Colección de Microorganismos asociados al cacao de CasaLuker S.A.

Data Records

The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 344 records.

1 extension data tables also exist. An extension record supplies extra information about a core record. The number of records in each extension data table is illustrated below.

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Versions

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How to cite

Researchers should cite this work as follows:

Rodriguez López C M, Cepeda M L, Galeano Vanegas N F, Del Portillo Obando P, Calderon D, De Brito Brandão P F, González Barrios A F, Fernández Niño M, Aguirre Mejia J L, Olarte Noreña H H, Chica Morales M J, Cortes Mera D M, Universidad Católica de Manizales, CorpoGen, Universidad Nacional de Colombia, Universidad de los Andes (2025). Colección de Microorganismos asociados al cacao de CasaLuker S.A.. Version 1.5. CasaLuker S.A.. Occurrence dataset. https://doi.org/10.15472/729vjx

Rights

Researchers should respect the following rights statement:

The publisher and rights holder of this work is CasaLuker S.A.. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0) License.

GBIF Registration

This resource has been registered with GBIF, and assigned the following GBIF UUID: 639c016d-ad77-4910-bbbd-a416d061a691.  CasaLuker S.A. publishes this resource, and is itself registered in GBIF as a data publisher endorsed by Colombian Biodiversity Information System.

Keywords

Theobroma Cacao; Fermentacíon; Postcosecha; Microorganismos; Procariotas; Bacteria; Hongos; Levaduras; Occurrence; Specimen

Contacts

Geographic Coverage

Los datos se tomaron en la finca GranjaLuker en el municipio de Palestina, Caldas, Colombia.

Taxonomic Coverage

De 223 bacterias aisladas, se identificaron 63 hasta nivel de genero, 15 hasta nivel de especie y 145 hasta nivel de reino. De 121 hongos aislados, se identificaron 1 hasta nivel de genero, 47 hasta nivel de especie y 73 hasta nivel de reino.

Temporal Coverage

Project Data

Por la cual se otorga el permiso de colecta y el acceso a recursos genéticos y sus productos derivados a CASALUKER S.A. para las actividades del proyecto “Estudio de las comunidades microbianas asociadas al cultivo y postcosecha del cacao en Colombia” del Contrato de Acceso a Recursos Genéticos y Productos Derivados No. 284 de 2020.

The personnel involved in the project:

Sampling Methods

Las muestras recolectadas son representativas de la finca GranjaLuker, Palestina, Caldas, Colombia. Se estudiaron varios procesos de fermentación entre los años 2015 y 2021. Para los montajes experimentales se recolectaron entre 2000 y 4000 mazorcas de cacao de las variedades disponibles en la finca GranjaLuker (TSH 565, FSA 13, ICS-1 y Luker 40, entre otros). Se tomaron aleatoriamente frutos de cacao (o mazorcas) maduras previo al proceso de desgranado. Para el montaje de los procesos de fermentación se tomaron todas las medidas de asepsia. En cajones de madera se adicionaron masas de cacao con tamaños entre 200 y 400 kg y se tomaron muestras de 200 a 500 g de fermento de cacao durante el proceso de fermentación desde el inicio hasta el día 8, evaluando simultáneamente la temperatura, el pH y el porcentaje de granos bien fermentados. Se realizaron volteos de la masa de cacao cada 48 horas hasta la finalización del proceso. A partir del 2022, se toman frutos de cacao sanos de 2 a 3 meses de edad.

Method step description:

1. Componente Bacterias: Para el estudio de las bacterias presentes en los procesos de fermentación de cacao se tomaron las muestras de grano de cacao desde el inicio hasta el día 8. En condiciones asépticas se pesaron de 5 a 10 g y se sumergieron en agua peptonada (en proporción 1:10). Posteriormente, se prepararon diluciones seriadas hasta 10-10, estas diluciones se siembran en diferentes medios de cultivo (Medio TSA, agar LB, agar nutritivo o agar OGY, entre otros) y bajo diferentes condiciones de cultivo (temperatura: 25 °C, 30 °C y 37 °C; tiempo de incubación: 48 h y 72 h). Para el estudio de bacterias endófitas, se tomaron 24 trozos del fruto de 1cm x 1cm de la zona entre el mesocarpo y el endocarpo. Estos trozos pasan por un proceso de desinfección y son inoculados en cajas de Petri con agar LB. Cada caja contiene 4 trozos y son incubados a 30°C hasta por 2 días. A partir de los cultivos de agar se seleccionaron colonias de acuerdo con su morfología (macroscópica y microscópica). Las cepas bacterianas que se consideraron axénicas fueron criopreservadas a – 80 °C en medio LB con glicerol en una concentración del 20% y depositados en la Colección de Microorganismos asociados al cacao de CasaLuker S.A (CMCL). Se realizó la identificación molecular de las cepas de mayor interés por su potencial en procesos biotecnológicos; para esto se realizó inicialmente un análisis de Single-Stranded Conformational Polimorfism (SSCP), siguiendo procedimientos previamente establecidos (Montaño-Salazar et al., 2018), mediante la discriminación de los perfiles electroforéticos únicos de las regiones V4 y V5 del gen 16S rRNA (Dohrmann & Tebbe, 2008). Para las bacterias que mostraron distintos perfiles de SSCP se realizó la amplificación del gen 16S rRNA (utilizando los primers 27F y 1492R), análisis bioinformáticos y asignación taxonómica mediante comparación con bases de datos (Rodríguez-López et al., 2020). Finalmente, se realizó la secuenciación del genoma completo de tres cepas por su potencial en procesos biotecnológicos; para esto se realizó la extracción de ADN genómico, se analizó la calidad y cantidad del ADN (Nanodrop y electroforesis en un gel de agarosa), y el proceso de secuenciación con tecnología de Illumina Paired End 150pb (Novogene).
2. Componente Levaduras: Para el estudio de levaduras presentes en los procesos de fermentación se tomaron muestras de grano de cacao desde el inicio hasta el día 8. En condiciones asépticas se pesaron de 5 a 10 g y se sumergieron en agua peptonada (en proporción 1:10). Se prepararon diluciones seriadas hasta 10-10, y se sembraron en diferentes medios de cultivo (Medio TSA, agar Saboreaud o PDA), bajo diferentes condiciones de cultivo (temperatura: 25 °C y 30 °C; tiempo de incubación: 2 días y 1 semana). A partir de los cultivos de agar se seleccionaron colonias, se aislaron y se seleccionaron de acuerdo con su morfología. Los microorganismos aislados fueron criopreservados a – 80 °C y depositados en la Colección de Microorganismos asociados al cacao de CasaLuker S.A (CMCL).
3. Componente Hongos filamentosos: Para el estudio de hongos filamentosos presentes en la postcosecha del cacao se tomaron muestras de frutos de cacao y granos desde el inicio hasta el día 8 del proceso de fermentación de cacao. En condiciones asépticas se cortaron trozos de 1 cm2 por cada mazorca muestreada, se pesaron de 5 a 10 g y se sumergieron en agua peptonada (en proporción 1:10). Se prepararon diluciones seriadas hasta 1x10-10, se sembraron en diferentes medios de cultivo (Medio TSA, Saboreaud o PDA) y bajo diferentes condiciones de cultivo (temperatura: 25 °C y 30 °C; tiempo de incubación: 2 días y 1 semana). Para la obtención de hongos endófitos, se toman 24 trozos del fruto de 1cm x 1cm de la zona entre el mesocarpo y el endocarpo. Estos trozos pasan por un proceso de desinfección y son inoculados en cajas de Petri con agar PDA. Cada caja contiene 4 trozos y son incubados a 30°C hasta por 15 días. A partir de los cultivos de agar se seleccionaron colonias, se aislaron y se seleccionaron de acuerdo con su morfología. Los microorganismos aislados fueron criopreservados a – 80 °C y depositados en la Colección de Microorganismos asociados al cacao de CasaLuker S.A (CMCL).

Collection Data

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Additional Metadata