Descripción
La Pontificia Universidad Javeriana cuenta con una colección de microorganismos de interés clínico, biotecnológico, industrial y ambiental, que nace de la necesidad de implementar métodos de conservación a largo plazo que permiten garantizar la viabilidad, pureza y estabilidad de bacterias, arqueas, hongos y levaduras provenientes de proyectos de investigación y docencia. La colección desde el 2003 se encuentra registrada en el Registro Nacional de Colecciones de Cultivo (RNC) del Instituto Alexander Von Humboldt. En 2004, ingreso a la World Federation for Culture Collections (WFCC), y desde la fecha reporta sus especímenes en la base de datos en esta organización siendo la única colección en el país que cuenta con este registro internacional, el cual cada dos años se renueva.
La CMPUJ cuenta con 851 especímenes depositados en la colección y dados de baja, de estos, 154 corresponden a hongos filamentosos y levaduriformes, 675 a bacterias y 10 archaeas, recolectados en 12 departamentos del territorio Colombiano durante los años 2000 al 2023. Adicionalmente, presta servicios de identificación bioquímica de bacterias, levaduras, identificación fenotípica de hongos filamentosos, liofilización de microorganismos, depósitos públicos y restringidos, transferencia de microorganismos con fines de docencia e investigación y consultorías teóricas y prácticas; cada uno con un costo asociado dependiendo del tipo de microorganismo, insumos y reactivos y tiempo de ejecución.
Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 851 registros.
también existen 4 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.
- Occurrence (core)
- ExtendedMeasurementOrFact
- Preservation
- Loan
- Multimedia
Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.
Descargas
Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:
Versiones
La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.
¿Cómo referenciar?
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Alvarado Fernández A M, Rodríguez Gómez E R, Palacios Calderón L M, Trespalacios Rangel A A, Ballesteros Ballesteros J A (2024): Colección de Microorganismos-Pontificia Universidad Javeriana. v1.9. Pontificia Universidad Javeriana. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/ppbz1y
Derechos
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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Pontificia Universidad Javeriana. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
Registro GBIF
Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 9f99a46b-d812-45a2-b51a-3f48f65357b5. Pontificia Universidad Javeriana publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Colombian Biodiversity Information System.
Palabras clave
Microorganismos; Bacterias; Hongos filamentosos; Levaduras; Archaeas; Specimen; Occurrence
Contactos
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¿Quién documentó los metadatos?:
Cobertura geográfica
Los datos registrados abarcan todo el territorio colombiano, incluyendo 12 departamentos como: Cundinamarca, Boyacá, Antioquia, entre otros; provenientes de diferentes fuentes de aislamiento. Adicionalmente, cuenta con registros provenientes de Argentina, Estados Unidos y Francia.
| Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [2,93, -76,29], Latitud Máxima Longitud Máxima [6,179, -72,606] |
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Cobertura taxonómica
Actualmente, la colección tiene 593 especímenes, de los cuales hay 48 géneros, 44 especies y 1 variedad de hongos, 88 géneros 157 especies y 3 subespecies de bacterias y 5 especies de arqueas; con diferentes características, como: las nitrificantes, productoras de enzimas, de ambientes extremos, con condiciones anaerobias, con diferentes perfiles de susceptibilidad, entre otros. Adicionalmente, se documenta el historial de microorganismos que han estado en la colección y actualmente están dados de baja, teniendo 15 géneros de hongos, 65 géneros de bacterias y 4 géneros de arqueas.
| Filo | Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Bacteroidetes, Synergistetes, Thermotogae, Deinococcus-thermus, Ascomycota, Basidiomycota, Zygomycota |
|---|---|
| Class | Halobacteria, Methanomicrobia, Methanobacteria, Thermoplasmata |
Cobertura temporal
| Fecha Inicial / Fecha Final | 2000-03-02 / 2023-09-19 |
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Métodos de muestreo
La colección de microorganismos de la Pontificia Universidad Javeriana (CMPUJ), agrupa múltiples muestreos, en los cuales podemos encontrar, muestreos sobre humanos, suelo, nematodos, plantas, entre otros.
| Área de Estudio | El área de estudio abarca todo el territorio colombiano. |
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Descripción de la metodología paso a paso:
- A continuación, se detalla el procedimiento para el depósito de microorganismos en la Colección de Microorganismos de la Pontificia Universidad Javeriana (CMPUJ): 1. Solicitud de depósito al correo de las encargadas de la colección
- Solicitud y revisión de documentación solicitada (Carta formal solicitando el servicio de depósito, copia del permiso de colecta (obligatorio) y del permiso de acceso a recursos genéticos (si aplica), copia de reporte “relación de material recolectado” realizado frente a al ANLA, copia del certificado de la publicación de los datos en el Sistema de Información de Biodiversidad – SiB, plantilla DarwinCore diligenciada como se envió al SiB, formulario de depósito para el ingreso de las cepas a la colección, información asociada al microorganismo (descripciones, fotos si se tienen, secuencias, bioquímicas, etc).
- Recepción del cultivo (2 cajas con medio de cultivo óptimo para el microorganismo y 3 viales con el método de conservación utilizado por el depositante) y asignación de un código CMPUJ por parte de la colección.
- Revisión y autenticación del cultivo microbiano (evaluación de pureza y viabilidad) contrastando los resultados con el cultivo de caja y la información que envió el depositante.
- Selección del método de conservación más adecuado para el microorganismo.
- Elaboración de bancos, en donde se enviarán copias al depositante para su verificación junto con el formato respectivo.
- Depósito en la colección, en donde se emite un certificado de depósito de la CMPUJ para los microrganismos una vez estén conservados.
- Seguimiento de la pureza y viabilidad, monitoreados a los 3 meses, 6 meses, 12 meses, y de ahí en adelante anualmente hasta llegar a los años estipulados según la modalidad del depósito.
Datos de la colección
| Nombre de la Colección | Colección de Microorganismos de la Pontifica Universidad Javeriana |
|---|---|
| Identificador de la Colección | Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 148 |
| Identificador de la Colección Parental | CMPUJ |
| Nombre de la Colección | Colección de Microorganismos de la Pontifica Universidad Javeriana |
|---|---|
| Identificador de la Colección | https://www.gbif.org/grscicoll/collection/15d34b06-81d4-4c94-9f4d-6cfe39490817 |
| Identificador de la Colección Parental | CMPUJ |
| Métodos de preservación de los ejemplares | Refrigerado, Liofilizado, Congelado |
|---|
Metadatos adicionales
| Propósito | Compartir información relacionada con los microorganismos depositados en la colección, los cuales representan una parte de la biodiversidad de Colombia. Por otro lado, informar que microorganismos existen en la colección para entablar futuros convenios. |
|---|---|
| Descripción de mantenimiento | Cada vez que se requiera ya que esta relacionado con la cantidad de microorganismos que ingresen a la colección. |
| Identificadores alternativos | 10.15472/ppbz1y |
| 9f99a46b-d812-45a2-b51a-3f48f65357b5 | |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=cmpuj |