元下載。「版本」表格列出此資源的其它公開版本，以便利追蹤其隨時間的變更。

版本

以下的表格只顯示可公開存取資源的已發布版本。

如何引用

研究者應依照以下指示引用此資源。:

Rodriguez López C M, Cepeda M L, Galeano Vanegas N F, Del Portillo Obando P, Calderon D, De Brito Brandão P F, González Barrios A F, Fernández Niño M, Aguirre Mejia J L, Olarte Noreña H H, Chica Morales M J, Cortes Mera D M, Universidad Católica de Manizales, CorpoGen, Universidad Nacional de Colombia, Universidad de los Andes (2025). Colección de Microorganismos asociados al cacao de CasaLuker S.A.. Version 1.5. CasaLuker S.A.. Occurrence dataset. https://doi.org/10.15472/729vjx

權利

研究者應尊重以下權利聲明。:

此資料的發布者及權利單位為 CasaLuker S.A.。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0) License.

GBIF 註冊

此資源已向GBIF註冊，並指定以下之GBIF UUID: 639c016d-ad77-4910-bbbd-a416d061a691。  CasaLuker S.A. 發佈此資源，並經由Colombian Biodiversity Information System同意向GBIF註冊成為資料發佈者。

關鍵字

Theobroma Cacao; Fermentacíon; Postcosecha; Microorganismos; Procariotas; Bacteria; Hongos; Levaduras; Occurrence; Specimen

聯絡資訊

地理涵蓋範圍

Los datos se tomaron en la finca GranjaLuker en el municipio de Palestina, Caldas, Colombia.

分類群涵蓋範圍

De 223 bacterias aisladas, se identificaron 63 hasta nivel de genero, 15 hasta nivel de especie y 145 hasta nivel de reino. De 121 hongos aislados, se identificaron 1 hasta nivel de genero, 47 hasta nivel de especie y 73 hasta nivel de reino.

時間涵蓋範圍

計畫資料

Por la cual se otorga el permiso de colecta y el acceso a recursos genéticos y sus productos derivados a CASALUKER S.A. para las actividades del proyecto “Estudio de las comunidades microbianas asociadas al cultivo y postcosecha del cacao en Colombia” del Contrato de Acceso a Recursos Genéticos y Productos Derivados No. 284 de 2020.

參與計畫的人員:

取樣方法

Las muestras recolectadas son representativas de la finca GranjaLuker, Palestina, Caldas, Colombia. Se estudiaron varios procesos de fermentación entre los años 2015 y 2021. Para los montajes experimentales se recolectaron entre 2000 y 4000 mazorcas de cacao de las variedades disponibles en la finca GranjaLuker (TSH 565, FSA 13, ICS-1 y Luker 40, entre otros). Se tomaron aleatoriamente frutos de cacao (o mazorcas) maduras previo al proceso de desgranado. Para el montaje de los procesos de fermentación se tomaron todas las medidas de asepsia. En cajones de madera se adicionaron masas de cacao con tamaños entre 200 y 400 kg y se tomaron muestras de 200 a 500 g de fermento de cacao durante el proceso de fermentación desde el inicio hasta el día 8, evaluando simultáneamente la temperatura, el pH y el porcentaje de granos bien fermentados. Se realizaron volteos de la masa de cacao cada 48 horas hasta la finalización del proceso. A partir del 2022, se toman frutos de cacao sanos de 2 a 3 meses de edad.

方法步驟描述:

1. Componente Bacterias: Para el estudio de las bacterias presentes en los procesos de fermentación de cacao se tomaron las muestras de grano de cacao desde el inicio hasta el día 8. En condiciones asépticas se pesaron de 5 a 10 g y se sumergieron en agua peptonada (en proporción 1:10). Posteriormente, se prepararon diluciones seriadas hasta 10-10, estas diluciones se siembran en diferentes medios de cultivo (Medio TSA, agar LB, agar nutritivo o agar OGY, entre otros) y bajo diferentes condiciones de cultivo (temperatura: 25 °C, 30 °C y 37 °C; tiempo de incubación: 48 h y 72 h). Para el estudio de bacterias endófitas, se tomaron 24 trozos del fruto de 1cm x 1cm de la zona entre el mesocarpo y el endocarpo. Estos trozos pasan por un proceso de desinfección y son inoculados en cajas de Petri con agar LB. Cada caja contiene 4 trozos y son incubados a 30°C hasta por 2 días. A partir de los cultivos de agar se seleccionaron colonias de acuerdo con su morfología (macroscópica y microscópica). Las cepas bacterianas que se consideraron axénicas fueron criopreservadas a – 80 °C en medio LB con glicerol en una concentración del 20% y depositados en la Colección de Microorganismos asociados al cacao de CasaLuker S.A (CMCL). Se realizó la identificación molecular de las cepas de mayor interés por su potencial en procesos biotecnológicos; para esto se realizó inicialmente un análisis de Single-Stranded Conformational Polimorfism (SSCP), siguiendo procedimientos previamente establecidos (Montaño-Salazar et al., 2018), mediante la discriminación de los perfiles electroforéticos únicos de las regiones V4 y V5 del gen 16S rRNA (Dohrmann & Tebbe, 2008). Para las bacterias que mostraron distintos perfiles de SSCP se realizó la amplificación del gen 16S rRNA (utilizando los primers 27F y 1492R), análisis bioinformáticos y asignación taxonómica mediante comparación con bases de datos (Rodríguez-López et al., 2020). Finalmente, se realizó la secuenciación del genoma completo de tres cepas por su potencial en procesos biotecnológicos; para esto se realizó la extracción de ADN genómico, se analizó la calidad y cantidad del ADN (Nanodrop y electroforesis en un gel de agarosa), y el proceso de secuenciación con tecnología de Illumina Paired End 150pb (Novogene).
2. Componente Levaduras: Para el estudio de levaduras presentes en los procesos de fermentación se tomaron muestras de grano de cacao desde el inicio hasta el día 8. En condiciones asépticas se pesaron de 5 a 10 g y se sumergieron en agua peptonada (en proporción 1:10). Se prepararon diluciones seriadas hasta 10-10, y se sembraron en diferentes medios de cultivo (Medio TSA, agar Saboreaud o PDA), bajo diferentes condiciones de cultivo (temperatura: 25 °C y 30 °C; tiempo de incubación: 2 días y 1 semana). A partir de los cultivos de agar se seleccionaron colonias, se aislaron y se seleccionaron de acuerdo con su morfología. Los microorganismos aislados fueron criopreservados a – 80 °C y depositados en la Colección de Microorganismos asociados al cacao de CasaLuker S.A (CMCL).
3. Componente Hongos filamentosos: Para el estudio de hongos filamentosos presentes en la postcosecha del cacao se tomaron muestras de frutos de cacao y granos desde el inicio hasta el día 8 del proceso de fermentación de cacao. En condiciones asépticas se cortaron trozos de 1 cm2 por cada mazorca muestreada, se pesaron de 5 a 10 g y se sumergieron en agua peptonada (en proporción 1:10). Se prepararon diluciones seriadas hasta 1x10-10, se sembraron en diferentes medios de cultivo (Medio TSA, Saboreaud o PDA) y bajo diferentes condiciones de cultivo (temperatura: 25 °C y 30 °C; tiempo de incubación: 2 días y 1 semana). Para la obtención de hongos endófitos, se toman 24 trozos del fruto de 1cm x 1cm de la zona entre el mesocarpo y el endocarpo. Estos trozos pasan por un proceso de desinfección y son inoculados en cajas de Petri con agar PDA. Cada caja contiene 4 trozos y son incubados a 30°C hasta por 15 días. A partir de los cultivos de agar se seleccionaron colonias, se aislaron y se seleccionaron de acuerdo con su morfología. Los microorganismos aislados fueron criopreservados a – 80 °C y depositados en la Colección de Microorganismos asociados al cacao de CasaLuker S.A (CMCL).

收藏資料

引用文獻

1. Ardhana, M y Fleet, G. 2003. The microbial ecology of cocoa bean fermentation in Indonesia. Food Science and Technology, School of Chemical Sciences. The University of New South Wales, Sydney New South Wales 2052, Australia. International Journal of Food Microbiology 86 (2003) 87 – 99. DOI: 10.1016/s0168-1605(03)00081-3
2. Leite HA, Silva AB, Gomes FP, Gramacho KP, Faria JC, de Souza JT, Loguercio LL. Bacillus subtilis and Enterobacter cloacae endophytes from healthy Theobroma cacao L. trees can systemically colonize seedlings and promote growth. Appl Microbiol Biotechnol 97(6) (2013) 2639-2651. DOI: 10.1007/s00253-012-4574-2
3. Da veiga, Da Cruz, P., M. G.; Ferreira, D., W.; Ribeiro, D., D. y Schwan, r. F. 2013. Microbial succession and the dynamics of metabolites and sugars during the fermentation of three different cocoa (Teobroma cacao L.) hybrids. Food Research International 54 (2013) 9-17. https://doi.org/10.1016/j.foodres.2013.06.001
4. De Melo Pereira GV, Magalhães KT, de Almeida EG, da Silva Coelho I, Schwan RF. Spontaneous cocoa bean fermentation carried out in a novel-design stainless steel tank: influence on the dynamics of microbial populations and physical-chemical properties. Int J Food Microbiol 161(2) (2013)121-33. DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2012.11.018
5. De Vuyst L, Weckx S. The cocoa bean fermentation process: from ecosystem analysis to starter culture development. J Appl Microbiol. 2016 Jul;121(1):5-17. DOI: 10.1111/jam.13045
6. Dohrmann, A., & Tebbe, C. (2008). Section 3 update: Microbial community analysis by PCR-single-strand conformation polymorphism (PCR-SSCP). Molecular Microbial Ecology Manual. ISBN: 1402021763
7. Garcia-Armisen, T., Papalexandratou, Z., Hendryckx, H. et al. Diversity of the total bacterial community associated with Ghanaian and Brazilian cocoa bean fermentation samples as revealed by a 16 S rRNA gene clone library. Appl Microbiol Biotechnol 87 (2010) 2281–2292. DOI: 10.1007/s00253-010-2698-9
8. Ho V. T. T., Zhao J., & Fleet G. The effect of lactic acid bacteria on cocoa bean fermentation. International Journal of Food Microbiology, 205(1) (2015) 54–67. DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2015.03.031
9. Kouame, l.; Goualie, B. G.; Adom, J. N.; Koua, G.; Honore, H. G.; Doue, G. y Niamke, S. 2015. Diversity of microbial strains involved in cocoa Fermentation from Sud-comoé (Cote D’Ivoire) Based on biochemical properties. Laboratoire de Biotechnologies, Filière Biochimie-Microbiologie, Unité de Formation et de Recherche en Biosciences, Université Félix Houphouët Boigny, Abidjan, Côte d’Ivoire. European Scientific Journal edition vol.11, No.18 (2015) 1857- 7431. ISSN: 18577881
10. Melnick,R.L; Suarez, C; Bailey, B; Backman, P. Isolation of endophytic endospore-forming bacteria from Theobroma cacao as potential biological control agents of cacao diseases. Biological Control 57 (2011) 236-245. DOI: 10.1016/j.biocontrol.2011.03.005
11. Montaño-Salazar, S. M., Lizarazo-Marriaga, J., & Brandão, P. F. B. Isolation and potential biocementation of calcite precipitation Iinducing bacteria from Colombian buildings. Current Microbiology, 75(3) (2018) 256–265. DOI: 10.1007/s00284-017-1373-0
12. Nielsen DS, Teniola OD, Ban-Koffi L, Owusu M, Andersson TS, Holzapfel WH. The microbiology of Ghanaian cocoa fermentations analysed using culture-dependent and culture-independent methods. Int J Food Microbiol114(2) (2007) 168-86. DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2006.09.010
13. Pereira, G. V.; Magalhães, K. T.; Almeida, E. G.; Coelho, I. S. y Schwan, R. F. Spontaneous cocoa bean fermentation carried out in a novel-design stainless steel tank: Influence on the dynamics of microbial populations and physical–chemical properties. International Journal of Food Microbiology, 161 (2013) 121-133. DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2012.11.018
14. Papalexandratou Z, De Vuyst L. Assessment of the yeast species composition of cocoa bean fermentations in different cocoa-producing regions using denaturing gradient gel electrophoresis. FEMS Yeast Res. 11(7) (2011) 564-574. DOI: 10.1111/j.1567-1364.2011.00747.x.
15. Papalexandratou; Camu, N.; Falony, G. y De Vuyst, L. Comparison of the bacterial species diversiry of spontaneous cocoa bean fermentations carried out at selected farms in Ivory Coast and Brazil. Food Microbiol. 28(5) (2013) 964-73. DOI: 10.1016/j.fm.2011.01.010
16. Rodríguez-López, C. M., Guzmán-Beltrán, A. M., Lara-Morales, M. C., Castillo, E., & Brandão, P. F. B. (2020). AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN DE Lactobacillus spp. (LACTOBACILLACEAE) RESISTENTES A Cd(II) Y As(III) RECUPERADOS DE FERMENTO DE CACAO. Acta Biológica Colombiana, 26(1), 19–29. DOI: 10.15446/abc.v26n1.83677
17. Schwan RF, Wheals AE. The microbiology of cocoa fermentation and its role in chocolate quality. Crit Rev Food Sci Nutr. 44(4) (2004) 205-21. DOI: 10.1080/10408690490464104.
18. Thomas, L; Gupta, A; Gopal, M; George, P; Thomas, G. Plant growth promoting potential of Bacillus spp. Isolated from rhizosphere of cocoa (Theobroma cacao L). Journal of Plantation Crops 38 (2010) 97-104. ISSN : 0304-5242

額外的詮釋資料