Registros biológicos de especies de plantas del Bosque Seco en Colombia presentes en el Herbario JBGP

最新版本 由 Jardín Botánico de Cartagena "Guillermo Piñeres" 發佈於 Jun 4, 2018 Jardín Botánico de Cartagena "Guillermo Piñeres"

I2D-BIO_2016_042. Registros biológicos del herbarios de la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" correspondiente al producto No. 3 del convenio de cooperación Humboldt-JBGP No. 15-12-067-267CE, cuyo objeto es realizar actividades de sistematización de registros biológicos y digitalización de imágenes de especímenes botánicas referidas a la flora del bosque seco colombiano, como insumos para sentar las bases del análisis de riesgo de extinción de la flora de Colombia. Fueron 3753 registros pertenecientes a 1308 especies, 710 géneros y 140 familias, registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca

Data Records

The data in this 出現紀錄 resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 3,753 records.

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如何引用

研究者應依照以下指示引用此資源。:

Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres", Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2016). Registros biológicos de especies de plantas del Bosque Seco en Colombia presentes en el Herbario JBGP. 3752 registros, aportados por: Castellanos, C. (Contacto del recurso), Rodríguez, N. (Creador del recurso, Proveedor de metadatos). En línea: http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=rrbb-imagen_bs_plantae_2016, Versión 4 [actualizado el 16/06/2016]

Rights

研究者應尊重以下權利聲明。:

The publisher and rights holder of this work is Jardín Botánico de Cartagena "Guillermo Piñeres". This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

GBIF 註冊

此資源已向GBIF註冊,並指定以下之GBIF UUID: 52ffdb54-a3e9-4e83-9d30-ff81659873f9。  Jardín Botánico de Cartagena "Guillermo Piñeres" 發佈此資源,並經由Colombian Biodiversity Information System同意向GBIF註冊成為資料發佈者。

關鍵字

Occurrence; Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"; especies amenazadas; especies endémicas; BsT; biodiversidad; Specimen; RNJB

聯絡資訊

資源建立者:

Nicolás Rodríguez
Coordinador Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" Sector Matute Turbaco Bolívar CO
http://www.jbgp.org.co

可回覆此資源相關問題者:

Carolina Castellanos
Investigador Adjunto
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Avenida Paseo Bolivar 16-20 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO 3202767

元數據填寫者:

Nicolás Rodríguez
Coordinador Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" Sector Matute Turbaco Bolívar CO
http://www.jbgp.org.co

與此資源的相關者:

內容提供者
Maria Paula Contreras
Asistente Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" Sector Matute Turbaco Bolívar CO
內容提供者
Yeison Herrera
Asistente Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" Sector Matute Turbaco Bolívar CO
託管人
Infraestructura Institucional de Datos
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander Von Humboldt Calle 28A No. 15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO 3202767
http://www.humboldt.org.co
擁有者
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" Sector Matute Turbaco Bolívar CO
http://www.jbgp.org.co

地理涵蓋範圍

Registros biológicos de especies de plantas de bosque seco tropical depositadas en el herbario JBGP y registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca

界定座標範圍 緯度南界 經度西界 [-3.807, -81.718], 緯度北界 經度東界 [13.35, -70.304]

分類群涵蓋範圍

Registro biológicos de plantas del bosque seco colombiano depositados en el Herbario JBGP, que corresponden a 3753 registros pertenecientes a 1308 especies, 710 géneros y 139 familias. Se utilizó el código APG III como sistema de clasificación de las especies. Las actualizaciones nomenclaturales se realizaron utilizando la herramienta Taxonomic Name Resolution Service v4.0 (http://tnrs.iplantcollaborative.org/TNRSapp.html)

Family  Acanthaceae,  Achariaceae,  Achatocarpaceae,  Actinidiaceae,  Aizoaceae,  Alismataceae,  Amaranthaceae,  Amaryllidaceae,  Anacardiaceae,  Annonaceae,  Apocynaceae,  Aquifoliaceae,  Araceae,  Araliaceae,  Arecaceae,  Aristolochiaceae,  Aspleniaceae,  Asteraceae,  Batidaceae,  Begoniaceae,  Bignoniaceae,  Bixaceae,  Boraginaceae,  Bromeliaceae,  Burseraceae,  Buxaceae,  Cactaceae,  Calophyllaceae,  Campanulaceae,  Cannabaceae,  Cannaceae,  Capparaceae,  Cardiopteridaceae,  Caryocaraceae,  Celastraceae,  Chrysobalanaceae,  Clethraceae,  Clusiaceae,  Combretaceae,  Commelinaceae,  Connaraceae,  Convolvulaceae,  Costaceae,  Cucurbitaceae,  Cyatheaceae,  Cyclanthaceae,  Cyperaceae,  Dilleniaceae,  Dioscoreaceae,  Ebenaceae,  Elaeocarpaceae,  Erythroxylaceae,  Euphorbiaceae,  Fabaceae,  Gentianaceae,  Gesneriaceae,  Gleicheniaceae,  Goupiaceae,  Haemodoraceae,  Heliconiaceae,  Hernandiaceae,  Hymenophyllaceae,  Hypericaceae,  Icacinaceae,  Lacistemataceae,  Lamiaceae,  Lauraceae,  Lecythidaceae,  Linderniaceae,  Loasaceae,  Loganiaceae,  Loranthaceae,  Lythraceae,  Malpighiaceae,  Malvaceae,  Marantaceae,  Melastomataceae,  Meliaceae,  Menispermaceae,  Molluginaceae,  Moraceae,  Muntingiaceae,  Myristicaceae,  Myrtaceae,  Nyctaginaceae,  Ochnaceae,  Olacaceae,  Onagraceae,  Opiliaceae,  Orchidaceae,  Orobanchaceae,  Oxalidaceae,  Passifloraceae,  Pedaliaceae,  Peraceae,  Phyllanthaceae,  Phytolaccaceae,  Piperaceae,  Plantaginaceae,  Plumbaginaceae,  Poaceae,  Polygalaceae,  Polygonaceae,  Polypodiaceae,  Pontederiaceae,  Portulacaceae,  Primulaceae,  Proteaceae,  Pteridaceae,  Rhamnaceae,  Rubiaceae,  Rutaceae,  Salicaceae,  Santalaceae,  Sapindaceae,  Sapotaceae,  Schizaeaceae,  Scrophulariaceae,  Selaginellaceae,  Simaroubaceae,  Siparunaceae,  Smilacaceae,  Solanaceae,  Sphenocleaceae,  Staphyleaceae,  Surianaceae,  Talinaceae,  Tetrameristaceae,  Trigoniaceae,  Typhaceae,  Ulmaceae,  Urticaceae,  Verbenaceae,  Violaceae,  Vitaceae,  Vochysiaceae,  Zamiaceae,  Zingiberaceae,  Zygophyllaceae

時間涵蓋範圍

起始日期 / 結束日期 1966-07-20 / 2016-05-11

計畫資料

無相關描述

計畫名稱 Implementación de un sistema para el análisis del riesgo de extinción de las especies silvestres de Colombia
經費來源 Conveio No. 15-12-067-267CE,entre el Instituto Alexander von Humboldt y Fundación Jardín Botánico “Guillermo Piñeres” (JBGP).
研究區域描述 Registros biológicos de plantas del bosque seco tropical depositadas en el Herbario JBGP y registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca
研究設計描述 Diseñar un sistema de gestión que permita la consolidación, análisis y acceso libre de información biológica y ecológica de las especies silvestres de Colombia, para la evaluación de su estado de conservación a nivel nacional con una mayor rigurosidad, periodicidad, sostenibilidad e impacto. Para la conformación de este sistema se identificaron actividades a desarrollar en cuatro líneas de trabajo: operativa, metodológica, tecnológica y de impacto. La línea metodológica está relacionada con la generación de un marco técnico para la consolidación y estructuración de información biológica necesaria para el análisis de riesgo de extinción proveniente de diferentes fuentes que permita su publicación en plataformas en línea. Adicionalmente, en el marco de esta iniciativa se determinó que para realizar la evaluación del estado de conservación de la flora en el país era necesario: 1) priorizar las especies endémicas de ecosistemas estratégicos, específicamente páramos y bosque seco tropical, y 2) incrementar el apoyo en términos financieros e institucionales para la publicación de información de registros biológicos y digitalización de especímenes depositada en herbarios regionales.

The personnel involved in the project:

研究主持人
Carolina Castellanos

取樣方法

Los datos contenidos en este recurso pertenecen a ejemplares de bosque seco en Colombia presentes en la colección JBGP que fueron digitalizados y compartidos en el "Herbario JBGP", a través de Flickr. Los exicados fueron seleccionados según un listado de especies del bosque seco tropical. Estos ejemplares se seleccionaron en la base de datos del herbario, posteriormente se ubicaron en la colección y finalmente fueron fotografiados, según protocolos proporcionados por supervisor de convenio.

研究範圍 Ejemplares botánicos del bosque seco en Colombia depositadas en el herbario de la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" (JBGP), ubicado en el municipio de de Turbaco (Bolívar)
品質控管 Para los especímenes se hizo una revisión de la ortografía de las especies, sitios de colecta y colectores, una revisión y actualización del estado nomenclatural de los nombres científicos. Revisión, ajuste y asignación de coordenadas geográficas. Para las fotografías se controló la calidad requerida, se confirmó el enfoque y la exposición. Se revisaron manchas o rayas y desajustes entre los nombres de los archivos.

方法步驟描述:

  1. Se usaron tres listas de especies de bosque seco disponibles en la literatura: una proveniente del listado de especies publicado en el libro El Bosque Seco Tropical en Colombia (Pizano y García, 2014), otra proveniente del listado de especies del caribe sensu Jacquin (Madriñan, 2013) y finalmente un listado de la ocurrencia de especies dentro de un polígono trazado en el Caribe Colombiano usando la plataforma GBIF (GBIF, 2015). De las tres bases de datos se obtuvo un listado (BsTCaribe) con 2779 especies con presencia en el Caribe y el Bosque Seco Colombiano, los nombres y los autores de esta lista fueron validados usando la Herramienta Taxonomic Name Resolution Service v4.0 (TNRS, 2015).
  2. Validación: se creó una matriz de Identidades. Esta matriz es un subconjunto de datos de la Matriz Madre del Herbario compuesta por los registros de cada uno de los especímenes pertenecientes a especies del bosque seco. Los campos de esta matriz corresponde a los campos de la plantilla de formato Darwin Core que presentan sólo información de registro y taxonómica, como los datos de colector, identificación y descripción de los especímenes así como la familia y el orden, ente otros. Sobre esta matriz se comenzó a trabajar el proceso de validación de los datos y su concordancia con los que presentan los especímenes en físico, este proceso consiste en completar los vacíos de información, corregir errores de escritura, completar con los nombres nuevos y correctos, y adicionar información nueva (i.e. colectores asociados, previas identificaciones, otros números de catálogo). En total se validó la información para 4568 registros biológicos, de los cuales 3753 corresponden a registros únicos, los demás son duplicados.
  3. Georreferenciación: se creó una matriz para la Georreferenciación, pero solo con campos asociados a la localidad. Sobre esta matriz se hizo el proceso de georreferenciación, el cual estuvo dividido en varias etapas siguiendo el protocolo publicado por el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y el Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia (Escobar et al., 2014): 1) estandarización de las localidades para que todas quedaran escritas y ordenadas de forma coherente y homogénea, 2) asignación de nivel de calidad, el cual depende de que tan completa es la información sobre el lugar donde hizo la colecta (i.e. que tenga o no coordenadas geográficas, que tenga datos de localidad específica) y 3) validación de las coordenadas – en caso de tener – o a asignar unas nuevas, ya sea porque las originales no coinciden o porque no existían. Una vez obtenida la coordenada se calculó el nivel de incertidumbre. En total se georreferenciaron 4493 registros biológicos.
  4. Estructuración de matriz formato Darwin Core: las matrices Identidades y Georreferenciación fueron utilizadas para alimentar los datos de la Matriz Madre del Herbario la cual se reestructuró siguiendo el estándar Darwin Core. Luego de migrar los datos provenientes de ambas matrices, se hizo una última revisión del formato y se corrigieron algunas inconsistencias. De esta forma, el nuevo conjunto de datos incluyó la información complementaria proveniente de la actualización taxonómica y la georreferenciación de todos los registros de bosque seco.
  5. Digitalización de especímenes: luego de la revisión de los protocolos de captura de Imágenes y de las sugerencias hechas por la supervisora del convenio, se desarrolló un nuevo protocolo con los siguientes parámetros: • Altura del brazo de la cámara: 81.9 cm • Luces: Luz lateral izquierda, luz lateral derecha y luz trasera • Velocidad de obturación: 1/40 • Apertura del diafragma: 11 f • Modo de enfoque: Automático, multifocal • Tipo de luz: Personalizada, calibrada con el gris más claro de la paleta de colores En total se fotografiaron 4559 registro biológicos. A las imágenes generadas en formato RAW se les aplicó la receta de edición y luego se exportan a formato JPEG. De la totalidad de las imágenes, se seleccionaron las fotografías correspondientes a los 3753 registros bilógicos únicos, estas fueron publicadas en la página del Herbario JBGP dentro del portal Flickr y se encuentran disponibles en el siguiente enlace: https://www.flickr.com/photos/134525203@N05/. Así mismo, se integró a las matriz Darwin Core el link correspondiente a cada uno de los registros.

收藏資料

蒐藏名稱 Herbario JBGP
蒐藏編號 JBGP
上層採集品識別碼 Registro Nacional de Colecciones: 069
Specimen preservation methods Dried and pressed

引用文獻

  1. Escobar D, Díaz SR, Jojoa LM, Rudas E, Albarracín RD, Ramírez C, Gómez JY, López CR, Saavedra J (2014). Georreferenciación de localidades: Una guía de referencia para colecciones biológicas. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt – Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia. Bogotá D.C., Colombia.
  2. GBIF Data Portal, www.gibif.net 2015.
  3. Madriñán, S. 2013. Nikolaus Joseph Jacquin’s American Plants: Botanical Expedition to the Caribbean (1754–1759) and the Publication of the Selectarum Stirpium Americanarum Historia. Brill, Leiden.
  4. Pizano C. & H. García. 2014. El Bosque Seco Tropical en Colombia. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAVH). Bogotá, Colombia.
  5. The Taxonomic Name Resolution Service [Internet]. iPlant Collaborative. Version 4.0 [Ingreso: 23 Nov 2015]. Disponible en: http://tnrs.iplantcollaborative.org

額外的元數據

Existe un informe final y un listado taxonómico de las especies de bosque seco presentes en el Herbario JBGP. ambos incorporados a la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt.

目的 Aunar esfuerzos técnicos, administrativos y financieros entre el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeeres" (JBGP) para digitalizar, integrar y publicar al menos 3.000 registros e imágenes de colecciones botánicas de la flora del bosque seco tropical, con énfasis en la flora endémica y amenazada, como insumos para la construcción de conocimiento nacional y regional en biodiversidad.
替代的識別碼 doi:10.15472/v16okr
52ffdb54-a3e9-4e83-9d30-ff81659873f9
http://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=jbgpherbario