Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Mailyn González1, Andrea Paz1, Infraestructura Institucional de Datos2, Ángela María Mendoza Henao3

1 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Calle 28A #15-09, 111311.0, Bogotá, D.C., Colombia; 2 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Calle 28A #15-09, Bogotá, D.C., Colombia; 3 Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Km17 Recta Cali-Palmita- CIAT, Palmira, Colombia

Corresponding author(s): Mailyn González (magonzalez@humboldt.org.co), Andrea Paz (apaz@humboldt.org.co)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2014). Códigos de barras de ADN del marcador COI de las aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. 291 registros, aportadas por: González, M. (Contacto del recurso, Creador del recurso), Paz, A. (Proveedor de metadatos). Versión 1.0. http://doi.org/10.15472/blkufs http://doi.org/10.15472/blkufs

Abstract

Este recurso contiene la información asociada a 291 secuencias código de barras (gen COI, región barcode), para aves que se encuentran principalmente en la colección de ornitología del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y cuyos tejidos (musculo, hígado etc.) se encuentran en la colección de tejidos del mismo instituto. La extracción y amplificación del ADN fue realizada en el laboratorio de biología molecular del Instituto Humboldt usando cebadores estándar y la secuenciación se realizó en la Universidad de los Andes y en la empresa Macrogen (Corea). Todos los especímenes fueron fotografiados y las fotos se encuentran en la base de datos de boldsystems.org.

Keywords: código de barras, ADN, secuencia, COI, aves, colección biológica, bold, Occurrence, Observation, Occurrence

General description

Purpose: Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Additional information: Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fas

Project details

Project title: Códigos de barras de ADN de las aves de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Personnel: Andrea Paz
Funding: IDRC Small Grants
Study area descriptions/descriptor: Territorio nacional de Colombia.
Design description: El proyecto pretendía generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Data published through GBIF: https://ipt.biodiversidad.co/iavh/resource?r=colombia_aves_2014_adn_coi

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).
Taxonomic ranks
Order: Apodiformes, Psittaciformes, Strigiformes, Falconiformes, Passeriformes, Anseriformes, Ciconiiformes, Piciformes

Spatial coverage

General spatial coverage: Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Coordinates: 4°16'12''S and 12°35'24''N Latitude; 79°10'12''W and 66°54'0''W Longitude 

Temporal coverage: July 16, 2013 - October 7, 2014

Natural collections description

Parent collection identifier: IAvH
Collection name: Colección de Aves del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Collection identifier: IAvH-A
Natural collections description

Parent collection identifier: IAvH
Collection name: Colección de Tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Collection identifier: IAvH-CT
Natural collections description

Collection name: Zoologia Universidad Nacional de Colombia
Collection identifier: ICN
Natural collections description

Collection name: Museo de Historia Natural Universidad del Cauca
Collection identifier: MHN-UC
Natural collections description

Collection name: Colección de Ciencias Naturales - Museo Universitario Universidad de Antioquia
Collection identifier: MUA
Specimen preservation method: Other

Methods

Method step description: 
- . 	Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
- . 	Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
- . 	Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
- . 	Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
- . 	En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras:

Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518,  IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.//

Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389,  IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.
Study extent description: Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Sampling description: Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.
Quality control description: Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious  y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta

Ajuste de vocabularios controlados en:
Elementos de registros: basisOfRecord, type y collectionID  de acuerdo a la naturaleza de los datos;
Elementos geográficos: stateProvince, county y municipality;

Datasets

Dataset description
Object name: Darwin Core Archive Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Character encoding: UTF-8
Format name: Darwin Core Archive format
Format version: 1.0
Distribution: https://ipt.biodiversidad.co/iavh/archive.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi
Publication date of data: 2021-11-26
Language: Spanish
Licences of use: Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License

External datasets

Dataset description
Object name: Aves iBold
Character encoding: NA
Format name: NA
Distribution: http://boldsystems.org/index.php/Login/page?destination=MAS_Management_OpenProject%3Fcode%3DIAVHB

Dataset description
Object name: Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Character encoding: UTF-8
Format name: txt
Distribution: http://i2d.humboldt.org.co/ceiba/resource.do?r=colombia_aves_2014_adn_coi

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2014-08-14
Hierarchy level: Dataset

References
Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218   
Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese