Descripción
Este conjunto de datos contiene los registros biológicos y medidas de rasgos funcionales asociados a las imágenes digitales de alta resolución de los ejemplares del herbario virtual bosques secos de Colombia. Este ecosistema se caracteriza por presentar una fuerte estacionalidad de lluvias y un período de tres a ocho meses de sequía. Se encuentra en las zonas bajas de la costa Caribe, los valles interandinos de los ríos Cauca y Magdalena, la región del Chicamocha en Santander y Norte de Santander, el cañón del río Patía en los departamentos de Cauca y Nariño, y los Llanos. Se presentan 2000 registros de bosque seco del herbario HUC, los cuales fueron seleccionados con base al sitio de colecta; sólo los registros que provenían de localidades donde hay bosque seco fueron incluidos. Éstos fueron ubicados en la colección, codificados, sistematizados y digitalizados con el fin de publicar las imágenes en el recurso virtual "Herbario virtual Bosques Secos de Colombia" en Flickr. Cada registro tiene una dirección electrónica que permite acceder a la imagen del ejemplar en alta resolución.
Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 2.000 registros.
también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.
- Occurrence (core)
- MeasurementOrFacts
Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.
Descargas
Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:
Versiones
La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.
¿Cómo referenciar?
Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:
Universidad de Córdoba - Herbario HUC & Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2015). Herbario virtual bosques secos de Colombia - Sección Herbario Universidad de Córdoba HUC, 2000 registros, Aportados por: Ruiz, V. (Contacto del recurso), En línea: http://ipt.sibcolombia.net/sib/resource.do?r=herb_bs_huc
Derechos
Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:
El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Universidad de Córdoba. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
Registro GBIF
Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: f8dca385-db58-4887-97e2-690fcfbdf83d. Universidad de Córdoba publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Colombian Biodiversity Information System.
Palabras clave
bosque seco tropical; ejemplar de herbario; colección botánica; herbario virtual; Plantae; HUC; Occurrence; Specimen; Occurrence
Datos externos
Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos
| Herbario Universidad de Córdoba | https://www.flickr.com/photos/98788120@N02/ NA .jpg |
|---|---|
| Herbario virtual Bosques Secos de Colombia | https://www.flickr.com/groups/herbario_virtual_bosques_secos_de_colombia/ NA .jpg |
Contactos
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Cobertura geográfica
El conjunto de datos contiene información de los ejemplares botánicos de bosque seco tropical de Colombia, con énfasis es localidades del Caribe Colombiano, los valles geográficos de los ríos Magdalena, el valle del cañón del río Patía. Abarca los departamentos de Antioquia, Bolívar, Cauca, Cesar, Córdoba, La Guajira, Magdalena y Sucre.
| Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [7,741, -76,371], Latitud Máxima Longitud Máxima [10,646, -72,91] |
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Cobertura taxonómica
Por medio de la búsqueda de especímenes pertenecientes a bosque seco tropical de Colombia, depositados en el herbario HUC, de la Universidad de Córdoba, se consolidaron 2000 registros de ejemplares botánicos correspondientes a 119 familias, 522 géneros y 905 especies. Se utilizó el código APG III como sistema de clasificación de las especies y las actualizaciones nomenclaturales se realizaron con base en los datos proporcionados en los recursos The Plant List (http://www.theplantlist.org/), Tropicos (http://www.theplantlist.org/) y IPNI (http://www.ipni.org/)
| Familia | Acanthaceae, Achariaceae, Achatocarpaceae, Alismataceae, Amaranthaceae, Anacardiaceae, Annonaceae, Apocynaceae, Araceae, Araliaceae, Arecaceae, Aristolochiaceae, Asteraceae, Bignoniaceae, Bixaceae, Boraginaceae, Bromeliaceae, Burseraceae, Buxaceae, Cactaceae, Calophyllaceae, Cannabaceae, Cannaceae, Capparaceae, Caricaceae, Casuarinaceae, Celastraceae, Chrysobalanaceae, Cleomaceae, Clusiaceae, Combretaceae, Commelinaceae, Convolvulaceae, Costaceae, Crassulaceae, Cucurbitaceae, Cyclanthaceae, Cyperaceae, Dichapetalaceae, Dilleniaceae, Dioscoreaceae, Ebenaceae, Elaeocarpaceae, Erythroxylaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Gesneriaceae, Gleicheniaceae, Haemodoraceae, Heliconiaceae, Hernandiaceae, Hydrocharitaceae, Hymenophyllaceae, Lamiaceae, Lauraceae, Lecythidaceae, Lentibulariaceae, Loganiaceae, Lomariopsidaceae, Loranthaceae, Lygodiaceae, Lythraceae, Magnoliaceae, Malpighiaceae, Malvaceae, Marantaceae, Marcgraviaceae, Marsileaceae, Melastomataceae, Meliaceae, Menispermaceae, Moraceae, Moringaceae, Muntingiaceae, Myricaceae, Myristicaceae, Myrtaceae, Nyctaginaceae, Nymphaeaceae, Ochnaceae, Onagraceae, Orchidaceae, Pandanaceae, Passifloraceae, Pedaliaceae, Phyllanthaceae, Phytolaccaceae, Picramniaceae, Piperaceae, Plantaginaceae, Poaceae, Polygonaceae, Polypodiaceae, Pontederiaceae, Portulacaceae, Primulaceae, Pteridaceae, Rhamnaceae, Rubiaceae, Rutaceae, Salicaceae, Sapindaceae, Sapotaceae, Scrophulariaceae, Simaroubaceae, Siparunaceae, Smilacaceae, Solanaceae, Tectariaceae, Typhaceae, Ulmaceae, Urticaceae, Verbenaceae, Violaceae, Vitaceae, Vochysiaceae, Zamiaceae, Zingiberaceae, Zygophyllaceae |
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Cobertura temporal
| Fecha Inicial / Fecha Final | 1958-06-03 / 2015-02-06 |
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Datos del proyecto
No hay descripción disponible
| Título | Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia |
|---|---|
| Fuentes de Financiación | Fundación JRS Biodiversity. Convenio de cooperación 13-12-117-276CE entre el Instituto Humboldt y la Universidad de Córdoba. |
| Descripción del área de estudio | Este conjunto de datos contiene registros biológicos y medidas de rasgos funcionales asociados a imágenes digitales de alta resolución de material de herbario de plantas de bosque seco tropical de Colombia |
| Descripción del diseño | El proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia”, financiado por la fundación JRS biodiversity (http://jrsbiodiversity.org/grant/instituto-de-investigacion-de-recursos-biologicos-alexander-von-humboldt/), tiene como objetivo digitalizar el material de herbario de bosque seco de cinco herbarios del país: Universidad ICESI, Universidad de Córdoba, Jardín Botánico de Tuluá, Universidad del Tolima, y herbario FMB del Instituto de Investigación Alexander von Humboldt (IAvH). Este material hace partes de las colecciones de herbarios pero también ha sido recolectado en campo en parcelas permanentes de bosque seco en las diferentes regiones del país. El propósito de este proyecto es poner a disposición de todos la información sobre la especies vegetales y sus rasgos funcionales de bosque seco para promover la investigación y conservación de este ecosistema en Colombia. En esta sección se encuentran los datos digitalizados del herbario HUC, Universidad de Córdoba. |
Personas asociadas al proyecto:
Métodos de muestreo
Los datos contenidos en este recurso pertenecen a ejemplares de bosque seco tropical del Herbario HUC que fueron digitalizados y publicados en el recurso electrónico "Herbario Universidad de Córdoba" y compartidos en el "Herbario virtual Bosques Secos de Colombia", a través de FlickR. Los exicados fueron seleccionados por la localidad en la que fueron colectados (la cual debe pertenecer a bosque seco tropical). Estos ejemplares se seleccionaron en la base de datos del herbario, posteriormente se ubicaron en la colección y fueron extraídos de la misma para transportarlos al laboratorio de fotografía.
| Área de Estudio | Ejemplares de bosque seco del herbario HUC de la Universidad de Córdoba, ubicado en ciudad de Montería (Córdoba). |
|---|---|
| Control de Calidad | En cada una de las actividades desarrolladas durante la digitalización de especímenes de herbario se realiza control de calidad. El control de calidad usualmente se efectúa mediante la selección y el examen de las imágenes en intervalos regulares, las imágenes seleccionas son evaluadas en el enfoque, la exposición correcta, manchas, desajustes entre los nombres de los archivos, valor del código de barras o número de identificación y otros signos evidentes de error al inspeccionar. Este control se realiza de la siguiente manera: 1. Se realiza el curado y actualización nomenclatural de los ejemplares seleccionados para la digitalización mediante el uso de bases de datos virtuales como The Plant List, Tropicos, El catálogo de la vida, IPNI, entre otros 2. El control de calidad de las imágenes se realiza en un solo espacio y un solo computador con dos monitores, preferiblemente calibrados, para asegurar una visualización óptima. Este control debe llevarse a cabo aproximadamente cada 20 imágenes. 3. Los archivos de imagen son visualizados utilizando el software de edición de imágenes de la cámara (Digital Photo Professional). 4. Las imágenes se magnifican a 100% para verificar que contengan todos los elementos necesarios (reglilla, tarjeta de color, etiqueta completa), la calidad requerida, confirmar el enfoque, la exposición correcta, manchas o rayas, desajustes entre los nombres de los archivos y valor del código de barras del espécimen. Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos de registros: type y collectionID de acuerdo a la naturaleza de los datos; Elementos geográficos: county; |
Descripción de la metodología paso a paso:
- La digitalización de especímenes se refiere a la captura fotográfica y el registro de información de especímenes o colecciones. Típicamente los especímenes incluyen etiquetas y notas de campo que contienen información sobre el evento de colecta (Ejemplo: Nombre del colector, fechas, localidad, etc.) determinaciones taxonómicas y números de catálogo o identificadores. La digitalización de la información de las etiquetas incluye captura del texto como caracteres, y almacenamiento de esta información en bases de datos, igualmente la digitalización también incluye la captura de imágenes digitales. El proceso de digitalización incluye las siguientes tareas: 1. Curado y pre-digitalización 2. Captura de imágenes (fotografía de especímenes y etiquetas) 3. Procesamiento de las imágenes 4. Captura electrónica de los datos
- 1. CURADO Y PRE-DIGITALIZACIÓN Constituye el primer paso en la digitalización de especímenes y brinda la oportunidad de realizar las siguientes actividades: -Inspeccionar y restaurar los especímenes dañados y evaluar la salud de la colección. -Tratar las pestes. -Descubrir especímenes perdidos pertenecientes a otras instituciones o tipos no conocidos en la colección. -Actualizar las determinaciones taxonómicas. -Reorganizar los contenidos de los gabinetes o compactadores. -Seleccionar los ejemplares para la digitalización. -Adjuntar un identificador único (código de barras) a cada espécimen.
- 2. CAPTURA DE IMÁGENES (fotografía de especímenes y etiquetas) La captura de imágenes consiste en fotografiar los ejemplares codificados previamente y descargar las imágenes en el computador destinado para la edición y marcaje. Durante el proceso de fotografía de una familia se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. A continuación se explican los pasos y se dan las instrucciones necesarias para el proceso de Captura de imagen. La captura de imágenes generalmente requiere: -Pre-configuración e iniciación de los equipos. -Organización de los especímenes que serán fotografiados. -Toma de la imagen. -Descarga y almacenamiento de la imagen. -Captura del código de barras. -Mover el espécimen a una nueva estación o incluirlo nuevamente en la colección.
- 3. PROCESAMIENTO DE LAS IMÁGENES El procesamiento de las imágenes incluye todas las tareas o grupo de tareas desarrolladas sobre una imagen, seis tareas son las más comunes: 1. Control de calidad. 2. Procesamiento de la imagen. 3. Conversión de archivos. 4. Copia de Seguridad. Durante el procesamiento de la imagen se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. Para este proceso se parte de la fotografía descargada en rutas preestablecidas.
- 4. CAPTURA ELECTRÓNICA DE LOS DATOS La captura electrónica de datos involucra la extracción de datos de las etiquetas y la digitalización de estos datos en una base de datos electrónica. Según este protocolo la captura de datos debe ser después de la captura de la imagen. En las colecciones donde una gran cantidad especímenes son fotografiados, los datos son tomados directamente de las imágenes, reduciendo las posibilidades de daño en los múltiples viajes de los especímenes. Existen muchas formas de capturar la información de las etiquetas de herbario, pero la más común es mediante la digitalización directa en una plantilla estándar, como las ofrecidas por el formato Darwin Core. En nuestro proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia” trabajaremos con las plantillas DwC para la documentación de registros biológicos. Esta plantilla se encuentra adjunta a este documento. El estándar Darwin Core (Versión 2011-10-26) está conformado por 175 elementos, de los cuáles solo cinco son obligatorios (ID del registro biológico, base del registro, código de la institución, código de la colección, número de catálogo). Nosotros trabajaremos con elementos comunes y elementos de extensión que incluirán información sobre las imágenes y los rasgos funcionales tomados de los especímenes de herbario.
Datos de la colección
| Nombre de la Colección | Herbario Universidad de Córdoba |
|---|---|
| Identificador de la Colección | Registro Nacional de Colecciones Biológicas: 22 |
| Identificador de la Colección Parental | HUC |
| Métodos de preservación de los ejemplares | Secado y prensado |
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Referencias bibliográficas
- Instituto de Investigación en Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2013). Protocolo para la Digitalización de Especímenes de Herbario, Versión 1.0. Bogotá. 19 p.
Metadatos adicionales
Los ejemplares digitalizados a los cuales hace referencia este recurso están en lÍnea en: https://www.flickr.com/photos/98788120@N02/ Adicional a esto, el Herbario virtual HUC hace parte del grupo "Herbario Virtual Bosque Seco de Colombia", el cual se puede consultar en el siguiente enlace: https://www.flickr.com/groups/herbario_virtual_bosques_secos_de_colombia/
| Propósito | El proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia”, financiado por la fundación JRS biodiversity (http://jrsbiodiversity.org/grant/instituto-de-investigacion-de-recursos-biologicos-alexander-von-humboldt/), tiene como objetivo digitalizar el material de herbario de bosque seco. El propósito de este proyecto es poner a disposición de todos la información sobre las especies vegetales de bosque seco y sus rasgos funcionales para promover la investigación y conservación de este ecosistema en Colombia. |
|---|---|
| Identificadores alternativos | doi:10.15472/4ky4ru |
| f8dca385-db58-4887-97e2-690fcfbdf83d | |
| https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=herb_bs_huc |