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DETECCIÓN Y CARACTERIZACIÓN DE VIRUS QUE AFECTA CULTIVOS DE PAPAYA EN VALLE DEL CAUCA

En el Valle del Cauca, la papaya (Carica papaya) es considerado un frutal de gran importancia por su potencial como producto de exportación puesto que la demanda mundial de esta fruta tropical ha venido aumentando. Sin embargo, en los últimos años este cultivo se estaba viendo afectado por el accionar de virus, que pueden reducir de 6 a 3 meses su ciclo productivo como es el caso del virus de la mancha anular de la papaya (Papaya ring spot virus, PRSV), sin mencionar los efectos devastadores que tienen otras sintomatologías encontradas caracterizadas por presencia de clorosis, islas verdes, tumefacciones y deformación de la lámina foliar. Esta situación pone en peligro a toda la cadena productiva, amenazando un sector importante para el empleo rural en el departamento. El último estudio de virus en papaya se realizó en 2015, pero al igual que los anteriores solo se estudia el PRSV, el cual es el único virus reportado en Colombia afectando al cultivo de papaya. Sumado a lo anterior, no existe un diagnóstico fitosanitario completo y actualizado que involucren otras familias de virus tanto de virus DNA como virus RNA y la distribución geográfica de los virus en el Valle del Cauca que permita identificar las zonas con mayor incidencia y concentración de estos organismos. Por lo anterior, el objetivo de este proyecto es detectar y caracterizar los virus que afectan los cultivos de papaya en el departamento de Valle del Cauca. Con este propósito, se colectarán hojas de papaya con sintomatología viral en tres zonas geográficas del departamento del Valle del Cauca (Norte: Bolívar, La Unión; centro: Andalucía y Buga; Sur: Palmira); se les realizará una extracción de DNA genómico total y mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) se detectará la presencia de begomovirus. Para la detección del componente genómico A geminiviral se utilizará un juego de primers degenerados que amplifican un fragmento de 0.4kb del gen AR1 (CP). Para llevar a cabo la caracterización molecular de begomovirus se amplificará por PCR un fragmento de 1.4kb se enviará a secuenciar y someterá a análisis bioinformaticos. Para los virus RNA se realizará extracción del RNA total de las muestras, seguido de las técnicas de RT-PCR para generar un DNA complementario y de PCR empleando cebadores específicos para detectar: potyvirus con primers degenerados que amplifican un fragmento de 350pb y con primer específicos para PRSV previamente diseñados; cucumovirus, con un par de primers específicos que amplifican una región de 229 pb; y el virus de la Meleira de papaya reportado en Brasil y México, tomando como base el par de iniciadores PMeV-RP-F1/R1 que amplifican un segmento del genoma viral del Umbravirus PMeV-2 de 371pb. Estos resultados permitirán conocer los virus que actualmente afectan este cultivo en el Valle del Cauca, lo cual será una herramienta clave para que técnicos y agricultores puedan tomar mejores decisiones frente a esta problemática viral en cultivos de papaya.

Certificado en PDF
Número del certificado170A0F5C3D9
Fecha del certificado2020-03-03
Certificado en PDFdescargar (60 KB)
Contacto del recurso
NombreKarina López-López
PosiciónProfesora Asociada dedicación exclusiva
OrganizaciónUniversidad Nacional de Colombia
Dirección Carrera 32 # 12-00, Palmira, Valle del Cauca, COLOMBIA
Contactoklopezl@unal.edu.co Tel: 5722868888
Contacto del permiso
NombreKarina López-López
PosiciónProfesora Asociada dedicación exclusiva
OrganizaciónUniversidad Nacional de Colombia
Dirección Carrera 32 # 12-00, Palmira, Valle del Cauca, COLOMBIA
Contactoklopezl@unal.edu.co Tel: 5722868888
Proveedor de los metadatos
NombreKarina López-López
PosiciónProfesora Asociada dedicación exclusiva
OrganizaciónUniversidad Nacional de Colombia
Dirección Carrera 32 # 12-00, Palmira, Valle del Cauca, COLOMBIA
Contactoklopezl@unal.edu.co Tel: 5722868888
Información del Permiso
Autoridad ambientalAutoridad Nacional de Licencias Ambientales
Número del permiso255
Titular del permisoUniversidad Nacional de Colombia
Nit o cédula899999063-3
Fecha de emisión2014-03-12
Cobertura Geográfica
DescripciónLos sitios de muestreo fueron fincas ubicadas en la zona rural de los municipios de Vijes, La Unión, Yumbo y Bolívar
Coordenadas3.707, 4.56 / -76.498, -76.038 (Latitud mínima, máxima / Longitud mínima/máxima)
Cobertura Taxonómica
Descripción Los fragmentos de los virus detectados pertenecen a la familia Geminiviridae, genero begomovirus. Familia Potyviridae, genero potyvirus. Familia Bromoviridae, genero cucumovirus
Especie Rhynchosia golden mosaic colombia virus, Papaya ringspot virus, Cucumber mosaic virus
Cobertura Temporal
Fecha inicial / Fecha final2018-09-17 / 2018-10-05
Métodos de Muestreo
Descripción del muestreoExtracción definitiva de fragmentos de Cucumovirus Cucumber mosaic virus (CMV), Potyvirus y Begomovirus de hojas de Carica papaya L. (Papaya) que presentaban sintomatología viral en zonas productoras de cultivos de papaya del Valle del Cauca (Bolívar, Roldanillo, La Unión, Vijes, Yumbo). Esto se realizó empleando técnicas moleculares como la extracción de ácidos nucleicos (DNA y RNA) de las hojas de papaya, para posteriormente realizar la amplificación de fragmentos virales, usando la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR): un fragmento de 0,5 kb de la proteína de la cápside del cucumovirus CMV; un fragmento de 1,4 kb de la proteína de la cápside del potyvirus y un fragmento de de la proteína de la cápside del begomovirus.
Datos de la Colección
Nombre de la colecciónNo Aplica
Identificador de la colecciónNo Aplica
Identificador de la colección parentalNo Aplica
Datos del Proyecto
TítuloDETECCIÓN Y CARACTERIZACIÓN DE VIRUS QUE AFECTA CULTIVOS DE PAPAYA EN VALLE DEL CAUCA
(Personal) Nombre Karina López-López
(Personal) Rol Investigador Principal
Fuentes de financiaciónDirección Nacional de Investigación de la Universidad Nacional de Colombia. Código HERMES: 43551
Descripción del área de estudioLos sitios de muestreo fueron fincas ubicadas en la zona rural de los municipios de Vijes, La Unión, Yumbo y Bolívar. La extracción de ácidos nucleicos y amplificación de los virus por PCR, se realizó en el laboratorio de Sanidad y microbiología agrícola de la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira
Descripción del proyectoLa papaya (Carica papaya L., Caricaceae) es un cultivo frutícola importante comercialmente en todo el mundo. La adaptación y la aceptación de sus frutos le confieren ventajas comerciales locales y de exportación. Sin embargo, en los últimos años se ha visto afectado por enfermedades virales que traen consigo efectos devastadores como consecuencia de la sintomatología de la enfermedad y al mismo tiempo pueden reducir drásticamente su ciclo productivo. Por lo anterior, el objetivo de este proyecto fue detectar y caracterizar los virus RNA y DNA que afectan los cultivos de papaya en el departamento de Valle del Cauca. Se colectaron hojas de papaya y látex de variedades comerciales de papaya que evidenciaban sintomatología viral en los municipios Bolívar, Roldanillo, La Unión, Vijes y Yumbo. Se purificaron los ácidos nucleicos (RNA y DNA), y mediante PCR empleando cebadores universales y específicos se detectó la presencia de potyvirus (Papaya ring spot virus, PRSV), cucumovirus (Cucumber mosaic virus, CMV), virus del meleira (PMeV) y begomovirus (Virus del mosaico dorado de Rhynchosia de Colombia, RhGMCV). Para la caracterización molecular, los fragmentos virales fueron clonadas, secuenciados y analizados empleando herramientas bioinformáticas. Se evaluaron 45 muestras de papaya colectadas en Bolívar (16), Roldanillo (10), La Unión (3), Vijes (11) y Yumbo (5). Se detectó PRSV en 38 muestras; CMV en 12 muestras y begomovirus en 32 muestras. Estos resultados evidencian la detección de CMV y begomovirus por primera vez en Colombia afectando cultivos de papaya. Del análisis bioinformático de los fragmentos de CMV, se encontró la presencia de dos cepas de CMV, reportada previamente en ají y otra en plátano. Para PMeV se obtuvieron resultados negativos, indicando que a la fecha no hay presencia de este virus afectando papaya en Valle del Cauca. Finalmente, del análisis bioinformático de los fragmentos del begomovirus, mostraron que el virus presente en las muestras del Norte del Valle presenta un 100% de identidad con RhGMCV y en el sur del Valle está presente otra cepa del mismo virus con un 93% de identidad. Nuestros resultados muestran que el begomovirus RhGMCV reportado previamente en la arvense R. minima tiene capacidad de infectar cultivos de papaya en Valle del Cauca. Estos resultados evidencian por primera vez la presencia de infección mixta (doble y triple) de RhGMCV, PRSV y CMV, los cuales serían una de las principales limitantes para la producción de este frutal en el Valle del Cauca.
Palabras Clave
Potyvirus; Begomovirus; Cucumovirus; Carica papaya
Parte Asociada 1
NombreJuan Carlos Vaca-Vaca
PosiciónProfesor Asociado dedicación exclusiva
OrganizaciónUniversidad Nacional de Colombia
Dirección Carrera 32 #12-00, Palmira, Valle del Cauca, COLOMBIA
Contactojcvacava@unal.edu.co Tel: 5722868888