Registros biológicos de especies de plantas del Bosque Seco en Colombia presentes en el Herbario JBGP

Latest version published by Jardín Botánico de Cartagena "Guillermo Piñeres" on Jun 4, 2018 Jardín Botánico de Cartagena "Guillermo Piñeres"

I2D-BIO_2016_042. Registros biológicos del herbarios de la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" correspondiente al producto No. 3 del convenio de cooperación Humboldt-JBGP No. 15-12-067-267CE, cuyo objeto es realizar actividades de sistematización de registros biológicos y digitalización de imágenes de especímenes botánicas referidas a la flora del bosque seco colombiano, como insumos para sentar las bases del análisis de riesgo de extinción de la flora de Colombia. Fueron 3753 registros pertenecientes a 1308 especies, 710 géneros y 140 familias, registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca

Data Records

The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 3,753 records.

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How to cite

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Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres", Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2016). Registros biológicos de especies de plantas del Bosque Seco en Colombia presentes en el Herbario JBGP. 3752 registros, aportados por: Castellanos, C. (Contacto del recurso), Rodríguez, N. (Creador del recurso, Proveedor de metadatos). En línea: http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=rrbb-imagen_bs_plantae_2016, Versión 4 [actualizado el 16/06/2016]

Rights

Researchers should respect the following rights statement:

The publisher and rights holder of this work is Jardín Botánico de Cartagena "Guillermo Piñeres". This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

GBIF Registration

This resource has been registered with GBIF, and assigned the following GBIF UUID: 52ffdb54-a3e9-4e83-9d30-ff81659873f9.  Jardín Botánico de Cartagena "Guillermo Piñeres" publishes this resource, and is itself registered in GBIF as a data publisher endorsed by Colombian Biodiversity Information System.

Keywords

Occurrence; Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"; especies amenazadas; especies endémicas; BsT; biodiversidad; Specimen; RNJB

Contacts

Who created the resource:

Nicolás Rodríguez
Coordinador Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" Sector Matute Turbaco Bolívar CO
http://www.jbgp.org.co

Who can answer questions about the resource:

Carolina Castellanos
Investigador Adjunto
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Avenida Paseo Bolivar 16-20 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO 3202767

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Nicolás Rodríguez
Coordinador Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" Sector Matute Turbaco Bolívar CO
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Who else was associated with the resource:

Content Provider
Maria Paula Contreras
Asistente Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" Sector Matute Turbaco Bolívar CO
Content Provider
Yeison Herrera
Asistente Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" Sector Matute Turbaco Bolívar CO
Custodian Steward
Infraestructura Institucional de Datos
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander Von Humboldt Calle 28A No. 15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO 3202767
http://www.humboldt.org.co
Owner
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" Sector Matute Turbaco Bolívar CO
http://www.jbgp.org.co

Geographic Coverage

Registros biológicos de especies de plantas de bosque seco tropical depositadas en el herbario JBGP y registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca

Bounding Coordinates South West [-3.807, -81.718], North East [13.35, -70.304]

Taxonomic Coverage

Registro biológicos de plantas del bosque seco colombiano depositados en el Herbario JBGP, que corresponden a 3753 registros pertenecientes a 1308 especies, 710 géneros y 139 familias. Se utilizó el código APG III como sistema de clasificación de las especies. Las actualizaciones nomenclaturales se realizaron utilizando la herramienta Taxonomic Name Resolution Service v4.0 (http://tnrs.iplantcollaborative.org/TNRSapp.html)

Family  Acanthaceae,  Achariaceae,  Achatocarpaceae,  Actinidiaceae,  Aizoaceae,  Alismataceae,  Amaranthaceae,  Amaryllidaceae,  Anacardiaceae,  Annonaceae,  Apocynaceae,  Aquifoliaceae,  Araceae,  Araliaceae,  Arecaceae,  Aristolochiaceae,  Aspleniaceae,  Asteraceae,  Batidaceae,  Begoniaceae,  Bignoniaceae,  Bixaceae,  Boraginaceae,  Bromeliaceae,  Burseraceae,  Buxaceae,  Cactaceae,  Calophyllaceae,  Campanulaceae,  Cannabaceae,  Cannaceae,  Capparaceae,  Cardiopteridaceae,  Caryocaraceae,  Celastraceae,  Chrysobalanaceae,  Clethraceae,  Clusiaceae,  Combretaceae,  Commelinaceae,  Connaraceae,  Convolvulaceae,  Costaceae,  Cucurbitaceae,  Cyatheaceae,  Cyclanthaceae,  Cyperaceae,  Dilleniaceae,  Dioscoreaceae,  Ebenaceae,  Elaeocarpaceae,  Erythroxylaceae,  Euphorbiaceae,  Fabaceae,  Gentianaceae,  Gesneriaceae,  Gleicheniaceae,  Goupiaceae,  Haemodoraceae,  Heliconiaceae,  Hernandiaceae,  Hymenophyllaceae,  Hypericaceae,  Icacinaceae,  Lacistemataceae,  Lamiaceae,  Lauraceae,  Lecythidaceae,  Linderniaceae,  Loasaceae,  Loganiaceae,  Loranthaceae,  Lythraceae,  Malpighiaceae,  Malvaceae,  Marantaceae,  Melastomataceae,  Meliaceae,  Menispermaceae,  Molluginaceae,  Moraceae,  Muntingiaceae,  Myristicaceae,  Myrtaceae,  Nyctaginaceae,  Ochnaceae,  Olacaceae,  Onagraceae,  Opiliaceae,  Orchidaceae,  Orobanchaceae,  Oxalidaceae,  Passifloraceae,  Pedaliaceae,  Peraceae,  Phyllanthaceae,  Phytolaccaceae,  Piperaceae,  Plantaginaceae,  Plumbaginaceae,  Poaceae,  Polygalaceae,  Polygonaceae,  Polypodiaceae,  Pontederiaceae,  Portulacaceae,  Primulaceae,  Proteaceae,  Pteridaceae,  Rhamnaceae,  Rubiaceae,  Rutaceae,  Salicaceae,  Santalaceae,  Sapindaceae,  Sapotaceae,  Schizaeaceae,  Scrophulariaceae,  Selaginellaceae,  Simaroubaceae,  Siparunaceae,  Smilacaceae,  Solanaceae,  Sphenocleaceae,  Staphyleaceae,  Surianaceae,  Talinaceae,  Tetrameristaceae,  Trigoniaceae,  Typhaceae,  Ulmaceae,  Urticaceae,  Verbenaceae,  Violaceae,  Vitaceae,  Vochysiaceae,  Zamiaceae,  Zingiberaceae,  Zygophyllaceae

Temporal Coverage

Start Date / End Date 1966-07-20 / 2016-05-11

Project Data

No Description available

Title Implementación de un sistema para el análisis del riesgo de extinción de las especies silvestres de Colombia
Funding Conveio No. 15-12-067-267CE,entre el Instituto Alexander von Humboldt y Fundación Jardín Botánico “Guillermo Piñeres” (JBGP).
Study Area Description Registros biológicos de plantas del bosque seco tropical depositadas en el Herbario JBGP y registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca
Design Description Diseñar un sistema de gestión que permita la consolidación, análisis y acceso libre de información biológica y ecológica de las especies silvestres de Colombia, para la evaluación de su estado de conservación a nivel nacional con una mayor rigurosidad, periodicidad, sostenibilidad e impacto. Para la conformación de este sistema se identificaron actividades a desarrollar en cuatro líneas de trabajo: operativa, metodológica, tecnológica y de impacto. La línea metodológica está relacionada con la generación de un marco técnico para la consolidación y estructuración de información biológica necesaria para el análisis de riesgo de extinción proveniente de diferentes fuentes que permita su publicación en plataformas en línea. Adicionalmente, en el marco de esta iniciativa se determinó que para realizar la evaluación del estado de conservación de la flora en el país era necesario: 1) priorizar las especies endémicas de ecosistemas estratégicos, específicamente páramos y bosque seco tropical, y 2) incrementar el apoyo en términos financieros e institucionales para la publicación de información de registros biológicos y digitalización de especímenes depositada en herbarios regionales.

The personnel involved in the project:

Principal Investigator
Carolina Castellanos

Sampling Methods

Los datos contenidos en este recurso pertenecen a ejemplares de bosque seco en Colombia presentes en la colección JBGP que fueron digitalizados y compartidos en el "Herbario JBGP", a través de Flickr. Los exicados fueron seleccionados según un listado de especies del bosque seco tropical. Estos ejemplares se seleccionaron en la base de datos del herbario, posteriormente se ubicaron en la colección y finalmente fueron fotografiados, según protocolos proporcionados por supervisor de convenio.

Study Extent Ejemplares botánicos del bosque seco en Colombia depositadas en el herbario de la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" (JBGP), ubicado en el municipio de de Turbaco (Bolívar)
Quality Control Para los especímenes se hizo una revisión de la ortografía de las especies, sitios de colecta y colectores, una revisión y actualización del estado nomenclatural de los nombres científicos. Revisión, ajuste y asignación de coordenadas geográficas. Para las fotografías se controló la calidad requerida, se confirmó el enfoque y la exposición. Se revisaron manchas o rayas y desajustes entre los nombres de los archivos.

Method step description:

  1. Se usaron tres listas de especies de bosque seco disponibles en la literatura: una proveniente del listado de especies publicado en el libro El Bosque Seco Tropical en Colombia (Pizano y García, 2014), otra proveniente del listado de especies del caribe sensu Jacquin (Madriñan, 2013) y finalmente un listado de la ocurrencia de especies dentro de un polígono trazado en el Caribe Colombiano usando la plataforma GBIF (GBIF, 2015). De las tres bases de datos se obtuvo un listado (BsTCaribe) con 2779 especies con presencia en el Caribe y el Bosque Seco Colombiano, los nombres y los autores de esta lista fueron validados usando la Herramienta Taxonomic Name Resolution Service v4.0 (TNRS, 2015).
  2. Validación: se creó una matriz de Identidades. Esta matriz es un subconjunto de datos de la Matriz Madre del Herbario compuesta por los registros de cada uno de los especímenes pertenecientes a especies del bosque seco. Los campos de esta matriz corresponde a los campos de la plantilla de formato Darwin Core que presentan sólo información de registro y taxonómica, como los datos de colector, identificación y descripción de los especímenes así como la familia y el orden, ente otros. Sobre esta matriz se comenzó a trabajar el proceso de validación de los datos y su concordancia con los que presentan los especímenes en físico, este proceso consiste en completar los vacíos de información, corregir errores de escritura, completar con los nombres nuevos y correctos, y adicionar información nueva (i.e. colectores asociados, previas identificaciones, otros números de catálogo). En total se validó la información para 4568 registros biológicos, de los cuales 3753 corresponden a registros únicos, los demás son duplicados.
  3. Georreferenciación: se creó una matriz para la Georreferenciación, pero solo con campos asociados a la localidad. Sobre esta matriz se hizo el proceso de georreferenciación, el cual estuvo dividido en varias etapas siguiendo el protocolo publicado por el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y el Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia (Escobar et al., 2014): 1) estandarización de las localidades para que todas quedaran escritas y ordenadas de forma coherente y homogénea, 2) asignación de nivel de calidad, el cual depende de que tan completa es la información sobre el lugar donde hizo la colecta (i.e. que tenga o no coordenadas geográficas, que tenga datos de localidad específica) y 3) validación de las coordenadas – en caso de tener – o a asignar unas nuevas, ya sea porque las originales no coinciden o porque no existían. Una vez obtenida la coordenada se calculó el nivel de incertidumbre. En total se georreferenciaron 4493 registros biológicos.
  4. Estructuración de matriz formato Darwin Core: las matrices Identidades y Georreferenciación fueron utilizadas para alimentar los datos de la Matriz Madre del Herbario la cual se reestructuró siguiendo el estándar Darwin Core. Luego de migrar los datos provenientes de ambas matrices, se hizo una última revisión del formato y se corrigieron algunas inconsistencias. De esta forma, el nuevo conjunto de datos incluyó la información complementaria proveniente de la actualización taxonómica y la georreferenciación de todos los registros de bosque seco.
  5. Digitalización de especímenes: luego de la revisión de los protocolos de captura de Imágenes y de las sugerencias hechas por la supervisora del convenio, se desarrolló un nuevo protocolo con los siguientes parámetros: • Altura del brazo de la cámara: 81.9 cm • Luces: Luz lateral izquierda, luz lateral derecha y luz trasera • Velocidad de obturación: 1/40 • Apertura del diafragma: 11 f • Modo de enfoque: Automático, multifocal • Tipo de luz: Personalizada, calibrada con el gris más claro de la paleta de colores En total se fotografiaron 4559 registro biológicos. A las imágenes generadas en formato RAW se les aplicó la receta de edición y luego se exportan a formato JPEG. De la totalidad de las imágenes, se seleccionaron las fotografías correspondientes a los 3753 registros bilógicos únicos, estas fueron publicadas en la página del Herbario JBGP dentro del portal Flickr y se encuentran disponibles en el siguiente enlace: https://www.flickr.com/photos/134525203@N05/. Así mismo, se integró a las matriz Darwin Core el link correspondiente a cada uno de los registros.

Collection Data

Collection Name Herbario JBGP
Collection Identifier JBGP
Parent Collection Identifier Registro Nacional de Colecciones: 069
Specimen preservation methods Dried and pressed

Bibliographic Citations

  1. Escobar D, Díaz SR, Jojoa LM, Rudas E, Albarracín RD, Ramírez C, Gómez JY, López CR, Saavedra J (2014). Georreferenciación de localidades: Una guía de referencia para colecciones biológicas. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt – Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia. Bogotá D.C., Colombia.
  2. GBIF Data Portal, www.gibif.net 2015.
  3. Madriñán, S. 2013. Nikolaus Joseph Jacquin’s American Plants: Botanical Expedition to the Caribbean (1754–1759) and the Publication of the Selectarum Stirpium Americanarum Historia. Brill, Leiden.
  4. Pizano C. & H. García. 2014. El Bosque Seco Tropical en Colombia. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAVH). Bogotá, Colombia.
  5. The Taxonomic Name Resolution Service [Internet]. iPlant Collaborative. Version 4.0 [Ingreso: 23 Nov 2015]. Disponible en: http://tnrs.iplantcollaborative.org

Additional Metadata

Existe un informe final y un listado taxonómico de las especies de bosque seco presentes en el Herbario JBGP. ambos incorporados a la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt.

Purpose Aunar esfuerzos técnicos, administrativos y financieros entre el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeeres" (JBGP) para digitalizar, integrar y publicar al menos 3.000 registros e imágenes de colecciones botánicas de la flora del bosque seco tropical, con énfasis en la flora endémica y amenazada, como insumos para la construcción de conocimiento nacional y regional en biodiversidad.
Alternative Identifiers doi:10.15472/v16okr
52ffdb54-a3e9-4e83-9d30-ff81659873f9
http://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=jbgpherbario