Herbario virtual bosques secos de Colombia - Sección herbario TOLI (UT)

Última versión Publicado por Universidad del Tolima en Mar 9, 2017 Universidad del Tolima

Este conjunto de datos contiene registros biológicos y medidas de rasgos funcionales asociados a imágenes digitales de alta resolución de los ejemplares del herbario virtual de bosques secos de Colombia. Este ecosistema se caracteriza por presentar una fuerte estacionalidad de lluvias y un período de tres a ocho meses de sequía. Se encuentra en las zonas bajas de la costa Caribe, los valles interandinos de los ríos Cauca y Magdalena, la región del Chicamocha en Santander y Norte de Santander, el cañón del río Patía en los departamentos de Cauca y Nariño y los Llanos. Se presentan 2000 registros de bosque seco del herbario Toli, los cuales fueron seleccionados con base al sitio de colecta; sólo los registros que provenían de localidades donde hay bosque seco fueron incluidos. Éstos fueron ubicados en la colección, codificados, sistematizados y digitalizados con el fin de publicar las imágenes en el recurso virtual "Herbario virtual Bosques Secos de Colombia" en Flickr. Cada registro tiene una dirección electrónica que permite acceder a la imagen del ejemplar en alta resolución.

Registros

Los datos en este registros biológicos recurso han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 2,000 registros. también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

  • Occurrence (core)
    2000
  • MeasurementOrFact 
    16000

Este IPT archiva los datos, sirviendo así como repositorio de datos. Los datos y metadatos están disponibles para descargar en la sección de descargas. La tabla de versiones muestra otras versiones del recurso que se han hecho accesibles al público y permite el seguimiento de los cambios hechos al recurso en el tiempo.

Descargas

Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:

Datos como un archivo DwC-A descargar 2,000 registros en Español (255 KB) - Frecuencia de actualización: desconocido
Metadatos como un archivo EML descargar en Español (43 KB)
Metadatos como un archivo RTF descargar en Español (25 KB)

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Universidad del Tolima & Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2015-). Herbario virtual Bosques Secos de Colombia- Sección herbario TOLI (UT), 2000 registros, aportados por: Villanueva, B. (Investigador principal, proveedor de contenidos), Duque, A. (Proveedor de metadatos, Procesador, Publicador, Editor), Cabezas, J. (Procesador, Editor) En linea: http://ipt.sibcolombia.net/sib/resource.do?r=herbario-bs-toli, versión 1.0 (actualizado el 03/03/2015)

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Universidad del Tolima. To the extent possible under law, the publisher has waived all rights to these data and has dedicated them to the Public Domain (CC0 1.0). Users may copy, modify, distribute and use the work, including for commercial purposes, without restriction.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 5065080a-77d9-4a2d-a3f8-e65da9add067.  Universidad del Tolima publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Colombian Biodiversity Information System.

Palabras Clave

bosque seco tropical; ejemplar de herbario; colección botánica; herbario virtual; Plantae; TOLI; Specimen; Occurrence

Datos externos

Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos

Herbario Universidad del Tolimahttps://www.flickr.com/photos/98787512@N02/ NA .jpg
Herbario virtual Bosques Secos de Colombiahttps://www.flickr.com/groups/herbario_virtual_bosques_secos_de_colombia/ NA .jpg

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Andrés Felipe Duque Mora
Pasante de laboratorio de dendrología
Universidad del Tolima Mz U Cs 13 B/ Tolimagrande Ibagué Tolima CO 3163934000

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Boris Villanueva Tamayo
Auxiliar laboratorio de dendrología
Universidad del Tolima Calle 42 Carrera 3, Barrio Santa Helena, parte alta Ibagué Tolima CO

¿Quién documentó los metadatos?:

Andrés Felipe Duque Mora
Pasante laboratorio dendrología
Universidad del Tolima Manzana U casa 13 Barrio: Tolimagrande Ibagué Tolima CO

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Curador
Boris Villanueva Tamayo
Auxiliar laboratorio de dendrología
Universidad del Tolima Calle 42 Carrera 3, Barrio Santa Helena, parte alta Ibagué TOLIMA CO
Editor
Jaime Andrés Cabezas
Estudiante Ingeniería Forestal
Universidad del Tolima cra 1b No 46-22 Barrio Versalles Ibagué Tolima CO
Procesador
Lina María Corrales Bravo
Colaboradora estudiante de Ingeniería Forestal 4 semestre
Universidad del Tolima Mz A Cs 9 B/Arkambuco Ibagué Tolima CO 3154365410
Custodio de los Datos
Infraestructura institucional de datos
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A # 15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO 3202767
http://humboldt.org.co/
Punto de Contacto
Roy González
Investigador
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A # 15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO 3202767
http://humboldt.org.co/

Cobertura Geográfica

El conjunto de datos contiene información de los ejemplares botánicos de bosque seco tropical de Colombia, con énfasis es localidades del Caribe Colombiano, los valles geográficos de los ríos Magdalena, el valle del cañón del río Patía. Abarca los departamentos de Atlántico, Bolívar, Caquetá, Cesar, Cundinamarca, Huila, La Guajira, Magdalena, Nariño, Norte de Santander, Santander, Sucre, Tolima y Valle del Cauca.

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [2.64, -75.642], Latitud Máxima Longitud Máxima [10.766, -74.608]

Cobertura Taxonómica

Por medio de la búsqueda de especímenes pertenecientes a Bosque Seco Tropical de Colombia, depositados en el herbario Toli, de la Universidad del Tolima, se consolidaron 2000 registros de ejemplares botánicos correspondientes a 106 Familias, 449 géneros y 871 especies. Se utilizó el código APG III como sistema de clasificación de las especies y las actualizaciones nomenclaturales se realizaron con base en los datos proporcionados en los recursos The Plant List (http://www.theplantlist.org/), Tropicos (http://www.tropicos.org/) y IPNI (http://www.ipni.org/)

Familia  Acanthaceae,  Achariaceae,  Achatocarpaceae,  Amaranthaceae,  Amaryllidaceae,  Anacardiaceae,  Annonaceae,  Apocynaceae,  Araceae,  Araliaceae,  Arecaceae,  Aristolochiaceae,  Asteraceae,  Basellaceae,  Bataceae,  Bignoniaceae,  Bixaceae,  Boraginaceae,  Bromeliaceae,  Burseraceae,  Cactaceae,  Cannabaceae,  Capparaceae,  Caricaceae,  Celastraceae,  Chrysobalanaceae,  Cleomaceae,  Clusiaceae,  Combretaceae,  Convolvulaceae,  Costaceae,  Cucurbitaceae,  Dilleniaceae,  Dioscoreaceae,  Erythroxylaceae,  Euphorbiaceae,  Fabaceae,  Gesneriaceae,  Lamiaceae,  Lauraceae,  Lecythidaceae,  Lithraceae,  Loranthaceae,  Lythraceae,  Malpighiaceae,  Malvaceae,  Melastomataceae,  Meliaceae,  Moraceae,  Muntingiaceae,  Myrtaceae,  Nyctaginaceae,  Ochnaceae,  Olacaceae,  Orchidaceae,  Passifloraceae,  Phyllanthaceae,  Phytolaccaceae,  Picramniaceae,  Piperaceae,  Poaceae,  Polygonaceae,  Primulaceae,  Pteridaceae,  Rhamnaceae,  Rhizophoraceae,  Rubiaceae,  Rutaceae,  Salicaceae,  Sapindaceae,  Sapotaceae,  Schlegeliaceae,  Siparunaceae,  Smilacaceae,  Solanaceae,  Talinaceae,  Thymeliaceae,  Urticaceae,  Verbenaceae,  Violaceae,  Vitaceae,  Vochysiaceae,  Zygophyllaceae,  Flacourtiaceae,  Hydrocharitaceae,  Hydroleaceae,  Hypericaceae,  Krameriaceae,  Lacistemataceae,  Loganiaceae,  Losaceae,  Menispermaceae,  Molluginaceae,  Onagraceae,  Opiliaceae,  Oxalidaceae,  Papaveraceae,  Pedaliaceae,  Plantaginaceae,  Polygalaceae,  Portulacaceae,  Pricamniaceae,  Ranunculaceae,  Santalaceae,  Scrophulariaceae,  Ulmaceae

Cobertura Temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 1905-05-15 / 2014-12-24

Datos del Proyecto

No hay descripción disponible

Título Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia
Fuentes de Financiación Fundación JRS Biodiversity. Convenio de cooperación 13-12-117-034CE entre el Instituto Humboldt y la Universidad del Tolima.
Descripción del Área de Estudio Este conjunto de datos contiene registros biológicos y medidas de rasgos funcionales asociados a imágenes digitales de alta resolución de material de herbario de plantas de bosque seco tropical de Colombia.
Descripción del Diseño El proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia”, financiado por la fundación JRS biodiversity (http://jrsbiodiversity.org/grant/instituto-de-investigacion-de-recursos-biologicos-alexander-von-humboldt/), tiene como objetivo digitalizar el material de herbario de bosque seco de cinco herbarios del país: Universidad ICESI, Universidad de Córdoba, jardín botánico de Tuluá, Universidad del Tolima, y herbario FMB del Instituto de investigación Alexander von Humboldt (IAvH). Este material hace parte de las colecciones de herbarios pero también ha sido recolectado en campo a través del establecimiento de parcelas permanentes de bosque seco en las diferentes regiones del país. El propósito de este proyecto es poner a disposición de toda la comunidad en general la información sobre la especies vegetales y sus rasgos funcionales de bosque seco para promover la investigación y conservación de este ecosistema en Colombia. En esta sección se encuentran los datos digitalizados del herbario Toli de la Universidad del Tolima

Personas asociadas al proyecto:

Investigador Principal
Boris Villanueva Tamayo

Métodos de Muestreo

Los datos contenidos en este recurso pertenecen a ejemplares de bosque seco tropical del Herbario Toli que fueron digitalizados y publicados en el recurso electrónico "Herbario Universidad del Tolima" y compartidos en el "Herbario virtual Bosques Secos de Colombia", a través de FlickR. Los exicados fueron seleccionados por la localidad en la que fueron colectados (la cual debe pertenecer a bosque seco tropical). Estos ejemplares se seleccionaron en la base de datos del herbario, posteriormente se ubicaron en la colección y fueron extraídos de la misma para transportarlos al laboratorio de fotografía.

Área de Estudio Ejemplares de bosque seco del herbario Toli de la Universidad del Tolima, ubicado en la ciudad de Ibagué (Tolima).
Control de Calidad En cada una de las actividades desarrolladas durante la digitalización de especímenes de herbario se realiza control de calidad. El control de calidad usualmente se efectúa mediante la selección y el examen de las imágenes en intervalos regulares, las imágenes seleccionas son evaluadas en el enfoque, la exposición correcta, manchas, desajustes entre los nombres de los archivos, valor del código de barras o número de identificación y otros signos evidentes de error al inspeccionar. Este control se realiza de la siguiente manera: 1. Se realiza el curado y actualización nomenclatural de los ejemplares seleccionados para la digitalización mediante el uso de bases de datos virtuales como The Plant List, trópicos, El catálogo de la vida, IPNI, entre otros 2. El control de calidad de las imágenes se realiza en un solo espacio y un solo computador con dos monitores, preferiblemente calibrados, para asegurar una visualización óptima. Este control debe llevarse a cabo aproximadamente cada 20 imágenes. 3. Los archivos de imagen son visualizados utilizando el software de edición de imágenes de la cámara (Digital Photo Professional). 4. Las imágenes se magnifican a 100% para verificar que contengan todos los elementos necesarios (reglilla, tarjeta de color, etiqueta completa), la calidad requerida, confirmar el enfoque, la exposición correcta, manchas o rayas, desajustes entre los nombres de los archivos y valor del código de barras del espécimen.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. La digitalización de especímenes se refiere a la captura fotográfica y el registro de información de especímenes o colecciones. Típicamente los especímenes incluyen etiquetas y notas de campo que contienen información sobre el evento de colecta (Ejemplo: Nombre del colector, fechas, localidad, etc.) determinaciones taxonómicas y números de catálogo o identificadores. La digitalización de la información de las etiquetas incluye captura del texto como caracteres, y almacenamiento de esta información en bases de datos, igualmente la digitalización también incluye la captura de imágenes digitales. El proceso de digitalización incluye las siguientes tareas: 1. Curado y pre-digitalización 2. Captura de imágenes (fotografía de especímenes y etiquetas) 3. Procesamiento de las imágenes 4. Captura electrónica de los datos 1. CURADO Y PRE-DIGITALIZACIÓN Constituye el primer paso en la digitalización de especímenes y brinda la oportunidad de realizar las siguientes actividades: -Inspeccionar y restaurar los especímenes dañados y evaluar la salud de la colección. -Tratar las pestes. -Descubrir especímenes perdidos pertenecientes a otras instituciones o tipos no conocidos en la colección. -Actualizar las determinaciones taxonómicas. -Reorganizar los contenidos de los gabinetes o compactadores. -Seleccionar los ejemplares para la digitalización. -Adjuntar un identificador único (código de barras) a cada espécimen. 2. CAPTURA DE IMÁGENES (fotografía de especímenes y etiquetas) La captura de imágenes consiste en fotografiar los ejemplares codificados previamente y descargar las imágenes en el computador destinado para la edición y marcaje. Durante el proceso de fotografía de una familia se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. A continuación se explican los pasos y se dan las instrucciones necesarias para el proceso de captura de imagen. La captura de imágenes generalmente requiere: -Pre-configuración e iniciación de los equipos. -Organización de los especímenes que serán fotografiados. -Toma de la imagen. -Descarga y almacenamiento de la imagen. -Captura del código de barras. -Mover el espécimen a una nueva estación o incluirlo nuevamente en la colección. 3. PROCESAMIENTO DE LAS IMÁGENES El procesamiento de las imágenes incluye todas las tareas o grupo de tareas desarrolladas sobre una imagen, seis tareas son las más comunes: 1. Control de calidad. 2. Procesamiento de la imagen. 3. Conversión de archivos. 4. Copia de Seguridad. Durante el procesamiento de la imagen se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. Para este proceso se parte de la fotografía descargada en rutas preestablecidas. 4. CAPTURA ELECTRÓNICA DE LOS DATOS La captura electrónica de datos involucra la extracción de datos de las etiquetas y la digitalización de estos datos en una base de datos electrónica. Según este protocolo la captura de datos debe ser después de la captura de la imagen. En las colecciones donde una gran cantidad especímenes son fotografiados, los datos son tomados directamente de las imágenes, reduciendo las posibilidades de daño en los múltiples viajes de los especímenes. Existen muchas formas de capturar la información de las etiquetas de herbario, pero la más común es mediante la digitalización directa en una plantilla estándar, como las ofrecidas por el formato Darwin Core. En nuestro proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia” trabajaremos con las plantillas DwC para la documentación de registros biológicos. Esta plantilla se encuentra adjunta a este documento. El estándar Darwin Core (Versión 2011-10-26) está conformado por 175 elementos, de los cuáles solo cinco son obligatorios (ID del registro biológico, base del registro, código de la institución, código de la colección, número de catálogo). Nosotros trabajaremos con elementos comunes y elementos de extensión que incluirán información sobre las imágenes y los rasgos funcionales tomados de los especímenes de herbario.

Datos de la Colección

Nombre de la Colección Herbario Toli-Raúl Echeverry
Identificador de la Colección Registro nacional de colecciones: 019
Identificador de la Colección Parental TOLI
Métodos de preservación de los ejemplares Secado y prensado

Metadatos Adicionales

Los ejemplares digitalizados a los cuales hace referencia este recurso están en linea en: https://www.flickr.com/photos/98787512@N02/ Adicional a esto, el Herbario Universidad del Tolima hace parte del grupo "Herbario Virtual Bosque Seco de Colombia", el cual se puede consultar en el siguiente enlace: https://www.flickr.com/groups/herbario_virtual_bosques_secos_de_colombia/

Propósito El proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia”, financiado por la fundación JRS biodiversity (http://www.jrsbdf.org/v3/home.asp), tiene como objetivo digitalizar el material de herbario de bosque seco. El propósito de este proyecto es poner a disposición de todos la información sobre las especies vegetales de bosque seco y sus rasgos funcionales para promover la investigación y conservación de este ecosistema en Colombia.
Identificadores Alternativos doi:10.15472/ahrxw4
5065080a-77d9-4a2d-a3f8-e65da9add067
http://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=herbario-bs-toli