Lista de taxones asociados a Humedales de Colombia

Dernière version Publié par Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia - SiB le Mar 24, 2017 Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia - SiB

El presente recurso contiene 2742 registros principalmente de especies y algunas, subespecies, variedades y géneros de Animales y Plantas asociados a humedales de Colombia. Los datos han sido recopilados principalmente de las Colecciones en línea del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia, el IPT del Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics de la Universidad de Amsterdam, el Instituto Alexander von Humboldt y de diferentes entidades que publican información a través del SiB Colombia. La obtención de cada nombre científico se realizó principalmente buscando la palabra "humedal" tanto en los metadatos de cada recurso consultado como en el campo 'localidad' de cada registro biológico. Se amplió la recuperación de registros asociados a humedales a partir de los sinónimos “ciénagas”, “lagos”, “lagunas”, “sabanas estacionales”, “sabanas inundables”, “planos de inundación”, “represas” y “manglares”. Este recurso se encuentra en constante actualización y pretende ser una guía de consulta de las especies presentes en humedales en el país, una vez se logren acuerdos con los expertos de cada grupo biológico.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource checklist ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 2,742 enregistrements. 1 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.

  • Taxon (noyau)
    2742
  • Occurrence 
    2742

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées des ressources sont disponibles au téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Téléchargements

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Versions

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Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Sistema de Información Sobre Biodiversidad de Colombia (2014 - 2015). Lista de taxones asociados a Humedales de Colombia. 2742 registros. Buitrago, L., Beltran, N., Zamudio, J. (Procesador, Proveedor de metadatos, Editor). Versión 2.1. http://doi.org/10.15472/6kpxyu

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia - SiB. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 39043215-39ea-4396-bf2a-b5e5dd69e952.  Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia - SiB publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Colombian Biodiversity Information System.

Mots-clé

Checklist; Ambiente léntico; Tierras húmedas; Elección de especies; Bases de datos; Acceso a la información; Recuperación de datos; Procesamiento de datos; Derivedfromoccurrence

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Autres personnes associées à la ressource:

Editeur
SiB Colombia
Sistema de Informacion Sobre Biodiversidad de Colombia Calle 28A No. 15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO 3202767
Fournisseur de Contenu
CORANTIOQUIA
Corporación Autónoma Regional del Centro de Antioquia Medellín Antioquia CO
http://www.corantioquia.gov.co/
Fournisseur de Contenu
Fundación ALMA
Fundación ALMA Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO
http://www.fundacion-alma.org/
Fournisseur de Contenu
UNIVALLE
Universidad del Valle Cali Valle del Cauca CO
http://www.univalle.edu.co
Fournisseur de Contenu
La Salle
Universidad de la Salle Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO
http://www.lasalle.edu.co
Fournisseur de Contenu
UDENAR
Universidad de Nariño Pasto Nariño CO
http://www.udenar.edu.co/
Fournisseur de Contenu
UDEA
Universidad de Antioquia Medellín Antioquia CO
http://www.udea.edu.co
Fournisseur de Contenu
IIAP
Instituto de Investigaciones Ambientales del Pacífico Quibdó Chocó CO
http://www.iiap.org.co/
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SINCHI
Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO
http://www.sinchi.org.co
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CDMB
Corporación Autonoma Regional para la Defensa de la Meseta de Bucaramanga Bucaramanga Santander CO
http://www.cdmb.gov.co
Fournisseur de Contenu
RNOA
Red Nacional de Observadores de Aves CO
http://rnoa.org/
Fournisseur de Contenu
IAvH
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO
http://www.humboldt.org.co/
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SDA
Secretaria Distrital de Ambiente: Ambiente Bogotá Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO
http://www.ambientebogota.gov.co
Fournisseur de Contenu
CIAT
Centro Internacional de Agricultura Tropical CO
http://ciat.cgiar.org/es/
Fournisseur de Contenu
UCO
Universidad Católica de Oriente Medellín Antioquia CO
http://www.uco.edu.co/
Fournisseur de Contenu
UPTC
Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia Tunja Boyacá CO
http://www.uptc.edu.co/
Fournisseur de Contenu
ICN
Instituto de Ciencias Naturales - Universidad Nacional de Colombia Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO
http://www.icn.unal.edu.co/
Fournisseur de Contenu
IBED
Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics University of Amsterdam Amsterdam NL
http://ipt.ibed.uva.nl/
Fournisseur de Contenu
Los Andes
Universidad de los Andes Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO
https://www.uniandes.edu.co/
Fournisseur de Contenu
Fundación Guayacanal
Fundación Estación Biológica Guayacanal Bogota, D.C. Bogota, D.C. CO
http://guayacanal.org/
Fournisseur de Contenu
UNAL
Universidad Nacional de Colombia Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. CO
http://unal.edu.co/
Fournisseur de Contenu
JBQ
Jardín Botánico del Quindío Calarcá Quindío CO
http://www.jardinbotanicoquindio.org/

Couverture géographique

El recurso pretende abarcar todo el territorio continental colombiano donde se registren especies asociadas a humedales presentes en el país.

Enveloppe géographique Sud Ouest [-4.22, -79.008], Nord Est [12.458, -66.85]

Couverture taxonomique

Reino Plantae: 6 Clases de 39 órdenes que abarcan 63 familias. De los 163 taxones de este reino 162 corresponden a especie y 1 a variedad.

Order  Malvales,  Asterales,  Poales,  Caryophyllales,  Sapindales,  Primulales,  Alismatales,  Arecales,  Salviniales,  Cucurbitales,  Violales,  Myrtales,  Polypodiales,  Malpighiales,  Callitrichales,  Zingiberales,  Asparagales,  Rosales,  Ericales,  Vitales,  Rhamnales,  Rubiales,  Commelinales,  Brassicales,  Solanales,  Fabales,  Apiales,  Chloranthales,  Theales,  Lycopodiales,  Nymphaeales,  Piperales,  Laurales,  Plantaginales,  Polygonales,  Gentianales,  Lamiales,  Pinales,  Magnoliales

Clase Aves: 20 órdenes que abarcan 54 familias. De los 368 taxones de esta clase 345 corresponden a especie y 23 a subespecie.

Family  Accipitridae,  Alcedinidae,  Anatidae,  Anhimidae,  Anhingidae,  Aramidae,  Ardeidae,  Burhinidae,  Caprimulgidae,  Cardinalidae,  Charadriidae,  Ciconiidae,  Cinclidae,  Cotingidae,  Cuculidae,  Diomedeidae,  Donacobiidae,  Emberizidae,  Eurypygidae,  Fregatidae,  Furnariidae,  Haematopodidae,  Heliornithidae,  Hirundinidae,  Hydrobatidae,  Icteridae,  Jacanidae,  Laridae,  Motacillidae,  Mothacilidae,  Nyctibiidae,  Odontophoridae,  Opisthocomidae,  Pandionidae,  Parulidae,  Pelecanidae,  Phaethontidae,  Phalacrocoracidae,  Phoenicopteridae,  Podicipedidae,  Procellaridae,  Rallidae,  Recurvirostridae,  Scolopacidae,  Spheniscidae,  Stercorariidae,  Sulidae,  Thamnophilidae,  Thraupidae,  Threskiornithidae,  Trochilidae,  Troglodytidae,  Tyrannidae,  Tytonidae

Clase Actinopterygii: 12 órdenes que abarcan 49 familias. De los 1475 taxones de esta clase 1475 corresponden a especie y 1 a género.

Family  Acestrorhynchidae,  Achiridae,  Anablepidae,  Anostomidae,  Apteronotidae,  Arapaimidae,  Ariidae,  Aspredinidae,  Astroblepidae,  Auchenipteridae,  Batrachoididae,  Belonidae,  Callichthyidae,  Cetopsidae,  Characidae,  Chilodontidae,  Cichlidae,  Crenuchidae,  Ctenoluciidae,  Curimatidae,  Cynodontidae,  Doradidae,  Eleotridae,  Engraulidae,  Erythrinidae,  Gasteropelecidae,  Gobiidae,  Gymnotidae,  Hemiodontidae,  Heptapteridae,  Hypopomidae,  Lebiasinidae,  Loricariidae,  Osteoglossidae,  Parodontidae,  Pimelodidae,  Poeciliidae,  Polycentridae,  Pristigasteridae,  Prochilodontidae,  Pseudopimelodidae,  Rhamphichthyidae,  Rivulidae,  Sciaenidae,  Serrasalmidae,  Sternopygidae,  Synbranchidae,  Tetraodontidae,  Trichomycteridae

Clase Gastropoda: siete órdenes que abarcan 13 familias. Los 37 taxones de esta clase corresponden a especies.

Family  Ampullariidae,  Bulimulidae,  Camaenidae,  Helicinidae,  Helminthoglyptidae,  Lymnaeidae,  Megalomastomidae,  Neocyclotidae,  Orthalicidae,  Planorbidae,  Streptaxidae,  Strophocheilidae,  Thiaridae

Clase Amphibia: dos órdenes que abarcan 16 familias. Los 431 taxones de esta clase corresponden a especies.

Family  Allophrynidae,  Aromobatidae,  Bufonidae,  Caeciliidae,  Centrolenidae,  Ceratophrydae,  Craugastoridae,  Dendrobatidae,  Hemiphractidae,  Hylidae,  Leiuperidae,  Leptodactylidae,  Microhylidae,  Pipidae,  Ranidae,  Typhlonectidae

Clase Mammalia: 11 órdenes que abarcan 18 familias. Los 38 taxones de esta clase corresponden a especies.

Family  Agoutidae,  Cebidae,  Dasypodidae,  Delphinidae,  Didelphidae,  Echimyidae,  Emballonuridae,  Hydrochaeridae,  Iniidae,  Leporidae,  Megalonychidae,  Mormoopidae,  Muridae,  Mustelidae,  Myrmecophagidae,  Phyllostomidae,  Tapiridae,  Trichechidae

Clase Reptilia: cinco órdenes que abarcan 21 familias. Los 81 taxones de esta clase corresponden a especies.

Family  Boidae,  Chelidae,  Chelydridae,  Colubridae,  Corytophanidae,  Crocodylidae,  Dactyloidae,  Dipsadidae,  Elapidae,  Emydidae,  Geoemydidae,  Gymnophthalmidae,  Iguanidae,  Kinosternidae,  Leptotyphlopidae,  Podocnemididae,  Polychrotidae,  Scincidae,  Sphaerodactylidae,  Teiidae,  Viperidae

Clase Malacostraca: comprende taxones del órden Decapoda abarcando 3 familias. De los 118 taxones de esta clase 114 corresponden especies y 4 a subespecies.

Family  Palaemonidae,  Pseudothelphusidae,  Trichodactylidae

Existen adicionalmente 12 taxones de las clases Elasmobranchii, Chondrichthyes y Sarcopterygii. Comprenden 2 órdenes y 2 familias.

Family  Lepidosirenidae,  Potamotrygonidae

Clase Insecta: comprende taxones de 3 órdenes, abarcando 3 familias. Los 3 taxones de esta clase corresponden a especie.

Family  Fulgoridae,  Curculionidae,  Noctuidae

Clase Bivalvia: comprende taxones de 3 órdenes, abarcando 5 familias. Los 16 taxones de esta clase corresponden a especie.

Family  Etheriidae,  Arcidae,  Mycetopodidae,  Hyriidae,  Cyrenidae

Couverture temporelle

Date de début 2015-10-28

Données sur le projet

Pas de description disponible

Titre Convenio No. 13-014 entre el Fondo de Adaptación y Instituto Humboldt
Financement El Fondo de Adaptación creado a partir del Decreto 4819 del 29 de diciembre de 2010, cuyo objeto es la recuperación, construcción y reconstrucción de las zonas afectadas por el fenómeno de La Niña con personería jurídica, autonomía presupuestal y Financiera adscrito al Ministerio de Hacienda y Crédito Público.
Description du design Aunar esfuerzos económicos, técnicos y administrativos entre el Fondo de Adaptación y el Instituto Humboldt para elaborar los insumos técnicos y una recomendación para la delimitación, por parte del Ministerio de Medio Ambiente de los ecosistemas estratégicos priorizados (páramos y humedales) en el marco del convenio No. 008 de 2012 (cuencas hidrográficas afectadas por el Fenómeno de la Niña 2010-2011).

Les personnes impliquées dans le projet:

Brigitte L.G Baptiste Ballera

Méthodes d'échantillonnage

1) SELECCIÓN DE FUENTES DE INFORMACIÓN Páginas web de acceso libre y herramientas libres en línea o de escritorio. 2) DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC Se establece a partir de la información requerida y obtenida de las fuentes para construir la lista asociada de especies. Se definen de acuerdo al estándar Darwin Core para publicación de datos biológicos. 3) RECUPERACIÓN DE INFORMACIÓN Captura, extracción y descarga de datos. La extracción de datos en el caso de las colecciones en línea del ICN se realiza con la herramienta import.io, la cual permite recuperar los datos a partir de una página web y plasmarla en un formato a manera de tabla u hoja de cálculo como en MS Excel. 4) ESTRUCTURACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Este estándar nos permitirá consolidar la información a través de los elementos Darwin Core de manera ordenada y estructurada. Se empleará MS Excel para consolidar, filtrar y editar la información a ajustarse en el estándar DwC, al igual que la herramienta Open refine. Esta última permite editar los datos almacenados en tablas de manera sencilla ofreciendo filtrar y corregir errores e inconsistencias en ellos de manera más rápida y en algunos casos más efectiva que MS Excel. Estas dos últimas herramientas mencionadas son fundamentales y complementarias a lo largo de todo el proceso de estructuración y validación de la información. 5) VALIDACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Ajuste de inconsistencias, espacios, corrección de ortografía, validación de taxonomía y nombres científicos, validación de división político administrativa, entre otros. Se emplea MS Excel, Open Refine y páginas web para verificar la taxonomía de las especies y generar igualmente las categorías de los taxa. 6) CONSOLIDACIÓN DE LA INFORMACIÓN Al almacenar, estructurar y validar toda la información proveniente de distintas fuentes de datos se genera un archivo consolidado que será el que se almacene finalmente en este recurso. 7) ACTUALIZACIÓN DEL RECURSO Se espera que este recurso sea actualizado periódicamente, contrastando la lista existente con los nuevos registros que se encuentren a través de los distintos recursos de información biológica para Colombia. 8) PERSPECTIVAS A largo plazo se busca vincular a autoridades taxonómicas en el país que den cuenta de la validez en los datos sobre las especies documentadas en esta lista para que los datos de cada taxa cuenten con mayor soporte científico.

Etendue de l'étude El área que intenta abarcar este recurso incluye nombres de taxa asociados a los humedales de Colombia que alberguen o contengan localidades con información relacionada a este ecosistema o ambiente.
Contrôle qualité Las herramientas usadas para la realización de los pasos metodológicos y la depuración de los datos se listan a continuación: 1- Software: Open Refine (https://code.google.com/p/google-refine), 2- Microsoft Excel 3- Import.io (http://import.io/) 4- Portales Web: a) DIVIPOLA DANE (http://190.25.231.237/dvpbuscar/dvpbuscar.html) . b) Servicios de reconciliación a través de OpenRefine: EOL (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_eol.php), NCBI taxonomy (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_ncbi.php), uBio FindIT (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_ubio.php).WORMS (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_worms.php), GBIF (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_gbif.php). c) Servicio de Resolución taxonómica LSID del SiB Colombia (basado en el listado de especies de Catalogue of Life, 2012) d) iPlant e) Plant List f) IPNI g) Encyclopedia of Life h) Catalogue of Life

Description des étapes de la méthode:

  1. 1) SELECCIÓN DE FUENTES DE INFORMACIÓN La selección de fuentes de información se estableció teniendo en cuenta que fueran recursos confiables, que permitieran recuperar la mayor cantidad de información referente a estos datos y que fueran datos de acceso libre. En este sentido los recursos seleccionados fueron: (a) Colecciones en línea del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia. En línea: http://www.biovirtual.unal.edu.co/ICN/ (b) IPT del Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics, University of Amsterdam. En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/ (c) Portal de datos del SiB-Colombia. En línea: http://data.sibcolombia.net/busqueda/ (consulta espacial) (d) Datos provenientes de los IPT's alojados en el SiB-Colombia (búsqueda interna en el sistema)
  2. 2) DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC Se establece que los elementos DwC que debe presentar cada especie son: taxonID: Identificador único para el conjunto de información nomenclatural y taxonómica scientificName: El nombre del taxón (con información de autoría y fecha si aplica). kingdom: El nombre científico completo del reino al que pertenece el taxón. phylum: El nombre científico completo del filo o división al que pertenece el taxón. class: El nombre científico completo de la clase al que pertenece el taxón. order: El nombre científico completo del orden al que pertenece el taxón. family: El nombre científico completo de la familia al que pertenece el taxón. genus: El nombre científico completo del género al que pertenece el taxón. specificEpithet: El nombre del epíteto específico de Nombre científico. infraspecificEpithet: El nombre con la categoría de taxón más baja o más especifica por debajo del epíteto específico (parte terminal del nombre), excluyendo cualquier otra denominación de categoría. taxonRank: La clasificación taxonómica del nombre más específico en el Nombre científico. Se recomienda el uso del vocabulario controlado Categoría del Taxón scientificNameAuthorship: La información de autoría del Nombre científico formateado de acuerdo a las convenciones del Código nomenclatural aplicable. taxonomicStatus: Estado taxonómico del taxón. taxonRemarks: Comentarios o notas sobre el taxón o nombre. datasetID:Un identificador para el conjunto de datos del cual se derivó el taxón. datasetName: El nombre que identifica el conjunto de datos del cual se derivó el taxón. countryCode: El código estándar para el país de la ubicación. stateProvince: El nombre de la siguiente región administrativa de menor jerarquía que país. county: El nombre completo, sin abreviar de la siguiente región administrativa de menor jerarquía que departamento. locationID: Un identificador para la ubicación. locality: La descripción específica del lugar que no abarca el área geográfica definida en los otros campos de ubicación. verbatimLocality: La descripción textual original (como fue tomada) del lugar. minimumElevationInMeters: El límite inferior del rango de elevación (altitud) de la ubicación. maximumElevationInMeters: El límite superior del rango de elevación (altitud) de la ubicación. locationID: Un identificador para el área en la que se documentó el taxón (los datos asociados a Ubicación) locality: El nombre del departamento seguido del municipio por un guión bajo.
  3. 3) RECUPERACIÓN DE INFORMACIÓN La recuperación de datos a través de estos recursos se realiza de manera particular dependiendo la complejidad para extraer la información alojada de cada uno. En ocasiones se emplean los mismos métodos y por lo tanto los que se puedan escalar a diferentes recursos solo se explicaran una vez.
  4. 3-a) Colecciones en línea del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia 1. Buscar en http://www.biovirtual.unal.edu.co/ICN/ 2. Filtrar según categoría taxonómica Aves, Anfibios, Herbario, Invertebrados, Mamíferos, Peces y Reptiles. De aquí en adelante se realizaran los mismos pasos para cada una de las categorías taxonómicas. 3. Ir a Búsqueda avanzada y en la caja de búsqueda de Localidad poner la palabra clave “humedal” (en este caso se omite la tilde). Finalmente dar clic en Buscar 4. Dependiendo el grupo taxonómico y la palabra ingresada en Localidad van a aparecer un número X de registros de especies que se encuentran asociadas a este tipo de localidades (pueden aparecer pocos, muchos o ninguno, esto depende de la cantidad de información recopilada en esta página). Cada resultado se muestra en una ventana emergente nueva. 5. Dicha ventana emergente presenta una dirección web en la parte superior que será la que empleamos para extraer la información con la herramienta Import-io. Import-io 1. Empleamos la opción Crawler en la cual se pueden obtener datos a partir de múltiples páginas similares dentro del mismo website. 2. Copiamos la URL obtenida de la búsqueda realizada en la página web del ICN y damos inicio a la extracción de información a través de la opción Crawler. 3. Continuamos dando clic en “I’m there” y luego en “Detect optimal settings” 4. La herramienta selecciona automáticamente el área de la página web donde se encuentran almacenados los datos, si estamos de acuerdo con que el área resaltada corresponde al lugar de donde deseamos extraer los datos damos clic en “yes”. 5. Seleccionamos la opción “Multiple” 6. El puntero del mouse, sobre la página web toma forma de cruz para que en este caso seleccionemos uno de los registros de donde queremos extraer información. 7. Luego de seleccionar la primera región del registro de la página web damos clic en “Train rows”, luego seleccionamos el segundo registro (consecutivo al anterior) y damos nuevamente clic en “Train rows”. 8. Damos clic en “I’ve got all 10 rows!” (en este caso selecciona 10 filas porque es la cantidad de registros que por defecto arroja el sitio del ICN por página). 9. Luego clic en “+ Add column” y pongo un nombre para el encabezado de la columna que va a quedar con la información (en este caso la dejo como tipo texto). 10. Nuevamente se selecciona la primera región del registro de la página web y se da clic en “Train”. La herramienta determina y fija el área de donde va a extraer la información de ahí en adelante. 11. Clic en “I’ve got what I need!” para finalizar la extracción de información de esta página (la número 1). 12. Para continuar con la extracción y que la herramienta realice este procedimiento automáticamente doy clic en “Add another page”, me dirijo a la página 2 y doy clic en “I´m there”. 13. Se realiza el procedimiento de extracción hasta la página 5, de ahí en adelante el programa automatiza la extracción hasta el registro número 1000 aproximadamente. Debido a lo anterior cuando los resultados superan los 1000 registros se debe tener en cuenta la última página de la que se realizó la extracción para iniciar la siguiente búsqueda a partir de dicha página. 14. Para automatizar la extracción se selecciona “I’m done training” y luego “Upload to import io”. Allí se escribe el nombre que queramos para el archivo “crawler” que se almacenará en Import io. Y luego “Run crawler” 15. Allí nos abre la tabla con el nombre que creamos y le damos “Go” para que comience a extraer la información en la tabla creada. Este proceso puede tardar varios minutos de acuerdo a la cantidad de registros. 16. En el menú superior de la tabla vemos el tiempo estimado de ejecución de la herramienta, cantidad de páginas por hora, cantidad de filas que se van extrayendo, etc. En cualquier momento se puede detener la extracción con el botón “Stop”. 17. Luego de finalizada la extracción de información en la tabla damos clic en “Upload data” y se abre finalmente la tabla con los registro extraídos. Esta tabla se visualiza dentro del software de escritorio de import io. 18. Para extraer la información de import io en el menú superior de la tabla aparece “Download” y aparecen 4 opciones de descarga entre ellas Excel, que será la que seleccionamos. 19. Seleccionar el lugar dentro del equipo para guardar el archivo, asignar nombre y dar clic en “Guardar”. 20. La tabla en Excel guardada desde import io presenta siete columnas (Input, Result Number, Widget, Data Origin, Result Row, Source Page URL y la <columna extraída>), la última de ellas contiene nuestra información de interés. Se sugiere así tomar solo esta columna y pegarla en otro documento nuevo de Excel para trabajar solo con los datos de interés. Si la información extraída solo constituye una parte de la totalidad de registros del taxón seleccionado se recomienda realizar primero todo este proceso de extracción hasta llegar al último registro y consolidar todos los registros en el nuevo archivo Excel mencionado anteriormente.
  5. 3-b) Esta información se obtiene a partir de todos los IPT’s alojados en el portal del SiB-Colombia. 1. Se realizó una solicitud al grupo de Infraestructura Informática del SiB – Colombia para obtener todos los registros albergados en los IPT’s asociados a humedales. 2. El grupo de Infraestructura Informática del SiB – Colombia realiza una consulta SQL a través de la base de datos completa de registros buscando la palabra “humedal” en el campo Localidad de todos los registros almacenados. 3. Los registros resultantes de esta búsqueda se entregan al equipo de Interoperabilidad en una base de datos en Excel que presenta un total de 39364 registros y contiene todos los campos necesarios para esta lista (ver DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC). Adicionalmente se solicita incluir 2 columnas adicionales el origen de la información obtenida (IPT donde se encuentra alojada la información) y el registro GBIF de la entidad que aporta los datos, con el fin de dar el crédito correspondiente como proveedores de información. En total 21 campos que permitirán estructurar, filtrar y validar la información obtenida.
  6. 4) ESTRUCTURACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Teniendo claros los elementos que se deben extraer de los datos recopilados de las distintas fuentes de información se realiza la estructuración de los datos. Dicha estructuración requiere bastante trabajo teniendo en cuenta los múltiples recursos y formatos en los que se recopila la información pero a grandes rasgos se lleva a cabo de la siguiente manera: 1. Lo primero para realizar la limpieza de datos es eliminar en Excel los registros duplicados que generarían redundancia de información. 2. Se carga la base de datos resultante del paso anterior en Open refine. 3. A partir de la columna de nombre científico se crea la columna scientificName con el comando “cell.cross("IPT_SiB","scientificNameID").cells["scientificNameID"].value[0]” con el cual se realizará una verificación de la existencia de la especie en el IPT de la lista de especies humedales de Colombia. Esto permitirá mantener actualizada la lista y comprobar que la especie a incluir no se encuentre ya reportada previamente en este IPT. 4. Se realiza un Facet by Blank en “scientificName” para filtrar las celdas en las que el nombre se encuentra mal escrito o no se encuentra en el IPT de la lista de especies de humedales de Colombia. 5. Se deja la columna original del nombre científico con los nombres que no se encontraron en la lista de especies humedales de Colombia. 6. Teniendo esta lista de nombres se genera una nueva columna y se separa el género del epíteto específico (por medio del espacio en blanco, empleando la función “Split into several columns”) para poder filtrar y eliminar los nombres que solo presentan género y dejar los registros que están identificados hasta especie, que son los de nuestro interés. 7. Se filtran y eliminan los registros que se reportan en otros países (columna Country) para dejar solo los correspondientes a Colombia, se verifica en la columna Localidad que los registros eliminados efectivamente correspondan a humedales fuera de Colombia 8. Se realiza una limpieza de datos en la columna Localidad a través del Text filter y de la herramienta de Cluster con el fin de solo dejar el nombre del Humedal (p ej. “Humedal Jaboque”) al que se asocia la especie y eliminar la información más específica de localidad como ubicación dentro del humedal, nombre de la vereda o información redundante del Municipio o Departamento (p ej. “0.5 Km al oeste de la Laguna San Pedro, Humedal Jaboque”). También se eliminan los registros que se filtraron debido a que simplemente presentan la palabra “humedal” pero que en realidad no dan cuenta de la asociación de la especie con un hábitat de humedal (p ej. “Finca El Humedal” “Vereda el Humedal”). Igualmente se unifican inconsistencias como “Humedal Juan Amaríllo”, “Humedal Juan Amarillo”, “humedal Juan amarillo”, etc. 9. Se exportan los datos a un archivo de texto separado por tabulaciones y luego se importan en Excel.
  7. 5) VALIDACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Ajuste de inconsistencias, corrección de ortografía, validación de taxonomía y nombres científicos, validación de división político administrativa, entre otros. Se emplea MS Excel, Open Refine y páginas web para verificar la taxonomía de las especies y generar igualmente las categorías de los taxa. Esto último se realiza con el Servicio de Resolución taxonómica LSID del SiB Colombia (basado en el listado de especies de Catalogue of Life, 2012), iPlant, Plant List, IPNI, Encyclopedia of Life, Catalogue of Life y en algunos casos el buscador de Google. La validación de Departamento, Municipio y los códigos correspondientes se definen a partir de la página de la División Político Administrativa de Colombia del DANE - Divipola y del listado de Códificación de Municipios y Centros Poblados 2014 Almacenado en MS Excel.
  8. 6) CONSOLIDACIÓN DE LA INFORMACIÓN Al almacenar, estructurar y validar toda la información proveniente de distintas fuentes de datos se genera un archivo consolidado que será el que se almacene finalmente en este recurso. Este archivo en MS Excel contendrá todos los datos con los elementos definidos para esta lista (ver DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC).
  9. 7) ACTUALIZACIÓN DEL RECURSO Se espera que este recurso sea actualizado periódicamente, contrastando la lista existente con los nuevos registros que se encuentren a través de los distintos recursos de información biológica para Colombia. Los datos de este recurso fueron actualizados por última vez el 28/10/2015.
  10. 8) PERSPECTIVAS A largo plazo se busca vincular a autoridades taxonómicas en el país que den cuenta de la validez en los datos sobre las especies documentadas en esta lista para que los datos de cada taxa cuenten con mayor soporte científico.

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  51. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo pollen reference collection. 1719 registros, aportados por: Hooghiemstra, H (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Lyaruu, A. (Proveedor de metadatos, Procesador), Hof, C. (Editor), Cleef A.M. (Publicador), Philip A.L. (Procesador). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-pol-refcol Versión 10 [actualizado el 19/08/2013]
  52. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo Vegetation Research, Bordoncillo - Nariño, Colombia. 51 registros, aportados por: Rangel-Ch., O., Ariza N. C. (Proveedores de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-bordoncillo Versión 9 [actualizado el 16/12/2013]
  53. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo vegetation research, Central Andean Cordillera - Colombia. 6947 registros, aportados por: Sturm H., O. Rangel., Pels, B., Salamanca, S., Duque, A. (Proveedores de contenido); Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-cac Versión 7 [actualizado el 16/12/2013]
  54. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo Vegetation Research, Chingaza - Cruz Verde - Monserrate -Guasca, Colombia. 13949 registros, aportados por: Rangel-Ch., O., Ariza N. C. (Proveedores de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-csb Versión 7 [actualizado el 16/12/2013]
  55. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo Vegetation Research, National Natural Park El Cocuy, Colombia. 2147 registros, aportados por: Sturm H., O. Rangel (Proveedores de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-cocuy Versión 10 [actualizado el 16/12/2013]
  56. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo Vegetation Research, Paramo "El Almorzadero", Colombia. 314 registros, aportados por: Cleef, A. (Proveedor de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-almorzadero Versión 10 [actualizado el 16/12/2013]
  57. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo Vegetation Research, paramo in the Sabana de Bogota area, Colombia. 90 registros, aportados por: Cleef, A. (Proveedor de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-sb Versión 7 [actualizado el 16/12/2013]
  58. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo Vegetation Research, Paramos "Guantiva -La Rusia", Colombia. 75 registros, aportados por: Cleef, A. (Proveedor de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-bg Versión 12 [actualizado el 16/12/2013]
  59. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo Vegetation Research, Rabanal, Guerrero and Villa de Leyva paramo complex, Colombia. 7868 registros, aportados por: Cleef, A. (Proveedor de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-rgv Versión 9 [actualizado el 16/12/2013]
  60. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo vegetation research, Santa Marta and Perijá, Colombia. 1506 registros, aportados por: Cleef, A.M., O. Rangel-Ch. (Proveedores de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En Línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-smr-perija Versión 6 [actualizado el 16/12/2013]
  61. Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) (2013). University of Amsterdam (NL) - Páramo Vegetation Research, Sumapaz-Bocagrande-Chisaca paramo complex, Colombia. 4494 registros, aportados por: Sturm H., O. Rangel. (Proveedores de contenido), Cleef A.M. (Contacto del recurso, Creador del Recurso), Reyes, P. (Proveedor de metadatos), Hof, C. (Editor). En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/resource.do?r=paramo-veg-sumapaz Versión 7 [actualizado el 16/12/2013]

Métadonnées additionnelles

Identifiants alternatifs doi:10.15472/6kpxyu
39043215-39ea-4396-bf2a-b5e5dd69e952
http://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=fa_hum