説明
Este trabajo es una continuación de los estudios realizados por el Centro Gebix sobre la diversidad microbiana del país. En el presente proyecto, el esfuerzo se enfocó en ambientes endémicos del país con miras a aislar, valorar y conservar microorganismos y a fortalecer la colección de microorganismos de la Universidad Javeriana. La recuperación y preservación de ejemplares pertenecientes a diversos grupos taxonómicos microbianos, en particular aquellos con pocos representantes cultivados, permite realizar estudios sobre su fisiología y el papel de sus genes, proteínas y vías metabólicas. Esta información resulta valiosa para entender el papel ecológico y descubrir posibles aplicaciones. Algunos de los grupos más promisorios en cuanto a diversidad biológica y metabólica y de los cuales aún queda mucho por entender, son los hongos, las actinobacterias y los microorganismos que habitan ambientes únicos y / o extremos.
Una parte del estudio incluyó el aislamiento de microorganismos a partir de muestras de líquenes con el fin de conocer su diversidad en estas estructuras simbióticas. En este trabajo se obtuvieron muestras de líquenes en el PNN Chingaza, las cuales se sembraron en diversos medios de cultivo para recuperar microorganismos, particularmente aquellos pertenecientes al filum Actinobacteria que son conocidos como productores de metabolitos secundarios. Los diversos aislamientos obtenidos se estudiaron haciendo confrontación con otros microorganismos para identificar actividad antimicrobiana. También se les hizo identificación taxonómica por secuenciación parcial del gen 16S rRNA y asignación mediante comparación con la base de datos del NCBI. Algunos de estos aislamientos se conservaron por a su afiliación taxonómica o como recurso para estudios futuros debido a su potencial metabólico.
データ レコード
この オカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、22 レコードが含まれています。
この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。
ダウンロード
DwC-A形式のリソース データまたは EML / RTF 形式のリソース メタデータの最新バージョンをダウンロード：
バージョン
次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。
引用方法
研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:
Zambrano M M, Sierra M A (2020): Bacterias aisladas de líquenes en el Parque Nacional Natural Chingaza. v1.4. Corporación CorpoGen. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/vwolz3
権利
研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:
パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Corporación CorpoGen。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
GBIF登録
このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: e158f18a-50b3-498b-8885-39a4d8193705が割り当てられています。 Colombian Biodiversity Information System によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているCorporación CorpoGen が、このリソースをパブリッシュしました。
キーワード
Diversidad bacteriana; Líquenes; Actividad antimicrobiana; COLOMBIA_BIO; Occurrence; Specimen
外部データ
リソース データは他の形式で入手可能です。
| 484_bacteriaschingaza_20190806 | https://ipt.biodiversidad.co/cr-sib/resource.do?r=1484_bacteriaschingaza_20190806 UTF-8 DWC-A 1 |
|---|
連絡先
リソースを作成した人:
リソースに関する質問に答えることができる人:
メタデータを記載した人:
他に、リソースに関連付けられていた人:
地理的範囲
Se recolectaron líquenes de diferentes tipos de sustratos, cortícolas (madera), saxícolas (rocas) y terrícolas (tierra) en diferentes áreas dentro del Parque Nacional Natural Chingaza.
| 座標（緯度経度） | 南 西 [4.478, -73.834], 北 東 [4.735, -73.661] |
|---|
生物分類学的範囲
Este recurso comprende 22 bacterias, todas aisladas hasta nivel de género. Hay un total de 12 géneros siendo el más abundante Streptomyces con 9 registros.
| Order | Corynebacteriales, Corynebacteriales, Micrococcales, Pseudomonadales, Pseudonocardiales, Rhizobiales, Streptomycetales, Streptosporangiales, Xanthomonadales |
|---|
時間的範囲
| 開始日 | 2018-03-05 |
|---|
プロジェクトデータ
Este proyecto conjunto entre Corpogen, la Pontificia Universidad Javeriana y la Universidad de los Andes identificó microorganismos mediante cultivo de muestras de aguas, suelos y líquenes para fomentar el conocimiento y consolidar la conservación de nuestra diversidad microbiana. Para esto se realizó lo siguiente: 1) se hicieron mustreos en diversos ambientes, como páramos y agunas manantiales termales y salinas; 2) se recuperaron grupos de microorganismos poco representados en las colecciones de las instituciones participantes y que resultan de interés por su potencial ecológico, biotecnológico y diversidad funcional, con un enfoque hacia recuperación de hongos, actinobacterias y microorganismos halotolerantes, halófilos y termófilos; 3) se caracterizó la diversidad microbiana mediante ensayos fenotípicos y secuenciación metagenómica y genómica de algunos aislamientos; y 4) se depositan los microorganismos aislados en las colecciones biológicas, con el interés particular de consolidar la colección de la Universidad Javeriana.
| タイトル | Identificación, valoración y conservación de diversidad microbiana de ambientes extremos y endémicos seleccionados de Colombia |
|---|---|
| ファンデイング | Colciencias, las entidades participantes (Corpogen, la Pontificia Universidad Javeriana y Universidad de los Andes) |
| Study Area Description | Se recolectaron muestras en manantiales en Boyacá y en los Parques Nacionales Naturales Chingaza y los Nevados. Las muestras se procesaron en Bogotá. |
| 研究の意図、目的、背景など（デザイン） | La motivación del trabajo es contribuir al conocimiento básico sobre diversidad microbiana en el país, como complemento a las expediciones biológicas enmarcadas dentro del trabajo de Colombia Bio. En el país aun se desconoce mucho sobre la diversidad microbiana y su potencial como fuente de posibles nuevos productos y procesos biológicos. Este trabajo se construye sobre fortalezas de los grupos de investigación participantes para identificar y conservar grupos microbianos de interés por su novedad biológica y su poca representatividad en colecciones biológicas del país: hongos, actinobacterias y microorganismos halotolerantes, halófilos y termófilos Los objetivos del proyecto son: 1. Aislar microorganismos de ambientes extremos y endémicos seleccionados, poco representados en colecciones biológicas a nivel nacional, aplicando diferentes metodologías. 2. Caracterizar la biodiversidad microbiana de ambientes extremos y endémicos seleccionados 3. Consolidar la colección de microorganismos de la Pontificia Universidad Javeriana como la colección de referencia en Colombia de microorganismos aislados de ambientes extremos en un esfuerzo colaborativo interinstitucional e internacional. |
プロジェクトに携わる要員:
収集方法
Las muestras se recolectaron con pinzas estériles y se depositaron en bolsas plásticas ziploc. Los líquenes adheridos a roca fueron recuperados con una espátula estéril y depositados en un tubo Eppendorf de 1.5mL estéril. Las muestras se transportaron a temperatura ambiente hasta el laboratorio de CorpoGen y fueron procesadas dentro de las siguientes 48 horas.
| Study Extent | Parque Nacional Natural Chingaza. Se hizo muestreo puntual en marzo 2018. |
|---|
Method step description:
- Se lavó cada liquen brevemente con agua destilada estéril. En tubos Falcon de 50mL se cubrió la muestra con agua destilada hasta cubrir y se fragmentó el liquen con perlas de vidrio de 4mm usando un vortex. Se sembraron 100mL de diluciones seriadas en los medios de cultivo: Actinomycete Isolation Agar (AIA), International Streptomyces Project medium-2 (ISP2), complementados con Nistatina (150mg/L) y ácido nalidíxico (50mg/L); Gause Agar (G) y Gause Oligotrófico (GO) (Wang et al., 2014), complementados con Dicromato de potasio (80mg/L). Las muestras se incubaron a temperatura ambiente hasta obtener colonias visibles, se purificaron en el mismo medio y se preservaron a -80ºC con 30% v/v de glicerol.
- Se extrajo el ADN de los aislamientos usando fenol cloroformo, con algunas modificaciones (Wilson, 2001) que se usó para amplificar el gen 16S rRNA con los iniciadores 27F 5’ -AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’ y 1492R 5’-ACGGTTACCTTGTTACGACTT-3’ (Lane, 1991; Hayashi et al.,2002). Las secuencias obtenidas se analizaron frente a la base de datos del NCBI para identificación taxonómica.
- Se analizó la actividad antimicrobiana usando doble capa de agar (Hockett & Baltrus, 2017), contra siete patógenos: cinco bacterias Gram-negativas Salmonella enterica, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Staphylococcus aureus y la levadura Candida albicans. Los cultivos se incubaron a 37ºC durante 24 horas. Las bacterias que presentaron un halo de inhibición se consideraron como productoras de compuestos antimicrobianos.
コレクションデータ
| コレクション名 | Cepario Corpogen |
|---|---|
| コレクション識別子 | Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 140 |
| Parent Collection Identifier | CG |
| 標本保存方法 | Deep frozen |
|---|
書誌情報の引用
- Hockett, K. L. & Baltrus, D. A. (2017). Use of the soft-agar overlay technique to screen for bacterially produced inhibitory compounds. Journal of visualized experiments: J. Vis. Exp. 119:e55064. doi: 10.3791/55064
- Hayashi, H., Sakamoto, M., and Benno, Y. (2002). Phylogenetic analysis of the human gut microbiota using 16S rDNA clone libraries and strictly anaerobic culture-based methods. Microbiol. Immunol. 46, 535–548. doi: 10.1111/j.1348-0421.2002.tb02731.x
- Lane, D. (1991). “16S/23S rRNA sequencing,” in Nucleic acid techniques in bacterial systematics, eds E. Stackebrandt and M. Goodfellow (New York, NY: JohnWiley and Sons), 115–175.
- Wang, D.-S., Xue, Q.-H., Ma, Y.-Y., Wei, X.-L., Chen, J., and He, F. (2014). Oligotrophy is helpful for the isolation of bioactive actinomycetes. Indian J. Microbiol. 54, 178–184. doi: 10.1007/s12088-014-0444-1
- Wilson, K. (2001). Preparation of genomic DNA from bacteria. Current protocols in molecular biology, 56(1), 2–4. https://doi.org/10.1002/0471142727.mb0204s56
追加のメタデータ
| 目的 | Estos datos representan microorganismos provenientes de líquenes en el Parque Chingaza que se guardan en la colección de Corpogen por su taxonomía y posible actividad antimicrobiana. |
|---|---|
| 代替識別子 | 10.15472/vwolz3 |
| e158f18a-50b3-498b-8885-39a4d8193705 | |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=cepas_pnnchingaza_corpogen | |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=cepas_pnnchingaza_corpogen |