説明
Las garrapatas son consideradas, después de los mosquitos, como el segundo grupo de artrópodos de mayor importancia como vectores de microorganismos patógenos en el mundo. Rhipicephalus microplus (Canestrini, 1887) es la principal especie de garrapata que afecta la ganadería bovina causando daños directos e indirectos en países tropicales y subtropicales. La amplia distribución de las garrapatas y su capacidad de alimentarse de un amplio número de hospedadores vertebrados contribuye con su potencial para diseminar patógenos, incluyendo virus, a huéspedes susceptibles. El conocimiento de aspectos biológicos de R. microplus, tales como los hospederos que infesta y su densidad en las diferentes ecorregiones/hospederos son aspectos clave para el diseño de programas de control selectivo e integrado de garrapatas; sin embargo, esta información es escasa y la poca información disponible no es sistemática en el contexto colombiano. En Colombia, la infestación por Rhipicephalus microplus, especie conocida como la garrapata común del bovino, es un problema económico y de salud para los agrosistemas ganaderos. La identificación de los virus presentes en este ectoparásito resulta un aspecto clave hacia el reconocimiento de su potencial como vector biológico. Este estudio buscó en primer lugar determinar índices entomológicos de infestación por garrapatas, en especial de R. microplus, en hospederos domésticos de dos ecorregiones contrastantes del Magdalena Medio antioqueño. En este sentido, se recolectaron especímenes de vacas, carneros, caballos y perros. La frecuencia de infestación en estos hospederos fueron variables en las tres salidas de campo ejecutadas, pero permanecieron sobre el 80% en los animales evaluados. En relación con las especies de garrapatas encontradas, se observó una tendencia, aunque no exclusividad, de algunas especies de garrapatas por su hospedero así: Rhipicephalus microplus sobre el ganado bovino y ovino (carneros), Dermacentor nitens en equinos y Rhipicephalus sanguineus en caninos. En segundo lugar, se utilizaron tecnologías de secuenciación de nueva generación para identificar el viroma de R. microplus de especímenes recolectados de diferentes hospederos domésticos. Para esto, se realizaron extracciones de ARN total, se prepararon las librerías transcriptómicas y se leyeron lecturas pareadas de 100 bases en las plataformas HiSeq 4000 (TruSeq Stranded mRNA-PolyA) y NovaSeq 6000 (rRNA- depleted RNA) de Illumina. Las secuencias con calidad depuradas se ensamblaron de novo y se identificaron los contigs correspondientes a virus mediante búsquedas por homología usando BLASTX y la comparación con una base de datos de referencia. Se identificaron dos virus putativos previamente identificados y detectados en garrapatas en China: WTV-2 (Wuhan tick virus 2) y LITV (Lihan Tick virus); además, un virus cercano al JMTV (Jingmen tick virus), el MGTV (Mogiana tick virus), y un virus desconocido, del grupo de los timovirus, que fue denominado preliminarmente ATV-1 (Antioquia tick virus 1). Estos resultados sugieren a esta especie, como reservorio importante también de virus, y proveen una línea base para profundizar en el estudio de su papel como vector biológico, así como el potencial de patogenicidad de este tipo de virus en los sistemas ganaderos de Antioquia.
データ レコード
この オカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、168 レコードが含まれています。
この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。
ダウンロード
DwC-A形式のリソース データまたは EML / RTF 形式のリソース メタデータの最新バージョンをダウンロード：
バージョン
次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。
引用方法
研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:
Gutierrez Builes L A, Gomez G F, Durango Manrique Y S (2020): Garrapatas duras (Acari: Ixodidae) colectadas en hospederos domésticos del Magdalena Medio Antioqueño. v1.2. Universidad Pontificia Bolivariana. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15472/k7gl1e
権利
研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:
パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Universidad Pontificia Bolivariana。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
GBIF登録
このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 09b33058-0e27-4608-bff3-ac21555614a3が割り当てられています。 Colombian Biodiversity Information System によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているUniversidad Pontificia Bolivariana が、このリソースをパブリッシュしました。
キーワード
Occurrence; Observation; Ticks; Animals; Domestic; Viruses; Livestock; PERMISO_COLECTA
外部データ
リソース データは他の形式で入手可能です。
| Garrapatas duras (Acari: Ixodidae) colectadas en hospederos domésticos del Magdalena Medio Antiqueño | https://ipt.biodiversidad.co/cr-sib/resource.do?r=744_vigilancia_20200220 UTF-8 DWC-A |
|---|
連絡先
リソースを作成した人:
リソースに関する質問に答えることができる人:
メタデータを記載した人:
他に、リソースに関連付けられていた人:
地理的範囲
Delimitación de la Zona de muestreo
| 座標（緯度経度） | 南 西 [6.47, -74.57], 北 東 [6.5, -74.46] |
|---|
生物分類学的範囲
Las larvas de garrapatas colectadas en este estudio fueron identificadas como Ixodidae y las especies de garrapatas adultas fueron Dermacentor nitens, Rhipicephalus microplus, Rhipicephalus sanguineus y Dermacentor albipictus.
| Family | Ixodidae (Garrapatas duras) |
|---|---|
| Species | Dermacentor nitens, Rhipicephalus microplus, Rhipicephalus sanguineus, Dermacentor albipictus |
時間的範囲
| 開始日 / 終了日 | 2018-11-15 / 2019-04-03 |
|---|
プロジェクトデータ
En Colombia, la infestación por garrapatas de la especie Rhipicephalus microplus constituye uno de los principales problemas económicos para las explotaciones bovinas, por los efectos directos e indirectos que producen tales como acciones traumáticas, tóxicas, infecciosas, deterioro de las pieles, enfermedades agudas y crónicas que incluso pueden ser fatales. Aparte de infestar a los bovinos, se ha reportado que R. microplus puede infestar a otros hospederos domésticos y de fauna silvestre lo cual amplía su papel como ectoparásito y su potencial como vector biológico de diversos microorganismos de importancia veterinaria y medica humana. La influencia del hospedero sobre el viroma presente en la especie de garrapata R. microplus y su importancia en la circulación y evolución de los arbovirus y otros patógenos asociados es desconocida y tiene implicaciones para su control. Así, este estudio buscó en primer lugar determinar índices entomológicos de infestación por garrapatas, en especial de R. microplus, en hospederos domésticos de dos ecorregiones contrastantes del Magdalena Medio antiqueño. En segundo lugar, utilizar tecnologías de secuenciación de nueva generación para identificar el viroma de R. microplus de especímenes recolectados de diferentes hospederos domésticos. A nivel de los hospederos domésticos, se realizó recolección de garrapatas en bovinos, ovinos, equinos, caprinos y equinos. Las garrapatas recolectadas sobre cada hospedero indican una preferencia de algunas especies por su hospedero, aunque no son exclusivas. Así, R. microplus se encontró en bovinos (65-86%), ovinos (0-13,6%), equinos (5,8-21,5%) y caninos (0-1%).
| タイトル | Vigilancia entomológica y virológica de Rhipicephalus microplus en hospederos domésticos del Magdalena Medio antioqueño |
|---|---|
| 識別子 | Universidad Pontificia Bolivariana |
| ファンデイング | Este proyecto fue financiado por COLCIENCIAS con el código C145I000000008166-1 y Número de contrato FP44842-192-2018 y cofinanciado por la Universidad Pontificia Bolivariana Radicado CIDI UPB 042C-02/18-65. |
| Study Area Description | Fincas ganaderas ubicadas en el municipio de Puerto Berrio, Antioquia |
| 研究の意図、目的、背景など（デザイン） | El muestreo entomológico asociado con esta investigación fue ejecutado en fincas ganaderas del municipio de Puerto Berrio en la subregión del Magdalena Medio del departamento de Antioquia. Se recolectaron ninfas, larvas y garrapatas adultas mediante una técnica de muestreo directa en los hospederos domésticos seleccionados para obtener algunos estimativos relativos de su abundancia. Las garrapatas se colocaron vivas en recipientes plásticos humedecidos, diferenciando el animal del que fueron capturadas para determinar la prevalencia de infestación por cada tipo de hospedero y la cantidad de cada estado de vida. Para cada hospedero doméstico evaluado se completó un cuestionario que incluye fecha de muestreo, edad, sexo del huésped, número de ninfas, larvas y garrapatas adultas, entre otros. Las garrapatas se identificaron con base en caracteres morfológicos. Adicionalmente, a partir de los datos crudos de RNA-Seq se recuperaron secuencias del gen citocromo b y se compararon con secuencias de referencia de diferentes especies de garrapatas reportadas en la base de datos del NCBI. Se seleccionaron aleatoriamente 3-5 garrapatas adultas R. microplus recolectadas para proceder a formar “pooles” y a realizar los estudios moleculares. Se procesó al menos un pool por cada hospedero doméstico y lugar. El ARN total se extrajo de los tejidos blandos de la garrapata y el secuenciamiento se realizó en un maquina HiSeq y finalmente se realizo una identificación del viroma asociado a cada muestra analizada. |
プロジェクトに携わる要員:
収集方法
Se recolectaron especímenes de garrapatas en hospederos domésticos de fincas ganaderas, mediante búsqueda directa en los animales y método de Dragguin en los potreros.
| Study Extent | Los sitios de muestreo estuvieron ubicados en el municipio de Puerto Berrio, Antioquia |
|---|---|
| Quality Control | En las pruebas moleculares se utilizaron controles de ADN de identificación reconocida con el fin de realizar procesos de validación interna de cada prueba molecular usada. Ademas se efectuaron pruebas para verificar la posible interferencia de inhibidores de la amplificación que pudieran estar presentes en las muestras de ADN genomico extraídas a partir de los especímenes de garrapatas. |
Method step description:
- La información detallada de la metodología, paso a paso, estará disponible en artículos científicos que están en este momento en proceso de análisis y escritura.
コレクションデータ
| コレクション名 | Colección de Invertebrados del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAvH-I) |
|---|---|
| コレクション識別子 | Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 003 |
| Parent Collection Identifier | IAvH |
| 標本保存方法 | Alcohol |
|---|
| Curatorialユニット | 範囲 2,955 ～ 2,964 Espécimen completo |
|---|
追加のメタデータ
Una vez aprobadas las publicaciones, los datos sobre las publicaciones asociadas a este proyecto y a los especímenes de garrapatas analizados, serán reportadas como metadatos adicionales.
| 目的 | Asociado al permiso de colecta Nº 744 de 2016 concedido por el ANLA a la Universidad Pontificia Bolivariana. |
|---|---|
| メンテナンス内容 | Cada que sea necesario |
| 代替識別子 | 10.15472/k7gl1e |
| 09b33058-0e27-4608-bff3-ac21555614a3 | |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=744_vigilancia_042c021865 |