Description
Este trabajo es una continuación de los estudios realizados por el Centro Gebix sobre la diversidad microbiana del país. En el presente proyecto, el esfuerzo se enfocó en ambientes endémicos del país con miras a aislar, valorar y conservar microorganismos y a fortalecer la colección de microorganismos de la Universidad Javeriana. La recuperación y preservación de ejemplares pertenecientes a diversos grupos taxonómicos microbianos, en particular aquellos con pocos representantes cultivados, permite realizar estudios sobre su fisiología y el papel de sus genes, proteínas y vías metabólicas. Esta información resulta valiosa para entender el papel ecológico y descubrir posibles aplicaciones. Algunos de los grupos más promisorios en cuanto a diversidad biológica y metabólica y de los cuales aún queda mucho por entender, son los hongos, las actinobacterias y los microorganismos que habitan ambientes únicos y / o extremos.
Una parte del estudio incluyó el aislamiento de microorganismos a partir de muestras de líquenes con el fin de conocer su diversidad en estas estructuras simbióticas. En este trabajo se obtuvieron muestras de líquenes en el PNN Chingaza, las cuales se sembraron en diversos medios de cultivo para recuperar microorganismos, particularmente aquellos pertenecientes al filum Actinobacteria que son conocidos como productores de metabolitos secundarios. Los diversos aislamientos obtenidos se estudiaron haciendo confrontación con otros microorganismos para identificar actividad antimicrobiana. También se les hizo identificación taxonómica por secuenciación parcial del gen 16S rRNA y asignación mediante comparación con la base de datos del NCBI. Algunos de estos aislamientos se conservaron por a su afiliación taxonómica o como recurso para estudios futuros debido a su potencial metabólico.
Data Records
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How to cite
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Zambrano M M, Sierra M A (2020): Bacterias aisladas de líquenes en el Parque Nacional Natural Chingaza. v1.4. Corporación CorpoGen. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/vwolz3
Rights
Researchers should respect the following rights statement:
The publisher and rights holder of this work is Corporación CorpoGen. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
GBIF Registration
This resource has been registered with GBIF, and assigned the following GBIF UUID: e158f18a-50b3-498b-8885-39a4d8193705. Corporación CorpoGen publishes this resource, and is itself registered in GBIF as a data publisher endorsed by Colombian Biodiversity Information System.
Keywords
Diversidad bacteriana; Líquenes; Actividad antimicrobiana; COLOMBIA_BIO; Occurrence; Specimen
External data
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| 484_bacteriaschingaza_20190806 | https://ipt.biodiversidad.co/cr-sib/resource.do?r=1484_bacteriaschingaza_20190806 UTF-8 DWC-A 1 |
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Geographic Coverage
Se recolectaron líquenes de diferentes tipos de sustratos, cortícolas (madera), saxícolas (rocas) y terrícolas (tierra) en diferentes áreas dentro del Parque Nacional Natural Chingaza.
| Bounding Coordinates | South West [4.478, -73.834], North East [4.735, -73.661] |
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Taxonomic Coverage
Este recurso comprende 22 bacterias, todas aisladas hasta nivel de género. Hay un total de 12 géneros siendo el más abundante Streptomyces con 9 registros.
| Order | Corynebacteriales, Corynebacteriales, Micrococcales, Pseudomonadales, Pseudonocardiales, Rhizobiales, Streptomycetales, Streptosporangiales, Xanthomonadales |
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Temporal Coverage
| Start Date | 2018-03-05 |
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Project Data
Este proyecto conjunto entre Corpogen, la Pontificia Universidad Javeriana y la Universidad de los Andes identificó microorganismos mediante cultivo de muestras de aguas, suelos y líquenes para fomentar el conocimiento y consolidar la conservación de nuestra diversidad microbiana. Para esto se realizó lo siguiente: 1) se hicieron mustreos en diversos ambientes, como páramos y agunas manantiales termales y salinas; 2) se recuperaron grupos de microorganismos poco representados en las colecciones de las instituciones participantes y que resultan de interés por su potencial ecológico, biotecnológico y diversidad funcional, con un enfoque hacia recuperación de hongos, actinobacterias y microorganismos halotolerantes, halófilos y termófilos; 3) se caracterizó la diversidad microbiana mediante ensayos fenotípicos y secuenciación metagenómica y genómica de algunos aislamientos; y 4) se depositan los microorganismos aislados en las colecciones biológicas, con el interés particular de consolidar la colección de la Universidad Javeriana.
| Title | Identificación, valoración y conservación de diversidad microbiana de ambientes extremos y endémicos seleccionados de Colombia |
|---|---|
| Funding | Colciencias, las entidades participantes (Corpogen, la Pontificia Universidad Javeriana y Universidad de los Andes) |
| Study Area Description | Se recolectaron muestras en manantiales en Boyacá y en los Parques Nacionales Naturales Chingaza y los Nevados. Las muestras se procesaron en Bogotá. |
| Design Description | La motivación del trabajo es contribuir al conocimiento básico sobre diversidad microbiana en el país, como complemento a las expediciones biológicas enmarcadas dentro del trabajo de Colombia Bio. En el país aun se desconoce mucho sobre la diversidad microbiana y su potencial como fuente de posibles nuevos productos y procesos biológicos. Este trabajo se construye sobre fortalezas de los grupos de investigación participantes para identificar y conservar grupos microbianos de interés por su novedad biológica y su poca representatividad en colecciones biológicas del país: hongos, actinobacterias y microorganismos halotolerantes, halófilos y termófilos Los objetivos del proyecto son: 1. Aislar microorganismos de ambientes extremos y endémicos seleccionados, poco representados en colecciones biológicas a nivel nacional, aplicando diferentes metodologías. 2. Caracterizar la biodiversidad microbiana de ambientes extremos y endémicos seleccionados 3. Consolidar la colección de microorganismos de la Pontificia Universidad Javeriana como la colección de referencia en Colombia de microorganismos aislados de ambientes extremos en un esfuerzo colaborativo interinstitucional e internacional. |
The personnel involved in the project:
Sampling Methods
Las muestras se recolectaron con pinzas estériles y se depositaron en bolsas plásticas ziploc. Los líquenes adheridos a roca fueron recuperados con una espátula estéril y depositados en un tubo Eppendorf de 1.5mL estéril. Las muestras se transportaron a temperatura ambiente hasta el laboratorio de CorpoGen y fueron procesadas dentro de las siguientes 48 horas.
| Study Extent | Parque Nacional Natural Chingaza. Se hizo muestreo puntual en marzo 2018. |
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Method step description:
- Se lavó cada liquen brevemente con agua destilada estéril. En tubos Falcon de 50mL se cubrió la muestra con agua destilada hasta cubrir y se fragmentó el liquen con perlas de vidrio de 4mm usando un vortex. Se sembraron 100mL de diluciones seriadas en los medios de cultivo: Actinomycete Isolation Agar (AIA), International Streptomyces Project medium-2 (ISP2), complementados con Nistatina (150mg/L) y ácido nalidíxico (50mg/L); Gause Agar (G) y Gause Oligotrófico (GO) (Wang et al., 2014), complementados con Dicromato de potasio (80mg/L). Las muestras se incubaron a temperatura ambiente hasta obtener colonias visibles, se purificaron en el mismo medio y se preservaron a -80ºC con 30% v/v de glicerol.
- Se extrajo el ADN de los aislamientos usando fenol cloroformo, con algunas modificaciones (Wilson, 2001) que se usó para amplificar el gen 16S rRNA con los iniciadores 27F 5’ -AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’ y 1492R 5’-ACGGTTACCTTGTTACGACTT-3’ (Lane, 1991; Hayashi et al.,2002). Las secuencias obtenidas se analizaron frente a la base de datos del NCBI para identificación taxonómica.
- Se analizó la actividad antimicrobiana usando doble capa de agar (Hockett & Baltrus, 2017), contra siete patógenos: cinco bacterias Gram-negativas Salmonella enterica, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Staphylococcus aureus y la levadura Candida albicans. Los cultivos se incubaron a 37ºC durante 24 horas. Las bacterias que presentaron un halo de inhibición se consideraron como productoras de compuestos antimicrobianos.
Collection Data
| Collection Name | Cepario Corpogen |
|---|---|
| Collection Identifier | Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 140 |
| Parent Collection Identifier | CG |
| Specimen preservation methods | Deep frozen |
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Bibliographic Citations
- Hockett, K. L. & Baltrus, D. A. (2017). Use of the soft-agar overlay technique to screen for bacterially produced inhibitory compounds. Journal of visualized experiments: J. Vis. Exp. 119:e55064. doi: 10.3791/55064
- Hayashi, H., Sakamoto, M., and Benno, Y. (2002). Phylogenetic analysis of the human gut microbiota using 16S rDNA clone libraries and strictly anaerobic culture-based methods. Microbiol. Immunol. 46, 535–548. doi: 10.1111/j.1348-0421.2002.tb02731.x
- Lane, D. (1991). “16S/23S rRNA sequencing,” in Nucleic acid techniques in bacterial systematics, eds E. Stackebrandt and M. Goodfellow (New York, NY: JohnWiley and Sons), 115–175.
- Wang, D.-S., Xue, Q.-H., Ma, Y.-Y., Wei, X.-L., Chen, J., and He, F. (2014). Oligotrophy is helpful for the isolation of bioactive actinomycetes. Indian J. Microbiol. 54, 178–184. doi: 10.1007/s12088-014-0444-1
- Wilson, K. (2001). Preparation of genomic DNA from bacteria. Current protocols in molecular biology, 56(1), 2–4. https://doi.org/10.1002/0471142727.mb0204s56
Additional Metadata
| Purpose | Estos datos representan microorganismos provenientes de líquenes en el Parque Chingaza que se guardan en la colección de Corpogen por su taxonomía y posible actividad antimicrobiana. |
|---|---|
| Alternative Identifiers | 10.15472/vwolz3 |
| e158f18a-50b3-498b-8885-39a4d8193705 | |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=cepas_pnnchingaza_corpogen | |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=cepas_pnnchingaza_corpogen |