CHECKLIST

Lista de taxones asociados a Páramos de Colombia

Última versión Publicado por Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia - SiB en 24 de marzo de 2017 Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia - SiB
El presente recurso contiene 8978 registros principalmente de especies y algunas, subespecies, variedades y géneros de Animales y Plantas asociados a páramos de Colombia. Los datos han sido recopilados principalmente de las Colecciones en línea del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia, el IPT del Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics de la Universidad de Amsterdam, el Instituto Alexander von Humboldt y de diferentes entidades que publican información a través del SiB Colombia. La obtención de cada nombre científico se realizó principalmente buscando la palabra "páramo" tanto en los metadatos de cada recurso consultado como en el campo 'localidad' de cada registro biológico. Este recurso se encuentra en constante actualización y pretende ser u... Más

Descripción

El presente recurso contiene 8978 registros principalmente de especies y algunas, subespecies, variedades y géneros de Animales y Plantas asociados a páramos de Colombia. Los datos han sido recopilados principalmente de las Colecciones en línea del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia, el IPT del Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics de la Universidad de Amsterdam, el Instituto Alexander von Humboldt y de diferentes entidades que publican información a través del SiB Colombia. La obtención de cada nombre científico se realizó principalmente buscando la palabra "páramo" tanto en los metadatos de cada recurso consultado como en el campo 'localidad' de cada registro biológico. Este recurso se encuentra en constante actualización y pretende ser una guía de consulta de las especies presentes en páramos en el país, una vez se logren acuerdos con los expertos de cada grupo biológico.

Registros

Los datos en este recurso de lista de chequeo han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 8.978 registros.

también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

  • Taxon (core)
    8978
  • Occurrence 
    8978

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

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Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

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Sistema de Información Sobre Biodiversidad de Colombia (2014 - 2015). Lista de taxones asociados a Páramos de Colombia. 8978 registros. Buitrago, L., Beltran, N., Zamudio, J. (Procesador, Proveedor de metadatos, Editor). Versión 2.1. http://doi.org/10.15472/od8jpn

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia - SiB. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

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Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 0a2003a1-fe01-4e47-acc6-ec338552dea8.  Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia - SiB publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Colombian Biodiversity Information System.

Palabras clave

Checklist; Ambiente léntico; Tierras húmedas; Elección de especies; Bases de datos; Acceso a la información; Recuperación de datos; Procesamiento de datos; Derivedfromoccurrence

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Quindío
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Cobertura geográfica

El recurso pretende abarcar todo el territorio continental colombiano donde se registren especies asociadas a páramos presentes en el país.

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-4,22, -79,008], Latitud Máxima Longitud Máxima [12,458, -66,85]

Cobertura taxonómica

Reino Plantae: 24 Clases de 123 órdenes que abarcan 306 familias. De los 6826 taxones de este reino 659 corresponden a género, 5969 a especie, 12 a forma, 76 a subespecie y 110 a variedad.

Orden  Asparagales,  Malpighiales,  Malvales,  Fabales,  Rosales,  Lamiales,  Asterales,  Poales,  Bryales,  Myrtales,  Solanales,  Hypnales,  Andreaeales,  Zygnematales,  Jungermanniales,  Hookeriales,  Polypodiales,  Santalales,  Laurales,  Euphorbiales,  Gentianales,  Sapindales,  Scrophulariales,  Fagales,  Cyatheales,  Orchidales,  Caryophyllales,  Orthotrichales,  Primulales,  Metzgeriales,  Pottiales,  Porellales,  Alismatales,  Arales,  Dicranales,  Rubiales,  Plantaginales,  Ericales,  Apiales,  Cyclanthales,  Marchantiales,  Polytrichales,  Nemaliales,  Cyperales,  Fossombroniales,  Salviniales,  Leucodontales,  Cucurbitales,  Violales,  Ranunculales,  Seligerales,  Papaverales,  Urticales,  Liliales,  Ophioglossales,  Funariales,  Brassicales,  Capparales,  Magnoliales,  Oxalidales,  Grimmiales,  Campanulales,  Zingiberales,  Callitrichales,  Celastrales,  Scorpaeniformes,  Arecales,  Chaetophorales,  Vitales,  Cladophorales,  Theales,  Bruniales,  Hemiptera,  Boraginales,  Cornales,  Saxifragales,  Pandanales,  Dioscoreales,  Buxbaumiales,  Aquifoliales,  Canellales,  Pleuroziales,  Equisetales,  Geraniales,  Escalloniales,  Proteales,  Marattiales,  Fissidentales,  Isobryales,  Gleicheniales,  Bromeliales,  Gunnerales,  Halogarales,  Haloragales,  Chloranthales,  Piperales,  Lycopodiales,  Hymenophyllales,  Isoetales,  Pteridales,  Pallaviciniales,  Juncales,  Najadales,  Sabiales,  Polygalales,  Myricales,  Polygonales,  Charales,  Pelliales,  Oedogoniales,  Eriocaulales,  Notothyladales,  Dipsacales,  Not assigned,  Plagiogyriales,  Archidiales,  Pinales,  Dryopteridales,  Araucariales,  Chlorococcales,  Selaginellales,  Sphagnales,  Ebenales

Clase Aves: 24 órdenes que abarcan 67 familias. De los 1173 taxones de esta clase 47 correpsonden a género, 887 a especie y 239 a subespecie.

Familia  Cracidae,  Accipitridae,  Trochilidae,  Rhinocryptidae,  Scolopacidae,  Apodidae,  Tyrannidae,  Psittacidae,  Icteridae,  Cotingidae,  Furnariidae,  Anatidae,  Ramphastidae,  Anhingidae,  Thraupidae,  Motacillidae,  Caprimulgidae,  Aramidae,  Ardeidae,  Emberizidae,  Fringillidae,  Strigidae,  Cathartidae,  Parulidae,  Picidae,  Troglodytidae,  Falconidae,  Turdidae,  Thamnophilidae,  Formicariidae,  Charadriidae,  Bucconidae,  Alcedinidae,  Pipridae,  Cinclidae,  Columbidae,  Cuculidae,  Coerebidae,  Odontophoridae,  Conopophagidae,  Tinamidae,  Corvidae,  Vireonidae,  Tyranidae,  Alaudidae,  Rallidae,  Galbulidae,  Grallariidae,  Heliornithidae,  Hirundinidae,  Jacanidae,  Laridae,  Mimidae,  Momotidae,  Nyctibiidae,  Oxyrunchidae,  Tityridae,  Pandionidae,  Phalacrocoracidae,  Trogonidae,  Cardinalidae,  Threskiornithidae,  Podicipedidae,  Certhiidae,  Semnornithidae,  Steatornithidae,  Tytonidae

Clase Actinopterygii: 5 órdenes que abarcan 8 familias. De los 11 taxones de esta clase 10 corresponden a especie y 1 a género.

Familia  Astroblepidae,  Cichlidae,  Gasteropelecidae,  Characidae,  Heptapteridae,  Trichomycteridae,  Sternopygidae

Clase Amphibia: 3 órdenes que abarcan 13 familias. De los 102 taxones de esta clase 96 corresponden a especie y 6 a género.

Familia  Bufonidae,  Plethodontidae,  Caeciliidae,  Centrolenidae,  Dendrobatidae,  Aromobatidae,  Hylidae,  Eleutherodactylidae,  Strabomantidae,  Leiuperidae,  Hemiphractidae,  Craugastoridae,  Leptodactylidae

Clase Mammalia: 11 órdenes que abarcan 20 familias. De los 46 taxones de esta clase 4 corresponden a género, 29 a especie y 13 a subespecie.

Familia  Muridae,  Cebidae,  Phyllostomidae,  Caenolestidae,  Didelphidae,  Canidae,  Megalonychidae,  Soricidae,  Agoutidae,  Homimidae,  Cervidae,  Sciuridae,  Mormoopidae,  Procyonidae,  Natalidae,  Tayassuidae,  Felidae,  Leporidae,  Tapiridae,  Ursidae

Clase Reptilia: 3 órdenes que abarcan 12 familias. De los 43 taxones de esta clase 1 corresponde a género, 35 a especie y 7 a subespecie.

Familia  Teiidae,  Gymnophthalmidae,  Polychrotidae,  Iguanidae,  Dactyloidae,  Colubridae,  Dipsadidae,  Viperidae,  Scincidae,  Elapidae,  Tropiduridae,  Typhlopidae

Existen adicionalmente 65 taxones de los filo Brachiopoda, Mollusca, Annelida y Platyhelminthes que comprenden 7 clases, 24 órdenes y 48 familias.

Familia  Delthyrididae,  Myalinidae,  Ambocoeliidae,  Cycloconchidae,  Arcidae,  Astartidae,  Atrypidae,  Berriasellidae,  Pectinidae,  Corbulidae,  Chonostrophiidae,  Crassatellidae,  Cucullaeidae,  Cuspidariidae,  Mactridae,  Cyrtinidae,  Lumbricidae,  Chonetidae,  Bulimulidae,  Dugesiidae,  Elythidae,  Eodevonariidae,  Arcticidae,  Gryphaeidae,  Gastrochaenidae,  Strophomenidae,  Protancyloceratidae,  Ampullariidae,  Parallelodontidae,  Neocomitidae,  Nucleospiridae,  Nuculanidae,  Olcostephanidae,  Oosterellidae,  Veneridae,  Cardiidae,  Glycymerididae,  Orthalicidae,  Plicatulidae,  Trigoniidae,  Schuchertellidae,  Holcodiscidae,  Spondylidae,  Noetiidae,  Stropheodontidae,  Pectunculidae,  Tropidoleptidae,  Carditidae

Reino Bacteria: 7 Clases de 11 órdenes que abarcan 23 familias. De los 46 taxones de este reino 26 corresponden a género y 20 a especie.

Familia  Moraxellaceae,  Micrococcaceae,  Bacillaceae,  Paenibacillaceae,  Burkholderiaceae,  Chitinophagaceae,  Comamonadaceae,  Enterobacteriaceae,  Rhizobiaceae,  Micrbacteria,  Oscillatoriaceae,  Xantomonadaceae,  Micromonosporaceae,  Cellulomanadaceae,  Sphingobacteriaceae,  Phormidiaceae,  Pseudanabaenaceae,  Pseudomonaceae,  Trichocomaceae,  Pseudomonadaceae,  Nocardiaceae,  Acetobacteraceae,  Streptomycetaceae

Reino Fungi: 10 Clases que corresponden a 25 órdenes, los cuales abarcan 42 familias. De los 351 taxones de este reino 49 corresponden a género, 286 a especie.

Familia  Trichocomaceae,  Parmeliaceae,  Physciaceae,  Dothioraceae,  Ramalinaceae,  Baeomycetaceae,  Cordycipitaceae,  Hypocreaceae,  Sphaerophoraceae,  Caliciaceae,  Teloschistaceae,  Candelariaceae,  Herpotrichiellaceae,  Lecanoraceae,  Conocybaceae,  Cladoniaceae,  Coccocarpiaceae,  Collemataceae,  Leptosphaeriaceae,  Arthoniaceae,  Icmadophilaceae,  Atheliaceae,  Meruliaceae,  Sordariaceae,  Graphidaceae,  Thelotremataceae,  Sporomiaceae,  Pannariaceae,  Nectriaceae,  Myxotrichaceae,  Lecideaceae,  Stereocaulaceae,  Lobariaceae,  Megalosporaceae,  Megasporaceae,  Mortierellaceae,  Mucoraceae,  Peltigeraceae,  Pertusariaceae,  Agyriaceae,  Porpidiaceae,  Schizophyllaceae

Existen adicionalmente 16 taxones de los reinos Chromista y Protozoa que corresponden a las clases Bacillariophyceae, Fragilariophyceae y Euglenida. Las cuales comprenden 9 órdenes y 13 familias.

Familia  Achnanthaceae,  Fragilariaceae,  Cocconeidaceae,  Surirellaceae,  Cymbellaceae,  Eunotiaceae,  Amphipleuraceae,  Gomphonemataceae,  Naviculaceae,  Bacillariaceae,  Pinnulariaceae,  Tabellariaceae,  Euglenaceae

Clase Arachnida: Comprende 2 órdenes y 10 familias. De los 38 taxones de este filo 9 corresponden a género, 29 a especie.

Familia  Araneidae,  Lycosidae,  Linyphiidae,  Tetragnathidae,  Corinnidae,  Prodidomidae,  Dipluridae,  Pholcidae,  Salticidae,  Zalmoxidae

Clase Insecta: Comprende 8 órdenes y 46 familias. De los 258 taxones de este filo 158 corresponden a género, 92 a especie y 8 a subespecie.

Familia  Figitidae,  Chrysomelidae,  Nymphalidae,  Culicidae,  Staphylinidae,  Syrphidae,  Ceratopogonidae,  Platygastridae,  Leptoceridae,  Perlidae,  Asilidae,  Scarabaeidae,  Limnephilidae,  Braconidae,  Ichneumonidae,  Hydrobiosidae,  Scelionidae,  Apidae,  Cicadellidae,  Formicidae,  Pieridae,  Sphecidae,  Anomalopsychidae,  Diapriidae,  Gerridae,  Evaniidae,  Helicopsychidae,  Melolonthidae,  Hydroptilidae,  Pergidae,  Hydropsychidae,  Reduviidae,  Muscidae,  Tipulidae,  Noctuidae,  Halictidae,  Pelecinidae,  Calamoceratidae,  Eumenidae,  Polycentropodidae,  Bethylidae,  Simuliidae,  Megapodagrionidae,  Xiphocentronidae

Existen adicionalmente 3 taxones del filo Arthropoda que corresponden a las clases Maxillopoda y Malacostraca. Las cuales comprenden 3 órdenes y 3 familias. De los 3 taxones, 1 corresponde a género, 1 a especie y 1 a subespecie.

Familia  Centropagidae,  Hyalellidae,  Cyclopidae

Cobertura temporal

Fecha Inicial 2015-10-28

Datos del proyecto

No hay descripción disponible

Título Convenio No. 13-014 entre el Fondo de Adaptación y Instituto Humboldt
Fuentes de Financiación El Fondo de Adaptación creado a partir del Decreto 4819 del 29 de diciembre de 2010, cuyo objeto es la recuperación, construcción y reconstrucción de las zonas afectadas por el fenómeno de La Niña con personería jurídica, autonomía presupuestal y Financiera adscrito al Ministerio de Hacienda y Crédito Público.
Descripción del diseño Aunar esfuerzos económicos, técnicos y administrativos entre el Fondo de Adaptación y el Instituto Humboldt para elaborar los insumos técnicos y una recomendación para la delimitación, por parte del Ministerio de Medio Ambiente de los ecosistemas estratégicos priorizados (páramos y humedales) en el marco del convenio No. 008 de 2012 (cuencas hidrográficas afectadas por el Fenómeno de la Niña 2010-2011).

Personas asociadas al proyecto:

Brigitte L.G Baptiste Ballera

Métodos de muestreo

1) SELECCIÓN DE FUENTES DE INFORMACIÓN Páginas web de acceso libre y herramientas libres en línea o de escritorio. 2) DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC Se establece a partir de la información requerida y obtenida de las fuentes para construir la lista asociada de especies. Se definen de acuerdo al estándar Darwin Core para publicación de datos biológicos. 3) RECUPERACIÓN DE INFORMACIÓN Captura, extracción y descarga de datos. La extracción de datos en el caso de las colecciones en línea del ICN se realiza con la herramienta import.io, la cual permite recuperar los datos a partir de una página web y plasmarla en un formato a manera de tabla u hoja de cálculo como en MS Excel. 4) ESTRUCTURACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Este estándar nos permitirá consolidar la información a través de los elementos Darwin Core de manera ordenada y estructurada. Se empleará MS Excel para consolidar, filtrar y editar la información a ajustarse en el estándar DwC, al igual que la herramienta Open refine. Esta última permite editar los datos almacenados en tablas de manera sencilla ofreciendo filtrar y corregir errores e inconsistencias en ellos de manera más rápida y en algunos casos más efectiva que MS Excel. Estas dos últimas herramientas mencionadas son fundamentales y complementarias a lo largo de todo el proceso de estructuración y validación de la información. 5) VALIDACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Ajuste de inconsistencias, espacios, corrección de ortografía, validación de taxonomía y nombres científicos, validación de división político administrativa, entre otros. Se emplea MS Excel, Open Refine y páginas web para verificar la taxonomía de las especies y generar igualmente las categorías de los taxa. 6) CONSOLIDACIÓN DE LA INFORMACIÓN Al almacenar, estructurar y validar toda la información proveniente de distintas fuentes de datos se genera un archivo consolidado que será el que se almacene finalmente en este recurso. 7) ACTUALIZACIÓN DEL RECURSO Se espera que este recurso sea actualizado periódicamente, contrastando la lista existente con los nuevos registros que se encuentren a través de los distintos recursos de información biológica para Colombia. 8) PERSPECTIVAS A largo plazo se busca vincular a autoridades taxonómicas en el país que den cuenta de la validez en los datos sobre las especies documentadas en esta lista para que los datos de cada taxa cuenten con mayor soporte científico.

Área de Estudio El área que intenta abarcar este recurso incluye nombres de taxa asociados a los páramos de Colombia que alberguen o contengan localidades con información relacionada a este ecosistema o ambiente.
Control de Calidad Las herramientas usadas para la realización de los pasos metodológicos y la depuración de los datos se listan a continuación: 1- Software: Open Refine (https://code.google.com/p/google-refine), 2- Microsoft Excel 3- Import.io (http://import.io/) 4- Portales Web: a) DIVIPOLA DANE (http://190.25.231.237/dvpbuscar/dvpbuscar.html) . b) Servicios de reconciliación a través de OpenRefine: EOL (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_eol.php), NCBI taxonomy (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_ncbi.php), uBio FindIT (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_ubio.php).WORMS (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_worms.php), GBIF (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_gbif.php). c) Servicio de Resolución taxonómica LSID del SiB Colombia (basado en el listado de especies de Catalogue of Life, 2012) d) iPlant e) Plant List f) IPNI g) Encyclopedia of Life h) Catalogue of Life

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. 1) SELECCIÓN DE FUENTES DE INFORMACIÓN La selección de fuentes de información se estableció teniendo en cuenta que fueran recursos confiables, que permitieran recuperar la mayor cantidad de información referente a estos datos y que fueran datos de acceso libre. En este sentido los recursos seleccionados fueron: (a) Colecciones en línea del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia. En línea: http://www.biovirtual.unal.edu.co/ICN/ (b) IPT del Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics, University of Amsterdam. En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/ (c) Portal de datos del SiB-Colombia. En línea: http://data.sibcolombia.net/busqueda/ (consulta espacial) (d) Datos provenientes de los IPT's alojados en el SiB-Colombia (búsqueda interna en el sistema)
  2. 2) DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC Se establece que los elementos DwC que debe presentar cada especie son: taxonID: Identificador único para el conjunto de información nomenclatural y taxonómica scientificName: El nombre del taxón (con información de autoría y fecha si aplica). kingdom: El nombre científico completo del reino al que pertenece el taxón. phylum: El nombre científico completo del filo o división al que pertenece el taxón. class: El nombre científico completo de la clase al que pertenece el taxón. order: El nombre científico completo del orden al que pertenece el taxón. family: El nombre científico completo de la familia al que pertenece el taxón. genus: El nombre científico completo del género al que pertenece el taxón. specificEpithet: El nombre del epíteto específico de Nombre científico. infraspecificEpithet: El nombre con la categoría de taxón más baja o más especifica por debajo del epíteto específico (parte terminal del nombre), excluyendo cualquier otra denominación de categoría. taxonRank: La clasificación taxonómica del nombre más específico en el Nombre científico. Se recomienda el uso del vocabulario controlado Categoría del Taxón scientificNameAuthorship: La información de autoría del Nombre científico formateado de acuerdo a las convenciones del Código nomenclatural aplicable. taxonomicStatus: Estado taxonómico del taxón. taxonRemarks: Comentarios o notas sobre el taxón o nombre. datasetID:Un identificador para el conjunto de datos del cual se derivó el taxón. datasetName: El nombre que identifica el conjunto de datos del cual se derivó el taxón. countryCode: El código estándar para el país de la ubicación. stateProvince: El nombre de la siguiente región administrativa de menor jerarquía que país. county: El nombre completo, sin abreviar de la siguiente región administrativa de menor jerarquía que departamento. locationID: Un identificador para la ubicación. locality: La descripción específica del lugar que no abarca el área geográfica definida en los otros campos de ubicación. verbatimLocality: La descripción textual original (como fue tomada) del lugar. minimumElevationInMeters: El límite inferior del rango de elevación (altitud) de la ubicación. maximumElevationInMeters: El límite superior del rango de elevación (altitud) de la ubicación. locationID: Un identificador para el área en la que se documentó el taxón (los datos asociados a Ubicación) locality: El nombre del departamento seguido del municipio por un guión bajo.
  3. 3) RECUPERACIÓN DE INFORMACIÓN La recuperación de datos a través de estos recursos se realiza de manera particular dependiendo la complejidad para extraer la información alojada de cada uno. En ocasiones se emplean los mismos métodos y por lo tanto los que se puedan escalar a diferentes recursos solo se explicaran una vez.
  4. 3-a) Colecciones en línea del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia 1. Buscar en http://www.biovirtual.unal.edu.co/ICN/ 2. Filtrar según categoría taxonómica Aves, Anfibios, Herbario, Invertebrados, Mamíferos, Peces y Reptiles. De aquí en adelante se realizaran los mismos pasos para cada una de las categorías taxonómicas. 3. Ir a Búsqueda avanzada y en la caja de búsqueda de Localidad poner la palabra clave “paramo” (en este caso se omite la tilde). Finalmente dar clic en Buscar 4. Dependiendo el grupo taxonómico y la palabra ingresada en Localidad van a aparecer un número X de registros de especies que se encuentran asociadas a este tipo de localidades (pueden aparecer pocos, muchos o ninguno, esto depende de la cantidad de información recopilada en esta página). Cada resultado se muestra en una ventana emergente nueva. 5. Dicha ventana emergente presenta una dirección web en la parte superior que será la que empleamos para extraer la información con la herramienta Import-io. Import-io 1. Empleamos la opción Crawler en la cual se pueden obtener datos a partir de múltiples páginas similares dentro del mismo website. 2. Copiamos la URL obtenida de la búsqueda realizada en la página web del ICN y damos inicio a la extracción de información a través de la opción Crawler. 3. Continuamos dando clic en “I’m there” y luego en “Detect optimal settings” 4. La herramienta selecciona automáticamente el área de la página web donde se encuentran almacenados los datos, si estamos de acuerdo con que el área resaltada corresponde al lugar de donde deseamos extraer los datos damos clic en “yes”. 5. Seleccionamos la opción “Multiple”. 6. El puntero del mouse, sobre la página web toma forma de cruz para que en este caso seleccionemos uno de los registros de donde queremos extraer información. 7. Luego de seleccionar la primera región del registro de la página web damos clic en “Train rows”, luego seleccionamos el segundo registro (consecutivo al anterior) y damos nuevamente clic en “Train rows”. 8. Damos clic en “I’ve got all 10 rows!” (en este caso selecciona 10 filas porque es la cantidad de registros que por defecto arroja el sitio del ICN por página). 9. Luego clic en “+ Add column” y pongo un nombre para el encabezado de la columna que va a quedar con la información (en este caso la dejo como tipo texto). 10. Nuevamente se selecciona la primera región del registro de la página web y se da clic en “Train”. La herramienta determina y fija el área de donde va a extraer la información de ahí en adelante. 11. Clic en “I’ve got what I need!” para finalizar la extracción de información de esta página (la número 1). 12. Para continuar con la extracción y que la herramienta realice este procedimiento automáticamente doy clic en “Add another page”, me dirijo a la página 2 y doy clic en “I´m there”. 13. Se realiza el procedimiento de extracción hasta la página 5, de ahí en adelante el programa automatiza la extracción hasta el registro número 1000 aproximadamente. Debido a lo anterior cuando los resultados superan los 1000 registros se debe tener en cuenta la última página de la que se realizó la extracción para iniciar la siguiente búsqueda a partir de dicha página. 14. Para automatizar la extracción se selecciona “I’m done training” y luego “Upload to import io”. Allí se escribe el nombre que queramos para el archivo “crawler” que se almacenará en Import io. Y luego “Run crawler” 15. Allí nos abre la tabla con el nombre que creamos y le damos “Go” para que comience a extraer la información en la tabla creada. Este proceso puede tardar varios minutos de acuerdo a la cantidad de registros. 16. En el menú superior de la tabla vemos el tiempo estimado de ejecución de la herramienta, cantidad de páginas por hora, cantidad de filas que se van extrayendo, etc. En cualquier momento se puede detener la extracción con el botón “Stop”. 17. Luego de finalizada la extracción de información en la tabla damos clic en “Upload data” y se abre finalmente la tabla con los registro extraídos. Esta tabla se visualiza dentro del software de escritorio de import io. 18. Para extraer la información de import io en el menú superior de la tabla aparece “Download” y aparecen 4 opciones de descarga entre ellas Excel, que será la que seleccionamos. 19. Seleccionar el lugar dentro del equipo para guardar el archivo, asignar nombre y dar clic en “Guardar”. 20. La tabla en Excel guardada desde import io presenta siete columnas (Input, Result Number, Widget, Data Origin, Result Row, Source Page URL y la <columna extraída>), la última de ellas contiene nuestra información de interés. Se sugiere así tomar solo esta columna y pegarla en otro documento nuevo de Excel para trabajar solo con los datos de interés. Si la información extraída solo constituye una parte de la totalidad de registros del taxón seleccionado se recomienda realizar primero todo este proceso de extracción hasta llegar al último registro y consolidar todos los registros en el nuevo archivo Excel mencionado anteriormente. *en el caso de taxa como por ejemplo plantas, donde en el caso de la búsqueda de “paramo” recupera casi de 35000 registros este proceso de extracción puede tomar bastante tiempo teniendo en cuenta que , como se mencionó previamente, la herramienta extrae máximo hasta 1000 registros aproximadamente en una sola tanda.
  5. 3-b) Se accede al IPT de IBED (http://ipt.ibed.uva.nl/) de la Universidad de Amsterdam (Holanda) donde se encuentran 15 recursos con datos recopilados sobre especies asociadas a páramos de Colombia: 1. Se accede a cada uno de los IPT’s y se descarga el archivo DwC en el que se encuentra estructurada la información de cada recurso. 2. El archivo .zip presenta 3 archivos: eml, meta y ocurrence. Este último es un archivo de texto que contiene toda la información de registros de especies. 3. En MS Excel importamos el archivo de texto verificando que el origen del archivo quede con la codificación 65001: Unicode (UTF-8) (para reconocer caracteres en español), que la separación de las columnas sea por tabulación y que el formato de todas las columnas sea en “Texto”. 4. Habiendo importado la información identificamos y dejamos únicamente los elementos del estándar DwC que necesitamos (ver DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC) borramos las columnas restantes. 5. Seleccionamos todas las columnas y quitamos los duplicados para que solo resulten valores únicos (en este caso especies asociadas a determinadas localidades). Igualmente se eliminan los registros que no pertenezcan a páramos de Colombia. 6. Las especies resultantes se contrastarán al final para no generar redundancia de información en el archivo final, teniendo en cuenta la multiplicidad de recursos de información de donde se han recopilado los datos.
  6. 3-c) Vale aclarar inicialmente que esta búsqueda nos ayudará por ahora con la recuperación de datos únicamente sobre páramos de Colombia ya que son zonas que se encuentran delimitadas espacialmente en el explorador geográfico del portal. Se accede a la búsqueda avanzada del portal del SiB-Colombia http://data.sibcolombia.net/busqueda/: 1. En el menú “AGREGAR EL FILTRO DE BÚSQUEDA” seleccionamos la opción Geoespacial “Páramo” y en el filtro más específico dejamos la opción “Cualquier Páramo”, ya que vamos a recuperar la información de registros de las especies que estando georreferenciadas se encuentran ubicadas dentro de uno de las entidades espaciales establecidas como páramo. 2. En “SU BÚSQUEDA ACTUAL” podemos ver el filtro de información realizado, damos clic en “Búsqueda” 3. En “ACCIONES” – Descargar seleccionamos “Resultados en una hoja de cálculo. En opciones de formato descargamos el archivo como delimitado por tabuladores (para no tener límite con la cantidad de registros devueltos). Luego seleccionamos solo los campos de Conjunto de datos, Taxonomía y Geoespacial que se emplearan en esta lista (ver DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC). 4. Repetimos los pasos 2 a 6 del numeral 2-b) para compilar la información en un archivo MS Excel.
  7. 3-d) Esta información se obtiene a partir de todos los IPT’s alojados en el portal del SiB-Colombia. 1. Se realizó una solicitud al grupo de Infraestructura Informática del SiB – Colombia para obtener todos los registros albergados en los IPT’s asociados a páramos. 2. El grupo de Infraestructura Informática del SiB – Colombia realiza una consulta SQL a través de la base de datos completa de registros buscando la palabra “paramo” en el campo Localidad de todos los registros almacenados. 3. Los registros resultantes de esta búsqueda se entregan al equipo de Interoperabilidad en una base de datos en Excel que presenta un total de 39364 registros y contiene todos los campos necesarios para esta lista (ver DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC). Adicionalmente se solicita incluir 2 columnas adicionales el origen de la información obtenida (IPT donde se encuentra alojada la información) y el registro GBIF de la entidad que aporta los datos, con el fin de dar el crédito correspondiente como proveedores de información. En total 21 campos que permitirán estructurar, filtrar y validar la información obtenida.
  8. 4) ESTRUCTURACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Teniendo claros los elementos que se deben extraer de los datos recopilados de las distintas fuentes de información se realiza la estructuración de los datos. Dicha estructuración requiere bastante trabajo teniendo en cuenta los múltiples recursos y formatos en los que se recopila la información pero a grandes rasgos se lleva a cabo de la siguiente manera: 1. Lo primero para realizar la limpieza de datos es eliminar en Excel los registros duplicados que generarían redundancia de información. 2. Se carga la base de datos resultante del paso anterior en Open refine. 3. A partir de la columna de nombre científico se crea la columna scientificName con el comando “cell.cross("IPT_SiB","scientificNameID").cells["scientificNameID"].value[0]” con el cual se realizará una verificación de la existencia de la especie en el IPT de la lista de especies de páramos de Colombia. Esto permitirá mantener actualizada la lista y comprobar que la especie a incluir no se encuentre ya reportada previamente en este IPT. 4. Se realiza un Facet by Blank en “scientificName” para filtrar las celdas en las que el nombre se encuentra mal escrito o no se encuentra en el IPT de la lista de especies de páramos de Colombia. 5. Se deja la columna original del nombre científico con los nombres que no se encontraron en la lista de especies de páramos de Colombia. 6. Teniendo esta lista de nombres se genera una nueva columna y se separa el género del epíteto específico (por medio del espacio en blanco, empleando la función “Split into several columns”) para poder filtrar y eliminar los nombres que solo presentan género y dejar los registros que están identificados hasta especie, que son los de nuestro interés. 7. Se filtran y eliminan los registros que se reportan en otros países (columna Country) para dejar solo los correspondientes a Colombia, se verifica en la columna Localidad que los registros eliminados efectivamente correspondan a páramos fuera de Colombia 8. Se realiza una limpieza de datos en la columna Localidad a través del Text filter y de la herramienta de Cluster con el fin de solo dejar el nombre del Páramo (p ej. “Páramo de Puracé”) al que se asocia la especie y eliminar la información más específica de localidad como ubicación dentro del páramo, nombre de la vereda o información redundante del Municipio o Departamento (p ej. “0.5 Km al oeste de la Laguna de San Rafael, Paramo de Puracé”). También se eliminan los registros que se filtraron debido a que simplemente presentan la palabra “páramo” pero que en realidad no dan cuenta de la asociación de la especie con un hábitat de páramo (p ej. “Finca El Páramo” “Vereda el Páramo”). Igualmente se unifican inconsistencias como “Páramo de Guasca”, “Paramo de Guasca”, “paramo de Guasca”, etc. 9. Se exportan los datos a un archivo de texto separado por tabulaciones y luego se importan en Excel.
  9. 5) VALIDACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Ajuste de inconsistencias, corrección de ortografía, validación de taxonomía y nombres científicos, validación de división político administrativa, entre otros. Se emplea MS Excel, Open Refine y páginas web para verificar la taxonomía de las especies y generar igualmente las categorías de los taxa. Esto último se realiza con el Servicio de Resolución taxonómica LSID del SiB Colombia (basado en el listado de especies de Catalogue of Life, 2012), iPlant, Plant List, IPNI, Encyclopedia of Life, Catalogue of Life y en algunos casos el buscador de Google. La validación de Departamento, Municipio y los códigos correspondientes se definen a partir de la página de la División Político Administrativa de Colombia del DANE - Divipola y del listado de Códificación de Municipios y Centros Poblados 2014 Almacenado en MS Excel.
  10. 6) CONSOLIDACIÓN DE LA INFORMACIÓN Al almacenar, estructurar y validar toda la información proveniente de distintas fuentes de datos se genera un archivo consolidado que será el que se almacene finalmente en este recurso. Este archivo en MS Excel contendrá todos los datos con los elementos definidos para esta lista (ver DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC).
  11. 7) ACTUALIZACIÓN DEL RECURSO Se espera que este recurso sea actualizado periódicamente, contrastando la lista existente con los nuevos registros que se encuentren a través de los distintos recursos de información biológica para Colombia. Los datos de este recurso fueron actualizados por última vez el 28/10/2015.
  12. 8) PERSPECTIVAS A largo plazo se busca vincular a autoridades taxonómicas en el país que den cuenta de la validez en los datos sobre las especies documentadas en esta lista para que los datos de cada taxa cuenten con mayor soporte científico.

Referencias bibliográficas

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  43. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2013). Rasgos funcionales de especies de plantas de la familia Ericaceae registradas en los páramos de Colombia. 1087 registros, aporatdos por: Valderrama-Rincón, N. (Contacto del recurso), García- Martínez, H. (Creador del recurso) Restrepo V (Proveedor de metadatos), Herbario Nacional de Colombia, The New York Botanical Garden, The Missouri Botanical Garden, (Proveedores de contenido). En línea: http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=paramos_ericaceae_2013 Versión 6 [actualizado el 23/10/2014]
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  45. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Reptiles asociados a páramos y humedales de Colombia con información de rasgos funcionales y derivada de fuentes secundarias. 68 registros, aportados por: González, M. A. (Contacto del recurso, Editor), Suárez-Mayorga A.M. (Creador del recurso, Proveedor de metadatos, Autor), Paz, A. (Editor). En línea: http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=paramoshumedales_reptiles_is_2014 Versión 2 [actualizado el 09/10/2014]
  46. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Aves de los humedales de Colombia recopilada de información virtual e impresa. 281 registros, aportados por: Cortés-Gómez, A. M. (Contacto del recurso), Salgado-Negret, B. (Creador del recurso), López-Ordoñez, J. P. (Proveedor de metadatos, Autor). En línea: http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=humedales_aves_is_2014 Versión 4 [actualizado el 08/10/2014]
  47. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Especies acuáticas y semiacuáticas de humedales interiores de Colombia derivado de información secundaria. 2059 registros, aportados por: Lasso, C. (Contacto del recurso, Investigador principal), Morales-Betancourt, D. (Creador del recurso, Proveedor de metadatos). En línea: http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=cuencas_faunaflora_is_2014 Versión 3 [actualizado el 09/10/2014]
  48. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Rasgos funcionales de aves presentes en ecosistemas de humedales, 283 registros, aportados por Salgado-Negret, B. (Contacto del recurso, Creador del recurso), López-Ordoñez, J. P. (Proveedor de metadatos, Autor). En línea: http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=humedal_aves_is_2014 Versión 3 [actualizado el 09/10/2014]
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  59. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo Vegetation Research, Rabanal, Guerrero and Villa de Leyva paramo complex, Colombia. 7868 registros, aportados por: Cleef, A. (Proveedor de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-rgv Versión 9 [actualizado el 16/12/2013]
  60. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo vegetation research, Santa Marta and Perijá, Colombia. 1506 registros, aportados por: Cleef, A.M., O. Rangel-Ch. (Proveedores de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En Línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-smr-perija Versión 6 [actualizado el 16/12/2013]
  61. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo Vegetation Research, Sumapaz-Bocagrande-Chisaca paramo complex, Colombia. 4494 registros, aportados por: Sturm H., O. Rangel. (Proveedores de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-sumapaz Versión 7 [actualizado el 16/12/2013]
  62. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Paramo vegetation research, Western Andean Cordillera. 2983 registros, aportados por: Rangel-Ch., O, Ariza N. C. (Proveedores de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-wac Versión 7 [actualizado el 16/12/2013]

Metadatos adicionales

Identificadores alternativos doi:10.15472/od8jpn
0a2003a1-fe01-4e47-acc6-ec338552dea8
http://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=fa_par